MICAS: Microsatellite Analysis Server

All Repeats of Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus plasmid pCS1

Total Repeats: 1258

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1001	NC_010399	CCGG	2	8	39163	39170	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1002	NC_010399	GGCA	2	8	39254	39261	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
1003	NC_010399	CGA	2	6	39263	39268	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1004	NC_010399	GCC	2	6	39287	39292	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1005	NC_010399	C	6	6	39371	39376	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
1006	NC_010399	A	6	6	39556	39561	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1007	NC_010399	TA	3	6	39605	39610	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1008	NC_010399	CGA	2	6	39633	39638	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1009	NC_010399	ACC	2	6	39658	39663	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	189016683
1010	NC_010399	GTC	2	6	39691	39696	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016683
1011	NC_010399	CGT	2	6	39720	39725	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016683
1012	NC_010399	CCT	2	6	39744	39749	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	189016683
1013	NC_010399	TCT	2	6	39777	39782	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1014	NC_010399	ATC	2	6	39861	39866	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	189016684
1015	NC_010399	GCC	2	6	39876	39881	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016684
1016	NC_010399	TAC	2	6	39903	39908	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	189016684
1017	NC_010399	CGC	2	6	39911	39916	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016684
1018	NC_010399	GCC	2	6	39931	39936	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016684
1019	NC_010399	GCC	2	6	39979	39984	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016684
1020	NC_010399	GCC	2	6	39987	39992	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016684
1021	NC_010399	CGA	2	6	40019	40024	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016684
1022	NC_010399	ACCG	2	8	40100	40107	25 %	0 %	25 %	50 %	189016684
1023	NC_010399	CGG	2	6	40111	40116	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016684
1024	NC_010399	CACCG	2	10	40127	40136	20 %	0 %	20 %	60 %	189016684
1025	NC_010399	CAC	2	6	40142	40147	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	189016684
1026	NC_010399	TCC	2	6	40213	40218	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	189016684
1027	NC_010399	CGC	2	6	40247	40252	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016684
1028	NC_010399	GAC	2	6	40278	40283	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016684
1029	NC_010399	CCG	2	6	40305	40310	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016684
1030	NC_010399	TCG	2	6	40354	40359	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016684
1031	NC_010399	GCA	2	6	40448	40453	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016684
1032	NC_010399	TCG	2	6	40462	40467	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016684
1033	NC_010399	CTT	2	6	40484	40489	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	189016684
1034	NC_010399	CG	3	6	40508	40513	0 %	0 %	50 %	50 %	189016684
1035	NC_010399	TCC	2	6	40554	40559	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	189016685
1036	NC_010399	GCC	2	6	40655	40660	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016685
1037	NC_010399	CGCCA	2	10	40661	40670	20 %	0 %	20 %	60 %	189016685
1038	NC_010399	CGG	2	6	40686	40691	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016685
1039	NC_010399	GCC	3	9	40694	40702	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016685
1040	NC_010399	TGA	2	6	40734	40739	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	189016685
1041	NC_010399	GCG	2	6	40782	40787	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016685
1042	NC_010399	ACGC	2	8	40845	40852	25 %	0 %	25 %	50 %	189016685
1043	NC_010399	CGG	2	6	40855	40860	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016685
1044	NC_010399	GCC	2	6	40868	40873	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016685
1045	NC_010399	CCG	2	6	40887	40892	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016685
1046	NC_010399	CAG	2	6	41046	41051	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016685
1047	NC_010399	GAG	2	6	41053	41058	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	189016685
1048	NC_010399	CCA	2	6	41165	41170	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	189016686
1049	NC_010399	CGC	2	6	41196	41201	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016686
1050	NC_010399	CGC	2	6	41217	41222	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016687
1051	NC_010399	CTA	2	6	41267	41272	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	189016687
1052	NC_010399	GAC	2	6	41312	41317	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016687
1053	NC_010399	GACGCG	2	12	41409	41420	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	189016687
1054	NC_010399	TCG	2	6	41431	41436	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016687
1055	NC_010399	ACGC	2	8	41454	41461	25 %	0 %	25 %	50 %	189016687
1056	NC_010399	ACG	2	6	41539	41544	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016687
1057	NC_010399	CCG	2	6	41563	41568	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016687
1058	NC_010399	ACC	2	6	41689	41694	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	189016687
1059	NC_010399	GCA	2	6	41717	41722	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016687
1060	NC_010399	GCC	3	9	41727	41735	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016687
1061	NC_010399	AGC	2	6	41755	41760	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016687
1062	NC_010399	CGAC	2	8	41764	41771	25 %	0 %	25 %	50 %	189016687
1063	NC_010399	CAA	2	6	41774	41779	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	189016687
1064	NC_010399	GCCG	2	8	41846	41853	0 %	0 %	50 %	50 %	189016687
1065	NC_010399	CGA	2	6	41918	41923	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016687
1066	NC_010399	GACCG	2	10	41928	41937	20 %	0 %	40 %	40 %	189016687
