MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia muridarum Nigg

Total Repeats: 23890

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002620	A	6	6	31	36	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_002620	TTG	2	6	39	44	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_002620	A	6	6	45	50	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_002620	TTG	2	6	51	56	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_002620	T	6	6	131	136	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_002620	TC	3	6	147	152	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
7	NC_002620	GAA	2	6	153	158	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_002620	CAC	2	6	181	186	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
9	NC_002620	AGA	3	9	191	199	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_002620	TAA	2	6	203	208	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_002620	TCT	3	9	222	230	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_002620	GAA	2	6	297	302	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15834626
13	NC_002620	TGC	2	6	313	318	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15834626
14	NC_002620	AAG	2	6	384	389	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15834626
15	NC_002620	GAA	2	6	404	409	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15834626
16	NC_002620	A	6	6	527	532	100 %	0 %	0 %	0 %	15834626
17	NC_002620	GCATC	2	10	551	560	20 %	20 %	20 %	40 %	15834626
18	NC_002620	TTGT	2	8	570	577	0 %	75 %	25 %	0 %	15834626
19	NC_002620	A	6	6	596	601	100 %	0 %	0 %	0 %	15834626
20	NC_002620	TG	4	8	615	622	0 %	50 %	50 %	0 %	15834626
21	NC_002620	T	6	6	672	677	0 %	100 %	0 %	0 %	15834626
22	NC_002620	ACA	2	6	678	683	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15834626
23	NC_002620	TGCA	2	8	735	742	25 %	25 %	25 %	25 %	15834626
24	NC_002620	TTG	2	6	759	764	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15834626
25	NC_002620	ATG	2	6	776	781	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15834626
26	NC_002620	A	6	6	807	812	100 %	0 %	0 %	0 %	15834626
27	NC_002620	TC	3	6	844	849	0 %	50 %	0 %	50 %	15834626
28	NC_002620	TTC	2	6	901	906	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15834626
29	NC_002620	AGG	2	6	993	998	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	15834626
30	NC_002620	CTG	2	6	1023	1028	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15834626
31	NC_002620	TTTA	2	8	1032	1039	25 %	75 %	0 %	0 %	15834626
32	NC_002620	AGT	2	6	1078	1083	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15834626
33	NC_002620	GCC	2	6	1121	1126	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	15834626
34	NC_002620	ATGG	2	8	1134	1141	25 %	25 %	50 %	0 %	15834626
35	NC_002620	AAG	2	6	1149	1154	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15834626
36	NC_002620	GCTA	2	8	1240	1247	25 %	25 %	25 %	25 %	15834626
37	NC_002620	GAA	2	6	1282	1287	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_002620	A	6	6	1294	1299	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_002620	TTTC	2	8	1320	1327	0 %	75 %	0 %	25 %	15834627
40	NC_002620	CTT	2	6	1344	1349	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15834627
41	NC_002620	TCT	2	6	1406	1411	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15834627
42	NC_002620	CTT	2	6	1443	1448	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15834627
43	NC_002620	TAA	2	6	1473	1478	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15834627
44	NC_002620	GAA	2	6	1594	1599	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15834627
45	NC_002620	AG	3	6	1603	1608	50 %	0 %	50 %	0 %	15834627
46	NC_002620	TC	3	6	1662	1667	0 %	50 %	0 %	50 %	15834627
47	NC_002620	GAA	2	6	1683	1688	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15834627
48	NC_002620	TATGG	2	10	1693	1702	20 %	40 %	40 %	0 %	15834627
49	NC_002620	TCT	2	6	1727	1732	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15834627
50	NC_002620	GAAGA	2	10	1787	1796	60 %	0 %	40 %	0 %	15834627
51	NC_002620	TTG	2	6	1894	1899	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15834627
52	NC_002620	AG	3	6	1936	1941	50 %	0 %	50 %	0 %	15834627
53	NC_002620	CTT	2	6	1944	1949	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15834627
54	NC_002620	ATG	2	6	1999	2004	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15834627
55	NC_002620	TGTA	2	8	2047	2054	25 %	50 %	25 %	0 %	15834627
56	NC_002620	AG	3	6	2089	2094	50 %	0 %	50 %	0 %	15834627
57	NC_002620	CAA	2	6	2157	2162	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15834627
58	NC_002620	TAA	2	6	2168	2173	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15834627
