MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Clostridium difficile R20291 chromosome

Total Repeats: 117159

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013316	TAA	2	6	38	43	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_013316	T	6	6	76	81	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_013316	TAA	2	6	144	149	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_013316	A	7	7	210	216	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_013316	TGC	2	6	366	371	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_013316	GTTGCA	2	12	376	387	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_013316	T	7	7	416	422	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_013316	GGA	2	6	427	432	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_013316	ATGC	2	8	457	464	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
10	NC_013316	TCA	2	6	471	476	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_013316	A	8	8	488	495	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_013316	AGT	2	6	504	509	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_013316	TTC	2	6	516	521	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_013316	GAA	2	6	571	576	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_013316	AATA	2	8	583	590	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_013316	CGA	2	6	615	620	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_013316	AGAA	2	8	642	649	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_013316	AAG	2	6	653	658	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_013316	CAAA	3	12	692	703	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
20	NC_013316	AGA	2	6	747	752	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_013316	A	6	6	834	839	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_013316	AT	3	6	882	887	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_013316	A	6	6	891	896	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_013316	TTC	2	6	951	956	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_013316	AAC	2	6	1014	1019	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_013316	GAA	2	6	1030	1035	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_013316	TCT	2	6	1066	1071	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_013316	A	7	7	1105	1111	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_013316	CG	3	6	1157	1162	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
30	NC_013316	ACA	2	6	1219	1224	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_013316	AGA	2	6	1260	1265	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_013316	GAA	2	6	1270	1275	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_013316	T	7	7	1368	1374	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_013316	ATT	2	6	1383	1388	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_013316	TTA	2	6	1473	1478	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_013316	CAA	2	6	1486	1491	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_013316	CTA	3	9	1495	1503	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_013316	TAC	2	6	1505	1510	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_013316	TA	4	8	1530	1537	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_013316	AGG	2	6	1547	1552	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_013316	AAT	2	6	1567	1572	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_013316	A	6	6	1581	1586	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_013316	GAATTG	2	12	1599	1610	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_013316	ACA	2	6	1634	1639	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_013316	ATT	2	6	1645	1650	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_013316	AGA	2	6	1672	1677	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_013316	ATG	2	6	1701	1706	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_013316	TGT	3	9	1759	1767	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_013316	TTG	2	6	1815	1820	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_013316	ATA	2	6	1842	1847	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_013316	GCA	2	6	1892	1897	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_013316	GAA	2	6	1928	1933	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
53	NC_013316	TA	3	6	1938	1943	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_013316	A	6	6	1963	1968	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_013316	AAAC	2	8	1976	1983	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
56	NC_013316	CAAA	2	8	2006	2013	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
57	NC_013316	TAGA	2	8	2046	2053	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_013316	TAG	2	6	2064	2069	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_013316	GTT	2	6	2100	2105	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_013316	A	7	7	2214	2220	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_013316	TAAT	2	8	2232	2239	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_013316	ATT	2	6	2249	2254	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_013316	A	6	6	2288	2293	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_013316	CAG	2	6	2314	2319	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_013316	TTAAA	2	10	2322	2331	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_013316	AG	4	8	2356	2363	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
67	NC_013316	A	7	7	2385	2391	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_013316	GAA	2	6	2465	2470	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_013316	TAC	2	6	2575	2580	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_013316	GAT	2	6	2612	2617	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_013316	TACT	2	8	2630	2637	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
72	NC_013316	ATC	2	6	2653	2658	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_013316	AT	3	6	2661	2666	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_013316	AGG	2	6	2792	2797	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_013316	TAT	2	6	2801	2806	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_013316	AT	3	6	2831	2836	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_013316	AGG	2	6	2879	2884	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_013316	AAG	2	6	2905	2910	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_013316	ATG	2	6	2926	2931	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_013316	AAG	2	6	2942	2947	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_013316	A	6	6	2951	2956	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_013316	TAAAA	2	10	2993	3002	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_013316	A	7	7	3010	3016	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_013316	TTG	2	6	3111	3116	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_013316	TAG	2	6	3144	3149	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_013316	CTTT	2	8	3164	3171	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
87	NC_013316	GGA	2	6	3239	3244	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_013316	ATA	2	6	3258	3263	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_013316	ATT	2	6	3284	3289	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_013316	AATA	2	8	3313	3320	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_013316	ACT	2	6	3346	3351	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_013316	TGT	2	6	3364	3369	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_013316	GGTT	2	8	3393	3400	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
