MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Bacillus thuringiensis HD-771 plasmid p04

Total Repeats: 315

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018488	T	6	6	2	7	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_018488	A	6	6	29	34	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018488	ATT	2	6	42	47	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018488	ATT	2	6	79	84	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_018488	AT	3	6	89	94	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_018488	TAA	2	6	98	103	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_018488	AGT	2	6	145	150	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018488	AAT	2	6	756	761	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_018488	AGG	2	6	772	777	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_018488	GGGGAA	2	12	2087	2098	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_018488	TCT	2	6	2102	2107	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_018488	TAA	2	6	10156	10161	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_018488	ATT	2	6	10175	10180	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_018488	A	6	6	10183	10188	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_018488	AAT	2	6	10487	10492	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_018488	TAT	2	6	10523	10528	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_018488	CTTT	2	8	10536	10543	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
18	NC_018488	AGG	2	6	10552	10557	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_018488	T	6	6	10958	10963	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_018488	A	7	7	11478	11484	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_018488	AAT	2	6	11490	11495	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_018488	AGA	2	6	11616	11621	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_018488	A	6	6	11627	11632	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_018488	TGGTTT	2	12	11678	11689	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_018488	GAA	2	6	11715	11720	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018488	C	6	6	12498	12503	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
27	NC_018488	T	7	7	12504	12510	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018488	ATT	2	6	12564	12569	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_018488	TCC	2	6	13477	13482	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
30	NC_018488	ATC	2	6	13777	13782	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_018488	AT	3	6	13803	13808	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018488	AT	3	6	13811	13816	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018488	ATA	3	9	13822	13830	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_018488	T	6	6	13863	13868	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_018488	AT	3	6	13897	13902	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_018488	ATAA	2	8	14431	14438	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018488	TATT	2	8	14439	14446	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_018488	ATAA	2	8	14483	14490	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_018488	ATAA	2	8	14517	14524	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_018488	AAATT	2	10	14526	14535	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_018488	AGAA	2	8	14537	14544	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_018488	TTAAT	2	10	14626	14635	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_018488	AT	3	6	14634	14639	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_018488	ATTT	2	8	14650	14657	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_018488	GA	3	6	14663	14668	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
46	NC_018488	GGA	2	6	14851	14856	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_018488	TTC	2	6	14897	14902	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_018488	AAT	2	6	14929	14934	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_018488	TG	3	6	14943	14948	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
50	NC_018488	GA	3	6	15013	15018	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
51	NC_018488	ATT	2	6	15587	15592	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_018488	T	6	6	16354	16359	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_018488	AGG	2	6	16367	16372	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_018488	GA	3	6	16802	16807	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_018488	A	6	6	16823	16828	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_018488	TGA	2	6	16840	16845	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_018488	TGT	2	6	16862	16867	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_018488	TAA	2	6	16881	16886	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_018488	ATGG	2	8	16901	16908	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
60	NC_018488	AAC	2	6	16922	16927	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_018488	ATA	2	6	16949	16954	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_018488	ATTT	2	8	16980	16987	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_018488	AGA	2	6	16993	16998	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_018488	AAT	3	9	17111	17119	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_018488	AG	3	6	19100	19105	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
66	NC_018488	TTC	2	6	19119	19124	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_018488	TAA	2	6	19171	19176	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_018488	GAA	2	6	19195	19200	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_018488	ATT	2	6	19803	19808	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_018488	TTA	2	6	19838	19843	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_018488	GTA	2	6	20858	20863	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
72	NC_018488	TAC	2	6	20880	20885	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_018488	AAAT	2	8	20899	20906	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_018488	GAA	2	6	20939	20944	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_018488	AAT	2	6	21065	21070	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_018488	AATT	3	12	21105	21116	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_018488	ATCTAA	2	12	21182	21193	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_018488	ATTT	2	8	21194	21201	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_018488	T	6	6	21199	21204	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_018488	TAATT	2	10	21214	21223	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_018488	GA	3	6	21224	21229	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
82	NC_018488	GA	3	6	21242	21247	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
83	NC_018488	T	7	7	21270	21276	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_018488	ATT	2	6	21322	21327	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_018488	TTA	2	6	21331	21336	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_018488	AGG	2	6	21377	21382	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_018488	A	7	7	24782	24788	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_018488	A	7	7	24928	24934	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_018488	T	6	6	24947	24952	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_018488	TCC	2	6	28816	28821	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
91	NC_018488	TATT	2	8	28851	28858	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_018488	ATTTAT	2	12	28891	28902	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_018488	ACA	2	6	28916	28921	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_018488	TGT	2	6	28934	28939	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_018488	ATT	2	6	28940	28945	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_018488	T	6	6	28944	28949	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_018488	A	7	7	28954	28960	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_018488	T	6	6	31005	31010	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_018488	ATT	2	6	31011	31016	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_018488	AG	3	6	31031	31036	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
101	NC_018488	T	8	8	31052	31059	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_018488	TA	3	6	31071	31076	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_018488	TAATT	2	10	31095	31104	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_018488	T	6	6	31129	31134	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_018488	TAA	2	6	31146	31151	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_018488	ACTT	2	8	31152	31159	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
107	NC_018488	TTTTGT	2	12	31162	31173	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