59	NC_002620	TCT	2	6	2177	2182	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15834627
60	NC_002620	TAA	2	6	2247	2252	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15834627
61	NC_002620	CTT	2	6	2325	2330	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15834627
62	NC_002620	T	6	6	2329	2334	0 %	100 %	0 %	0 %	15834627
63	NC_002620	T	8	8	2408	2415	0 %	100 %	0 %	0 %	15834627
64	NC_002620	CGA	2	6	2479	2484	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15834627
65	NC_002620	TGA	2	6	2487	2492	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15834627
66	NC_002620	TAT	2	6	2686	2691	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15834627
67	NC_002620	T	8	8	2735	2742	0 %	100 %	0 %	0 %	15834628
68	NC_002620	T	7	7	2748	2754	0 %	100 %	0 %	0 %	15834628
69	NC_002620	TGGGAG	2	12	2775	2786	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	15834628
70	NC_002620	CTT	2	6	2820	2825	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15834628
71	NC_002620	TCTT	2	8	2843	2850	0 %	75 %	0 %	25 %	15834628
72	NC_002620	TTG	2	6	2959	2964	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15834628
73	NC_002620	T	6	6	3000	3005	0 %	100 %	0 %	0 %	15834628
74	NC_002620	GAAG	2	8	3067	3074	50 %	0 %	50 %	0 %	15834628
75	NC_002620	AGAA	2	8	3097	3104	75 %	0 %	25 %	0 %	15834628
76	NC_002620	T	6	6	3126	3131	0 %	100 %	0 %	0 %	15834628
77	NC_002620	ATT	2	6	3139	3144	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15834628
78	NC_002620	A	6	6	3154	3159	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_002620	TAA	3	9	3174	3182	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_002620	T	8	8	3194	3201	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_002620	T	6	6	3219	3224	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_002620	ATC	2	6	3303	3308	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15834629
83	NC_002620	T	7	7	3316	3322	0 %	100 %	0 %	0 %	15834629
84	NC_002620	CGT	2	6	3352	3357	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15834629
85	NC_002620	A	6	6	3387	3392	100 %	0 %	0 %	0 %	15834629
86	NC_002620	AAC	2	6	3456	3461	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15834629
87	NC_002620	GAA	2	6	3473	3478	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15834629
88	NC_002620	ACA	2	6	3515	3520	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15834629
89	NC_002620	TTA	2	6	3533	3538	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15834629
90	NC_002620	AAG	2	6	3560	3565	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15834629
91	NC_002620	AAG	2	6	3588	3593	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15834629
92	NC_002620	TGCTT	2	10	3652	3661	0 %	60 %	20 %	20 %	15834629
93	NC_002620	GGA	2	6	3698	3703	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	15834629
94	NC_002620	GA	3	6	3714	3719	50 %	0 %	50 %	0 %	15834629
95	NC_002620	TTTC	2	8	3729	3736	0 %	75 %	0 %	25 %	15834629
96	NC_002620	CAG	2	6	3740	3745	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15834629
97	NC_002620	TTG	2	6	3753	3758	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15834629
98	NC_002620	A	7	7	3826	3832	100 %	0 %	0 %	0 %	15834629
99	NC_002620	AGG	2	6	3987	3992	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	15834629
100	NC_002620	TGG	2	6	4004	4009	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	15834629
101	NC_002620	GAA	2	6	4030	4035	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15834629
102	NC_002620	CTT	2	6	4059	4064	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15834629
103	NC_002620	TTTC	2	8	4098	4105	0 %	75 %	0 %	25 %	15834629
104	NC_002620	CTT	2	6	4122	4127	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15834629
105	NC_002620	CTT	2	6	4161	4166	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15834629
106	NC_002620	AG	3	6	4281	4286	50 %	0 %	50 %	0 %	15834629
107	NC_002620	TTA	2	6	4292	4297	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15834629
108	NC_002620	AGA	2	6	4407	4412	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15834629
109	NC_002620	ACA	2	6	4478	4483	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15834629
110	NC_002620	TTC	2	6	4494	4499	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15834629
111	NC_002620	ATTG	2	8	4519	4526	25 %	50 %	25 %	0 %	15834629
112	NC_002620	TGTT	2	8	4602	4609	0 %	75 %	25 %	0 %	15834629
113	NC_002620	GTT	2	6	4612	4617	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15834629
114	NC_002620	AGT	2	6	4624	4629	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15834629
115	NC_002620	AGGA	2	8	4664	4671	50 %	0 %	50 %	0 %	15834629
