MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Cyanothece sp. ATCC 51142 plasmid D

Total Repeats: 224

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010543	AT	3	6	77	82	50 %	50 %	0 %	0 %	172034906
2	NC_010543	GGA	2	6	288	293	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	172034906
3	NC_010543	GGCT	2	8	420	427	0 %	25 %	50 %	25 %	172034906
4	NC_010543	TGAGT	2	10	504	513	20 %	40 %	40 %	0 %	172034906
5	NC_010543	AGG	2	6	599	604	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	172034906
6	NC_010543	TTC	2	6	610	615	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	172034906
7	NC_010543	TGCCG	2	10	636	645	0 %	20 %	40 %	40 %	172034906
8	NC_010543	ATT	2	6	675	680	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	172034907
9	NC_010543	TCTT	2	8	724	731	0 %	75 %	0 %	25 %	172034907
10	NC_010543	TCT	3	9	755	763	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	172034907
11	NC_010543	CGG	2	6	764	769	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	172034907
12	NC_010543	GTA	2	6	805	810	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	172034907
13	NC_010543	AAT	2	6	859	864	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	172034907
14	NC_010543	CTT	2	6	1047	1052	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	172034907
15	NC_010543	ACT	3	9	1106	1114	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	172034907
16	NC_010543	CAA	2	6	1180	1185	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	172034907
17	NC_010543	AT	3	6	1195	1200	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_010543	AT	3	6	1216	1221	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_010543	TAA	2	6	1288	1293	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_010543	TAA	2	6	1369	1374	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_010543	TAT	2	6	1406	1411	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_010543	CATTA	2	10	1417	1426	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_010543	A	7	7	1429	1435	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_010543	TTAA	2	8	1456	1463	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_010543	ATTT	2	8	1496	1503	25 %	75 %	0 %	0 %	172034908
26	NC_010543	TAA	2	6	1615	1620	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	172034908
27	NC_010543	A	6	6	1656	1661	100 %	0 %	0 %	0 %	172034908
28	NC_010543	TAA	2	6	1681	1686	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	172034908
29	NC_010543	AAC	2	6	1724	1729	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	172034908
30	NC_010543	AGA	2	6	1735	1740	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	172034908
31	NC_010543	ATGG	2	8	1769	1776	25 %	25 %	50 %	0 %	172034908
32	NC_010543	ATA	2	6	1794	1799	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	172034908
33	NC_010543	ACA	2	6	1832	1837	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	172034908
34	NC_010543	TAA	2	6	1843	1848	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	172034908
35	NC_010543	T	6	6	1858	1863	0 %	100 %	0 %	0 %	172034908
36	NC_010543	TGA	2	6	1873	1878	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	172034908
37	NC_010543	CTT	2	6	1962	1967	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	172034908
38	NC_010543	GAAG	2	8	1973	1980	50 %	0 %	50 %	0 %	172034908
39	NC_010543	CTG	2	6	2013	2018	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	172034908
40	NC_010543	TCT	2	6	2048	2053	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	172034908
41	NC_010543	TTA	2	6	2069	2074	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	172034908
42	NC_010543	AAAG	2	8	2095	2102	75 %	0 %	25 %	0 %	172034908
43	NC_010543	TA	3	6	2138	2143	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_010543	AGC	2	6	2191	2196	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_010543	CCA	2	6	2197	2202	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
46	NC_010543	G	6	6	2203	2208	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
47	NC_010543	GAA	2	6	2229	2234	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_010543	CGA	2	6	2241	2246	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_010543	CTTG	2	8	2260	2267	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
50	NC_010543	AAT	2	6	2293	2298	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_010543	ATT	2	6	2324	2329	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	172034909
52	NC_010543	TAA	2	6	2384	2389	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	172034909
53	NC_010543	GAA	2	6	2391	2396	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	172034909
54	NC_010543	AAAC	3	12	2464	2475	75 %	0 %	0 %	25 %	172034909
55	NC_010543	CCA	2	6	2478	2483	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	172034909
56	NC_010543	ACT	2	6	2594	2599	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	172034909
57	NC_010543	CAA	2	6	2611	2616	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	172034909
58	NC_010543	A	7	7	2715	2721	100 %	0 %	0 %	0 %	172034909
59	NC_010543	CAT	2	6	2725	2730	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	172034909
60	NC_010543	TTG	2	6	2734	2739	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	172034909
61	NC_010543	CTT	2	6	2788	2793	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	172034909
62	NC_010543	TAC	2	6	2905	2910	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	172034909
63	NC_010543	AATT	2	8	2920	2927	50 %	50 %	0 %	0 %	172034909
64	NC_010543	GAA	2	6	2929	2934	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	172034909
65	NC_010543	ACC	2	6	2990	2995	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	172034909
66	NC_010543	AGG	2	6	3014	3019	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	172034909
67	NC_010543	TGA	3	9	3029	3037	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	172034909
68	NC_010543	ACC	2	6	3224	3229	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	172034909
69	NC_010543	A	6	6	3234	3239	100 %	0 %	0 %	0 %	172034909
70	NC_010543	TACA	2	8	3254	3261	50 %	25 %	0 %	25 %	172034909
71	NC_010543	CTG	2	6	3265	3270	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	172034909
72	NC_010543	TAA	2	6	3424	3429	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	172034909
73	NC_010543	TAA	2	6	3436	3441	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	172034909
