MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Cyanothece sp. PCC 8801 plasmid pP880103

Total Repeats: 394

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011727	TAAAA	2	10	4	13	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_011727	CT	3	6	25	30	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
3	NC_011727	TCAAAC	2	12	34	45	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_011727	TGA	2	6	95	100	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	218249154
5	NC_011727	TAT	2	6	110	115	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	218249154
6	NC_011727	AAG	2	6	166	171	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	218249154
7	NC_011727	AAG	2	6	187	192	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	218249154
8	NC_011727	AAGA	2	8	220	227	75 %	0 %	25 %	0 %	218249154
9	NC_011727	AATT	2	8	232	239	50 %	50 %	0 %	0 %	218249154
10	NC_011727	A	6	6	324	329	100 %	0 %	0 %	0 %	218249155
11	NC_011727	TTTA	2	8	440	447	25 %	75 %	0 %	0 %	218249155
12	NC_011727	AATT	2	8	514	521	50 %	50 %	0 %	0 %	218249155
13	NC_011727	GAA	2	6	540	545	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	218249155
14	NC_011727	CTTTT	2	10	602	611	0 %	80 %	0 %	20 %	218249155
15	NC_011727	TTAG	2	8	663	670	25 %	50 %	25 %	0 %	218249155
16	NC_011727	CAT	2	6	703	708	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	218249155
17	NC_011727	AATC	2	8	731	738	50 %	25 %	0 %	25 %	218249156
18	NC_011727	ACTT	2	8	740	747	25 %	50 %	0 %	25 %	218249156
19	NC_011727	TCT	2	6	798	803	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	218249156
20	NC_011727	AG	3	6	975	980	50 %	0 %	50 %	0 %	218249156
21	NC_011727	TTTG	2	8	984	991	0 %	75 %	25 %	0 %	218249156
22	NC_011727	CTC	2	6	1014	1019	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	218249156
23	NC_011727	G	6	6	1077	1082	0 %	0 %	100 %	0 %	218249156
24	NC_011727	G	6	6	1152	1157	0 %	0 %	100 %	0 %	218249156
25	NC_011727	T	6	6	1168	1173	0 %	100 %	0 %	0 %	218249156
26	NC_011727	TA	3	6	1175	1180	50 %	50 %	0 %	0 %	218249156
27	NC_011727	GA	3	6	1186	1191	50 %	0 %	50 %	0 %	218249156
28	NC_011727	G	6	6	1218	1223	0 %	0 %	100 %	0 %	218249156
29	NC_011727	TAGT	2	8	1242	1249	25 %	50 %	25 %	0 %	218249156
30	NC_011727	TCG	2	6	1268	1273	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	218249156
31	NC_011727	AAT	2	6	1333	1338	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	218249156
32	NC_011727	TCT	2	6	1348	1353	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	218249156
33	NC_011727	CCTAAC	2	12	1386	1397	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	218249156
34	NC_011727	GCA	2	6	1402	1407	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	218249156
35	NC_011727	T	6	6	1435	1440	0 %	100 %	0 %	0 %	218249156
36	NC_011727	ATCT	2	8	1676	1683	25 %	50 %	0 %	25 %	218249156
37	NC_011727	CGT	2	6	1740	1745	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	218249156
38	NC_011727	TAA	2	6	1753	1758	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	218249156
39	NC_011727	TAAA	2	8	1767	1774	75 %	25 %	0 %	0 %	218249156
40	NC_011727	AAG	2	6	1812	1817	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	218249156
41	NC_011727	GGC	2	6	1823	1828	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	218249156
42	NC_011727	GAC	2	6	1831	1836	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	218249156
43	NC_011727	GTT	2	6	1837	1842	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	218249156
44	NC_011727	TCC	2	6	1920	1925	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	218249156
45	NC_011727	CTT	2	6	1936	1941	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	218249156
46	NC_011727	TGATT	2	10	1951	1960	20 %	60 %	20 %	0 %	218249156
47	NC_011727	TCA	2	6	2010	2015	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	218249156
48	NC_011727	TTG	2	6	2021	2026	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	218249156
49	NC_011727	TCA	2	6	2137	2142	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	218249156
50	NC_011727	GTGG	2	8	2162	2169	0 %	25 %	75 %	0 %	218249156
51	NC_011727	TCT	2	6	2187	2192	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	218249156
52	NC_011727	CGG	2	6	2200	2205	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	218249156
53	NC_011727	TGA	2	6	2206	2211	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	218249156
54	NC_011727	GAT	2	6	2230	2235	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	218249156
55	NC_011727	TTCT	2	8	2334	2341	0 %	75 %	0 %	25 %	218249156
56	NC_011727	CTT	2	6	2502	2507	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	218249156
57	NC_011727	TGT	2	6	2514	2519	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	218249156
58	NC_011727	ATT	2	6	2537	2542	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	218249156
59	NC_011727	GAT	2	6	2546	2551	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	218249156
60	NC_011727	TAA	2	6	2588	2593	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	218249156
61	NC_011727	GTT	2	6	2617	2622	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	218249156
62	NC_011727	AGA	2	6	2665	2670	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	218249156
63	NC_011727	TCA	2	6	2721	2726	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	218249156
64	NC_011727	T	6	6	2756	2761	0 %	100 %	0 %	0 %	218249156
65	NC_011727	TC	3	6	2927	2932	0 %	50 %	0 %	50 %	218249156
66	NC_011727	GAG	2	6	2946	2951	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	218249156
67	NC_011727	TCA	2	6	2979	2984	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	218249156
68	NC_011727	T	6	6	3167	3172	0 %	100 %	0 %	0 %	218249156
69	NC_011727	ATG	2	6	3201	3206	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	218249156
70	NC_011727	TTG	3	9	3335	3343	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	218249156
71	NC_011727	TAA	2	6	3406	3411	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	218249156
72	NC_011727	T	6	6	3533	3538	0 %	100 %	0 %	0 %	218249156
73	NC_011727	CGC	2	6	3564	3569	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	218249156
