MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Clostridium thermocellum ATCC 27405 chromosome

Total Repeats: 82983

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
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25002	NC_009012	TCT	2	6	1162380	1162385	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	125973487
25003	NC_009012	CAT	2	6	1162405	1162410	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	125973487
25004	NC_009012	T	6	6	1162509	1162514	0 %	100 %	0 %	0 %	125973487
25005	NC_009012	TATCG	2	10	1162529	1162538	20 %	40 %	20 %	20 %	125973487
25006	NC_009012	ATA	2	6	1162643	1162648	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125973487
25007	NC_009012	TCA	2	6	1162650	1162655	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	125973487
25008	NC_009012	CCA	2	6	1162672	1162677	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	125973487
25009	NC_009012	AAT	2	6	1162682	1162687	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125973487
25010	NC_009012	AAC	2	6	1162728	1162733	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	125973487
25011	NC_009012	TCC	2	6	1162743	1162748	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	125973487
25012	NC_009012	GCAAC	2	10	1162779	1162788	40 %	0 %	20 %	40 %	125973487
25013	NC_009012	AAT	2	6	1162796	1162801	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125973487
25014	NC_009012	TCT	2	6	1162838	1162843	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	125973487
25015	NC_009012	AT	3	6	1162865	1162870	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25016	NC_009012	ATA	2	6	1162875	1162880	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25017	NC_009012	T	7	7	1162881	1162887	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
25018	NC_009012	ATA	2	6	1162929	1162934	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25019	NC_009012	GTA	2	6	1162936	1162941	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25020	NC_009012	AAT	2	6	1162979	1162984	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25021	NC_009012	AT	3	6	1162983	1162988	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25022	NC_009012	CAA	2	6	1162996	1163001	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25023	NC_009012	ATT	2	6	1163002	1163007	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25024	NC_009012	CAAGT	2	10	1163042	1163051	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
25025	NC_009012	T	6	6	1163083	1163088	0 %	100 %	0 %	0 %	125973488
25026	NC_009012	CACC	2	8	1163115	1163122	25 %	0 %	0 %	75 %	125973488
25027	NC_009012	T	6	6	1163141	1163146	0 %	100 %	0 %	0 %	125973488
25028	NC_009012	ACA	2	6	1163155	1163160	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	125973488
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25034	NC_009012	ATT	2	6	1163304	1163309	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	125973488
25035	NC_009012	CAT	2	6	1163353	1163358	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	125973488
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25038	NC_009012	CCT	2	6	1163436	1163441	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	125973488
25039	NC_009012	ATA	2	6	1163460	1163465	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125973488
25040	NC_009012	GGT	2	6	1163482	1163487	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
25041	NC_009012	T	6	6	1163503	1163508	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
25042	NC_009012	TATAAA	3	18	1163523	1163540	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25043	NC_009012	TA	3	6	1163576	1163581	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25044	NC_009012	ATT	2	6	1163582	1163587	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25045	NC_009012	TA	3	6	1163623	1163628	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25046	NC_009012	A	7	7	1163628	1163634	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
25047	NC_009012	TAT	2	6	1163692	1163697	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	125973489
25048	NC_009012	AT	3	6	1163805	1163810	50 %	50 %	0 %	0 %	125973489
25049	NC_009012	ACC	2	6	1163837	1163842	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	125973489
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25051	NC_009012	CCCG	2	8	1163963	1163970	0 %	0 %	25 %	75 %	125973489
25052	NC_009012	CTG	3	9	1163985	1163993	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	125973489
25053	NC_009012	AATATT	2	12	1164028	1164039	50 %	50 %	0 %	0 %	125973489
25054	NC_009012	TTC	2	6	1164062	1164067	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	125973489
25055	NC_009012	CAT	2	6	1164075	1164080	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	125973489
25056	NC_009012	AT	3	6	1164100	1164105	50 %	50 %	0 %	0 %	125973489
25057	NC_009012	ACTGT	2	10	1164152	1164161	20 %	40 %	20 %	20 %	125973489
