MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Caldicellulosiruptor hydrothermalis 108 chromosome

Total Repeats: 63641

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014652	GTT	2	6	39	44	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_014652	A	6	6	67	72	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_014652	ATG	2	6	121	126	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126263
4	NC_014652	AGG	2	6	151	156	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	312126263
5	NC_014652	A	6	6	162	167	100 %	0 %	0 %	0 %	312126263
6	NC_014652	AT	3	6	190	195	50 %	50 %	0 %	0 %	312126263
7	NC_014652	TGA	2	6	236	241	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126263
8	NC_014652	CT	3	6	305	310	0 %	50 %	0 %	50 %	312126263
9	NC_014652	TTC	2	6	367	372	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312126263
10	NC_014652	AGA	2	6	374	379	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126263
11	NC_014652	CAAG	2	8	410	417	50 %	0 %	25 %	25 %	312126263
12	NC_014652	TGT	2	6	473	478	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312126263
13	NC_014652	AAC	3	9	483	491	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312126263
14	NC_014652	ACC	2	6	530	535	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	312126263
15	NC_014652	GA	4	8	538	545	50 %	0 %	50 %	0 %	312126263
16	NC_014652	TTTA	2	8	561	568	25 %	75 %	0 %	0 %	312126263
17	NC_014652	CAT	2	6	615	620	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312126263
18	NC_014652	ATGT	2	8	651	658	25 %	50 %	25 %	0 %	312126263
19	NC_014652	AGAC	2	8	709	716	50 %	0 %	25 %	25 %	312126263
20	NC_014652	GAC	2	6	759	764	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312126263
21	NC_014652	GGAAA	2	10	780	789	60 %	0 %	40 %	0 %	312126263
22	NC_014652	AAG	2	6	796	801	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126263
23	NC_014652	CA	3	6	810	815	50 %	0 %	0 %	50 %	312126263
24	NC_014652	AAG	2	6	840	845	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126263
25	NC_014652	ATA	2	6	846	851	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312126263
26	NC_014652	TCA	2	6	855	860	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312126263
27	NC_014652	CCA	2	6	867	872	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	312126263
28	NC_014652	AGA	2	6	890	895	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126263
29	NC_014652	GCTCC	2	10	899	908	0 %	20 %	20 %	60 %	312126263
30	NC_014652	GCC	2	6	941	946	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	312126263
31	NC_014652	A	6	6	978	983	100 %	0 %	0 %	0 %	312126263
32	NC_014652	AG	3	6	1056	1061	50 %	0 %	50 %	0 %	312126263
33	NC_014652	CAA	2	6	1076	1081	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312126263
34	NC_014652	ACACAA	2	12	1165	1176	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312126263
35	NC_014652	A	7	7	1175	1181	100 %	0 %	0 %	0 %	312126263
36	NC_014652	AAG	2	6	1256	1261	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126263
37	NC_014652	AGGCG	2	10	1340	1349	20 %	0 %	60 %	20 %	312126263
38	NC_014652	ACA	2	6	1368	1373	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312126263
39	NC_014652	A	6	6	1390	1395	100 %	0 %	0 %	0 %	312126263
40	NC_014652	A	7	7	1449	1455	100 %	0 %	0 %	0 %	312126263
41	NC_014652	AAT	2	6	1471	1476	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312126263
42	NC_014652	TG	3	6	1493	1498	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
43	NC_014652	AATTTT	2	12	1499	1510	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_014652	AT	3	6	1554	1559	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_014652	TTA	2	6	1598	1603	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_014652	TAT	2	6	1617	1622	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_014652	TAC	2	6	1629	1634	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_014652	TGAT	2	8	1644	1651	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
49	NC_014652	A	7	7	1674	1680	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_014652	TGT	2	6	1701	1706	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312126264
51	NC_014652	AAG	2	6	1712	1717	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126264
52	NC_014652	ATA	2	6	1727	1732	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312126264
53	NC_014652	CTG	2	6	1748	1753	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	312126264
