MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia psittaci 84/55 plasmid pcp8455

Total Repeats: 164

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018633	TTC	2	6	3	8	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_018633	TGC	2	6	60	65	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_018633	AGA	2	6	156	161	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598877
4	NC_018633	AC	3	6	223	228	50 %	0 %	0 %	50 %	406598877
5	NC_018633	TCTG	2	8	232	239	0 %	50 %	25 %	25 %	406598877
6	NC_018633	AGA	2	6	240	245	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598877
7	NC_018633	AGG	2	6	252	257	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	406598877
8	NC_018633	TGT	2	6	501	506	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598877
9	NC_018633	T	6	6	523	528	0 %	100 %	0 %	0 %	406598877
10	NC_018633	TC	3	6	554	559	0 %	50 %	0 %	50 %	406598877
11	NC_018633	GTT	2	6	575	580	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598877
12	NC_018633	AGTA	2	8	603	610	50 %	25 %	25 %	0 %	406598877
13	NC_018633	TAT	2	6	632	637	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598877
14	NC_018633	TTC	2	6	639	644	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598877
15	NC_018633	ACT	2	6	667	672	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598877
16	NC_018633	A	7	7	780	786	100 %	0 %	0 %	0 %	406598877
17	NC_018633	CTT	2	6	794	799	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598877
18	NC_018633	TCA	2	6	837	842	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598876
19	NC_018633	GCT	2	6	891	896	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598876
20	NC_018633	TGA	2	6	923	928	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598876
21	NC_018633	TAA	2	6	935	940	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598876
22	NC_018633	CTG	2	6	945	950	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598876
23	NC_018633	TTTC	2	8	1038	1045	0 %	75 %	0 %	25 %	406598876
24	NC_018633	A	6	6	1057	1062	100 %	0 %	0 %	0 %	406598876
25	NC_018633	TTG	2	6	1093	1098	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598876
26	NC_018633	AC	3	6	1154	1159	50 %	0 %	0 %	50 %	406598876
27	NC_018633	CTT	2	6	1186	1191	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598876
28	NC_018633	AGG	2	6	1211	1216	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	406598876
29	NC_018633	ATAC	2	8	1227	1234	50 %	25 %	0 %	25 %	406598876
30	NC_018633	TCT	2	6	1317	1322	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598876
31	NC_018633	TATG	2	8	1369	1376	25 %	50 %	25 %	0 %	406598876
32	NC_018633	ATC	2	6	1424	1429	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598876
33	NC_018633	T	7	7	1493	1499	0 %	100 %	0 %	0 %	406598876
34	NC_018633	TAC	2	6	1519	1524	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598876
35	NC_018633	GTT	2	6	1542	1547	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598876
36	NC_018633	ACC	2	6	1556	1561	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	406598876
37	NC_018633	T	7	7	1676	1682	0 %	100 %	0 %	0 %	406598881
38	NC_018633	ATT	2	6	1691	1696	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598881
39	NC_018633	TAAG	2	8	1759	1766	50 %	25 %	25 %	0 %	406598881
40	NC_018633	A	6	6	1815	1820	100 %	0 %	0 %	0 %	406598881
41	NC_018633	T	6	6	1825	1830	0 %	100 %	0 %	0 %	406598881
42	NC_018633	TCAT	2	8	1923	1930	25 %	50 %	0 %	25 %	406598881
43	NC_018633	TC	3	6	1933	1938	0 %	50 %	0 %	50 %	406598881
44	NC_018633	T	6	6	1957	1962	0 %	100 %	0 %	0 %	406598881
45	NC_018633	A	8	8	1976	1983	100 %	0 %	0 %	0 %	406598881
46	NC_018633	AT	3	6	1996	2001	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_018633	TTAA	2	8	2002	2009	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_018633	TTA	2	6	2022	2027	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598880
49	NC_018633	TTTG	2	8	2032	2039	0 %	75 %	25 %	0 %	406598880
50	NC_018633	AT	3	6	2060	2065	50 %	50 %	0 %	0 %	406598880
51	NC_018633	ACCAC	2	10	2122	2131	40 %	0 %	0 %	60 %	406598880
52	NC_018633	ACC	2	6	2139	2144	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	406598880
53	NC_018633	AG	3	6	2152	2157	50 %	0 %	50 %	0 %	406598880
54	NC_018633	GTT	2	6	2181	2186	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598880