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25061	NC_009012	CTT	2	6	1164269	1164274	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	125973489
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25070	NC_009012	CT	3	6	1164648	1164653	0 %	50 %	0 %	50 %	125973489
25071	NC_009012	T	7	7	1164690	1164696	0 %	100 %	0 %	0 %	125973489
25072	NC_009012	AT	3	6	1164698	1164703	50 %	50 %	0 %	0 %	125973489
25073	NC_009012	TTGCAA	2	12	1164705	1164716	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	125973489
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25085	NC_009012	AC	3	6	1165364	1165369	50 %	0 %	0 %	50 %	125973490
25086	NC_009012	TAA	2	6	1165383	1165388	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125973490
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25094	NC_009012	A	6	6	1165862	1165867	100 %	0 %	0 %	0 %	125973490
25095	NC_009012	TTG	2	6	1165902	1165907	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	125973490
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25103	NC_009012	TCA	2	6	1166249	1166254	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	125973491
25104	NC_009012	ATTGCA	2	12	1166257	1166268	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	125973491
25105	NC_009012	A	6	6	1166341	1166346	100 %	0 %	0 %	0 %	125973491
25106	NC_009012	TCC	2	6	1166355	1166360	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	125973491
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25118	NC_009012	AT	3	6	1167098	1167103	50 %	50 %	0 %	0 %	125973492
25119	NC_009012	TCC	2	6	1167112	1167117	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	125973492
25120	NC_009012	AAG	2	6	1167144	1167149	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125973492
25121	NC_009012	TCT	2	6	1167223	1167228	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	125973492
25122	NC_009012	CAC	2	6	1167248	1167253	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	125973492
25123	NC_009012	AGC	2	6	1167309	1167314	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	125973492
25124	NC_009012	AT	3	6	1167404	1167409	50 %	50 %	0 %	0 %	125973492
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25127	NC_009012	TCC	2	6	1167724	1167729	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	125973492
25128	NC_009012	GTT	2	6	1167762	1167767	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	125973492
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25130	NC_009012	TCA	2	6	1167787	1167792	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	125973492
25131	NC_009012	T	6	6	1167862	1167867	0 %	100 %	0 %	0 %	125973492
25132	NC_009012	TTA	2	6	1167905	1167910	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	125973492
25133	NC_009012	TTC	2	6	1168057	1168062	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	125973492
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25136	NC_009012	GCC	2	6	1168416	1168421	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	125973492
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25141	NC_009012	TAC	2	6	1168521	1168526	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	125973493
25142	NC_009012	TA	3	6	1168566	1168571	50 %	50 %	0 %	0 %	125973493
25143	NC_009012	TCA	2	6	1168622	1168627	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	125973493
25144	NC_009012	GTA	2	6	1168663	1168668	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125973493
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25147	NC_009012	TTA	2	6	1168709	1168714	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	125973493
25148	NC_009012	TCCG	2	8	1168729	1168736	0 %	25 %	25 %	50 %	125973493
25149	NC_009012	ACT	2	6	1168843	1168848	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	125973493
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25151	NC_009012	CCTG	2	8	1168959	1168966	0 %	25 %	25 %	50 %	125973493
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25153	NC_009012	AT	3	6	1168996	1169001	50 %	50 %	0 %	0 %	125973493
25154	NC_009012	TA	3	6	1169051	1169056	50 %	50 %	0 %	0 %	125973493
25155	NC_009012	AAC	2	6	1169109	1169114	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	125973493
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25159	NC_009012	T	6	6	1169256	1169261	0 %	100 %	0 %	0 %	125973493
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25168	NC_009012	A	7	7	1169653	1169659	100 %	0 %	0 %	0 %	125973493
25169	NC_009012	TCCA	2	8	1169793	1169800	25 %	25 %	0 %	50 %	125973493
25170	NC_009012	AG	3	6	1169825	1169830	50 %	0 %	50 %	0 %	125973493
25171	NC_009012	TGCTTT	2	12	1169835	1169846	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	125973493
25172	NC_009012	CTTCAA	2	12	1169891	1169902	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	125973493
25173	NC_009012	TCC	2	6	1169945	1169950	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