108	NC_018488	GTA	2	6	31180	31185	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_018488	GATGA	2	10	31190	31199	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
110	NC_018488	GGAAA	2	10	32468	32477	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
111	NC_018488	A	6	6	32588	32593	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_018488	GCAGCT	2	12	32603	32614	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_018488	T	6	6	32619	32624	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_018488	AAAAC	2	10	32681	32690	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_018488	A	7	7	32727	32733	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_018488	CAAGA	2	10	32834	32843	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
117	NC_018488	CAACT	2	10	32912	32921	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
118	NC_018488	AAT	2	6	33012	33017	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_018488	ATA	2	6	33032	33037	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_018488	T	7	7	33045	33051	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_018488	A	6	6	33057	33062	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_018488	AACA	2	8	33092	33099	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
123	NC_018488	TAT	2	6	33320	33325	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_018488	ATAA	2	8	33353	33360	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_018488	TTA	2	6	33434	33439	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_018488	TA	3	6	33451	33456	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_018488	ATAA	2	8	33463	33470	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_018488	TAT	2	6	33489	33494	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_018488	TA	3	6	33503	33508	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_018488	A	6	6	34207	34212	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_018488	AACA	2	8	34214	34221	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
132	NC_018488	A	7	7	34240	34246	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_018488	T	6	6	34847	34852	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_018488	AAG	2	6	34853	34858	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
135	NC_018488	ATA	2	6	35299	35304	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_018488	A	6	6	35319	35324	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_018488	GGA	2	6	35326	35331	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
138	NC_018488	TA	3	6	35729	35734	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_018488	AATT	2	8	36199	36206	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_018488	TA	3	6	36223	36228	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_018488	A	6	6	36234	36239	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_018488	GT	3	6	36242	36247	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
143	NC_018488	ATA	2	6	36546	36551	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_018488	TTA	2	6	36554	36559	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_018488	TA	3	6	36564	36569	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_018488	AATA	2	8	36602	36609	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_018488	GGT	2	6	36647	36652	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
148	NC_018488	A	6	6	38755	38760	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_018488	CACC	2	8	38765	38772	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
150	NC_018488	GAT	2	6	38776	38781	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
151	NC_018488	T	6	6	38784	38789	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_018488	AAG	2	6	38801	38806	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
153	NC_018488	CTT	2	6	38824	38829	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
154	NC_018488	TTTA	2	8	38890	38897	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_018488	A	6	6	38981	38986	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_018488	TCT	2	6	39002	39007	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
157	NC_018488	CTCAA	2	10	39084	39093	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
158	NC_018488	A	7	7	39184	39190	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_018488	A	6	6	39209	39214	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_018488	GAA	2	6	40049	40054	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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163	NC_018488	A	7	7	40214	40220	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_018488	TTG	2	6	40291	40296	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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166	NC_018488	TTTA	2	8	40367	40374	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
167	NC_018488	GA	3	6	40400	40405	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
168	NC_018488	AAATT	2	10	40453	40462	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
169	NC_018488	CGG	2	6	40512	40517	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
170	NC_018488	A	6	6	40579	40584	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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172	NC_018488	T	6	6	40610	40615	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
173	NC_018488	TAT	2	6	40735	40740	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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175	NC_018488	AGGC	2	8	40783	40790	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
176	NC_018488	TCC	2	6	40853	40858	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
177	NC_018488	TTA	2	6	40945	40950	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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179	NC_018488	GTTT	2	8	41009	41016	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
180	NC_018488	TGG	2	6	41022	41027	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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182	NC_018488	GTT	2	6	41085	41090	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
183	NC_018488	TAT	2	6	41145	41150	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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186	NC_018488	AT	3	6	41184	41189	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
187	NC_018488	AAAT	2	8	41863	41870	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
188	NC_018488	A	6	6	41871	41876	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
189	NC_018488	ATT	2	6	41878	41883	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
190	NC_018488	AT	3	6	41887	41892	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
191	NC_018488	A	6	6	41900	41905	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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288	NC_018488	CTG	2	6	52040	52045	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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293	NC_018488	TCT	2	6	52161	52166	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
294	NC_018488	T	7	7	52170	52176	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
295	NC_018488	AAG	2	6	52179	52184	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
296	NC_018488	TCTT	2	8	52527	52534	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
297	NC_018488	T	8	8	52533	52540	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
298	NC_018488	AATA	2	8	52551	52558	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
299	NC_018488	TA	3	6	52557	52562	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
300	NC_018488	T	7	7	52611	52617	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
301	NC_018488	A	8	8	52630	52637	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
302	NC_018488	G	6	6	52655	52660	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
303	NC_018488	T	6	6	52709	52714	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
304	NC_018488	TAA	2	6	52743	52748	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
305	NC_018488	CAA	2	6	52809	52814	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
306	NC_018488	TGATT	2	10	53254	53263	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
307	NC_018488	AAG	2	6	53280	53285	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
308	NC_018488	A	6	6	58177	58182	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
309	NC_018488	AAATAT	2	12	61975	61986	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
310	NC_018488	GTTT	2	8	62010	62017	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
311	NC_018488	ATT	2	6	62027	62032	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
312	NC_018488	ACT	2	6	62033	62038	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
313	NC_018488	GT	3	6	64067	64072	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
314	NC_018488	AATTT	2	10	65397	65406	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
315	NC_018488	A	7	7	65416	65422	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.