MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Borrelia hermsii DAH clone fragment 1034rc

Total Repeats: 345

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NT_187137	AT	3	6	6	11	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NT_187137	AGT	2	6	62	67	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NT_187137	ATCAA	2	10	84	93	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NT_187137	A	10	10	116	125	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NT_187137	AGCA	2	8	160	167	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
6	NT_187137	A	6	6	275	280	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NT_187137	TG	3	6	322	327	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NT_187137	TAA	2	6	436	441	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NT_187137	T	8	8	449	456	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NT_187137	TTA	2	6	508	513	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NT_187137	ATAA	2	8	516	523	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NT_187137	TAA	2	6	538	543	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NT_187137	CAAT	2	8	553	560	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
14	NT_187137	ATA	2	6	561	566	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NT_187137	AT	3	6	606	611	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NT_187137	ATA	2	6	660	665	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NT_187137	AT	3	6	667	672	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NT_187137	ATT	2	6	712	717	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NT_187137	GA	3	6	721	726	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
20	NT_187137	ATTGG	2	10	751	760	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
21	NT_187137	TAA	2	6	767	772	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NT_187137	TAA	2	6	778	783	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NT_187137	AG	4	8	784	791	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
24	NT_187137	TAA	2	6	805	810	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NT_187137	TCT	2	6	823	828	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
26	NT_187137	TAGT	2	8	883	890	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NT_187137	TAT	2	6	906	911	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NT_187137	A	7	7	945	951	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NT_187137	AGG	2	6	963	968	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
30	NT_187137	TCT	2	6	972	977	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NT_187137	T	6	6	1005	1010	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NT_187137	AT	3	6	1046	1051	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NT_187137	AT	3	6	1059	1064	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NT_187137	TA	3	6	1128	1133	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NT_187137	ATT	2	6	1195	1200	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NT_187137	AGT	2	6	1207	1212	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NT_187137	TCT	2	6	1275	1280	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NT_187137	ATTTA	2	10	1335	1344	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NT_187137	T	7	7	1345	1351	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NT_187137	T	6	6	1360	1365	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NT_187137	T	7	7	1386	1392	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NT_187137	ATG	2	6	1416	1421	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NT_187137	ATT	2	6	1429	1434	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NT_187137	TTA	2	6	1435	1440	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NT_187137	ATTA	2	8	1455	1462	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NT_187137	TAAAA	2	10	1476	1485	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NT_187137	T	7	7	1490	1496	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NT_187137	ATTT	2	8	1522	1529	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NT_187137	TTA	2	6	1607	1612	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NT_187137	TAA	2	6	1635	1640	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NT_187137	A	6	6	1648	1653	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NT_187137	CAAT	2	8	1666	1673	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
53	NT_187137	AT	3	6	1684	1689	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NT_187137	CTT	2	6	1720	1725	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
55	NT_187137	T	7	7	1724	1730	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NT_187137	CCA	2	6	1793	1798	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
57	NT_187137	ATGC	2	8	1832	1839	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
58	NT_187137	TCT	2	6	1856	1861	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NT_187137	ATC	2	6	1866	1871	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NT_187137	T	8	8	1883	1890	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NT_187137	TAGT	2	8	1896	1903	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NT_187137	ATT	2	6	1916	1921	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NT_187137	TAT	2	6	1939	1944	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NT_187137	TTATAT	2	12	1972	1983	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NT_187137	AT	3	6	2073	2078	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NT_187137	ATT	2	6	2134	2139	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NT_187137	T	6	6	2142	2147	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NT_187137	AGG	2	6	2175	2180	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
69	NT_187137	AAT	3	9	2207	2215	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NT_187137	TTTA	2	8	2219	2226	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NT_187137	TAA	2	6	2243	2248	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NT_187137	TGA	2	6	2390	2395	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NT_187137	GGTGCT	2	12	2451	2462	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
74	NT_187137	GCT	2	6	2649	2654	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
75	NT_187137	A	6	6	2669	2674	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NT_187137	ATA	2	6	2692	2697	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NT_187137	GCT	2	6	2760	2765	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
78	NT_187137	TAAT	2	8	2857	2864	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NT_187137	TAT	2	6	2865	2870	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NT_187137	ATAAA	2	10	2903	2912	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NT_187137	ATA	2	6	2921	2926	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NT_187137	T	6	6	2959	2964	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NT_187137	TATT	2	8	2972	2979	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NT_187137	TAC	2	6	2985	2990	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NT_187137	TAT	2	6	2993	2998	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NT_187137	T	7	7	3009	3015	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NT_187137	TTAT	2	8	3093	3100	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NT_187137	CTT	2	6	3113	3118	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NT_187137	ACA	2	6	3300	3305	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NT_187137	AAG	2	6	3312	3317	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NT_187137	TTG	2	6	3379	3384	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NT_187137	AAG	2	6	3415	3420	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NT_187137	TTA	2	6	3445	3450	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NT_187137	CAA	2	6	3493	3498	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NT_187137	GAAG	2	8	3548	3555	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
96	NT_187137	GATGCT	2	12	3564	3575	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
97	NT_187137	GAT	2	6	3582	3587	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NT_187137	AAGA	2	8	3591	3598	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
99	NT_187137	ATT	2	6	3608	3613	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NT_187137	AGC	2	6	3659	3664	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
101	NT_187137	ATA	2	6	3805	3810	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NT_187137	A	7	7	3810	3816	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NT_187137	A	7	7	3834	3840	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NT_187137	ACG	2	6	3928	3933	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
