MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Coxiella burnetii Dugway 5J108-111 chromosome

Total Repeats: 47475

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009727	TTTCT	2	10	53	62	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_009727	CCG	2	6	197	202	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	154706441
3	NC_009727	CAA	2	6	203	208	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	154706441
4	NC_009727	CAAA	2	8	247	254	75 %	0 %	0 %	25 %	154706441
5	NC_009727	TAC	2	6	261	266	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	154706441
6	NC_009727	TGGAT	2	10	291	300	20 %	40 %	40 %	0 %	154706441
7	NC_009727	CCT	2	6	356	361	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	154706441
8	NC_009727	CCAA	2	8	401	408	50 %	0 %	0 %	50 %	154706441
9	NC_009727	AGC	2	6	436	441	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	154706441
10	NC_009727	TCG	2	6	513	518	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	154706441
11	NC_009727	GCC	3	9	545	553	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	154706441
12	NC_009727	TTTA	2	8	596	603	25 %	75 %	0 %	0 %	154706441
13	NC_009727	TGG	2	6	604	609	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	154706441
14	NC_009727	A	6	6	677	682	100 %	0 %	0 %	0 %	154706441
15	NC_009727	TTG	2	6	708	713	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	154706441
16	NC_009727	GTT	2	6	784	789	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	154706441
17	NC_009727	T	6	6	806	811	0 %	100 %	0 %	0 %	154706441
18	NC_009727	GATC	2	8	821	828	25 %	25 %	25 %	25 %	154706441
19	NC_009727	TTC	2	6	839	844	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	154706441
20	NC_009727	AGA	2	6	925	930	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	154706441
21	NC_009727	CTT	2	6	1057	1062	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	154706441
22	NC_009727	TCAA	2	8	1144	1151	50 %	25 %	0 %	25 %	154706441
23	NC_009727	CG	3	6	1300	1305	0 %	0 %	50 %	50 %	154706441
24	NC_009727	ATGGCC	2	12	1316	1327	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	154706441
25	NC_009727	TTGC	2	8	1430	1437	0 %	50 %	25 %	25 %	154706441
26	NC_009727	CGT	2	6	1440	1445	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	154706441
27	NC_009727	AGA	2	6	1456	1461	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	154706441
28	NC_009727	G	6	6	1628	1633	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
29	NC_009727	AAATT	2	10	1642	1651	60 %	40 %	0 %	0 %	154706526
30	NC_009727	ATT	2	6	1665	1670	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	154706526
31	NC_009727	CT	3	6	1741	1746	0 %	50 %	0 %	50 %	154706526
32	NC_009727	TCT	2	6	1834	1839	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	154706526
33	NC_009727	A	6	6	1925	1930	100 %	0 %	0 %	0 %	154706526
34	NC_009727	CCG	2	6	1991	1996	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	154706526
35	NC_009727	TAT	2	6	2098	2103	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	154706526
36	NC_009727	CAAA	2	8	2194	2201	75 %	0 %	0 %	25 %	154706526
37	NC_009727	ATC	2	6	2224	2229	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	154706526
38	NC_009727	ATT	2	6	2242	2247	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	154706526
39	NC_009727	GAG	2	6	2266	2271	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	154706526
40	NC_009727	AAT	2	6	2302	2307	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	154706526
41	NC_009727	CTA	2	6	2321	2326	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	154706526
42	NC_009727	AATT	2	8	2348	2355	50 %	50 %	0 %	0 %	154706526
43	NC_009727	GTG	2	6	2396	2401	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	154706526
44	NC_009727	ATCG	2	8	2416	2423	25 %	25 %	25 %	25 %	154706526
45	NC_009727	ATT	2	6	2508	2513	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	154706526
46	NC_009727	CCA	2	6	2525	2530	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	154706526
47	NC_009727	AAG	2	6	2540	2545	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	154706526
48	NC_009727	GAA	3	9	2551	2559	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	154706526
49	NC_009727	AGC	2	6	2677	2682	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	154706526
50	NC_009727	T	9	9	2834	2842	0 %	100 %	0 %	0 %	154707128
51	NC_009727	AATC	2	8	2877	2884	50 %	25 %	0 %	25 %	154707128
52	NC_009727	ATA	2	6	2943	2948	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	154707128
53	NC_009727	TTA	2	6	2967	2972	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	154707128
54	NC_009727	CA	3	6	2986	2991	50 %	0 %	0 %	50 %	154707128
55	NC_009727	CGAT	2	8	3028	3035	25 %	25 %	25 %	25 %	154707128
56	NC_009727	T	6	6	3124	3129	0 %	100 %	0 %	0 %	154707128
57	NC_009727	CCTT	2	8	3188	3195	0 %	50 %	0 %	50 %	154707128
58	NC_009727	T	7	7	3194	3200	0 %	100 %	0 %	0 %	154707128
59	NC_009727	TCA	2	6	3319	3324	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	154707128
60	NC_009727	GTGG	2	8	3420	3427	0 %	25 %	75 %	0 %	154707128
61	NC_009727	AC	3	6	3492	3497	50 %	0 %	0 %	50 %	154707128
62	NC_009727	CAA	2	6	3572	3577	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	154707128
63	NC_009727	TTAC	2	8	3585	3592	25 %	50 %	0 %	25 %	154707128
64	NC_009727	A	6	6	3627	3632	100 %	0 %	0 %	0 %	154707128
65	NC_009727	ATTT	2	8	3647	3654	25 %	75 %	0 %	0 %	154707128
66	NC_009727	CGA	2	6	3658	3663	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	154707128
67	NC_009727	CCG	2	6	3669	3674	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	154707128
68	NC_009727	TGAT	2	8	3702	3709	25 %	50 %	25 %	0 %	154707128
69	NC_009727	CGC	2	6	3814	3819	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	154707128
70	NC_009727	TAGA	2	8	3919	3926	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
71	NC_009727	AGA	2	6	3961	3966	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
