MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia psittaci M56 plasmid pcpM56

Total Repeats: 164

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018635	CA	3	6	38	43	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
2	NC_018635	A	7	7	97	103	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018635	TCG	2	6	148	153	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_018635	AT	3	6	160	165	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_018635	A	7	7	201	207	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_018635	AAT	2	6	239	244	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_018635	A	6	6	253	258	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018635	ATC	2	6	276	281	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_018635	TA	3	6	288	293	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_018635	AGA	2	6	378	383	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598893
11	NC_018635	T	8	8	425	432	0 %	100 %	0 %	0 %	406598893
12	NC_018635	ATA	3	9	513	521	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598893
13	NC_018635	TGAT	2	8	526	533	25 %	50 %	25 %	0 %	406598893
14	NC_018635	TGT	2	6	541	546	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598893
15	NC_018635	CT	3	6	573	578	0 %	50 %	0 %	50 %	406598893
16	NC_018635	T	6	6	658	663	0 %	100 %	0 %	0 %	406598893
17	NC_018635	A	6	6	801	806	100 %	0 %	0 %	0 %	406598893
18	NC_018635	AAC	2	6	808	813	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598893
19	NC_018635	CT	3	6	816	821	0 %	50 %	0 %	50 %	406598893
20	NC_018635	TAA	2	6	905	910	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598893
21	NC_018635	AT	3	6	947	952	50 %	50 %	0 %	0 %	406598893
22	NC_018635	GCT	2	6	958	963	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598893
23	NC_018635	AT	3	6	1088	1093	50 %	50 %	0 %	0 %	406598893
24	NC_018635	CTA	2	6	1100	1105	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598893
25	NC_018635	TTCT	2	8	1129	1136	0 %	75 %	0 %	25 %	406598893
26	NC_018635	GCT	2	6	1171	1176	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598893
27	NC_018635	AAT	2	6	1192	1197	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598893
28	NC_018635	TGG	2	6	1207	1212	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406598893
29	NC_018635	T	7	7	1276	1282	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_018635	ACC	2	6	1296	1301	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
31	NC_018635	ACC	2	6	1318	1323	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
32	NC_018635	ACC	2	6	1340	1345	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
33	NC_018635	ACC	2	6	1362	1367	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
34	NC_018635	TTC	2	6	1379	1384	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_018635	CTG	2	6	1438	1443	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_018635	AGA	2	6	1532	1537	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598894
37	NC_018635	AGG	2	6	1628	1633	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	406598894
38	NC_018635	TGT	2	6	1877	1882	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598894
39	NC_018635	T	6	6	1899	1904	0 %	100 %	0 %	0 %	406598894
40	NC_018635	TC	3	6	1930	1935	0 %	50 %	0 %	50 %	406598894
41	NC_018635	TGT	2	6	1950	1955	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598894
42	NC_018635	AGTA	2	8	1979	1986	50 %	25 %	25 %	0 %	406598894
43	NC_018635	TAT	2	6	2008	2013	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598894
44	NC_018635	TTC	2	6	2015	2020	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598894
45	NC_018635	ACT	2	6	2043	2048	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598894
46	NC_018635	A	7	7	2156	2162	100 %	0 %	0 %	0 %	406598894
47	NC_018635	CTT	2	6	2170	2175	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598894
48	NC_018635	TCA	2	6	2213	2218	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598895
49	NC_018635	GCT	2	6	2267	2272	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598895
50	NC_018635	TGA	2	6	2299	2304	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598895
51	NC_018635	TAA	2	6	2311	2316	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598895
52	NC_018635	CTG	2	6	2321	2326	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598895
53	NC_018635	TTTC	2	8	2414	2421	0 %	75 %	0 %	25 %	406598895
54	NC_018635	A	6	6	2433	2438	100 %	0 %	0 %	0 %	406598895