116	NC_002620	GCTA	2	8	4687	4694	25 %	25 %	25 %	25 %	15834629
117	NC_002620	TGGC	2	8	4719	4726	0 %	25 %	50 %	25 %	15834629
118	NC_002620	A	6	6	4748	4753	100 %	0 %	0 %	0 %	15834629
119	NC_002620	TAT	2	6	4842	4847	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15834629
120	NC_002620	TGG	2	6	5022	5027	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	15834629
121	NC_002620	AG	3	6	5072	5077	50 %	0 %	50 %	0 %	15834629
122	NC_002620	GAA	2	6	5123	5128	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15834629
123	NC_002620	GTTG	2	8	5204	5211	0 %	50 %	50 %	0 %	15834629
124	NC_002620	GTT	2	6	5216	5221	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15834629
125	NC_002620	GA	3	6	5346	5351	50 %	0 %	50 %	0 %	15834629
126	NC_002620	GAA	2	6	5368	5373	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15834629
127	NC_002620	CAA	2	6	5448	5453	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_002620	TTG	2	6	5459	5464	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
129	NC_002620	GA	3	6	5491	5496	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
130	NC_002620	A	8	8	5553	5560	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_002620	ATA	2	6	5562	5567	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_002620	AG	3	6	5585	5590	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
133	NC_002620	CTT	2	6	5621	5626	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15834630
134	NC_002620	TC	3	6	5627	5632	0 %	50 %	0 %	50 %	15834630
135	NC_002620	ATTCT	2	10	5636	5645	20 %	60 %	0 %	20 %	15834630
136	NC_002620	AAG	2	6	5666	5671	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15834630
137	NC_002620	AATT	2	8	5688	5695	50 %	50 %	0 %	0 %	15834630
138	NC_002620	CGAG	2	8	5712	5719	25 %	0 %	50 %	25 %	15834630
139	NC_002620	A	6	6	5720	5725	100 %	0 %	0 %	0 %	15834630
140	NC_002620	GGA	2	6	5734	5739	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	15834630
141	NC_002620	T	6	6	5770	5775	0 %	100 %	0 %	0 %	15834630
142	NC_002620	TGA	2	6	5778	5783	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15834630
143	NC_002620	T	7	7	5822	5828	0 %	100 %	0 %	0 %	15834630
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273	NC_002620	AAT	2	6	11029	11034	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15834633
274	NC_002620	GAAG	2	8	11081	11088	50 %	0 %	50 %	0 %	15834633
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277	NC_002620	GTA	2	6	11199	11204	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15834633
278	NC_002620	GAA	2	6	11220	11225	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15834633
279	NC_002620	TG	3	6	11226	11231	0 %	50 %	50 %	0 %	15834633
280	NC_002620	AGT	2	6	11240	11245	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15834633
281	NC_002620	AAAT	2	8	11350	11357	75 %	25 %	0 %	0 %	15834633
282	NC_002620	TC	3	6	11385	11390	0 %	50 %	0 %	50 %	15834633
283	NC_002620	TGGTT	2	10	11403	11412	0 %	60 %	40 %	0 %	15834633
284	NC_002620	GGAG	2	8	11415	11422	25 %	0 %	75 %	0 %	15834633
285	NC_002620	G	6	6	11431	11436	0 %	0 %	100 %	0 %	15834633
286	NC_002620	TGA	2	6	11477	11482	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15834633
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289	NC_002620	TA	3	6	11565	11570	50 %	50 %	0 %	0 %	15834633
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292	NC_002620	TGA	2	6	11630	11635	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15834633
293	NC_002620	CAT	2	6	11652	11657	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15834633
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295	NC_002620	AGAT	2	8	11779	11786	50 %	25 %	25 %	0 %	15834633
296	NC_002620	GTA	2	6	11866	11871	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15834633
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301	NC_002620	T	6	6	12002	12007	0 %	100 %	0 %	0 %	15834633
302	NC_002620	GAA	2	6	12008	12013	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15834633
303	NC_002620	GA	3	6	12014	12019	50 %	0 %	50 %	0 %	15834633
304	NC_002620	GAA	2	6	12092	12097	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15834633
305	NC_002620	GA	3	6	12118	12123	50 %	0 %	50 %	0 %	15834633
306	NC_002620	ACTG	2	8	12252	12259	25 %	25 %	25 %	25 %	15834633
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322	NC_002620	GAA	2	6	12863	12868	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15834633
323	NC_002620	ATG	2	6	12917	12922	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15834633
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353	NC_002620	GAG	2	6	14308	14313	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	15834634
