MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Cyanothece sp. PCC 8802 plasmid pP880204

Total Repeats: 227

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013168	CAT	2	6	106	111	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	256823892
2	NC_013168	ACC	2	6	207	212	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	256823892
3	NC_013168	TCTA	2	8	219	226	25 %	50 %	0 %	25 %	256823892
4	NC_013168	TCA	2	6	262	267	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	256823892
5	NC_013168	AGA	2	6	355	360	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	256823892
6	NC_013168	GAA	2	6	422	427	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	256823892
7	NC_013168	ACT	2	6	443	448	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	256823892
8	NC_013168	ACA	2	6	454	459	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	256823892
9	NC_013168	TTA	2	6	507	512	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	256823892
10	NC_013168	A	6	6	520	525	100 %	0 %	0 %	0 %	256823892
11	NC_013168	C	6	6	533	538	0 %	0 %	0 %	100 %	256823892
12	NC_013168	GCA	2	6	594	599	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	256823892
13	NC_013168	AGC	2	6	646	651	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	256823892
14	NC_013168	TTA	2	6	656	661	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	256823892
15	NC_013168	GTTC	2	8	742	749	0 %	50 %	25 %	25 %	256823892
16	NC_013168	AGA	2	6	792	797	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	256823893
17	NC_013168	GCT	2	6	806	811	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	256823893
18	NC_013168	AGC	2	6	837	842	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	256823893
19	NC_013168	CTT	2	6	848	853	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	256823893
20	NC_013168	TTAA	2	8	917	924	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_013168	ATT	2	6	954	959	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_013168	TTA	2	6	964	969	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_013168	TAAA	2	8	1015	1022	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_013168	TAT	2	6	1023	1028	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_013168	ATT	2	6	1139	1144	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	256823894
26	NC_013168	GTT	2	6	1224	1229	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	256823894
27	NC_013168	ACG	2	6	1237	1242	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	256823894
28	NC_013168	ATC	2	6	1252	1257	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	256823894
29	NC_013168	CAAC	2	8	1375	1382	50 %	0 %	0 %	50 %	256823894
30	NC_013168	CCA	2	6	1407	1412	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	256823894
31	NC_013168	A	6	6	1434	1439	100 %	0 %	0 %	0 %	256823894
32	NC_013168	TTC	2	6	1539	1544	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	256823895
33	NC_013168	GGA	2	6	1546	1551	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	256823895
34	NC_013168	CAAG	2	8	1580	1587	50 %	0 %	25 %	25 %	256823895
35	NC_013168	CCAG	2	8	1612	1619	25 %	0 %	25 %	50 %	256823895
36	NC_013168	CTG	2	6	1622	1627	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	256823895
37	NC_013168	CAG	2	6	1674	1679	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	256823895
38	NC_013168	CT	4	8	1756	1763	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
39	NC_013168	AAC	2	6	1804	1809	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_013168	ATTA	2	8	1914	1921	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_013168	AATT	2	8	1947	1954	50 %	50 %	0 %	0 %	256823896
42	NC_013168	AT	3	6	1977	1982	50 %	50 %	0 %	0 %	256823896
43	NC_013168	CCA	2	6	2007	2012	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	256823896
44	NC_013168	GTA	2	6	2024	2029	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	256823896
45	NC_013168	T	7	7	2087	2093	0 %	100 %	0 %	0 %	256823896
46	NC_013168	CAGC	2	8	2121	2128	25 %	0 %	25 %	50 %	256823896
47	NC_013168	AAT	2	6	2202	2207	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	256823896
48	NC_013168	TTG	2	6	2218	2223	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	256823896
49	NC_013168	ACGAAG	2	12	2298	2309	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	256823896
50	NC_013168	TTAGA	2	10	2374	2383	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_013168	AGA	2	6	2461	2466	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	256823897
52	NC_013168	TG	3	6	2491	2496	0 %	50 %	50 %	0 %	256823897
53	NC_013168	GCAA	2	8	2619	2626	50 %	0 %	25 %	25 %	256823897
54	NC_013168	TTCG	2	8	2690	2697	0 %	50 %	25 %	25 %	256823897
55	NC_013168	ACAGGA	2	12	2920	2931	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	256823897
56	NC_013168	GCT	2	6	2959	2964	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	256823897
57	NC_013168	A	6	6	3058	3063	100 %	0 %	0 %	0 %	256823897
58	NC_013168	A	6	6	3076	3081	100 %	0 %	0 %	0 %	256823897
59	NC_013168	GAA	2	6	3105	3110	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	256823897
60	NC_013168	A	6	6	3256	3261	100 %	0 %	0 %	0 %	256823897
61	NC_013168	TTG	2	6	3371	3376	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	256823897
62	NC_013168	TCA	2	6	3426	3431	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	256823897
63	NC_013168	GCAA	2	8	3467	3474	50 %	0 %	25 %	25 %	256823897
64	NC_013168	AGT	2	6	3662	3667	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	256823897
65	NC_013168	CAG	2	6	3679	3684	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_013168	CCCTGA	2	12	3857	3868	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	256823898
67	NC_013168	TC	4	8	3869	3876	0 %	50 %	0 %	50 %	256823898
68	NC_013168	CAAT	2	8	3924	3931	50 %	25 %	0 %	25 %	256823898
69	NC_013168	CAAA	2	8	3933	3940	75 %	0 %	0 %	25 %	256823898
70	NC_013168	CCAA	2	8	3947	3954	50 %	0 %	0 %	50 %	256823898
71	NC_013168	ACT	2	6	3955	3960	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	256823898
72	NC_013168	TCT	2	6	3966	3971	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	256823898
73	NC_013168	C	6	6	4033	4038	0 %	0 %	0 %	100 %	256823898
74	NC_013168	CAA	3	9	4068	4076	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	256823898
