MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Clostridium thermocellum ATCC 27405 chromosome

Total Repeats: 82983

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
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11002	NC_009012	CTT	2	6	514914	514919	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	125972932
11003	NC_009012	AAT	2	6	514960	514965	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125972932
11004	NC_009012	GAC	2	6	514966	514971	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	125972932
11005	NC_009012	ACA	2	6	515015	515020	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	125972932
11006	NC_009012	T	6	6	515026	515031	0 %	100 %	0 %	0 %	125972932
11007	NC_009012	ATT	2	6	515134	515139	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	125972932
11008	NC_009012	GGA	2	6	515194	515199	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	125972932
11009	NC_009012	CTT	2	6	515247	515252	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	125972932
11010	NC_009012	CGT	2	6	515262	515267	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	125972932
11011	NC_009012	GAT	2	6	515282	515287	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125972932
11012	NC_009012	TGA	2	6	515293	515298	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125972932
11013	NC_009012	TTC	2	6	515311	515316	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	125972932
11014	NC_009012	TAA	2	6	515320	515325	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125972932
11015	NC_009012	CTT	2	6	515335	515340	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	125972932
11016	NC_009012	GAT	2	6	515403	515408	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11017	NC_009012	AAAAC	2	10	515416	515425	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
11018	NC_009012	AAT	2	6	515433	515438	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11019	NC_009012	TC	3	6	515460	515465	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
11020	NC_009012	ATT	2	6	515556	515561	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11021	NC_009012	ATT	3	9	515571	515579	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11022	NC_009012	A	7	7	515581	515587	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11023	NC_009012	AAG	2	6	515599	515604	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11024	NC_009012	ATA	3	9	515621	515629	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11025	NC_009012	AATGT	2	10	515650	515659	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
11026	NC_009012	ATG	2	6	515664	515669	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11027	NC_009012	TTAAA	2	10	515751	515760	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
11028	NC_009012	A	6	6	515766	515771	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11029	NC_009012	TA	3	6	515788	515793	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11030	NC_009012	AT	3	6	515797	515802	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11031	NC_009012	T	6	6	515821	515826	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
11032	NC_009012	TCT	2	6	515856	515861	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11033	NC_009012	AGT	2	6	515905	515910	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11034	NC_009012	TAT	2	6	515916	515921	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11035	NC_009012	A	6	6	515943	515948	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11036	NC_009012	CTC	2	6	515951	515956	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
11037	NC_009012	TAC	2	6	515963	515968	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11038	NC_009012	AAT	2	6	515994	515999	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11039	NC_009012	GTT	2	6	516022	516027	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11040	NC_009012	TAA	2	6	516054	516059	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11041	NC_009012	AGG	2	6	516075	516080	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
11042	NC_009012	TATT	2	8	516112	516119	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
11043	NC_009012	TAA	2	6	516136	516141	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11044	NC_009012	T	6	6	516151	516156	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
11045	NC_009012	AGAA	2	8	516169	516176	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
11046	NC_009012	A	6	6	516175	516180	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11047	NC_009012	ATTA	2	8	516230	516237	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11048	NC_009012	AGA	2	6	516262	516267	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972933
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11054	NC_009012	ACAT	2	8	516576	516583	50 %	25 %	0 %	25 %	125972933
11055	NC_009012	TGA	2	6	516753	516758	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125972933
11056	NC_009012	TGC	2	6	516795	516800	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	125972933
11057	NC_009012	TGA	2	6	516825	516830	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125972933
11058	NC_009012	TC	3	6	516835	516840	0 %	50 %	0 %	50 %	125972933
11059	NC_009012	AAG	2	6	516928	516933	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972933
11060	NC_009012	TGT	2	6	516942	516947	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	125972933
11061	NC_009012	TCT	2	6	516949	516954	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	125972933
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11064	NC_009012	TTA	2	6	517101	517106	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	125972933
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11083	NC_009012	GAT	2	6	518313	518318	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125972933
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11094	NC_009012	AT	3	6	518805	518810	50 %	50 %	0 %	0 %	125972933
11095	NC_009012	AT	3	6	518901	518906	50 %	50 %	0 %	0 %	125972933
11096	NC_009012	AGAT	2	8	518915	518922	50 %	25 %	25 %	0 %	125972933
11097	NC_009012	ATAA	2	8	518933	518940	75 %	25 %	0 %	0 %	125972933
11098	NC_009012	A	6	6	518939	518944	100 %	0 %	0 %	0 %	125972933