55	NC_018635	TTG	2	6	2469	2474	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598895
56	NC_018635	CTT	2	6	2562	2567	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598895
57	NC_018635	AGG	2	6	2587	2592	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	406598895
58	NC_018635	AC	3	6	2605	2610	50 %	0 %	0 %	50 %	406598895
59	NC_018635	TATG	2	8	2745	2752	25 %	50 %	25 %	0 %	406598895
60	NC_018635	ATC	2	6	2800	2805	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598895
61	NC_018635	T	7	7	2869	2875	0 %	100 %	0 %	0 %	406598895
62	NC_018635	TAC	2	6	2895	2900	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598895
63	NC_018635	GTT	2	6	2918	2923	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598895
64	NC_018635	ACC	2	6	2932	2937	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	406598895
65	NC_018635	T	7	7	3052	3058	0 %	100 %	0 %	0 %	406598896
66	NC_018635	ATT	2	6	3067	3072	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598896
67	NC_018635	TAAG	2	8	3135	3142	50 %	25 %	25 %	0 %	406598896
68	NC_018635	A	6	6	3191	3196	100 %	0 %	0 %	0 %	406598896
69	NC_018635	T	6	6	3201	3206	0 %	100 %	0 %	0 %	406598896
70	NC_018635	TCAT	2	8	3299	3306	25 %	50 %	0 %	25 %	406598896
71	NC_018635	TC	3	6	3309	3314	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
72	NC_018635	T	6	6	3333	3338	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_018635	A	8	8	3352	3359	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_018635	AT	3	6	3372	3377	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_018635	TTAA	2	8	3378	3385	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_018635	TTA	2	6	3398	3403	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598897
77	NC_018635	TTTG	2	8	3408	3415	0 %	75 %	25 %	0 %	406598897
78	NC_018635	AT	3	6	3436	3441	50 %	50 %	0 %	0 %	406598897
79	NC_018635	ACCAC	2	10	3498	3507	40 %	0 %	0 %	60 %	406598897
80	NC_018635	ACC	2	6	3515	3520	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	406598897
81	NC_018635	AG	3	6	3528	3533	50 %	0 %	50 %	0 %	406598897
82	NC_018635	GTT	2	6	3557	3562	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598897
83	NC_018635	AACA	2	8	3580	3587	75 %	0 %	0 %	25 %	406598897
84	NC_018635	TGA	2	6	3599	3604	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598897
85	NC_018635	ATG	2	6	3687	3692	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598897
86	NC_018635	CAG	2	6	3694	3699	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406598897
87	NC_018635	TAAA	2	8	3790	3797	75 %	25 %	0 %	0 %	406598897
88	NC_018635	T	6	6	3811	3816	0 %	100 %	0 %	0 %	406598897
89	NC_018635	ATT	2	6	3870	3875	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598897
90	NC_018635	CTT	2	6	3886	3891	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598897
91	NC_018635	TGG	2	6	3997	4002	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406598897
92	NC_018635	GCT	2	6	4062	4067	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598897
93	NC_018635	GTT	2	6	4096	4101	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598897
94	NC_018635	TAATT	2	10	4223	4232	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_018635	T	8	8	4231	4238	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_018635	AAT	2	6	4246	4251	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598898
97	NC_018635	TGTT	2	8	4259	4266	0 %	75 %	25 %	0 %	406598898
98	NC_018635	TTG	2	6	4286	4291	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598898
99	NC_018635	TAAA	2	8	4317	4324	75 %	25 %	0 %	0 %	406598898
100	NC_018635	CTT	2	6	4328	4333	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598898
101	NC_018635	T	6	6	4332	4337	0 %	100 %	0 %	0 %	406598898
102	NC_018635	GTTT	2	8	4367	4374	0 %	75 %	25 %	0 %	406598898
103	NC_018635	T	7	7	4427	4433	0 %	100 %	0 %	0 %	406598898
104	NC_018635	CTATTT	2	12	4493	4504	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	406598898
105	NC_018635	T	8	8	4538	4545	0 %	100 %	0 %	0 %	406598898
106	NC_018635	CTA	2	6	4670	4675	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598898
107	NC_018635	ATG	2	6	4693	4698	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598898
108	NC_018635	T	6	6	4710	4715	0 %	100 %	0 %	0 %	406598898
109	NC_018635	TTC	2	6	4737	4742	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598898
110	NC_018635	GA	3	6	4805	4810	50 %	0 %	50 %	0 %	406598898
111	NC_018635	CTT	2	6	4832	4837	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598898