54	NC_014652	CAA	2	6	1760	1765	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312126264
55	NC_014652	GT	3	6	1785	1790	0 %	50 %	50 %	0 %	312126264
56	NC_014652	A	6	6	1924	1929	100 %	0 %	0 %	0 %	312126264
57	NC_014652	AAG	2	6	1980	1985	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126264
58	NC_014652	AGA	2	6	1988	1993	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126264
59	NC_014652	TTG	2	6	2072	2077	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312126264
60	NC_014652	TTG	2	6	2087	2092	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312126264
61	NC_014652	AGA	3	9	2169	2177	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126264
62	NC_014652	TTG	2	6	2192	2197	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312126264
63	NC_014652	T	6	6	2341	2346	0 %	100 %	0 %	0 %	312126264
64	NC_014652	CAA	2	6	2375	2380	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312126264
65	NC_014652	ATTTCA	2	12	2455	2466	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	312126264
66	NC_014652	A	6	6	2519	2524	100 %	0 %	0 %	0 %	312126264
67	NC_014652	GAT	2	6	2559	2564	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126264
68	NC_014652	TGGA	2	8	2687	2694	25 %	25 %	50 %	0 %	312126264
69	NC_014652	GA	3	6	2693	2698	50 %	0 %	50 %	0 %	312126264
70	NC_014652	GAC	2	6	2749	2754	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312126264
71	NC_014652	TTC	2	6	2774	2779	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312126264
72	NC_014652	T	6	6	2804	2809	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_014652	A	6	6	2833	2838	100 %	0 %	0 %	0 %	312126265
74	NC_014652	ACAA	2	8	2865	2872	75 %	0 %	0 %	25 %	312126265
75	NC_014652	T	6	6	2876	2881	0 %	100 %	0 %	0 %	312126265
76	NC_014652	TAA	2	6	2914	2919	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312126265
77	NC_014652	CTTCT	2	10	2934	2943	0 %	60 %	0 %	40 %	312126265
78	NC_014652	AAT	2	6	3103	3108	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312126265
79	NC_014652	AAG	2	6	3119	3124	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126265
80	NC_014652	T	8	8	3165	3172	0 %	100 %	0 %	0 %	312126265
81	NC_014652	ACA	2	6	3182	3187	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312126265
82	NC_014652	ATA	2	6	3338	3343	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312126265
83	NC_014652	AGG	2	6	3399	3404	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	312126265
84	NC_014652	TAGA	2	8	3408	3415	50 %	25 %	25 %	0 %	312126265
85	NC_014652	AGA	2	6	3432	3437	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126265
86	NC_014652	CTTG	2	8	3466	3473	0 %	50 %	25 %	25 %	312126265
87	NC_014652	ACA	2	6	3569	3574	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312126265
88	NC_014652	GATT	2	8	3625	3632	25 %	50 %	25 %	0 %	312126265
89	NC_014652	CTT	2	6	3689	3694	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312126265
90	NC_014652	AGA	2	6	3752	3757	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126265
91	NC_014652	AGA	2	6	3805	3810	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126265
92	NC_014652	TA	3	6	3880	3885	50 %	50 %	0 %	0 %	312126265
93	NC_014652	A	6	6	3885	3890	100 %	0 %	0 %	0 %	312126265
94	NC_014652	CTT	2	6	3958	3963	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312126266
95	NC_014652	TTG	2	6	4043	4048	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312126266
96	NC_014652	ATG	2	6	4055	4060	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126266
97	NC_014652	A	6	6	4065	4070	100 %	0 %	0 %	0 %	312126266
98	NC_014652	TAA	2	6	4076	4081	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312126266
99	NC_014652	GAA	2	6	4097	4102	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126266
100	NC_014652	AAT	2	6	4110	4115	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312126266
101	NC_014652	GATT	2	8	4192	4199	25 %	50 %	25 %	0 %	312126266
102	NC_014652	A	6	6	4202	4207	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_014652	GGATA	2	10	4236	4245	40 %	20 %	40 %	0 %	312126267
104	NC_014652	TA	3	6	4327	4332	50 %	50 %	0 %	0 %	312126267
105	NC_014652	CAC	2	6	4357	4362	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	312126267
106	NC_014652	GTG	2	6	4429	4434	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	312126267
107	NC_014652	A	6	6	4508	4513	100 %	0 %	0 %	0 %	312126267
108	NC_014652	TTC	2	6	4538	4543	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312126267
