MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Candidatus Rickettsia amblyommii str. GAT-30V plasmid pMCE_2

Total Repeats: 438

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017029	AC	3	6	42	47	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
2	NC_017029	TCT	2	6	72	77	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_017029	CT	4	8	93	100	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
4	NC_017029	CCAT	2	8	116	123	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
5	NC_017029	ATCT	2	8	297	304	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
6	NC_017029	AT	3	6	321	326	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017029	T	6	6	353	358	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017029	CTT	2	6	365	370	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_017029	TTTCT	2	10	388	397	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_017029	TGA	2	6	454	459	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017029	TA	3	6	526	531	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017029	ATTA	2	8	539	546	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017029	TATGA	2	10	582	591	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017029	TAA	2	6	596	601	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017029	TTA	2	6	640	645	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017029	ATTATC	2	12	665	676	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_017029	TA	3	6	864	869	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017029	GAA	2	6	875	880	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017029	ATTT	2	8	930	937	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017029	TTA	2	6	942	947	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017029	CTTT	2	8	949	956	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
22	NC_017029	AGAATA	2	12	1058	1069	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017029	TAAA	2	8	1070	1077	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017029	CAG	2	6	1149	1154	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_017029	AGA	2	6	1180	1185	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017029	TA	3	6	1200	1205	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017029	AG	3	6	1226	1231	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017029	AGT	2	6	1258	1263	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017029	TA	3	6	1271	1276	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017029	ACT	2	6	1413	1418	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_017029	CCT	2	6	1444	1449	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
32	NC_017029	TTG	2	6	1459	1464	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017029	GA	3	6	1603	1608	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017029	CAT	2	6	1629	1634	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381214375
35	NC_017029	ATC	2	6	1673	1678	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381214375
36	NC_017029	AAT	2	6	1735	1740	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381214375
37	NC_017029	TTA	2	6	1799	1804	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381214375
38	NC_017029	T	6	6	1816	1821	0 %	100 %	0 %	0 %	381214375
39	NC_017029	A	6	6	1830	1835	100 %	0 %	0 %	0 %	381214375
40	NC_017029	TTAACA	2	12	1840	1851	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	381214375
41	NC_017029	CA	3	6	1850	1855	50 %	0 %	0 %	50 %	381214375
42	NC_017029	GAA	2	6	1873	1878	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	381214375
43	NC_017029	T	7	7	1891	1897	0 %	100 %	0 %	0 %	381214375
44	NC_017029	AATAC	2	10	1936	1945	60 %	20 %	0 %	20 %	381214375
45	NC_017029	GTT	2	6	1959	1964	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381214375
46	NC_017029	TTA	2	6	1999	2004	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381214375
47	NC_017029	TTAT	2	8	2016	2023	25 %	75 %	0 %	0 %	381214375
48	NC_017029	ATA	2	6	2032	2037	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381214375
49	NC_017029	AT	3	6	2048	2053	50 %	50 %	0 %	0 %	381214375
50	NC_017029	AT	4	8	2093	2100	50 %	50 %	0 %	0 %	381214375
51	NC_017029	TTTA	2	8	2106	2113	25 %	75 %	0 %	0 %	381214375
52	NC_017029	TGTT	2	8	2154	2161	0 %	75 %	25 %	0 %	381214375
53	NC_017029	AGTT	2	8	2234	2241	25 %	50 %	25 %	0 %	381214375
54	NC_017029	TAAT	2	8	2249	2256	50 %	50 %	0 %	0 %	381214375
55	NC_017029	CA	3	6	2333	2338	50 %	0 %	0 %	50 %	381214375
56	NC_017029	A	6	6	2364	2369	100 %	0 %	0 %	0 %	381214375
57	NC_017029	TAG	2	6	2399	2404	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381214375
58	NC_017029	AATG	2	8	2413	2420	50 %	25 %	25 %	0 %	381214375
59	NC_017029	TAT	2	6	2449	2454	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381214375
60	NC_017029	TTA	2	6	2483	2488	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381214375
61	NC_017029	AAT	2	6	2503	2508	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381214375
