MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis plasmid pSW5

Total Repeats: 166

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012626	TGG	2	6	12	17	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_012626	TGG	2	6	34	39	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_012626	TGG	2	6	56	61	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_012626	A	6	6	89	94	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_012626	TATCT	2	10	219	228	20 %	60 %	0 %	20 %	228298556
6	NC_012626	A	6	6	235	240	100 %	0 %	0 %	0 %	228298556
7	NC_012626	GTT	2	6	374	379	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228298556
8	NC_012626	AT	3	6	454	459	50 %	50 %	0 %	0 %	228298556
9	NC_012626	T	6	6	500	505	0 %	100 %	0 %	0 %	228298556
10	NC_012626	T	8	8	558	565	0 %	100 %	0 %	0 %	228298556
11	NC_012626	ATTG	2	8	610	617	25 %	50 %	25 %	0 %	228298556
12	NC_012626	T	6	6	671	676	0 %	100 %	0 %	0 %	228298556
13	NC_012626	A	7	7	704	710	100 %	0 %	0 %	0 %	228298556
14	NC_012626	AAC	2	6	829	834	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228298556
15	NC_012626	GT	4	8	996	1003	0 %	50 %	50 %	0 %	228298556
16	NC_012626	A	6	6	1095	1100	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_012626	TCT	2	6	1125	1130	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228298557
18	NC_012626	TCT	2	6	1142	1147	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228298557
19	NC_012626	ATC	2	6	1172	1177	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228298557
20	NC_012626	GA	3	6	1311	1316	50 %	0 %	50 %	0 %	228298557
21	NC_012626	CCA	2	6	1341	1346	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	228298557
22	NC_012626	TAA	2	6	1434	1439	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228298557
23	NC_012626	TCTG	2	8	1448	1455	0 %	50 %	25 %	25 %	228298557
24	NC_012626	GAAA	2	8	1474	1481	75 %	0 %	25 %	0 %	228298557
25	NC_012626	TTG	2	6	1489	1494	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228298557
26	NC_012626	CCT	2	6	1544	1549	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	228298557
27	NC_012626	T	8	8	1590	1597	0 %	100 %	0 %	0 %	228298557
28	NC_012626	AGGA	2	8	1607	1614	50 %	0 %	50 %	0 %	228298557
29	NC_012626	A	6	6	1666	1671	100 %	0 %	0 %	0 %	228298557
30	NC_012626	TGC	2	6	1762	1767	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	228298557
31	NC_012626	AAG	2	6	1794	1799	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228298557
32	NC_012626	T	6	6	1816	1821	0 %	100 %	0 %	0 %	228298557
33	NC_012626	GATTA	2	10	1834	1843	40 %	40 %	20 %	0 %	228298557
34	NC_012626	A	6	6	1910	1915	100 %	0 %	0 %	0 %	228298557
35	NC_012626	TGTT	2	8	1940	1947	0 %	75 %	25 %	0 %	228298557
36	NC_012626	ATA	2	6	1967	1972	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228298557
37	NC_012626	TGC	2	6	2075	2080	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	228298557
38	NC_012626	AAT	2	6	2151	2156	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_012626	GTT	2	6	2160	2165	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_012626	T	7	7	2187	2193	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_012626	GTT	2	6	2252	2257	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228298558
42	NC_012626	TCA	2	6	2333	2338	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228298558
43	NC_012626	GCG	2	6	2420	2425	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	228298558
44	NC_012626	ATG	2	6	2470	2475	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	228298558
45	NC_012626	GAT	2	6	2523	2528	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	228298558
46	NC_012626	GT	3	6	2535	2540	0 %	50 %	50 %	0 %	228298558
47	NC_012626	GAA	2	6	2547	2552	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228298558
48	NC_012626	AT	3	6	2710	2715	50 %	50 %	0 %	0 %	228298558
49	NC_012626	A	8	8	2750	2757	100 %	0 %	0 %	0 %	228298558
50	NC_012626	TTCT	2	8	2786	2793	0 %	75 %	0 %	25 %	228298558
51	NC_012626	TGA	2	6	2825	2830	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	228298558
52	NC_012626	AGC	2	6	2870	2875	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	228298558