72	NC_009727	AAT	2	6	4016	4021	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_009727	A	7	7	4032	4038	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_009727	A	7	7	4078	4084	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_009727	TGAGCG	2	12	4129	4140	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	209363643
76	NC_009727	CAC	2	6	4141	4146	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	209363643
77	NC_009727	TTC	2	6	4157	4162	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	209363643
78	NC_009727	CGA	2	6	4229	4234	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209363643
79	NC_009727	CAC	2	6	4248	4253	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	209363643
80	NC_009727	CGA	2	6	4283	4288	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209363643
81	NC_009727	AGA	2	6	4391	4396	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	209363643
82	NC_009727	GCC	2	6	4407	4412	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	209363643
83	NC_009727	TTA	2	6	4417	4422	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	209363643
84	NC_009727	CGG	2	6	4439	4444	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	209363643
85	NC_009727	CGG	2	6	4475	4480	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	209363643
86	NC_009727	GTG	2	6	4503	4508	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	209363643
87	NC_009727	AGA	2	6	4520	4525	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	209363643
88	NC_009727	GCTT	2	8	4715	4722	0 %	50 %	25 %	25 %	209363643
89	NC_009727	A	7	7	4830	4836	100 %	0 %	0 %	0 %	209363643
90	NC_009727	CCAT	2	8	4840	4847	25 %	25 %	0 %	50 %	209363643
91	NC_009727	T	6	6	4933	4938	0 %	100 %	0 %	0 %	209363643
92	NC_009727	AAT	2	6	4947	4952	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	209363643
93	NC_009727	CGG	2	6	4967	4972	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	209363643
94	NC_009727	CACT	2	8	4973	4980	25 %	25 %	0 %	50 %	209363643
95	NC_009727	AGT	2	6	5096	5101	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209363643
96	NC_009727	CTTG	2	8	5216	5223	0 %	50 %	25 %	25 %	209363643
97	NC_009727	TGC	2	6	5267	5272	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209363643
98	NC_009727	ACG	2	6	5312	5317	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209363643
99	NC_009727	TGG	2	6	5401	5406	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	209363643
100	NC_009727	TCT	2	6	5523	5528	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	209363643
101	NC_009727	AGA	2	6	5576	5581	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	209363643
102	NC_009727	ATC	2	6	5605	5610	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	209363643
103	NC_009727	CCGACG	2	12	5626	5637	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	209363643
104	NC_009727	CA	3	6	5647	5652	50 %	0 %	0 %	50 %	209363643
105	NC_009727	TCT	2	6	5674	5679	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	209363643
106	NC_009727	TA	3	6	5737	5742	50 %	50 %	0 %	0 %	209363643
107	NC_009727	A	7	7	5748	5754	100 %	0 %	0 %	0 %	209363643
108	NC_009727	GTT	2	6	5798	5803	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	209363643
109	NC_009727	GCG	2	6	5886	5891	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	209363643
110	NC_009727	TA	3	6	5946	5951	50 %	50 %	0 %	0 %	209363643
111	NC_009727	GCT	2	6	5960	5965	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209363643
112	NC_009727	TGAG	2	8	5995	6002	25 %	25 %	50 %	0 %	209363643
113	NC_009727	GGA	2	6	6035	6040	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	209363643
114	NC_009727	A	6	6	6093	6098	100 %	0 %	0 %	0 %	209363643
115	NC_009727	ATT	2	6	6135	6140	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	209363643
116	NC_009727	TTG	2	6	6208	6213	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	209363643
117	NC_009727	TA	3	6	6217	6222	50 %	50 %	0 %	0 %	209363643
118	NC_009727	A	6	6	6330	6335	100 %	0 %	0 %	0 %	209363643
119	NC_009727	TAT	2	6	6424	6429	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	209363643
120	NC_009727	ACC	2	6	6471	6476	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	209363643
121	NC_009727	CGC	2	6	6501	6506	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	209363643
122	NC_009727	TCC	2	6	6558	6563	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
123	NC_009727	ACCC	2	8	6711	6718	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
124	NC_009727	A	7	7	6764	6770	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_009727	TG	3	6	6834	6839	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
126	NC_009727	TGA	2	6	6844	6849	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
127	NC_009727	GTAT	2	8	6891	6898	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
128	NC_009727	GTG	2	6	6928	6933	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
129	NC_009727	GGA	2	6	6946	6951	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
130	NC_009727	GCA	2	6	7011	7016	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_009727	AAC	2	6	7124	7129	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_009727	GTT	2	6	7206	7211	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
133	NC_009727	GTG	2	6	7238	7243	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
134	NC_009727	AGCG	2	8	7278	7285	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
135	NC_009727	TTGT	2	8	7326	7333	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
136	NC_009727	TTG	2	6	7342	7347	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
137	NC_009727	GAG	2	6	7375	7380	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
138	NC_009727	GGGT	2	8	7439	7446	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
139	NC_009727	GTG	2	6	7477	7482	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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