74	NC_010543	AGA	2	6	3452	3457	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	172034909
75	NC_010543	A	7	7	3504	3510	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_010543	A	6	6	3537	3542	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_010543	A	7	7	3544	3550	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_010543	TTAAA	2	10	3551	3560	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_010543	ATG	2	6	3574	3579	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_010543	ATG	2	6	3686	3691	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	172034910
81	NC_010543	ACT	2	6	3699	3704	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	172034910
82	NC_010543	ATT	2	6	3734	3739	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	172034910
83	NC_010543	ATA	2	6	3786	3791	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	172034910
84	NC_010543	TCT	2	6	3814	3819	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	172034910
85	NC_010543	TGA	2	6	3906	3911	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	172034910
86	NC_010543	ATT	2	6	4079	4084	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	172034910
87	NC_010543	TGG	2	6	4126	4131	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	172034910
88	NC_010543	TGAG	2	8	4197	4204	25 %	25 %	50 %	0 %	172034910
89	NC_010543	TGT	2	6	4207	4212	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	172034910
90	NC_010543	T	6	6	4250	4255	0 %	100 %	0 %	0 %	172034910
91	NC_010543	AGA	2	6	4268	4273	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	172034910
92	NC_010543	ATC	2	6	4373	4378	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	172034910
93	NC_010543	GACAA	2	10	4457	4466	60 %	0 %	20 %	20 %	172034910
94	NC_010543	T	7	7	4477	4483	0 %	100 %	0 %	0 %	172034910
95	NC_010543	TTTG	2	8	4531	4538	0 %	75 %	25 %	0 %	172034910
96	NC_010543	ATG	2	6	4589	4594	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	172034910
97	NC_010543	GTT	2	6	4636	4641	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	172034910
98	NC_010543	TGAG	2	8	4653	4660	25 %	25 %	50 %	0 %	172034910
99	NC_010543	GTTC	2	8	4689	4696	0 %	50 %	25 %	25 %	172034910
100	NC_010543	TGT	2	6	4697	4702	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	172034910
101	NC_010543	TAG	2	6	4747	4752	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	172034910
102	NC_010543	TCT	3	9	4776	4784	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	172034910
103	NC_010543	TCT	2	6	4896	4901	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	172034910
104	NC_010543	TTGA	2	8	4909	4916	25 %	50 %	25 %	0 %	172034910
105	NC_010543	TTG	2	6	4939	4944	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	172034910
106	NC_010543	TTGTT	2	10	4948	4957	0 %	80 %	20 %	0 %	172034910
107	NC_010543	AGT	2	6	5027	5032	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	172034910
108	NC_010543	TTGA	2	8	5149	5156	25 %	50 %	25 %	0 %	172034910
109	NC_010543	TTG	2	6	5167	5172	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	172034910
110	NC_010543	CTGT	2	8	5173	5180	0 %	50 %	25 %	25 %	172034910
111	NC_010543	TCC	2	6	5237	5242	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	172034910
112	NC_010543	TTTA	2	8	5258	5265	25 %	75 %	0 %	0 %	172034910
113	NC_010543	TCA	2	6	5268	5273	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	172034910
114	NC_010543	CCTTG	2	10	5298	5307	0 %	40 %	20 %	40 %	172034910
115	NC_010543	TCT	2	6	5325	5330	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	172034910
116	NC_010543	GGT	2	6	5333	5338	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	172034910
117	NC_010543	CTT	2	6	5368	5373	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	172034910
118	NC_010543	TA	3	6	5375	5380	50 %	50 %	0 %	0 %	172034910
119	NC_010543	TGA	2	6	5398	5403	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	172034910
120	NC_010543	ATTA	2	8	5468	5475	50 %	50 %	0 %	0 %	172034910
121	NC_010543	TGA	2	6	5481	5486	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	172034910
122	NC_010543	ATA	2	6	5492	5497	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	172034910
123	NC_010543	TG	3	6	5669	5674	0 %	50 %	50 %	0 %	172034910
124	NC_010543	TAA	2	6	5746	5751	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	172034910
125	NC_010543	TTG	3	9	5756	5764	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	172034910
126	NC_010543	TTG	2	6	5855	5860	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	172034910
127	NC_010543	AT	3	6	5928	5933	50 %	50 %	0 %	0 %	172034910
128	NC_010543	CGG	2	6	6089	6094	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	172034911
129	NC_010543	TTTG	2	8	6095	6102	0 %	75 %	25 %	0 %	172034911
130	NC_010543	ATT	2	6	6135	6140	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	172034911
131	NC_010543	GCGA	2	8	6147	6154	25 %	0 %	50 %	25 %	172034911
132	NC_010543	AG	4	8	6237	6244	50 %	0 %	50 %	0 %	172034911
133	NC_010543	ATA	2	6	6334	6339	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	172034911
134	NC_010543	AGA	2	6	6345	6350	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	172034911
135	NC_010543	CAG	2	6	6402	6407	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	172034911
136	NC_010543	CTG	2	6	6457	6462	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_010543	TAA	2	6	6522	6527	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_010543	TTTG	2	8	6650	6657	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
139	NC_010543	TAG	2	6	6678	6683	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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179	NC_010543	GTGTT	2	10	8531	8540	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
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181	NC_010543	TTAT	2	8	8582	8589	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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184	NC_010543	TAT	2	6	8659	8664	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
185	NC_010543	TAA	2	6	8667	8672	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
186	NC_010543	TAA	2	6	8685	8690	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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222	NC_010543	T	6	6	10155	10160	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.