MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Clostridium thermocellum ATCC 27405 chromosome

Total Repeats: 82983

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
24001	NC_009012	TTC	2	6	1117494	1117499	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	125973445
24002	NC_009012	TAT	2	6	1117560	1117565	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	125973445
24003	NC_009012	TCC	2	6	1117585	1117590	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
24004	NC_009012	TTCT	2	8	1117593	1117600	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
24005	NC_009012	A	7	7	1117684	1117690	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
24006	NC_009012	A	6	6	1117697	1117702	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
24007	NC_009012	TAA	2	6	1117745	1117750	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24008	NC_009012	TCCTC	2	10	1117785	1117794	0 %	40 %	0 %	60 %	125973446
24009	NC_009012	ATTGCT	2	12	1117871	1117882	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	125973446
24010	NC_009012	GCT	2	6	1117901	1117906	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	125973446
24011	NC_009012	TGC	2	6	1117951	1117956	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	125973446
24012	NC_009012	TCC	2	6	1118021	1118026	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
24013	NC_009012	TA	3	6	1118042	1118047	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24014	NC_009012	TAAAT	2	10	1118051	1118060	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
24015	NC_009012	TC	3	6	1118080	1118085	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
24016	NC_009012	AT	3	6	1118092	1118097	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24017	NC_009012	TA	3	6	1118105	1118110	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24018	NC_009012	CTAAC	2	10	1118120	1118129	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
24019	NC_009012	TTTAT	2	10	1118130	1118139	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
24020	NC_009012	AAT	2	6	1118140	1118145	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24021	NC_009012	AACA	2	8	1118153	1118160	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
24022	NC_009012	ATT	2	6	1118221	1118226	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	125973447
24023	NC_009012	T	6	6	1118242	1118247	0 %	100 %	0 %	0 %	125973447
24024	NC_009012	TCCT	2	8	1118267	1118274	0 %	50 %	0 %	50 %	125973447
24025	NC_009012	T	6	6	1118298	1118303	0 %	100 %	0 %	0 %	125973447
24026	NC_009012	T	6	6	1118328	1118333	0 %	100 %	0 %	0 %	125973447
24027	NC_009012	CCA	2	6	1118390	1118395	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	125973447
24028	NC_009012	TATAAA	2	12	1118501	1118512	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125973447
24029	NC_009012	TA	3	6	1118571	1118576	50 %	50 %	0 %	0 %	125973447
24030	NC_009012	AAC	2	6	1118646	1118651	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	125973447
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24032	NC_009012	CTG	2	6	1118680	1118685	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	125973447
24033	NC_009012	TTGT	2	8	1118705	1118712	0 %	75 %	25 %	0 %	125973447
24034	NC_009012	TAA	2	6	1118738	1118743	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125973447
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24037	NC_009012	TA	3	6	1118931	1118936	50 %	50 %	0 %	0 %	125973447
24038	NC_009012	TTC	2	6	1118967	1118972	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	125973447
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24040	NC_009012	GTCAT	2	10	1119079	1119088	20 %	40 %	20 %	20 %	125973447
24041	NC_009012	TA	3	6	1119102	1119107	50 %	50 %	0 %	0 %	125973447
24042	NC_009012	AT	3	6	1119120	1119125	50 %	50 %	0 %	0 %	125973447
24043	NC_009012	TTAA	2	8	1119214	1119221	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24044	NC_009012	TA	4	8	1119322	1119329	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24045	NC_009012	TTTAA	2	10	1119338	1119347	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
24046	NC_009012	ATTT	2	8	1119380	1119387	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
24047	NC_009012	CTT	2	6	1119456	1119461	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	125973448
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24050	NC_009012	TA	3	6	1119713	1119718	50 %	50 %	0 %	0 %	125973448
24051	NC_009012	GAA	2	6	1119798	1119803	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125973448
24052	NC_009012	CATT	2	8	1119998	1120005	25 %	50 %	0 %	25 %	125973448
24053	NC_009012	TGAG	2	8	1120019	1120026	25 %	25 %	50 %	0 %	125973448
24054	NC_009012	AAT	2	6	1120059	1120064	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125973448
24055	NC_009012	CT	3	6	1120071	1120076	0 %	50 %	0 %	50 %	125973448
24056	NC_009012	AAT	2	6	1120142	1120147	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24057	NC_009012	AT	4	8	1120146	1120153	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24058	NC_009012	AT	3	6	1120168	1120173	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24059	NC_009012	CCA	2	6	1120308	1120313	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	125973449
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24064	NC_009012	GCCG	2	8	1120472	1120479	0 %	0 %	50 %	50 %	125973449
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24089	NC_009012	TA	3	6	1121537	1121542	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24090	NC_009012	ATC	2	6	1121551	1121556	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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24093	NC_009012	T	7	7	1121651	1121657	0 %	100 %	0 %	0 %	125973450
24094	NC_009012	ATT	2	6	1121662	1121667	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	125973450
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24102	NC_009012	G	6	6	1121902	1121907	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
24103	NC_009012	ATT	2	6	1121964	1121969	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	125973451
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24105	NC_009012	ACCTG	2	10	1121999	1122008	20 %	20 %	20 %	40 %	125973451
