MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Borrelia crocidurae str. Achema plasmid unnamed

Total Repeats: 186

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017822	ATT	2	6	502	507	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017822	AAT	2	6	512	517	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017822	TTAA	2	8	1835	1842	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017822	AATT	2	8	1913	1920	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017822	CAA	2	6	1965	1970	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_017822	AAT	2	6	1999	2004	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017822	TA	3	6	2008	2013	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017822	GAG	2	6	2042	2047	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017822	N	323	323	2076	2398	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017822	TAC	2	6	2409	2414	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_017822	A	7	7	2839	2845	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017822	ATAAA	2	10	2875	2884	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017822	A	8	8	2892	2899	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017822	A	8	8	2950	2957	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017822	GAAA	2	8	2959	2966	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017822	TC	3	6	2969	2974	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
17	NC_017822	TAAAA	2	10	2995	3004	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017822	AGAA	2	8	3008	3015	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017822	CA	3	6	3133	3138	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
20	NC_017822	AT	3	6	3145	3150	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017822	AAGA	2	8	3320	3327	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017822	ATT	2	6	3328	3333	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017822	CTAAAT	2	12	3351	3362	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_017822	TTTA	2	8	3378	3385	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017822	TCT	2	6	4201	4206	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_017822	CTT	2	6	4773	4778	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_017822	TC	4	8	4789	4796	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
28	NC_017822	CT	4	8	4797	4804	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
29	NC_017822	T	6	6	4804	4809	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017822	ATC	2	6	4820	4825	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_017822	A	7	7	4841	4847	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017822	GA	3	6	4848	4853	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017822	TCC	2	6	5136	5141	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
34	NC_017822	AAC	2	6	5243	5248	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_017822	TCT	2	6	5253	5258	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_017822	ATCTC	2	10	5283	5292	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
37	NC_017822	TGC	2	6	5311	5316	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_017822	TTTA	2	8	5572	5579	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017822	ATA	2	6	5596	5601	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017822	ATA	2	6	5647	5652	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017822	A	6	6	5658	5663	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017822	A	7	7	5667	5673	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017822	AATT	2	8	5690	5697	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017822	TA	3	6	5734	5739	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017822	AAAGAT	2	12	5752	5763	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017822	ATT	2	6	5816	5821	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017822	N	1088	1088	5865	6952	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017822	A	7	7	6956	6962	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017822	AT	4	8	6965	6972	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017822	A	7	7	6989	6995	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017822	TAATT	2	10	7005	7014	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017822	T	6	6	7063	7068	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017822	TAAAAA	2	12	7092	7103	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017822	A	7	7	7120	7126	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017822	ATAAA	2	10	7149	7158	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017822	AT	3	6	7171	7176	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017822	ATTT	2	8	7197	7204	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017822	TAA	2	6	7215	7220	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017822	A	7	7	7230	7236	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017822	T	6	6	7237	7242	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017822	ATTT	2	8	7289	7296	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017822	A	7	7	7302	7308	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017822	CAT	2	6	7363	7368	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_017822	TTAATG	2	12	8843	8854	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017822	TAT	2	6	8908	8913	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017822	A	7	7	8925	8931	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017822	T	6	6	8947	8952	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017822	TTA	2	6	8963	8968	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017822	T	7	7	8978	8984	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017822	AAC	2	6	9001	9006	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_017822	AAT	2	6	9007	9012	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017822	A	6	6	9013	9018	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017822	GAT	2	6	9043	9048	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017822	AT	3	6	9047	9052	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017822	TA	4	8	9095	9102	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017822	A	7	7	9106	9112	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017822	AATAGA	2	12	9121	9132	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017822	TTA	2	6	9163	9168	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017822	A	6	6	9195	9200	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017822	AAAT	2	8	9261	9268	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017822	TAA	2	6	9319	9324	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017822	A	7	7	9323	9329	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017822	AAT	2	6	9355	9360	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017822	ACA	2	6	9378	9383	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_017822	GATT	2	8	9384	9391	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017822	AATA	2	8	9406	9413	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017822	CAAT	2	8	9434	9441	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
