MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis L2c chromosome

Total Repeats: 22920

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015744	TCTT	2	8	109	116	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_015744	GAA	2	6	138	143	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015744	AG	3	6	146	151	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015744	AG	3	6	200	205	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015744	TAA	2	6	257	262	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015744	A	6	6	261	266	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015744	ACA	2	6	298	303	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_015744	TTGT	2	8	304	311	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015744	A	7	7	329	335	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015744	TCA	2	6	355	360	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_015744	ATA	2	6	412	417	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_015744	ATG	2	6	430	435	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015744	CATG	2	8	467	474	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
14	NC_015744	TTG	2	6	493	498	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_015744	ATG	2	6	510	515	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015744	TC	3	6	578	583	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
17	NC_015744	TTC	2	6	635	640	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_015744	AAG	2	6	694	699	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015744	GAA	3	9	723	731	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015744	TGA	2	6	745	750	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015744	GA	3	6	791	796	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
22	NC_015744	GGT	2	6	812	817	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_015744	GCT	2	6	855	860	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_015744	GGT	2	6	871	876	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015744	AAAG	2	8	882	889	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_015744	TAA	2	6	892	897	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_015744	TTA	2	6	906	911	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015744	AG	3	6	919	924	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015744	GCTA	2	8	974	981	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
30	NC_015744	GA	3	6	999	1004	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015744	GAA	2	6	1015	1020	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_015744	GCA	2	6	1027	1032	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_015744	GAG	2	6	1046	1051	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	339625374
34	NC_015744	GCGTA	2	10	1070	1079	20 %	20 %	40 %	20 %	339625374
35	NC_015744	TCT	2	6	1148	1153	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	339625374
36	NC_015744	CTT	2	6	1185	1190	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	339625374
37	NC_015744	TAA	3	9	1215	1223	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	339625374
38	NC_015744	AAT	2	6	1273	1278	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	339625374
39	NC_015744	CATG	2	8	1293	1300	25 %	25 %	25 %	25 %	339625374
40	NC_015744	TATCCA	2	12	1305	1316	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	339625374
41	NC_015744	A	6	6	1337	1342	100 %	0 %	0 %	0 %	339625374
42	NC_015744	AGAT	2	8	1345	1352	50 %	25 %	25 %	0 %	339625374
43	NC_015744	AGGA	2	8	1423	1430	50 %	0 %	50 %	0 %	339625374
44	NC_015744	TATGG	2	10	1435	1444	20 %	40 %	40 %	0 %	339625374
45	NC_015744	TC	3	6	1445	1450	0 %	50 %	0 %	50 %	339625374
46	NC_015744	TCT	2	6	1469	1474	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	339625374
47	NC_015744	T	6	6	1474	1479	0 %	100 %	0 %	0 %	339625374
48	NC_015744	GAA	2	6	1548	1553	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625374
49	NC_015744	AGG	2	6	1603	1608	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	339625374
50	NC_015744	TGT	2	6	1637	1642	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	339625374
51	NC_015744	ACA	2	6	1709	1714	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	339625374
52	NC_015744	TTTCG	2	10	1719	1728	0 %	60 %	20 %	20 %	339625374
53	NC_015744	TGA	2	6	1742	1747	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	339625374
54	NC_015744	TG	3	6	1789	1794	0 %	50 %	50 %	0 %	339625374
55	NC_015744	GTCT	2	8	1836	1843	0 %	50 %	25 %	25 %	339625374
56	NC_015744	CAA	2	6	1899	1904	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	339625374
57	NC_015744	TAA	2	6	1910	1915	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	339625374
58	NC_015744	TCT	2	6	1919	1924	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	339625374
59	NC_015744	GAA	2	6	1928	1933	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625374
60	NC_015744	A	6	6	1932	1937	100 %	0 %	0 %	0 %	339625374
61	NC_015744	TAA	2	6	1989	1994	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	339625374
62	NC_015744	GAG	2	6	2004	2009	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	339625374
63	NC_015744	TTTG	2	8	2043	2050	0 %	75 %	25 %	0 %	339625374
64	NC_015744	CCTT	2	8	2066	2073	0 %	50 %	0 %	50 %	339625374
65	NC_015744	CTT	3	9	2149	2157	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	339625374
66	NC_015744	TAA	2	6	2229	2234	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	339625374
67	NC_015744	A	6	6	2244	2249	100 %	0 %	0 %	0 %	339625374
68	NC_015744	CAG	2	6	2274	2279	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	339625374
69	NC_015744	AAGG	2	8	2313	2320	50 %	0 %	50 %	0 %	339625374
70	NC_015744	AAC	2	6	2425	2430	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	339625374
71	NC_015744	T	8	8	2477	2484	0 %	100 %	0 %	0 %	339625375
72	NC_015744	T	7	7	2490	2496	0 %	100 %	0 %	0 %	339625375
73	NC_015744	GAG	2	6	2501	2506	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	339625375
74	NC_015744	T	6	6	2516	2521	0 %	100 %	0 %	0 %	339625375
75	NC_015744	CTT	2	6	2565	2570	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	339625375