109	NC_014652	GA	3	6	4564	4569	50 %	0 %	50 %	0 %	312126267
110	NC_014652	TGG	2	6	4584	4589	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	312126267
111	NC_014652	TGT	2	6	4611	4616	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312126267
112	NC_014652	AACC	2	8	4694	4701	50 %	0 %	0 %	50 %	312126267
113	NC_014652	TAC	2	6	4722	4727	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312126267
114	NC_014652	GACAG	2	10	4729	4738	40 %	0 %	40 %	20 %	312126267
115	NC_014652	CGA	2	6	4761	4766	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312126267
116	NC_014652	TGA	2	6	4863	4868	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126267
117	NC_014652	TGG	2	6	4908	4913	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	312126267
118	NC_014652	TGCAG	2	10	5013	5022	20 %	20 %	40 %	20 %	312126267
119	NC_014652	ACA	2	6	5063	5068	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312126267
120	NC_014652	CTG	2	6	5111	5116	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	312126267
121	NC_014652	A	7	7	5142	5148	100 %	0 %	0 %	0 %	312126267
122	NC_014652	CTT	2	6	5176	5181	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312126267
123	NC_014652	TGTC	2	8	5216	5223	0 %	50 %	25 %	25 %	312126267
124	NC_014652	GC	3	6	5281	5286	0 %	0 %	50 %	50 %	312126267
125	NC_014652	AGC	2	6	5319	5324	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312126267
126	NC_014652	T	6	6	5325	5330	0 %	100 %	0 %	0 %	312126267
127	NC_014652	AGA	2	6	5331	5336	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126267
128	NC_014652	A	6	6	5352	5357	100 %	0 %	0 %	0 %	312126267
129	NC_014652	GGC	2	6	5379	5384	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	312126267
130	NC_014652	GC	3	6	5389	5394	0 %	0 %	50 %	50 %	312126267
131	NC_014652	A	6	6	5403	5408	100 %	0 %	0 %	0 %	312126267
132	NC_014652	AG	3	6	5413	5418	50 %	0 %	50 %	0 %	312126267
133	NC_014652	CTT	2	6	5650	5655	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312126267
134	NC_014652	TTGGAA	2	12	5678	5689	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126267
135	NC_014652	A	7	7	5703	5709	100 %	0 %	0 %	0 %	312126267
136	NC_014652	CTT	3	9	5773	5781	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312126267
137	NC_014652	CTTT	2	8	5783	5790	0 %	75 %	0 %	25 %	312126267
138	NC_014652	AAG	2	6	6006	6011	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126267
139	NC_014652	CTT	2	6	6016	6021	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312126267
140	NC_014652	AAG	2	6	6093	6098	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126267
141	NC_014652	AG	3	6	6097	6102	50 %	0 %	50 %	0 %	312126267
142	NC_014652	AGA	2	6	6110	6115	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126267
143	NC_014652	AT	3	6	6140	6145	50 %	50 %	0 %	0 %	312126267
144	NC_014652	A	6	6	6146	6151	100 %	0 %	0 %	0 %	312126267
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148	NC_014652	A	7	7	6249	6255	100 %	0 %	0 %	0 %	312126268
149	NC_014652	A	8	8	6264	6271	100 %	0 %	0 %	0 %	312126268
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155	NC_014652	GAG	2	6	6473	6478	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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157	NC_014652	A	6	6	6498	6503	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_014652	AAT	2	6	6523	6528	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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163	NC_014652	TATTGA	2	12	6669	6680	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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168	NC_014652	AT	3	6	6823	6828	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
169	NC_014652	TAA	2	6	6848	6853	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
170	NC_014652	AAG	2	6	6863	6868	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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172	NC_014652	CTA	2	6	6896	6901	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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255	NC_014652	A	6	6	11047	11052	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
256	NC_014652	T	6	6	11065	11070	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
257	NC_014652	AAT	2	6	11078	11083	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
258	NC_014652	TTA	2	6	11090	11095	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