75	NC_013168	AGA	3	9	4094	4102	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	256823898
76	NC_013168	ACA	3	9	4176	4184	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	256823898
77	NC_013168	CAA	2	6	4194	4199	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	256823898
78	NC_013168	CAA	2	6	4210	4215	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	256823898
79	NC_013168	CAA	2	6	4227	4232	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	256823898
80	NC_013168	ACTC	2	8	4250	4257	25 %	25 %	0 %	50 %	256823898
81	NC_013168	CAA	2	6	4269	4274	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	256823898
82	NC_013168	CAT	2	6	4317	4322	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	256823898
83	NC_013168	AGA	2	6	4332	4337	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	256823898
84	NC_013168	AAG	2	6	4351	4356	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	256823898
85	NC_013168	TCA	2	6	4524	4529	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	256823898
86	NC_013168	GAT	2	6	4536	4541	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	256823898
87	NC_013168	A	6	6	4659	4664	100 %	0 %	0 %	0 %	256823898
88	NC_013168	ATT	2	6	4707	4712	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	256823898
89	NC_013168	TAA	2	6	4735	4740	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	256823898
90	NC_013168	CAA	2	6	4776	4781	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	256823898
91	NC_013168	TAA	2	6	4829	4834	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	256823898
92	NC_013168	CAAC	2	8	4886	4893	50 %	0 %	0 %	50 %	256823898
93	NC_013168	GTG	2	6	4912	4917	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	256823898
94	NC_013168	AGC	2	6	4943	4948	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	256823898
95	NC_013168	ATC	2	6	5002	5007	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	256823898
96	NC_013168	ATT	2	6	5009	5014	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	256823898
97	NC_013168	G	6	6	5111	5116	0 %	0 %	100 %	0 %	256823898
98	NC_013168	ATT	2	6	5121	5126	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	256823898
99	NC_013168	CAT	2	6	5223	5228	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	256823898
100	NC_013168	GAACAA	2	12	5274	5285	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	256823898
101	NC_013168	TC	3	6	5308	5313	0 %	50 %	0 %	50 %	256823898
102	NC_013168	TAA	2	6	5361	5366	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_013168	TG	3	6	5392	5397	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
104	NC_013168	TAA	2	6	5418	5423	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_013168	AACA	2	8	5433	5440	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
106	NC_013168	GAA	2	6	5447	5452	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_013168	ATT	2	6	5461	5466	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_013168	TAA	2	6	5555	5560	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_013168	A	7	7	5559	5565	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_013168	AGA	2	6	5607	5612	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_013168	T	6	6	5675	5680	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_013168	AGG	2	6	5683	5688	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_013168	TAA	2	6	5748	5753	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_013168	A	7	7	5767	5773	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_013168	GTT	2	6	5837	5842	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
116	NC_013168	AAG	2	6	5851	5856	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_013168	ATA	2	6	5909	5914	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_013168	ATT	2	6	5922	5927	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	256823899
119	NC_013168	TAGAA	2	10	6010	6019	60 %	20 %	20 %	0 %	256823899
120	NC_013168	AATT	2	8	6021	6028	50 %	50 %	0 %	0 %	256823899
121	NC_013168	TAT	2	6	6118	6123	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	256823899
122	NC_013168	TAA	2	6	6166	6171	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	256823899
123	NC_013168	ATT	2	6	6231	6236	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	256823899
124	NC_013168	A	7	7	6255	6261	100 %	0 %	0 %	0 %	256823899
125	NC_013168	ATT	2	6	6354	6359	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	256823899
126	NC_013168	ATT	2	6	6381	6386	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	256823899
127	NC_013168	A	8	8	6390	6397	100 %	0 %	0 %	0 %	256823899
128	NC_013168	ATT	3	9	6437	6445	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	256823899
129	NC_013168	TAATT	2	10	6460	6469	40 %	60 %	0 %	0 %	256823899
130	NC_013168	TAG	2	6	6472	6477	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	256823899
131	NC_013168	GAA	2	6	6491	6496	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	256823899
132	NC_013168	CAA	2	6	6518	6523	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	256823899
133	NC_013168	ATA	2	6	6588	6593	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	256823899
134	NC_013168	ATTA	2	8	6602	6609	50 %	50 %	0 %	0 %	256823899
135	NC_013168	TAA	2	6	6610	6615	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	256823899
136	NC_013168	TTC	2	6	6649	6654	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	256823899
137	NC_013168	AAT	2	6	6698	6703	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	256823899
138	NC_013168	TAA	2	6	6751	6756	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	256823899
139	NC_013168	A	6	6	6768	6773	100 %	0 %	0 %	0 %	256823899
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142	NC_013168	A	6	6	6846	6851	100 %	0 %	0 %	0 %	256823899
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222	NC_013168	A	6	6	11026	11031	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
223	NC_013168	TAC	2	6	11032	11037	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
224	NC_013168	TTATCT	2	12	11042	11053	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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227	NC_013168	TTGCTT	2	12	11174	11185	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.