53	NC_012626	TTG	2	6	2986	2991	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228298558
54	NC_012626	ATT	2	6	2997	3002	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228298558
55	NC_012626	TC	3	6	3047	3052	0 %	50 %	0 %	50 %	228298558
56	NC_012626	AGA	2	6	3056	3061	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228298558
57	NC_012626	ATT	2	6	3062	3067	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228298558
58	NC_012626	AGA	2	6	3074	3079	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228298558
59	NC_012626	CTTAA	2	10	3138	3147	40 %	40 %	0 %	20 %	228298558
60	NC_012626	AGA	2	6	3176	3181	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228298558
61	NC_012626	AT	3	6	3262	3267	50 %	50 %	0 %	0 %	228298558
62	NC_012626	GTTT	2	8	3312	3319	0 %	75 %	25 %	0 %	228298558
63	NC_012626	AGGA	2	8	3432	3439	50 %	0 %	50 %	0 %	228298558
64	NC_012626	TCT	2	6	3444	3449	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228298558
65	NC_012626	A	6	6	3543	3548	100 %	0 %	0 %	0 %	228298558
66	NC_012626	TCA	2	6	3576	3581	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228298559
67	NC_012626	GAA	2	6	3615	3620	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228298559
68	NC_012626	TTTC	2	8	3692	3699	0 %	75 %	0 %	25 %	228298559
69	NC_012626	AGC	2	6	3718	3723	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	228298559
70	NC_012626	GTT	2	6	3773	3778	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228298559
71	NC_012626	GGAT	2	8	3812	3819	25 %	25 %	50 %	0 %	228298559
72	NC_012626	AAG	2	6	3912	3917	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228298559
73	NC_012626	TAG	2	6	4008	4013	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	228298559
74	NC_012626	GAA	2	6	4076	4081	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228298559
75	NC_012626	ATATAG	2	12	4083	4094	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	228298559
76	NC_012626	CAC	2	6	4113	4118	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	228298559
77	NC_012626	CAG	2	6	4281	4286	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	228298559
78	NC_012626	TTA	2	6	4340	4345	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228298559
79	NC_012626	AACGTT	2	12	4346	4357	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	228298559
80	NC_012626	AT	3	6	4369	4374	50 %	50 %	0 %	0 %	228298559
81	NC_012626	A	7	7	4412	4418	100 %	0 %	0 %	0 %	228298559
82	NC_012626	AGA	2	6	4475	4480	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228298559
83	NC_012626	TTC	2	6	4501	4506	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228298559
84	NC_012626	CT	3	6	4511	4516	0 %	50 %	0 %	50 %	228298559
85	NC_012626	A	6	6	4517	4522	100 %	0 %	0 %	0 %	228298559
86	NC_012626	TAAA	2	8	4536	4543	75 %	25 %	0 %	0 %	228298559
87	NC_012626	GAA	2	6	4553	4558	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228298559
88	NC_012626	ATTA	2	8	4598	4605	50 %	50 %	0 %	0 %	228298559
89	NC_012626	ATTT	2	8	4632	4639	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_012626	A	6	6	4652	4657	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_012626	ATA	2	6	4720	4725	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228298560
92	NC_012626	AAT	2	6	4766	4771	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228298560
93	NC_012626	ACA	2	6	4779	4784	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228298560
94	NC_012626	AAT	2	6	4842	4847	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228298560
95	NC_012626	TCA	2	6	4848	4853	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228298560
96	NC_012626	TTG	2	6	4954	4959	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228298560
97	NC_012626	TTG	2	6	5013	5018	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228298560
98	NC_012626	AAC	2	6	5028	5033	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228298560
99	NC_012626	TAA	2	6	5045	5050	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228298560
100	NC_012626	AGG	2	6	5099	5104	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	228298560