62	NC_017029	TACA	2	8	2519	2526	50 %	25 %	0 %	25 %	381214375
63	NC_017029	TAA	2	6	2528	2533	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381214375
64	NC_017029	TAA	2	6	2646	2651	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381214375
65	NC_017029	TAAA	2	8	2675	2682	75 %	25 %	0 %	0 %	381214375
66	NC_017029	TAG	2	6	2709	2714	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381214375
67	NC_017029	CTA	2	6	2720	2725	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381214375
68	NC_017029	AATA	2	8	2745	2752	75 %	25 %	0 %	0 %	381214375
69	NC_017029	AT	3	6	2772	2777	50 %	50 %	0 %	0 %	381214375
70	NC_017029	TATC	3	12	2822	2833	25 %	50 %	0 %	25 %	381214375
71	NC_017029	CAA	2	6	2884	2889	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381214375
72	NC_017029	AT	3	6	2919	2924	50 %	50 %	0 %	0 %	381214375
73	NC_017029	AGTT	2	8	3030	3037	25 %	50 %	25 %	0 %	381214375
74	NC_017029	ATA	2	6	3038	3043	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381214375
75	NC_017029	A	7	7	3086	3092	100 %	0 %	0 %	0 %	381214375
76	NC_017029	ATC	2	6	3096	3101	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381214375
77	NC_017029	CT	3	6	3112	3117	0 %	50 %	0 %	50 %	381214375
78	NC_017029	GAAATC	2	12	3133	3144	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	381214375
79	NC_017029	TAA	2	6	3156	3161	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381214375
80	NC_017029	ATC	2	6	3179	3184	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381214375
81	NC_017029	TA	3	6	3202	3207	50 %	50 %	0 %	0 %	381214375
82	NC_017029	TAC	2	6	3225	3230	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381214375
83	NC_017029	AATTA	2	10	3260	3269	60 %	40 %	0 %	0 %	381214375
84	NC_017029	TAG	2	6	3330	3335	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381214375
85	NC_017029	AAATTA	2	12	3349	3360	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381214375
86	NC_017029	A	6	6	3382	3387	100 %	0 %	0 %	0 %	381214375
87	NC_017029	ATT	2	6	3393	3398	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381214375
88	NC_017029	ATTTGC	2	12	3413	3424	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	381214375
89	NC_017029	CAA	2	6	3487	3492	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381214375
90	NC_017029	A	8	8	3491	3498	100 %	0 %	0 %	0 %	381214375
91	NC_017029	ATTT	2	8	3522	3529	25 %	75 %	0 %	0 %	381214375
92	NC_017029	GAT	2	6	3532	3537	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381214375
93	NC_017029	TAGAA	2	10	3552	3561	60 %	20 %	20 %	0 %	381214375
94	NC_017029	TGA	2	6	3566	3571	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381214375
95	NC_017029	AAT	3	9	3613	3621	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381214375
96	NC_017029	AAT	3	9	3694	3702	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381214375
97	NC_017029	AAT	3	9	3775	3783	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381214375
98	NC_017029	ATCTTA	2	12	3842	3853	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	381214375
99	NC_017029	AAT	2	6	3904	3909	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381214375
100	NC_017029	TAA	2	6	4020	4025	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381214375
101	NC_017029	TAC	2	6	4035	4040	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381214375
102	NC_017029	GAT	2	6	4045	4050	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381214375
103	NC_017029	GCT	2	6	4066	4071	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	381214375
104	NC_017029	TAA	2	6	4194	4199	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381214375
105	NC_017029	TAC	2	6	4308	4313	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381214375
106	NC_017029	ATT	2	6	4376	4381	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381214375
107	NC_017029	ATG	2	6	4382	4387	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381214375
108	NC_017029	ATA	2	6	4469	4474	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381214375
109	NC_017029	GAA	2	6	4486	4491	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	381214375
110	NC_017029	TGA	2	6	4527	4532	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381214375
111	NC_017029	TGG	2	6	4587	4592	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	381214375
112	NC_017029	AATA	2	8	4656	4663	75 %	25 %	0 %	0 %	381214375
113	NC_017029	TAA	2	6	4700	4705	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381214375
114	NC_017029	TCCA	2	8	4765	4772	25 %	25 %	0 %	50 %	381214376
115	NC_017029	ACA	2	6	4851	4856	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381214376
116	NC_017029	TCT	2	6	4870	4875	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381214376
117	NC_017029	ATG	2	6	4898	4903	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381214376
118	NC_017029	TTC	2	6	4982	4987	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381214376