24106	NC_009012	TA	3	6	1122010	1122015	50 %	50 %	0 %	0 %	125973451
24107	NC_009012	ACA	2	6	1122044	1122049	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	125973451
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24109	NC_009012	TAT	2	6	1122148	1122153	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	125973451
24110	NC_009012	GATT	2	8	1122205	1122212	25 %	50 %	25 %	0 %	125973451
24111	NC_009012	TGC	2	6	1122241	1122246	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	125973451
24112	NC_009012	AAT	2	6	1122271	1122276	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125973451
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24118	NC_009012	GA	3	6	1122783	1122788	50 %	0 %	50 %	0 %	125973452
24119	NC_009012	TCT	2	6	1122830	1122835	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	125973452
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24121	NC_009012	GCT	2	6	1122933	1122938	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	125973452
24122	NC_009012	AGA	2	6	1122952	1122957	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125973452
24123	NC_009012	TTGTCT	2	12	1122967	1122978	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	125973452
24124	NC_009012	ATA	2	6	1122979	1122984	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125973452
24125	NC_009012	CAG	2	6	1122989	1122994	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	125973452
24126	NC_009012	TGC	2	6	1123082	1123087	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	125973452
24127	NC_009012	AAG	2	6	1123110	1123115	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125973452
24128	NC_009012	TTCC	2	8	1123229	1123236	0 %	50 %	0 %	50 %	125973452
24129	NC_009012	GCA	2	6	1123251	1123256	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	125973452
24130	NC_009012	TAT	2	6	1123284	1123289	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	125973452
24131	NC_009012	TGCC	2	8	1123382	1123389	0 %	25 %	25 %	50 %	125973452
24132	NC_009012	T	7	7	1123550	1123556	0 %	100 %	0 %	0 %	125973452
24133	NC_009012	CAG	2	6	1123601	1123606	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	125973452
24134	NC_009012	AT	3	6	1123642	1123647	50 %	50 %	0 %	0 %	125973452
24135	NC_009012	TTC	2	6	1123688	1123693	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	125973452
24136	NC_009012	ATTT	2	8	1123740	1123747	25 %	75 %	0 %	0 %	125973453
24137	NC_009012	CGG	2	6	1123762	1123767	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	125973453
24138	NC_009012	CCT	2	6	1123782	1123787	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	125973453
24139	NC_009012	AAATT	2	10	1123801	1123810	60 %	40 %	0 %	0 %	125973453
24140	NC_009012	ATC	2	6	1123991	1123996	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	125973453
24141	NC_009012	TCCA	2	8	1124079	1124086	25 %	25 %	0 %	50 %	125973453
24142	NC_009012	TCC	2	6	1124105	1124110	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	125973453
24143	NC_009012	AGC	2	6	1124140	1124145	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	125973453
24144	NC_009012	T	6	6	1124160	1124165	0 %	100 %	0 %	0 %	125973453
24145	NC_009012	GGT	2	6	1124192	1124197	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	125973453
24146	NC_009012	ATT	2	6	1124199	1124204	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	125973453
24147	NC_009012	TCC	2	6	1124214	1124219	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	125973453
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24149	NC_009012	ACT	2	6	1124289	1124294	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	125973453
24150	NC_009012	TAA	2	6	1124347	1124352	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125973453
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24152	NC_009012	GCC	2	6	1124415	1124420	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	125973453
24153	NC_009012	CTT	2	6	1124509	1124514	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	125973453
24154	NC_009012	CTT	2	6	1124598	1124603	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	125973453
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24157	NC_009012	GCT	2	6	1124693	1124698	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	125973453
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24161	NC_009012	TCTT	2	8	1124941	1124948	0 %	75 %	0 %	25 %	125973454
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24169	NC_009012	TAA	2	6	1125323	1125328	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125973454
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24174	NC_009012	CTT	2	6	1125592	1125597	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	125973454
24175	NC_009012	TCA	2	6	1125625	1125630	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	125973454
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24177	NC_009012	T	6	6	1125773	1125778	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
24178	NC_009012	TAC	2	6	1125791	1125796	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24179	NC_009012	T	6	6	1125807	1125812	0 %	100 %	0 %	0 %	125973455
24180	NC_009012	AAAT	2	8	1125825	1125832	75 %	25 %	0 %	0 %	125973455
24181	NC_009012	TAT	2	6	1125888	1125893	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	125973455
24182	NC_009012	T	6	6	1125902	1125907	0 %	100 %	0 %	0 %	125973455
24183	NC_009012	GCTT	2	8	1125927	1125934	0 %	50 %	25 %	25 %	125973455
24184	NC_009012	AT	4	8	1126030	1126037	50 %	50 %	0 %	0 %	125973455
24185	NC_009012	T	6	6	1126059	1126064	0 %	100 %	0 %	0 %	125973455
24186	NC_009012	T	7	7	1126178	1126184	0 %	100 %	0 %	0 %	125973455
24187	NC_009012	T	6	6	1126193	1126198	0 %	100 %	0 %	0 %	125973455
24188	NC_009012	TTCT	2	8	1126200	1126207	0 %	75 %	0 %	25 %	125973455
