MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Clostridium thermocellum ATCC 27405 chromosome

Total Repeats: 82983

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
13001	NC_009012	GTT	2	6	611280	611285	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	125973019
13002	NC_009012	AGC	2	6	611290	611295	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	125973019
13003	NC_009012	TGCA	2	8	611341	611348	25 %	25 %	25 %	25 %	125973019
13004	NC_009012	AGAAAA	2	12	611386	611397	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	125973019
13005	NC_009012	GAA	2	6	611400	611405	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125973019
13006	NC_009012	A	8	8	611415	611422	100 %	0 %	0 %	0 %	125973019
13007	NC_009012	GAA	2	6	611466	611471	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125973019
13008	NC_009012	TGA	2	6	611530	611535	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13009	NC_009012	ATG	2	6	611558	611563	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125973020
13010	NC_009012	GAGAA	2	10	611636	611645	60 %	0 %	40 %	0 %	125973020
13011	NC_009012	A	6	6	611652	611657	100 %	0 %	0 %	0 %	125973020
13012	NC_009012	GGA	2	6	611659	611664	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	125973020
13013	NC_009012	ATT	2	6	611675	611680	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	125973020
13014	NC_009012	GCAGAT	2	12	611681	611692	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	125973020
13015	NC_009012	GAG	2	6	611786	611791	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	125973020
13016	NC_009012	GAA	2	6	611921	611926	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125973020
13017	NC_009012	TGC	2	6	611941	611946	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	125973020
13018	NC_009012	AGCA	2	8	612005	612012	50 %	0 %	25 %	25 %	125973020
13019	NC_009012	TTTG	2	8	612134	612141	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
13020	NC_009012	TAT	2	6	612224	612229	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	125973021
13021	NC_009012	AAT	2	6	612269	612274	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125973021
13022	NC_009012	AGGCA	2	10	612280	612289	40 %	0 %	40 %	20 %	125973021
13023	NC_009012	GAA	2	6	612321	612326	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125973021
13024	NC_009012	TGA	2	6	612344	612349	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125973021
13025	NC_009012	GAA	2	6	612351	612356	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125973021
13026	NC_009012	GCCG	2	8	612368	612375	0 %	0 %	50 %	50 %	125973021
13027	NC_009012	GAA	2	6	612435	612440	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125973021
13028	NC_009012	CAAC	2	8	612492	612499	50 %	0 %	0 %	50 %	125973021
13029	NC_009012	A	6	6	612562	612567	100 %	0 %	0 %	0 %	125973021
13030	NC_009012	TTG	2	6	612625	612630	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	125973021
13031	NC_009012	AAG	2	6	612631	612636	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125973021
13032	NC_009012	GATA	2	8	612641	612648	50 %	25 %	25 %	0 %	125973021
13033	NC_009012	AGGA	2	8	612724	612731	50 %	0 %	50 %	0 %	125973021
13034	NC_009012	AAT	2	6	612755	612760	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125973021
13035	NC_009012	A	8	8	612770	612777	100 %	0 %	0 %	0 %	125973021
13036	NC_009012	AAGG	2	8	612782	612789	50 %	0 %	50 %	0 %	125973021
13037	NC_009012	ATT	2	6	612794	612799	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13038	NC_009012	A	6	6	612827	612832	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
13039	NC_009012	T	6	6	612854	612859	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
13040	NC_009012	TAT	2	6	612874	612879	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13041	NC_009012	ATT	2	6	612902	612907	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13042	NC_009012	AAT	2	6	612918	612923	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13043	NC_009012	TTA	2	6	612963	612968	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	125973022
13044	NC_009012	ATT	2	6	613020	613025	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	125973022
13045	NC_009012	TTATT	2	10	613048	613057	20 %	80 %	0 %	0 %	125973022
13046	NC_009012	A	6	6	613094	613099	100 %	0 %	0 %	0 %	125973022
13047	NC_009012	AAGT	2	8	613102	613109	50 %	25 %	25 %	0 %	125973022
13048	NC_009012	AAT	2	6	613275	613280	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125973022
13049	NC_009012	AAAAT	2	10	613306	613315	80 %	20 %	0 %	0 %	125973022