55	NC_018633	AACA	2	8	2204	2211	75 %	0 %	0 %	25 %	406598880
56	NC_018633	TGA	2	6	2223	2228	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598880
57	NC_018633	ATG	2	6	2311	2316	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598880
58	NC_018633	CAG	2	6	2318	2323	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406598880
59	NC_018633	TAAA	2	8	2414	2421	75 %	25 %	0 %	0 %	406598880
60	NC_018633	T	6	6	2435	2440	0 %	100 %	0 %	0 %	406598880
61	NC_018633	ATT	2	6	2494	2499	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598880
62	NC_018633	CTT	2	6	2510	2515	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598880
63	NC_018633	TGG	2	6	2621	2626	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406598880
64	NC_018633	GCT	2	6	2686	2691	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598880
65	NC_018633	GTT	2	6	2720	2725	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598880
66	NC_018633	TAATT	2	10	2847	2856	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_018633	T	8	8	2855	2862	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_018633	CAA	2	6	2869	2874	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_018633	TGT	2	6	2887	2892	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598878
70	NC_018633	TTG	2	6	2910	2915	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598878
71	NC_018633	TAAA	2	8	2941	2948	75 %	25 %	0 %	0 %	406598878
72	NC_018633	CTT	2	6	2952	2957	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598878
73	NC_018633	T	6	6	2956	2961	0 %	100 %	0 %	0 %	406598878
74	NC_018633	GTTT	2	8	2991	2998	0 %	75 %	25 %	0 %	406598878
75	NC_018633	T	7	7	3051	3057	0 %	100 %	0 %	0 %	406598878
76	NC_018633	AT	3	6	3074	3079	50 %	50 %	0 %	0 %	406598878
77	NC_018633	CTATTT	2	12	3117	3128	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	406598878
78	NC_018633	T	8	8	3162	3169	0 %	100 %	0 %	0 %	406598878
79	NC_018633	CTA	2	6	3294	3299	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598878
80	NC_018633	ATG	2	6	3317	3322	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598878
81	NC_018633	T	6	6	3334	3339	0 %	100 %	0 %	0 %	406598878
82	NC_018633	TTC	2	6	3361	3366	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598878
83	NC_018633	GA	3	6	3429	3434	50 %	0 %	50 %	0 %	406598878
84	NC_018633	CTT	2	6	3456	3461	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598878
85	NC_018633	CTT	2	6	3546	3551	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598878
86	NC_018633	T	7	7	3589	3595	0 %	100 %	0 %	0 %	406598878
87	NC_018633	ATAA	2	8	3681	3688	75 %	25 %	0 %	0 %	406598878
88	NC_018633	TTG	2	6	3714	3719	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598878
89	NC_018633	GCT	2	6	3740	3745	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598878
90	NC_018633	TCT	2	6	3833	3838	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598878
91	NC_018633	CTT	2	6	3920	3925	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598882
92	NC_018633	GTT	2	6	3967	3972	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598882
93	NC_018633	CTA	2	6	4001	4006	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598882
94	NC_018633	AAT	2	6	4040	4045	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598882
95	NC_018633	ACA	2	6	4115	4120	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598882
96	NC_018633	TCT	2	6	4141	4146	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598882
97	NC_018633	T	6	6	4254	4259	0 %	100 %	0 %	0 %	406598882
98	NC_018633	AAG	2	6	4466	4471	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598882
99	NC_018633	TC	3	6	4494	4499	0 %	50 %	0 %	50 %	406598882
100	NC_018633	ATTTG	2	10	4504	4513	20 %	60 %	20 %	0 %	406598882
101	NC_018633	GCA	2	6	4615	4620	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406598882
102	NC_018633	AAC	2	6	4623	4628	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598882
103	NC_018633	ATA	2	6	4643	4648	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598882
104	NC_018633	GAA	2	6	4669	4674	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598882
105	NC_018633	AATC	2	8	4700	4707	50 %	25 %	0 %	25 %	406598882
106	NC_018633	ATG	2	6	4983	4988	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598882