1067	NC_010399	CCA	2	6	41971	41976	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1068	NC_010399	CG	4	8	42026	42033	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1069	NC_010399	TGG	2	6	42061	42066	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	189016688
1070	NC_010399	CCG	2	6	42069	42074	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016688
1071	NC_010399	CG	3	6	42111	42116	0 %	0 %	50 %	50 %	189016688
1072	NC_010399	GTG	2	6	42144	42149	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	189016688
1073	NC_010399	TCG	3	9	42164	42172	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016688
1074	NC_010399	GTC	2	6	42181	42186	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016688
1075	NC_010399	TAC	2	6	42211	42216	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	189016688
1076	NC_010399	CGT	2	6	42234	42239	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016688
1077	NC_010399	GCA	2	6	42292	42297	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016688
1078	NC_010399	TGCGC	2	10	42318	42327	0 %	20 %	40 %	40 %	189016688
1079	NC_010399	CTG	2	6	42334	42339	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016688
1080	NC_010399	GCT	2	6	42345	42350	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016688
1081	NC_010399	CGG	2	6	42450	42455	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016688
1082	NC_010399	GCC	2	6	42470	42475	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016688
1083	NC_010399	CCG	2	6	42480	42485	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016688
1084	NC_010399	GGCT	2	8	42492	42499	0 %	25 %	50 %	25 %	189016688
1085	NC_010399	GAGCGC	2	12	42500	42511	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	189016688
1086	NC_010399	TGC	2	6	42539	42544	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1087	NC_010399	CCACG	2	10	42550	42559	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
1088	NC_010399	GC	3	6	42744	42749	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1089	NC_010399	TCG	2	6	42818	42823	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1090	NC_010399	TCGA	2	8	42826	42833	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
1091	NC_010399	TCG	2	6	42854	42859	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1092	NC_010399	TGGG	2	8	42914	42921	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
1093	NC_010399	TGCG	2	8	42961	42968	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
1094	NC_010399	ATCGC	3	15	42999	43013	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
1095	NC_010399	TC	3	6	43040	43045	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1096	NC_010399	GAT	2	6	43057	43062	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1097	NC_010399	GGC	2	6	43085	43090	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1098	NC_010399	CTG	2	6	43115	43120	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1099	NC_010399	GCCT	2	8	43302	43309	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
1100	NC_010399	GCC	2	6	43312	43317	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1101	NC_010399	CGGTG	2	10	43332	43341	0 %	20 %	60 %	20 %	189016689
1102	NC_010399	CGC	2	6	43346	43351	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016689
1103	NC_010399	CGG	2	6	43367	43372	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016689
1104	NC_010399	GC	3	6	43451	43456	0 %	0 %	50 %	50 %	189016689
1105	NC_010399	GCA	2	6	43494	43499	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016689
1106	NC_010399	AGC	2	6	43505	43510	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016689
1107	NC_010399	CGT	2	6	43629	43634	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016689
1108	NC_010399	GCC	2	6	43648	43653	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016689
1109	NC_010399	CCGG	2	8	43680	43687	0 %	0 %	50 %	50 %	189016689
1110	NC_010399	GGC	2	6	43693	43698	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016689
1111	NC_010399	GCG	2	6	43828	43833	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016689
1112	NC_010399	CGAC	2	8	43856	43863	25 %	0 %	25 %	50 %	189016689
1113	NC_010399	GGCG	2	8	43865	43872	0 %	0 %	75 %	25 %	189016689
1114	NC_010399	GCGGG	2	10	43881	43890	0 %	0 %	80 %	20 %	189016689
1115	NC_010399	CTC	2	6	43918	43923	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	189016689
1116	NC_010399	TCG	2	6	43928	43933	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016689
1117	NC_010399	ACC	2	6	43943	43948	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	189016689
1118	NC_010399	TGG	2	6	43969	43974	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	189016689
1119	NC_010399	CGT	2	6	44031	44036	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016689
1120	NC_010399	CGA	2	6	44102	44107	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016689
1121	NC_010399	AAG	2	6	44149	44154	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	189016689
1122	NC_010399	GCGA	2	8	44203	44210	25 %	0 %	50 %	25 %	189016689
1123	NC_010399	TCG	2	6	44231	44236	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016689
1124	NC_010399	CGG	2	6	44301	44306	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016689
1125	NC_010399	ACC	2	6	44557	44562	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	189016689
1126	NC_010399	CGT	2	6	44565	44570	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016689
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1128	NC_010399	CGC	2	6	44646	44651	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016689
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1250	NC_010399	GGGCC	2	10	50084	50093	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
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1252	NC_010399	CAT	2	6	50134	50139	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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1254	NC_010399	GC	3	6	50250	50255	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1255	NC_010399	GGA	2	6	50266	50271	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1256	NC_010399	CGT	2	6	50280	50285	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1257	NC_010399	TGCCGG	2	12	50292	50303	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
1258	NC_010399	CGG	2	6	50340	50345	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding

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