105	NT_187137	GCA	3	9	3943	3951	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
106	NT_187137	TAA	2	6	3980	3985	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NT_187137	AAG	2	6	4052	4057	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NT_187137	CTA	2	6	4073	4078	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
109	NT_187137	CAA	2	6	4108	4113	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
110	NT_187137	A	6	6	4115	4120	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NT_187137	TTA	2	6	4121	4126	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NT_187137	TAAA	2	8	4138	4145	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NT_187137	CTCTT	2	10	4161	4170	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
114	NT_187137	TACC	2	8	4196	4203	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
115	NT_187137	TAA	2	6	4264	4269	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NT_187137	TATT	2	8	4293	4300	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NT_187137	TGT	2	6	4301	4306	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NT_187137	GCA	3	9	4337	4345	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
119	NT_187137	AGG	2	6	4351	4356	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
120	NT_187137	AAG	2	6	4357	4362	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
121	NT_187137	AAGTG	2	10	4366	4375	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
122	NT_187137	GTAG	2	8	4385	4392	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
123	NT_187137	AGTT	2	8	4425	4432	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
124	NT_187137	AGA	2	6	4470	4475	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
125	NT_187137	A	6	6	4508	4513	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NT_187137	AGA	2	6	4537	4542	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
127	NT_187137	A	7	7	4549	4555	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NT_187137	TTA	2	6	4583	4588	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NT_187137	AAG	2	6	4602	4607	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
130	NT_187137	TGC	2	6	4617	4622	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
131	NT_187137	ACT	2	6	4627	4632	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
132	NT_187137	GAT	2	6	4678	4683	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
133	NT_187137	AGGT	2	8	4688	4695	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
134	NT_187137	CAA	2	6	4700	4705	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
135	NT_187137	AGC	2	6	4722	4727	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
136	NT_187137	AAG	2	6	4790	4795	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
137	NT_187137	CAG	2	6	4823	4828	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
138	NT_187137	ATA	2	6	4847	4852	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NT_187137	AGC	3	9	4872	4880	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
140	NT_187137	AGC	2	6	4893	4898	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
141	NT_187137	GCA	2	6	4915	4920	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
142	NT_187137	CAG	2	6	4928	4933	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
143	NT_187137	GAA	2	6	4942	4947	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
144	NT_187137	AAG	2	6	4973	4978	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
145	NT_187137	AGC	2	6	4998	5003	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
146	NT_187137	AGC	2	6	5076	5081	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
147	NT_187137	AGC	3	9	5085	5093	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
148	NT_187137	AGG	2	6	5100	5105	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
149	NT_187137	GGT	2	6	5131	5136	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
150	NT_187137	GCT	2	6	5143	5148	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
151	NT_187137	AAT	3	9	5149	5157	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NT_187137	GAT	2	6	5158	5163	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
153	NT_187137	AGT	2	6	5169	5174	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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296	NT_187137	AAT	3	9	11560	11568	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
297	NT_187137	AGGC	2	8	11603	11610	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
298	NT_187137	T	7	7	11628	11634	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
299	NT_187137	TAT	2	6	11674	11679	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
300	NT_187137	ATG	2	6	11773	11778	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
301	NT_187137	TTA	2	6	11810	11815	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
302	NT_187137	GTT	2	6	11845	11850	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
303	NT_187137	TTA	2	6	11858	11863	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
304	NT_187137	AAG	2	6	11864	11869	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
305	NT_187137	AAG	2	6	11897	11902	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
306	NT_187137	TGT	2	6	11925	11930	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
307	NT_187137	CAAG	2	8	12033	12040	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
308	NT_187137	AAAT	2	8	12085	12092	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
309	NT_187137	GTT	2	6	12099	12104	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
310	NT_187137	TGC	2	6	12108	12113	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
311	NT_187137	T	7	7	12134	12140	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
312	NT_187137	TAA	2	6	12170	12175	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
313	NT_187137	GAT	3	9	12287	12295	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
314	NT_187137	GGGA	2	8	12337	12344	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
315	NT_187137	AG	3	6	12351	12356	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
316	NT_187137	ATAAGT	2	12	12370	12381	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
317	NT_187137	AT	3	6	12415	12420	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
318	NT_187137	A	6	6	12428	12433	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
319	NT_187137	AG	3	6	12452	12457	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
320	NT_187137	AGAA	2	8	12487	12494	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
321	NT_187137	GAA	2	6	12509	12514	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
322	NT_187137	GAA	2	6	12542	12547	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
323	NT_187137	AG	4	8	12580	12587	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
324	NT_187137	AAG	2	6	12598	12603	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
325	NT_187137	GAA	2	6	12611	12616	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
326	NT_187137	GGTA	2	8	12676	12683	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
327	NT_187137	AAT	2	6	12704	12709	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
328	NT_187137	AAT	2	6	12720	12725	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
329	NT_187137	CTAT	2	8	12799	12806	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
330	NT_187137	ATGAG	2	10	12870	12879	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
331	NT_187137	AAG	2	6	12901	12906	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
332	NT_187137	TA	4	8	12909	12916	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
333	NT_187137	AG	3	6	12966	12971	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
334	NT_187137	AGACA	2	10	12973	12982	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
335	NT_187137	TAAT	2	8	12984	12991	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
336	NT_187137	ATGC	2	8	13035	13042	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
337	NT_187137	ATG	2	6	13107	13112	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
338	NT_187137	ATT	2	6	13113	13118	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
339	NT_187137	TGT	3	9	13140	13148	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
340	NT_187137	AGA	3	9	13182	13190	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
341	NT_187137	GAA	2	6	13198	13203	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
342	NT_187137	CAA	2	6	13247	13252	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
343	NT_187137	TA	3	6	13264	13269	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
344	NT_187137	TG	3	6	13281	13286	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
345	NT_187137	TAT	2	6	14112	14117	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.