25174	NC_009012	TCG	2	6	1170010	1170015	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25175	NC_009012	CTCAAC	2	12	1170041	1170052	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	125973494
25176	NC_009012	TCA	2	6	1170162	1170167	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	125973494
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25179	NC_009012	TTC	2	6	1170209	1170214	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	125973494
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25181	NC_009012	T	7	7	1170245	1170251	0 %	100 %	0 %	0 %	125973494
25182	NC_009012	TAA	2	6	1170286	1170291	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125973494
25183	NC_009012	TTCTA	2	10	1170317	1170326	20 %	60 %	0 %	20 %	125973494
25184	NC_009012	T	6	6	1170354	1170359	0 %	100 %	0 %	0 %	125973494
25185	NC_009012	TCT	2	6	1170437	1170442	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	125973494
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25187	NC_009012	TCC	2	6	1170506	1170511	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	125973494
25188	NC_009012	CCA	2	6	1170544	1170549	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	125973494
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25192	NC_009012	TCC	2	6	1170833	1170838	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	125973494
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25203	NC_009012	CT	3	6	1171804	1171809	0 %	50 %	0 %	50 %	125973494
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25206	NC_009012	CT	3	6	1171907	1171912	0 %	50 %	0 %	50 %	125973494
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25210	NC_009012	A	6	6	1172124	1172129	100 %	0 %	0 %	0 %	125973494
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25213	NC_009012	TGCC	2	8	1172179	1172186	0 %	25 %	25 %	50 %	125973494
25214	NC_009012	A	6	6	1172221	1172226	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
25215	NC_009012	CA	3	6	1172246	1172251	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
25216	NC_009012	TCT	2	6	1172282	1172287	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25217	NC_009012	CTTA	2	8	1172293	1172300	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
25218	NC_009012	A	7	7	1172322	1172328	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
25219	NC_009012	AT	3	6	1172334	1172339	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25220	NC_009012	AGC	2	6	1172378	1172383	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25221	NC_009012	GCAA	2	8	1172405	1172412	50 %	0 %	25 %	25 %	125973495
25222	NC_009012	TAA	2	6	1172424	1172429	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125973495
25223	NC_009012	TCC	2	6	1172459	1172464	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	125973495
25224	NC_009012	TCT	2	6	1172577	1172582	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	125973495
25225	NC_009012	T	6	6	1172630	1172635	0 %	100 %	0 %	0 %	125973495
25226	NC_009012	GTT	2	6	1172655	1172660	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	125973495
25227	NC_009012	AGC	2	6	1172732	1172737	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	125973495
25228	NC_009012	TGT	3	9	1172766	1172774	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	125973495
25229	NC_009012	TCT	2	6	1172784	1172789	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	125973495
25230	NC_009012	TTC	2	6	1172809	1172814	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	125973495
25231	NC_009012	ACA	2	6	1172917	1172922	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25232	NC_009012	ACCC	2	8	1172947	1172954	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
25233	NC_009012	AAT	2	6	1172957	1172962	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25234	NC_009012	TC	3	6	1173014	1173019	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
25235	NC_009012	TG	3	6	1173068	1173073	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
25236	NC_009012	T	6	6	1173074	1173079	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
25237	NC_009012	T	6	6	1173098	1173103	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
25238	NC_009012	A	7	7	1173149	1173155	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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25240	NC_009012	TGT	2	6	1173207	1173212	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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25362	NC_009012	AT	3	6	1179718	1179723	50 %	50 %	0 %	0 %	125973501
25363	NC_009012	TTA	2	6	1179879	1179884	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	125973501
25364	NC_009012	AGA	2	6	1179893	1179898	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125973501
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25366	NC_009012	AT	3	6	1179950	1179955	50 %	50 %	0 %	0 %	125973501