101	NC_012626	CAG	2	6	5164	5169	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	228298560
102	NC_012626	ATT	2	6	5172	5177	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228298560
103	NC_012626	GGC	2	6	5193	5198	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	228298560
104	NC_012626	GTT	2	6	5199	5204	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228298560
105	NC_012626	TCA	2	6	5259	5264	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228298560
106	NC_012626	T	6	6	5429	5434	0 %	100 %	0 %	0 %	228298560
107	NC_012626	CAAA	2	8	5448	5455	75 %	0 %	0 %	25 %	228298560
108	NC_012626	AAAAG	2	10	5541	5550	80 %	0 %	20 %	0 %	228298561
109	NC_012626	TTA	2	6	5563	5568	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228298561
110	NC_012626	A	6	6	5586	5591	100 %	0 %	0 %	0 %	228298561
111	NC_012626	CAA	2	6	5703	5708	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228298561
112	NC_012626	ATT	2	6	5726	5731	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228298561
113	NC_012626	A	6	6	5780	5785	100 %	0 %	0 %	0 %	228298561
114	NC_012626	T	6	6	5881	5886	0 %	100 %	0 %	0 %	228298562
115	NC_012626	GGA	2	6	5898	5903	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	228298562
116	NC_012626	ACA	2	6	5913	5918	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228298562
117	NC_012626	A	6	6	5961	5966	100 %	0 %	0 %	0 %	228298562
118	NC_012626	TCT	2	6	6003	6008	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228298562
119	NC_012626	ATCA	2	8	6080	6087	50 %	25 %	0 %	25 %	228298562
120	NC_012626	A	7	7	6098	6104	100 %	0 %	0 %	0 %	228298562
121	NC_012626	CAT	2	6	6127	6132	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228298562
122	NC_012626	AAC	2	6	6180	6185	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228298562
123	NC_012626	ATA	2	6	6234	6239	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228298562
124	NC_012626	CCTAG	2	10	6249	6258	20 %	20 %	20 %	40 %	228298562
125	NC_012626	AAG	2	6	6271	6276	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228298562
126	NC_012626	TTG	2	6	6280	6285	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228298562
127	NC_012626	AATT	2	8	6295	6302	50 %	50 %	0 %	0 %	228298562
128	NC_012626	TTCTA	2	10	6326	6335	20 %	60 %	0 %	20 %	228298562
129	NC_012626	TCGG	2	8	6366	6373	0 %	25 %	50 %	25 %	228298562
130	NC_012626	GAA	3	9	6381	6389	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228298562
131	NC_012626	GAT	2	6	6420	6425	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	228298562
132	NC_012626	TA	3	6	6447	6452	50 %	50 %	0 %	0 %	228298562
133	NC_012626	T	6	6	6484	6489	0 %	100 %	0 %	0 %	228298562
134	NC_012626	CAA	2	6	6490	6495	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228298562
135	NC_012626	TCG	2	6	6500	6505	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	228298562
136	NC_012626	TC	3	6	6513	6518	0 %	50 %	0 %	50 %	228298562
137	NC_012626	TCT	2	6	6527	6532	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228298562
138	NC_012626	AGA	2	6	6536	6541	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228298562
139	NC_012626	AGA	2	6	6578	6583	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228298562
140	NC_012626	A	7	7	6670	6676	100 %	0 %	0 %	0 %	228298563
141	NC_012626	T	6	6	6689	6694	0 %	100 %	0 %	0 %	228298563
142	NC_012626	A	8	8	6695	6702	100 %	0 %	0 %	0 %	228298563
143	NC_012626	AAG	2	6	6728	6733	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228298563
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148	NC_012626	A	6	6	6924	6929	100 %	0 %	0 %	0 %	228298563
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161	NC_012626	TCC	2	6	7403	7408	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
162	NC_012626	AT	6	12	7417	7428	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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164	NC_012626	AT	6	12	7434	7445	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
165	NC_012626	GATTT	2	10	7451	7460	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.