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24192	NC_009012	TCT	2	6	1126415	1126420	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24193	NC_009012	AT	4	8	1126458	1126465	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24194	NC_009012	TAT	2	6	1126468	1126473	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24195	NC_009012	ATT	2	6	1126486	1126491	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24196	NC_009012	TA	3	6	1126520	1126525	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24197	NC_009012	AT	3	6	1126526	1126531	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24198	NC_009012	AT	3	6	1126537	1126542	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24199	NC_009012	CAA	2	6	1126544	1126549	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24200	NC_009012	ATA	2	6	1126687	1126692	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24201	NC_009012	T	6	6	1126698	1126703	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
24202	NC_009012	TAATT	2	10	1126856	1126865	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
24203	NC_009012	TTC	2	6	1126931	1126936	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24204	NC_009012	ACCC	2	8	1126986	1126993	25 %	0 %	0 %	75 %	125973456
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24210	NC_009012	TCA	2	6	1127336	1127341	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	125973456
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24212	NC_009012	TCA	2	6	1127390	1127395	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	125973456
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24214	NC_009012	AT	3	6	1127551	1127556	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24215	NC_009012	TAC	2	6	1127599	1127604	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	125973457
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24217	NC_009012	GTT	2	6	1127643	1127648	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	125973457
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24221	NC_009012	T	6	6	1127759	1127764	0 %	100 %	0 %	0 %	125973457
24222	NC_009012	ATT	2	6	1127773	1127778	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	125973457
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24225	NC_009012	GCA	2	6	1127912	1127917	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	125973457
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24227	NC_009012	CCT	2	6	1127970	1127975	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	125973457
24228	NC_009012	CATC	2	8	1128035	1128042	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
24229	NC_009012	ACA	2	6	1128157	1128162	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24230	NC_009012	TAT	2	6	1128192	1128197	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24231	NC_009012	TA	3	6	1128206	1128211	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24232	NC_009012	CCAT	2	8	1128235	1128242	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
24233	NC_009012	CAT	2	6	1128250	1128255	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24234	NC_009012	TCT	2	6	1128259	1128264	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24235	NC_009012	A	7	7	1128288	1128294	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
24236	NC_009012	T	6	6	1128320	1128325	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
24237	NC_009012	TTAC	2	8	1128329	1128336	25 %	50 %	0 %	25 %	125973458
24238	NC_009012	CCA	2	6	1128452	1128457	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	125973458
24239	NC_009012	AAT	2	6	1128489	1128494	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125973458
24240	NC_009012	TTGC	2	8	1128523	1128530	0 %	50 %	25 %	25 %	125973458
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24242	NC_009012	ATT	2	6	1128595	1128600	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	125973458
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24353	NC_009012	TTA	2	6	1133923	1133928	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24354	NC_009012	AATT	2	8	1133953	1133960	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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24357	NC_009012	TAT	2	6	1134019	1134024	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	125973464
24358	NC_009012	T	6	6	1134062	1134067	0 %	100 %	0 %	0 %	125973464
24359	NC_009012	TTCC	2	8	1134069	1134076	0 %	50 %	0 %	50 %	125973464
24360	NC_009012	ACA	2	6	1134077	1134082	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	125973464
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24480	NC_009012	TTC	2	6	1140231	1140236	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	125973468
24481	NC_009012	CA	3	6	1140256	1140261	50 %	0 %	0 %	50 %	125973468
24482	NC_009012	CTT	2	6	1140267	1140272	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	125973468
24483	NC_009012	TCC	2	6	1140335	1140340	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	125973468
24484	NC_009012	TA	3	6	1140365	1140370	50 %	50 %	0 %	0 %	125973468
24485	NC_009012	TCTT	2	8	1140385	1140392	0 %	75 %	0 %	25 %	125973468
24486	NC_009012	CA	3	6	1140437	1140442	50 %	0 %	0 %	50 %	125973468
24487	NC_009012	T	6	6	1140461	1140466	0 %	100 %	0 %	0 %	125973468
24488	NC_009012	CAA	2	6	1140496	1140501	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	125973468
24489	NC_009012	CTT	2	6	1140513	1140518	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	125973468
24490	NC_009012	TTG	2	6	1140591	1140596	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	125973468
24491	NC_009012	TCA	2	6	1140696	1140701	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	125973468
24492	NC_009012	ATA	2	6	1140854	1140859	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125973468
24493	NC_009012	AAT	2	6	1140905	1140910	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125973468
24494	NC_009012	AT	3	6	1140909	1140914	50 %	50 %	0 %	0 %	125973468
24495	NC_009012	T	6	6	1140965	1140970	0 %	100 %	0 %	0 %	125973468
24496	NC_009012	TAA	2	6	1141156	1141161	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24497	NC_009012	CAT	2	6	1141185	1141190	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24498	NC_009012	CGG	2	6	1141202	1141207	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
24499	NC_009012	AGC	2	6	1141217	1141222	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	125973469
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