112	NC_018635	CTT	2	6	4922	4927	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598898
113	NC_018635	GCC	2	6	4929	4934	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	406598898
114	NC_018635	ATTC	2	8	4937	4944	25 %	50 %	0 %	25 %	406598898
115	NC_018635	T	7	7	4965	4971	0 %	100 %	0 %	0 %	406598898
116	NC_018635	ATAA	2	8	5057	5064	75 %	25 %	0 %	0 %	406598898
117	NC_018635	TTG	2	6	5090	5095	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598898
118	NC_018635	GCT	2	6	5116	5121	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598898
119	NC_018635	TCT	2	6	5209	5214	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598898
120	NC_018635	CTT	2	6	5296	5301	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598899
121	NC_018635	GTT	2	6	5343	5348	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598899
122	NC_018635	CTA	2	6	5377	5382	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598899
123	NC_018635	AAT	2	6	5416	5421	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598899
124	NC_018635	ACA	2	6	5491	5496	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598899
125	NC_018635	TCT	2	6	5517	5522	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598899
126	NC_018635	T	6	6	5630	5635	0 %	100 %	0 %	0 %	406598899
127	NC_018635	AAG	2	6	5754	5759	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598899
128	NC_018635	AAG	2	6	5842	5847	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598899
129	NC_018635	TC	3	6	5870	5875	0 %	50 %	0 %	50 %	406598899
130	NC_018635	ATTTG	2	10	5880	5889	20 %	60 %	20 %	0 %	406598899
131	NC_018635	GCA	2	6	5991	5996	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406598899
132	NC_018635	AAC	2	6	5999	6004	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598899
133	NC_018635	ATA	2	6	6019	6024	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598899
134	NC_018635	GAA	2	6	6045	6050	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598899
135	NC_018635	AATC	2	8	6076	6083	50 %	25 %	0 %	25 %	406598899
136	NC_018635	ATG	2	6	6359	6364	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598899
137	NC_018635	TCT	2	6	6440	6445	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598899
138	NC_018635	AT	3	6	6517	6522	50 %	50 %	0 %	0 %	406598899
139	NC_018635	GTG	2	6	6545	6550	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406598899
140	NC_018635	AAC	3	9	6566	6574	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598899
141	NC_018635	AAT	2	6	6589	6594	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598899
142	NC_018635	A	6	6	6614	6619	100 %	0 %	0 %	0 %	406598899
143	NC_018635	TCT	2	6	6642	6647	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598899
144	NC_018635	TCA	2	6	6658	6663	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598899
145	NC_018635	AAT	2	6	6726	6731	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_018635	TG	4	8	6763	6770	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
147	NC_018635	AAC	2	6	6831	6836	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_018635	TTTC	2	8	6852	6859	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
149	NC_018635	TCT	2	6	6930	6935	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_018635	AGAA	2	8	6983	6990	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
151	NC_018635	AGT	2	6	7082	7087	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
152	NC_018635	GT	3	6	7086	7091	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
153	NC_018635	AGC	2	6	7118	7123	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
154	NC_018635	TA	3	6	7128	7133	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_018635	CTAA	2	8	7137	7144	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
156	NC_018635	AAT	2	6	7169	7174	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_018635	TCA	2	6	7193	7198	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
158	NC_018635	TAT	2	6	7270	7275	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_018635	ACA	2	6	7371	7376	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
160	NC_018635	AATCA	2	10	7413	7422	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
161	NC_018635	ACA	2	6	7443	7448	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
162	NC_018635	ATT	2	6	7449	7454	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_018635	GAAA	2	8	7500	7507	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
164	NC_018635	GAAAG	2	10	7529	7538	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.