107	NC_018633	TCT	2	6	5064	5069	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598882
108	NC_018633	GATATT	2	12	5092	5103	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	406598882
109	NC_018633	AT	3	6	5120	5125	50 %	50 %	0 %	0 %	406598882
110	NC_018633	AT	3	6	5141	5146	50 %	50 %	0 %	0 %	406598882
111	NC_018633	GTG	2	6	5169	5174	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406598882
112	NC_018633	AAC	3	9	5190	5198	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598882
113	NC_018633	AAT	2	6	5213	5218	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598882
114	NC_018633	A	6	6	5238	5243	100 %	0 %	0 %	0 %	406598882
115	NC_018633	TCT	2	6	5266	5271	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598882
116	NC_018633	ATT	2	6	5342	5347	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_018633	TG	4	8	5387	5394	0 %	50 %	50 %	0 %	406598879
118	NC_018633	AAC	2	6	5455	5460	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598879
119	NC_018633	TTTC	2	8	5476	5483	0 %	75 %	0 %	25 %	406598879
120	NC_018633	TCT	2	6	5554	5559	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598879
121	NC_018633	AGAA	2	8	5607	5614	75 %	0 %	25 %	0 %	406598879
122	NC_018633	AGT	2	6	5706	5711	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598879
123	NC_018633	GT	3	6	5710	5715	0 %	50 %	50 %	0 %	406598879
124	NC_018633	AGC	2	6	5742	5747	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406598879
125	NC_018633	TA	3	6	5752	5757	50 %	50 %	0 %	0 %	406598879
126	NC_018633	CTAA	2	8	5761	5768	50 %	25 %	0 %	25 %	406598879
127	NC_018633	AAT	2	6	5793	5798	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598879
128	NC_018633	TCA	2	6	5817	5822	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598879
129	NC_018633	TAT	2	6	5894	5899	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598879
130	NC_018633	TTC	2	6	5954	5959	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598879
131	NC_018633	ACA	2	6	5995	6000	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598879
132	NC_018633	GT	3	6	6056	6061	0 %	50 %	50 %	0 %	406598879
133	NC_018633	ACA	2	6	6067	6072	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598879
134	NC_018633	ATT	2	6	6073	6078	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598879
135	NC_018633	GAAA	2	8	6124	6131	75 %	0 %	25 %	0 %	406598879
136	NC_018633	CA	3	6	6215	6220	50 %	0 %	0 %	50 %	406598879
137	NC_018633	A	7	7	6274	6280	100 %	0 %	0 %	0 %	406598879
138	NC_018633	CTA	2	6	6356	6361	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598879
139	NC_018633	A	7	7	6378	6384	100 %	0 %	0 %	0 %	406598879
140	NC_018633	AAT	2	6	6416	6421	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_018633	A	6	6	6430	6435	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_018633	ATC	2	6	6453	6458	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_018633	TA	3	6	6465	6470	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_018633	AGA	2	6	6555	6560	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598875
145	NC_018633	T	8	8	6602	6609	0 %	100 %	0 %	0 %	406598875
146	NC_018633	ATA	3	9	6690	6698	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598875
147	NC_018633	TGAT	2	8	6703	6710	25 %	50 %	25 %	0 %	406598875
148	NC_018633	TGT	2	6	6718	6723	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598875
149	NC_018633	CT	3	6	6750	6755	0 %	50 %	0 %	50 %	406598875
150	NC_018633	T	6	6	6835	6840	0 %	100 %	0 %	0 %	406598875
151	NC_018633	A	6	6	6978	6983	100 %	0 %	0 %	0 %	406598875
152	NC_018633	AAC	2	6	6985	6990	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598875
153	NC_018633	CT	3	6	6993	6998	0 %	50 %	0 %	50 %	406598875
154	NC_018633	TAA	2	6	7082	7087	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598875
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158	NC_018633	CTA	2	6	7277	7282	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598875
159	NC_018633	TTCT	2	8	7306	7313	0 %	75 %	0 %	25 %	406598875
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162	NC_018633	TGG	2	6	7384	7389	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406598875
163	NC_018633	T	7	7	7453	7459	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_018633	ACC	2	6	7473	7478	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.