13050	NC_009012	AT	3	6	613380	613385	50 %	50 %	0 %	0 %	125973022
13051	NC_009012	A	6	6	613399	613404	100 %	0 %	0 %	0 %	125973022
13052	NC_009012	CTTAAA	2	12	613406	613417	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	125973022
13053	NC_009012	ACG	2	6	613444	613449	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	125973022
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13055	NC_009012	GAA	2	6	613626	613631	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125973022
13056	NC_009012	GGA	2	6	613632	613637	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	125973022
13057	NC_009012	TATT	2	8	613821	613828	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
13058	NC_009012	ATATTT	2	12	613844	613855	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13059	NC_009012	TTG	2	6	613867	613872	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13060	NC_009012	GTT	2	6	613931	613936	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13061	NC_009012	AGG	2	6	613951	613956	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
13062	NC_009012	A	6	6	614002	614007	100 %	0 %	0 %	0 %	125973023
13063	NC_009012	AT	3	6	614064	614069	50 %	50 %	0 %	0 %	125973023
13064	NC_009012	A	6	6	614134	614139	100 %	0 %	0 %	0 %	125973023
13065	NC_009012	TGA	2	6	614145	614150	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125973023
13066	NC_009012	T	7	7	614199	614205	0 %	100 %	0 %	0 %	125973023
13067	NC_009012	A	6	6	614321	614326	100 %	0 %	0 %	0 %	125973023
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13074	NC_009012	A	7	7	614621	614627	100 %	0 %	0 %	0 %	125973024
13075	NC_009012	TGG	2	6	614675	614680	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	125973024
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13093	NC_009012	GCA	2	6	615673	615678	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	125973024
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13095	NC_009012	ATA	2	6	615854	615859	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13096	NC_009012	AAAAT	2	10	615884	615893	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
13097	NC_009012	T	6	6	615973	615978	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
13098	NC_009012	TTTA	2	8	616000	616007	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
13099	NC_009012	AAT	2	6	616017	616022	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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13101	NC_009012	AT	3	6	616062	616067	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13102	NC_009012	A	7	7	616073	616079	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
13103	NC_009012	T	8	8	616159	616166	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
13104	NC_009012	AT	3	6	616198	616203	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13105	NC_009012	GGAT	2	8	616235	616242	25 %	25 %	50 %	0 %	125973025
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13107	NC_009012	AAAG	2	8	616398	616405	75 %	0 %	25 %	0 %	125973025
13108	NC_009012	CGG	2	6	616416	616421	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	125973025
13109	NC_009012	AT	3	6	616476	616481	50 %	50 %	0 %	0 %	125973025
13110	NC_009012	GTT	2	6	616612	616617	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	125973025
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13112	NC_009012	TA	3	6	616667	616672	50 %	50 %	0 %	0 %	125973025
13113	NC_009012	A	6	6	616693	616698	100 %	0 %	0 %	0 %	125973025
13114	NC_009012	ATT	2	6	616705	616710	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	125973025
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13117	NC_009012	AGA	2	6	616863	616868	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125973025
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13123	NC_009012	TGGA	2	8	617231	617238	25 %	25 %	50 %	0 %	125973025
13124	NC_009012	ATTC	2	8	617377	617384	25 %	50 %	0 %	25 %	125973025
13125	NC_009012	TCCA	2	8	617389	617396	25 %	25 %	0 %	50 %	125973025
13126	NC_009012	CGA	2	6	617406	617411	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	125973025
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13155	NC_009012	A	6	6	619069	619074	100 %	0 %	0 %	0 %	125973026
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13262	NC_009012	TATT	2	8	623572	623579	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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13500	NC_009012	TGT	2	6	635848	635853	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	125973039

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