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11102	NC_009012	TA	3	6	519059	519064	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11103	NC_009012	TAT	2	6	519136	519141	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11104	NC_009012	AT	3	6	519140	519145	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11105	NC_009012	TAT	2	6	519164	519169	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11106	NC_009012	TAA	2	6	519324	519329	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11107	NC_009012	AGG	2	6	519343	519348	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
11108	NC_009012	AAG	2	6	519358	519363	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11109	NC_009012	T	6	6	519375	519380	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
11110	NC_009012	GGGA	2	8	519454	519461	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
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11120	NC_009012	TA	3	6	519842	519847	50 %	50 %	0 %	0 %	125972934
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11125	NC_009012	GCA	2	6	520010	520015	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	125972934
11126	NC_009012	CTC	2	6	520017	520022	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	125972934
11127	NC_009012	TGA	2	6	520039	520044	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125972934
11128	NC_009012	AT	3	6	520084	520089	50 %	50 %	0 %	0 %	125972934
11129	NC_009012	TGC	2	6	520201	520206	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	125972934
11130	NC_009012	ATG	2	6	520404	520409	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125972934
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11132	NC_009012	AGG	2	6	520465	520470	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	125972934
11133	NC_009012	GAT	2	6	520550	520555	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125972934
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11136	NC_009012	TGT	2	6	520636	520641	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	125972934
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11138	NC_009012	CGG	2	6	520729	520734	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	125972934
11139	NC_009012	TGA	2	6	520777	520782	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125972934
11140	NC_009012	TGC	2	6	521020	521025	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	125972934
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11143	NC_009012	GAC	2	6	521135	521140	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	125972934
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11145	NC_009012	TGA	2	6	521217	521222	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125972934
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11150	NC_009012	GAT	2	6	521527	521532	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125972934
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11154	NC_009012	AAG	2	6	521789	521794	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972934
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11156	NC_009012	ACAG	2	8	521912	521919	50 %	0 %	25 %	25 %	125972934
11157	NC_009012	GAA	3	9	522150	522158	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972934
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11176	NC_009012	T	6	6	523218	523223	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
11177	NC_009012	ATA	2	6	523236	523241	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11178	NC_009012	T	7	7	523282	523288	0 %	100 %	0 %	0 %	125972935
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11194	NC_009012	AAAT	2	8	523896	523903	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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11204	NC_009012	ATA	2	6	524557	524562	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11205	NC_009012	T	7	7	524575	524581	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
11206	NC_009012	ATTC	2	8	524584	524591	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
11207	NC_009012	TAGT	2	8	524603	524610	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
11208	NC_009012	A	6	6	524689	524694	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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11218	NC_009012	TAT	2	6	525005	525010	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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11221	NC_009012	TA	3	6	525038	525043	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11222	NC_009012	ATA	2	6	525052	525057	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11223	NC_009012	A	6	6	525057	525062	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11224	NC_009012	ATTTG	2	10	525066	525075	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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11228	NC_009012	GAG	2	6	525194	525199	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
11229	NC_009012	TAA	2	6	525207	525212	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125972939
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11233	NC_009012	T	7	7	525370	525376	0 %	100 %	0 %	0 %	125972939
11234	NC_009012	GAA	2	6	525395	525400	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972939
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11239	NC_009012	ATGT	2	8	525728	525735	25 %	50 %	25 %	0 %	125972939
11240	NC_009012	GGCA	2	8	525742	525749	25 %	0 %	50 %	25 %	125972939
11241	NC_009012	A	6	6	525821	525826	100 %	0 %	0 %	0 %	125972939
11242	NC_009012	TTG	2	6	525849	525854	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	125972939
11243	NC_009012	TGA	2	6	526015	526020	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125972939
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11245	NC_009012	GAA	2	6	526105	526110	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972939
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11494	NC_009012	TA	3	6	538107	538112	50 %	50 %	0 %	0 %	125972949
11495	NC_009012	TGA	2	6	538214	538219	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125972949
11496	NC_009012	TCTTG	2	10	538245	538254	0 %	60 %	20 %	20 %	125972949
11497	NC_009012	TAA	2	6	538276	538281	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125972949
11498	NC_009012	GAGG	2	8	538346	538353	25 %	0 %	75 %	0 %	125972949
11499	NC_009012	AGA	2	6	538377	538382	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972950
11500	NC_009012	AGA	2	6	538432	538437	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972950

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