259	NC_014652	ATC	2	6	11104	11109	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
260	NC_014652	T	7	7	11143	11149	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
261	NC_014652	A	6	6	11156	11161	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
262	NC_014652	CAA	2	6	11174	11179	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
263	NC_014652	T	6	6	11183	11188	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
264	NC_014652	ATA	2	6	11200	11205	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
265	NC_014652	TGG	2	6	11322	11327	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	312126271
266	NC_014652	TATT	2	8	11331	11338	25 %	75 %	0 %	0 %	312126271
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269	NC_014652	T	6	6	11482	11487	0 %	100 %	0 %	0 %	312126271
270	NC_014652	TA	5	10	11615	11624	50 %	50 %	0 %	0 %	312126271
271	NC_014652	AATTGT	2	12	11659	11670	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	312126271
272	NC_014652	T	6	6	11700	11705	0 %	100 %	0 %	0 %	312126271
273	NC_014652	ATTAA	2	10	11711	11720	60 %	40 %	0 %	0 %	312126271
274	NC_014652	AGA	2	6	11737	11742	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126271
275	NC_014652	A	6	6	11801	11806	100 %	0 %	0 %	0 %	312126271
276	NC_014652	TAT	2	6	11809	11814	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312126271
277	NC_014652	GTATT	2	10	11890	11899	20 %	60 %	20 %	0 %	312126271
278	NC_014652	CAAAT	2	10	11917	11926	60 %	20 %	0 %	20 %	312126271
279	NC_014652	AAG	2	6	11938	11943	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126271
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281	NC_014652	AAAAT	2	10	12125	12134	80 %	20 %	0 %	0 %	312126271
282	NC_014652	AT	3	6	12133	12138	50 %	50 %	0 %	0 %	312126271
283	NC_014652	TTG	2	6	12168	12173	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312126271
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287	NC_014652	A	6	6	12283	12288	100 %	0 %	0 %	0 %	312126271
288	NC_014652	AGA	2	6	12310	12315	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126271
289	NC_014652	AAGA	2	8	12343	12350	75 %	0 %	25 %	0 %	312126271
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293	NC_014652	ATT	2	6	12513	12518	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312126271
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296	NC_014652	GA	4	8	12585	12592	50 %	0 %	50 %	0 %	312126271
297	NC_014652	AT	3	6	12593	12598	50 %	50 %	0 %	0 %	312126271
298	NC_014652	T	6	6	12656	12661	0 %	100 %	0 %	0 %	312126271
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310	NC_014652	A	6	6	13220	13225	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
311	NC_014652	AAAT	2	8	13244	13251	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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313	NC_014652	GTT	2	6	13293	13298	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
314	NC_014652	A	6	6	13303	13308	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
315	NC_014652	CAA	2	6	13315	13320	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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321	NC_014652	CAA	2	6	13636	13641	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312126272
322	NC_014652	CTT	2	6	13747	13752	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312126272
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335	NC_014652	CAA	2	6	14395	14400	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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401	NC_014652	TTTG	2	8	16960	16967	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
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403	NC_014652	T	6	6	17014	17019	0 %	100 %	0 %	0 %	312126277
404	NC_014652	CAT	2	6	17064	17069	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312126277
405	NC_014652	AT	3	6	17088	17093	50 %	50 %	0 %	0 %	312126277
406	NC_014652	T	7	7	17107	17113	0 %	100 %	0 %	0 %	312126277
407	NC_014652	TCA	2	6	17135	17140	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312126277
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409	NC_014652	TTC	2	6	17173	17178	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312126277
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412	NC_014652	TAC	2	6	17250	17255	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312126277
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