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358	NC_002620	TTG	2	6	14624	14629	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15834634
359	NC_002620	GGGT	2	8	14752	14759	0 %	25 %	75 %	0 %	15834634
360	NC_002620	GCT	2	6	14797	14802	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15834634
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366	NC_002620	AAT	2	6	14974	14979	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15834634
367	NC_002620	GCC	2	6	15007	15012	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	15834634
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369	NC_002620	GTT	2	6	15114	15119	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15834634
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379	NC_002620	GCT	2	6	15523	15528	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15834634
380	NC_002620	GTGCTT	2	12	15589	15600	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	15834634
381	NC_002620	TTAG	2	8	15613	15620	25 %	50 %	25 %	0 %	15834635
382	NC_002620	T	6	6	15664	15669	0 %	100 %	0 %	0 %	15834635
383	NC_002620	TCT	2	6	15684	15689	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15834635
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386	NC_002620	GTA	2	6	15742	15747	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15834635
387	NC_002620	T	7	7	15784	15790	0 %	100 %	0 %	0 %	15834635
388	NC_002620	A	9	9	15830	15838	100 %	0 %	0 %	0 %	15834635
389	NC_002620	AG	3	6	15862	15867	50 %	0 %	50 %	0 %	15834635
390	NC_002620	A	6	6	15894	15899	100 %	0 %	0 %	0 %	15834635
391	NC_002620	CAAA	2	8	15904	15911	75 %	0 %	0 %	25 %	15834635
392	NC_002620	A	6	6	15914	15919	100 %	0 %	0 %	0 %	15834635
393	NC_002620	A	7	7	15923	15929	100 %	0 %	0 %	0 %	15834635
394	NC_002620	AAT	2	6	15951	15956	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15834635
395	NC_002620	A	6	6	15962	15967	100 %	0 %	0 %	0 %	15834635
396	NC_002620	TCT	2	6	15968	15973	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15834635
397	NC_002620	CAA	2	6	15975	15980	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15834635
398	NC_002620	CTT	2	6	16006	16011	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15834635
399	NC_002620	GA	3	6	16060	16065	50 %	0 %	50 %	0 %	15834635
400	NC_002620	CTT	2	6	16072	16077	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15834635
401	NC_002620	A	6	6	16083	16088	100 %	0 %	0 %	0 %	15834635
402	NC_002620	CCAAA	2	10	16089	16098	60 %	0 %	0 %	40 %	15834635
403	NC_002620	T	6	6	16106	16111	0 %	100 %	0 %	0 %	15834635
404	NC_002620	A	6	6	16305	16310	100 %	0 %	0 %	0 %	15834635
405	NC_002620	TCT	2	6	16320	16325	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15834635
406	NC_002620	CCT	2	6	16345	16350	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	15834635
407	NC_002620	ATC	2	6	16367	16372	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15834635
408	NC_002620	AGA	2	6	16385	16390	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15834635
409	NC_002620	GAA	2	6	16392	16397	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15834635
410	NC_002620	TCT	2	6	16438	16443	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
411	NC_002620	T	6	6	16470	16475	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
412	NC_002620	T	6	6	16506	16511	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
413	NC_002620	AT	3	6	16548	16553	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
414	NC_002620	CTG	2	6	16723	16728	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
415	NC_002620	TGG	2	6	16837	16842	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
416	NC_002620	AAG	2	6	16884	16889	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
417	NC_002620	A	6	6	16926	16931	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
418	NC_002620	TGT	3	9	16944	16952	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
419	NC_002620	GC	3	6	16960	16965	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
420	NC_002620	T	6	6	17056	17061	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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435	NC_002620	A	7	7	18005	18011	100 %	0 %	0 %	0 %	15834637
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443	NC_002620	TA	3	6	18357	18362	50 %	50 %	0 %	0 %	15834637
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454	NC_002620	ATT	2	6	19070	19075	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15834637
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475	NC_002620	T	7	7	19959	19965	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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