94	NC_013316	AAAG	2	8	3413	3420	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
95	NC_013316	TAA	2	6	3487	3492	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_013316	TGA	2	6	3535	3540	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_013316	TTA	2	6	3545	3550	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_013316	ATG	2	6	3558	3563	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_013316	TTATAT	2	12	3586	3597	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_013316	A	6	6	3616	3621	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_013316	AT	3	6	3630	3635	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_013316	AAAT	2	8	3699	3706	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_013316	TGA	2	6	3712	3717	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_013316	TA	3	6	3735	3740	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_013316	AT	3	6	3828	3833	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_013316	CAA	2	6	3875	3880	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_013316	TAA	2	6	3921	3926	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_013316	A	6	6	3925	3930	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_013316	GAA	2	6	3938	3943	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_013316	GAT	2	6	3962	3967	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_013316	AAT	2	6	4010	4015	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_013316	A	7	7	4061	4067	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_013316	TGA	2	6	4072	4077	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_013316	A	7	7	4077	4083	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_013316	TTA	2	6	4116	4121	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_013316	GGA	2	6	4133	4138	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_013316	GTAT	2	8	4215	4222	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
118	NC_013316	GTA	2	6	4227	4232	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_013316	ATA	2	6	4275	4280	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_013316	AT	3	6	4316	4321	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_013316	AGG	2	6	4441	4446	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
122	NC_013316	GGA	2	6	4460	4465	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
123	NC_013316	ATGG	2	8	4525	4532	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
124	NC_013316	TTTA	2	8	4542	4549	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_013316	AT	3	6	4559	4564	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_013316	AGT	2	6	4606	4611	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
127	NC_013316	TGA	2	6	4669	4674	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
128	NC_013316	CTTT	2	8	4718	4725	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
129	NC_013316	A	6	6	4776	4781	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_013316	GGT	2	6	4802	4807	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
131	NC_013316	AT	3	6	4816	4821	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_013316	TAAA	2	8	4830	4837	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_013316	ATG	2	6	4854	4859	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
134	NC_013316	TA	3	6	4868	4873	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_013316	TGA	2	6	4885	4890	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
136	NC_013316	TTGTT	2	10	4891	4900	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
137	NC_013316	AT	3	6	4940	4945	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_013316	AC	3	6	4967	4972	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
139	NC_013316	GGT	2	6	4976	4981	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
140	NC_013316	AGC	2	6	5002	5007	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_013316	AAAT	2	8	5041	5048	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_013316	ATG	2	6	5061	5066	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
143	NC_013316	CAG	2	6	5103	5108	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_013316	TGA	2	6	5206	5211	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
145	NC_013316	AGA	2	6	5227	5232	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
146	NC_013316	A	7	7	5299	5305	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_013316	A	6	6	5545	5550	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_013316	AATTAT	2	12	5617	5628	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_013316	TAT	2	6	5667	5672	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_013316	TTC	2	6	5678	5683	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
151	NC_013316	AT	3	6	5689	5694	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_013316	GCA	2	6	5726	5731	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_013316	TA	3	6	5742	5747	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_013316	AAG	2	6	5762	5767	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
155	NC_013316	TTA	2	6	5804	5809	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_013316	GAA	2	6	5820	5825	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
157	NC_013316	GA	3	6	5859	5864	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
158	NC_013316	AAC	2	6	5887	5892	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
159	NC_013316	TTA	2	6	5915	5920	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_013316	AGA	2	6	5932	5937	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
161	NC_013316	TGC	2	6	5938	5943	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
162	NC_013316	AAGAA	2	10	5992	6001	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
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165	NC_013316	AG	4	8	6045	6052	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
166	NC_013316	GAA	2	6	6069	6074	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
167	NC_013316	GAA	2	6	6105	6110	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
168	NC_013316	A	6	6	6114	6119	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
169	NC_013316	ATT	2	6	6130	6135	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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172	NC_013316	TGAG	2	8	6217	6224	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
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175	NC_013316	TAG	2	6	6367	6372	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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179	NC_013316	TGA	2	6	6509	6514	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
180	NC_013316	TTA	2	6	6558	6563	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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183	NC_013316	GAT	2	6	6678	6683	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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186	NC_013316	AAAGTT	2	12	6777	6788	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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188	NC_013316	ATA	2	6	6834	6839	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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199	NC_013316	AAG	2	6	7270	7275	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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