119	NC_017029	ATC	2	6	5075	5080	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381214376
120	NC_017029	AT	3	6	5137	5142	50 %	50 %	0 %	0 %	381214376
121	NC_017029	CTCTT	2	10	5161	5170	0 %	60 %	0 %	40 %	381214376
122	NC_017029	CTG	2	6	5220	5225	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	381214376
123	NC_017029	GTT	2	6	5253	5258	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381214376
124	NC_017029	T	6	6	5311	5316	0 %	100 %	0 %	0 %	381214376
125	NC_017029	CT	3	6	5327	5332	0 %	50 %	0 %	50 %	381214376
126	NC_017029	A	6	6	5379	5384	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017029	ATCA	2	8	5402	5409	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_017029	TTA	2	6	5422	5427	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017029	ATGT	2	8	5478	5485	25 %	50 %	25 %	0 %	381214377
130	NC_017029	T	6	6	5499	5504	0 %	100 %	0 %	0 %	381214377
131	NC_017029	ATA	2	6	5637	5642	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381214377
132	NC_017029	GCAGTA	2	12	5682	5693	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	381214377
133	NC_017029	A	6	6	5741	5746	100 %	0 %	0 %	0 %	381214377
134	NC_017029	GGTA	2	8	5773	5780	25 %	25 %	50 %	0 %	381214377
135	NC_017029	TGA	2	6	5785	5790	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381214377
136	NC_017029	TAT	2	6	5975	5980	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017029	AT	3	6	6018	6023	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017029	GT	3	6	6029	6034	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017029	TTAT	2	8	6096	6103	25 %	75 %	0 %	0 %	381214378
140	NC_017029	A	6	6	6139	6144	100 %	0 %	0 %	0 %	381214378
141	NC_017029	ACA	2	6	6161	6166	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381214378
142	NC_017029	CTA	2	6	6202	6207	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381214378
143	NC_017029	ATC	2	6	6246	6251	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381214378
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148	NC_017029	TA	3	6	6429	6434	50 %	50 %	0 %	0 %	381214378
149	NC_017029	A	7	7	6439	6445	100 %	0 %	0 %	0 %	381214378
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155	NC_017029	TAC	2	6	6620	6625	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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160	NC_017029	TA	3	6	6751	6756	50 %	50 %	0 %	0 %	381214379
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411	NC_017029	TAC	2	6	16674	16679	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
412	NC_017029	AG	3	6	16705	16710	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
413	NC_017029	T	7	7	16732	16738	0 %	100 %	0 %	0 %	381214392
414	NC_017029	ATT	2	6	16788	16793	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381214392
415	NC_017029	CAT	2	6	16820	16825	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381214392
416	NC_017029	T	7	7	16929	16935	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
417	NC_017029	GCA	2	6	16938	16943	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
418	NC_017029	CAT	2	6	16969	16974	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
419	NC_017029	ACT	2	6	16988	16993	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
420	NC_017029	TAG	2	6	17038	17043	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
421	NC_017029	TTTAT	2	10	17061	17070	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
422	NC_017029	TGC	2	6	17072	17077	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
423	NC_017029	ATG	2	6	17088	17093	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381214393
424	NC_017029	TG	3	6	17415	17420	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
425	NC_017029	CAA	2	6	17430	17435	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
426	NC_017029	TAA	2	6	17447	17452	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
427	NC_017029	CGT	2	6	17679	17684	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
428	NC_017029	AAG	2	6	17692	17697	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
429	NC_017029	AT	4	8	17745	17752	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
430	NC_017029	TATT	2	8	17796	17803	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
431	NC_017029	TA	3	6	17835	17840	50 %	50 %	0 %	0 %	381214394
432	NC_017029	A	6	6	17844	17849	100 %	0 %	0 %	0 %	381214394
433	NC_017029	CAT	2	6	17969	17974	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381214395
434	NC_017029	GTT	2	6	17983	17988	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381214395
435	NC_017029	TG	3	6	18051	18056	0 %	50 %	50 %	0 %	381214395
436	NC_017029	AAG	2	6	18107	18112	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	381214395
437	NC_017029	CAT	2	6	18120	18125	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381214395
438	NC_017029	GAT	2	6	18128	18133	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381214395

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.