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25372	NC_009012	CT	3	6	1180265	1180270	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
25373	NC_009012	ATG	2	6	1180277	1180282	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25374	NC_009012	ATGT	2	8	1180295	1180302	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
25375	NC_009012	TAA	2	6	1180311	1180316	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25376	NC_009012	A	7	7	1180315	1180321	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
25377	NC_009012	GTAA	2	8	1180342	1180349	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
25378	NC_009012	GTT	2	6	1180360	1180365	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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25381	NC_009012	ATA	2	6	1180401	1180406	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25382	NC_009012	CAAAA	2	10	1180468	1180477	80 %	0 %	0 %	20 %	346980499
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25397	NC_009012	TGCT	2	8	1181408	1181415	0 %	50 %	25 %	25 %	125973502
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25400	NC_009012	AT	3	6	1181563	1181568	50 %	50 %	0 %	0 %	125973502
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25402	NC_009012	ACT	2	6	1181631	1181636	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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25404	NC_009012	TCC	2	6	1181983	1181988	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	125973503
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25441	NC_009012	CAG	2	6	1183967	1183972	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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25448	NC_009012	CTTT	2	8	1184366	1184373	0 %	75 %	0 %	25 %	125973506
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25461	NC_009012	CAG	2	6	1185012	1185017	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	125973506
25462	NC_009012	T	7	7	1185036	1185042	0 %	100 %	0 %	0 %	125973506
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25466	NC_009012	TTAT	2	8	1185337	1185344	25 %	75 %	0 %	0 %	125973506
25467	NC_009012	CTT	2	6	1185386	1185391	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	125973506
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25469	NC_009012	CAC	2	6	1185465	1185470	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	125973506
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25471	NC_009012	ATC	2	6	1185504	1185509	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	125973506
25472	NC_009012	TCC	2	6	1185529	1185534	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	125973506
25473	NC_009012	ACA	2	6	1185541	1185546	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	125973506
25474	NC_009012	GCC	2	6	1185589	1185594	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	125973506
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25479	NC_009012	T	6	6	1185784	1185789	0 %	100 %	0 %	0 %	125973506
25480	NC_009012	ACC	2	6	1185810	1185815	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	125973506
25481	NC_009012	ATC	2	6	1185825	1185830	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	125973506
25482	NC_009012	ATC	2	6	1185840	1185845	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	125973506
25483	NC_009012	ATA	2	6	1185848	1185853	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125973506
25484	NC_009012	T	6	6	1185886	1185891	0 %	100 %	0 %	0 %	125973506
25485	NC_009012	TCC	2	6	1185915	1185920	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	125973506
25486	NC_009012	CTT	2	6	1186022	1186027	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	125973506
25487	NC_009012	CTT	2	6	1186068	1186073	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	125973506
25488	NC_009012	TCC	2	6	1186090	1186095	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	125973506
25489	NC_009012	TTC	2	6	1186162	1186167	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	125973506
25490	NC_009012	TGT	2	6	1186211	1186216	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	125973506
25491	NC_009012	T	7	7	1186219	1186225	0 %	100 %	0 %	0 %	125973506
25492	NC_009012	T	6	6	1186231	1186236	0 %	100 %	0 %	0 %	125973506
25493	NC_009012	TTTTC	2	10	1186244	1186253	0 %	80 %	0 %	20 %	125973506
25494	NC_009012	T	6	6	1186261	1186266	0 %	100 %	0 %	0 %	125973506
25495	NC_009012	TAT	3	9	1186280	1186288	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	125973506
25496	NC_009012	T	6	6	1186305	1186310	0 %	100 %	0 %	0 %	125973506
25497	NC_009012	GCA	2	6	1186324	1186329	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	125973506
25498	NC_009012	CCTG	2	8	1186367	1186374	0 %	25 %	25 %	50 %	125973506
25499	NC_009012	T	7	7	1186385	1186391	0 %	100 %	0 %	0 %	125973506
25500	NC_009012	TTCA	2	8	1186407	1186414	25 %	50 %	0 %	25 %	125973506

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