74	NC_011727	TGA	2	6	3662	3667	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	218249156
75	NC_011727	CTT	2	6	3683	3688	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	218249156
76	NC_011727	AGG	2	6	3745	3750	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	218249156
77	NC_011727	G	6	6	3758	3763	0 %	0 %	100 %	0 %	218249156
78	NC_011727	G	7	7	3815	3821	0 %	0 %	100 %	0 %	218249156
79	NC_011727	GTA	2	6	3854	3859	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	218249156
80	NC_011727	T	6	6	3871	3876	0 %	100 %	0 %	0 %	218249156
81	NC_011727	CTT	2	6	3935	3940	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	218249156
82	NC_011727	TCC	2	6	3942	3947	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	218249156
83	NC_011727	TTTA	2	8	3995	4002	25 %	75 %	0 %	0 %	218249156
84	NC_011727	GCT	2	6	4053	4058	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	218249156
85	NC_011727	TGA	2	6	4080	4085	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	218249156
86	NC_011727	GGA	2	6	4171	4176	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	218249156
87	NC_011727	TGA	2	6	4222	4227	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	218249156
88	NC_011727	CTC	2	6	4267	4272	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
89	NC_011727	AG	3	6	4287	4292	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
90	NC_011727	GACA	2	8	4332	4339	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
91	NC_011727	T	6	6	4346	4351	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_011727	ATT	2	6	4387	4392	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_011727	CTT	2	6	4424	4429	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_011727	TGT	2	6	4475	4480	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_011727	T	6	6	4501	4506	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_011727	TTA	2	6	4564	4569	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	218249157
97	NC_011727	T	6	6	4573	4578	0 %	100 %	0 %	0 %	218249157
98	NC_011727	TCA	2	6	4616	4621	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	218249157
99	NC_011727	CGA	2	6	4709	4714	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	218249157
100	NC_011727	AAC	2	6	4855	4860	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_011727	TA	3	6	4938	4943	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_011727	GAA	2	6	5003	5008	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_011727	ATA	2	6	5250	5255	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_011727	TA	3	6	5262	5267	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_011727	CTC	2	6	5274	5279	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
106	NC_011727	ATC	2	6	5331	5336	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_011727	ATG	2	6	5373	5378	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	218249158
108	NC_011727	TAT	2	6	5389	5394	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	218249158
109	NC_011727	AAT	2	6	5414	5419	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	218249158
110	NC_011727	ATT	2	6	5441	5446	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	218249158
111	NC_011727	ATG	2	6	5463	5468	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	218249158
112	NC_011727	TAT	2	6	5492	5497	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	218249158
113	NC_011727	GAT	2	6	5525	5530	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	218249158
114	NC_011727	TAA	2	6	5563	5568	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	218249158
115	NC_011727	CGT	2	6	5592	5597	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	218249158
116	NC_011727	ATG	2	6	5607	5612	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	218249158
117	NC_011727	AGG	2	6	5644	5649	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	218249158
118	NC_011727	GAA	2	6	5663	5668	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	218249158
119	NC_011727	GAT	2	6	5801	5806	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	218249158
120	NC_011727	ATGG	2	8	5814	5821	25 %	25 %	50 %	0 %	218249158
121	NC_011727	TAT	2	6	5873	5878	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	218249158
122	NC_011727	ATT	2	6	5891	5896	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	218249158
123	NC_011727	AAG	2	6	5910	5915	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	218249158
124	NC_011727	CTTAC	2	10	5930	5939	20 %	40 %	0 %	40 %	218249158
125	NC_011727	AGG	2	6	5941	5946	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	218249158
126	NC_011727	TAGA	2	8	5979	5986	50 %	25 %	25 %	0 %	218249158
127	NC_011727	GCT	2	6	6008	6013	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	218249158
128	NC_011727	ATC	2	6	6048	6053	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	218249158
129	NC_011727	TAA	2	6	6079	6084	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	218249158
130	NC_011727	ATT	2	6	6110	6115	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	218249158
131	NC_011727	TA	3	6	6156	6161	50 %	50 %	0 %	0 %	218249158
132	NC_011727	TAACGG	2	12	6252	6263	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	218249158
133	NC_011727	AAT	3	9	6269	6277	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	218249158
134	NC_011727	GAA	2	6	6351	6356	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	218249158
135	NC_011727	TTG	2	6	6366	6371	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	218249158
136	NC_011727	ATG	2	6	6402	6407	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	218249158
137	NC_011727	TTAA	2	8	6419	6426	50 %	50 %	0 %	0 %	218249158
138	NC_011727	AGGAA	2	10	6471	6480	60 %	0 %	40 %	0 %	218249158
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263	NC_011727	ATA	2	6	11243	11248	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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266	NC_011727	A	6	6	11289	11294	100 %	0 %	0 %	0 %	218249160
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394	NC_011727	T	8	8	16560	16567	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.