76	NC_015744	T	6	6	2590	2595	0 %	100 %	0 %	0 %	339625375
77	NC_015744	ATT	2	6	2662	2667	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	339625375
78	NC_015744	T	6	6	2745	2750	0 %	100 %	0 %	0 %	339625375
79	NC_015744	T	6	6	2757	2762	0 %	100 %	0 %	0 %	339625375
80	NC_015744	GTC	2	6	2791	2796	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	339625375
81	NC_015744	AGG	2	6	2814	2819	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	339625375
82	NC_015744	AG	3	6	2842	2847	50 %	0 %	50 %	0 %	339625375
83	NC_015744	T	6	6	2871	2876	0 %	100 %	0 %	0 %	339625375
84	NC_015744	ATT	2	6	2884	2889	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	339625375
85	NC_015744	TAA	3	9	2919	2927	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015744	T	6	6	2939	2944	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_015744	T	6	6	2962	2967	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_015744	ATC	2	6	3046	3051	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	339625376
89	NC_015744	T	7	7	3059	3065	0 %	100 %	0 %	0 %	339625376
90	NC_015744	ATG	2	6	3091	3096	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	339625376
91	NC_015744	A	6	6	3130	3135	100 %	0 %	0 %	0 %	339625376
92	NC_015744	AAC	2	6	3199	3204	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	339625376
93	NC_015744	GAGAA	2	10	3214	3223	60 %	0 %	40 %	0 %	339625376
94	NC_015744	CT	4	8	3234	3241	0 %	50 %	0 %	50 %	339625376
95	NC_015744	ACA	2	6	3258	3263	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	339625376
96	NC_015744	A	7	7	3302	3308	100 %	0 %	0 %	0 %	339625376
97	NC_015744	TGCTT	2	10	3395	3404	0 %	60 %	20 %	20 %	339625376
98	NC_015744	TCA	2	6	3434	3439	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	339625376
99	NC_015744	GGT	2	6	3441	3446	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	339625376
100	NC_015744	TTG	2	6	3496	3501	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	339625376
101	NC_015744	AAG	2	6	3590	3595	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625376
102	NC_015744	AGC	2	6	3644	3649	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	339625376
103	NC_015744	TGG	2	6	3709	3714	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	339625376
104	NC_015744	GAA	2	6	3729	3734	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625376
105	NC_015744	TGG	2	6	3747	3752	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	339625376
106	NC_015744	A	6	6	3774	3779	100 %	0 %	0 %	0 %	339625376
107	NC_015744	TCT	2	6	3804	3809	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	339625376
108	NC_015744	ATG	2	6	3883	3888	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	339625376
109	NC_015744	AAG	2	6	3894	3899	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625376
110	NC_015744	CTT	2	6	3904	3909	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	339625376
111	NC_015744	TCA	2	6	3970	3975	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	339625376
112	NC_015744	TTG	2	6	4014	4019	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	339625376
113	NC_015744	TGT	2	6	4033	4038	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	339625376
114	NC_015744	CT	3	6	4095	4100	0 %	50 %	0 %	50 %	339625376
115	NC_015744	TC	3	6	4139	4144	0 %	50 %	0 %	50 %	339625376
116	NC_015744	AGA	2	6	4150	4155	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625376
117	NC_015744	CAA	2	6	4222	4227	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	339625376
118	NC_015744	AAG	2	6	4276	4281	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625376
119	NC_015744	A	7	7	4298	4304	100 %	0 %	0 %	0 %	339625376
120	NC_015744	AGC	2	6	4321	4326	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	339625376
121	NC_015744	TTTG	2	8	4347	4354	0 %	75 %	25 %	0 %	339625376
122	NC_015744	AAG	2	6	4407	4412	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625376
123	NC_015744	TGCT	2	8	4429	4436	0 %	50 %	25 %	25 %	339625376
124	NC_015744	A	6	6	4491	4496	100 %	0 %	0 %	0 %	339625376
125	NC_015744	GTTT	2	8	4577	4584	0 %	75 %	25 %	0 %	339625376
126	NC_015744	TAT	2	6	4585	4590	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	339625376
127	NC_015744	AAG	2	6	4634	4639	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625376
128	NC_015744	CAGC	2	8	4656	4663	25 %	0 %	25 %	50 %	339625376
129	NC_015744	AG	3	6	4669	4674	50 %	0 %	50 %	0 %	339625376
130	NC_015744	AGA	2	6	4682	4687	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625376
131	NC_015744	GAA	2	6	4689	4694	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625376
132	NC_015744	ACT	2	6	4707	4712	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	339625376
133	NC_015744	AAAC	2	8	4736	4743	75 %	0 %	0 %	25 %	339625376
134	NC_015744	AGA	2	6	4790	4795	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625376
135	NC_015744	AG	3	6	4847	4852	50 %	0 %	50 %	0 %	339625376
136	NC_015744	GAA	2	6	4869	4874	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625376
137	NC_015744	AATC	2	8	4895	4902	50 %	25 %	0 %	25 %	339625376
138	NC_015744	GTT	2	6	4962	4967	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	339625376
139	NC_015744	ACTGT	2	10	5097	5106	20 %	40 %	20 %	20 %	339625376
140	NC_015744	AAG	2	6	5115	5120	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625376
141	NC_015744	TCT	2	6	5139	5144	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	339625376
142	NC_015744	CAA	2	6	5195	5200	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_015744	TTG	2	6	5206	5211	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
144	NC_015744	GAA	2	6	5242	5247	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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147	NC_015744	AGC	2	6	5314	5319	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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497	NC_015744	A	6	6	20907	20912	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
498	NC_015744	A	6	6	20956	20961	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
499	NC_015744	TAAT	3	12	20971	20982	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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