88	NC_017822	GAA	2	6	9449	9454	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017822	A	6	6	9474	9479	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017822	ATT	2	6	9490	9495	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017822	ATG	2	6	9501	9506	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017822	A	7	7	9511	9517	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017822	AAATG	2	10	9556	9565	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017822	A	7	7	9710	9716	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017822	A	6	6	9742	9747	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017822	TCA	2	6	9816	9821	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_017822	TTA	2	6	9849	9854	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017822	ATAA	2	8	9875	9882	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017822	T	6	6	9898	9903	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017822	A	6	6	9935	9940	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017822	A	6	6	9957	9962	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017822	N	731	731	10014	10744	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017822	AT	3	6	10749	10754	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017822	AAG	2	6	10772	10777	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017822	AAGA	2	8	10781	10788	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017822	AG	3	6	10789	10794	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017822	AGA	3	9	10801	10809	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017822	GAA	3	9	10810	10818	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017822	AAG	2	6	11132	11137	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017822	TTTA	2	8	11140	11147	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017822	AGA	2	6	11148	11153	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017822	TGA	2	6	11239	11244	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017822	A	6	6	11288	11293	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017822	ATA	2	6	11305	11310	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017822	ATT	2	6	11621	11626	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017822	ATTT	2	8	11665	11672	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017822	A	6	6	11707	11712	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017822	ATA	2	6	11730	11735	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017822	TAATTT	2	12	11756	11767	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017822	TA	3	6	11795	11800	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017822	AT	3	6	11857	11862	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017822	TAA	2	6	11908	11913	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017822	A	6	6	11918	11923	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017822	AAT	2	6	12172	12177	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017822	TAA	2	6	12206	12211	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017822	TA	3	6	12231	12236	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017822	AAG	2	6	12253	12258	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017822	ATA	2	6	12279	12284	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017822	ATG	2	6	12318	12323	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017822	ATT	2	6	12334	12339	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017822	CTG	4	12	12360	12371	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_017822	A	6	6	12373	12378	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017822	TCA	2	6	12380	12385	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_017822	AAGAA	2	10	12434	12443	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017822	T	6	6	12450	12455	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017822	TAA	2	6	12464	12469	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017822	TTG	2	6	12497	12502	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017822	TAA	2	6	13467	13472	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017822	ATGTA	2	10	13476	13485	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017822	TCAT	2	8	13516	13523	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
141	NC_017822	TTA	2	6	13545	13550	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017822	T	6	6	13558	13563	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017822	CCTT	2	8	13567	13574	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
144	NC_017822	TCT	2	6	13579	13584	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_017822	T	6	6	13586	13591	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017822	CAA	2	6	13609	13614	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_017822	T	7	7	13631	13637	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017822	AT	3	6	13648	13653	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017822	ATA	2	6	13663	13668	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_017822	ATT	2	6	13670	13675	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_017822	AT	4	8	13676	13683	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_017822	ACTT	2	8	13738	13745	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
153	NC_017822	T	6	6	13769	13774	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_017822	ACA	2	6	13785	13790	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
155	NC_017822	AT	4	8	13842	13849	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_017822	TAA	2	6	13851	13856	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_017822	ACA	2	6	13873	13878	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
158	NC_017822	AAG	2	6	13894	13899	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
159	NC_017822	AG	3	6	13923	13928	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
160	NC_017822	TAA	2	6	13931	13936	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
161	NC_017822	GA	3	6	13945	13950	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
162	NC_017822	TAAT	2	8	13976	13983	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_017822	TA	3	6	13995	14000	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_017822	TAT	2	6	14044	14049	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
165	NC_017822	TAA	2	6	14052	14057	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
166	NC_017822	AAAT	2	8	14078	14085	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
167	NC_017822	TAG	2	6	15279	15284	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
168	NC_017822	TTAGA	2	10	15285	15294	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
169	NC_017822	TCT	2	6	15323	15328	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
170	NC_017822	ATGA	2	8	15387	15394	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
171	NC_017822	TGT	2	6	15403	15408	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
172	NC_017822	N	1698	1698	15426	17123	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
173	NC_017822	AAG	2	6	17158	17163	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
174	NC_017822	T	6	6	17174	17179	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
175	NC_017822	ATT	3	9	17183	17191	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
176	NC_017822	TAT	2	6	17260	17265	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
177	NC_017822	T	7	7	17270	17276	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
178	NC_017822	ATTGT	2	10	17310	17319	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
179	NC_017822	TGTTTT	2	12	17324	17335	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
180	NC_017822	ATT	2	6	17339	17344	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
181	NC_017822	TAG	2	6	17351	17356	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
182	NC_017822	ATA	2	6	17368	17373	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
183	NC_017822	AT	3	6	17415	17420	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
184	NC_017822	T	6	6	17458	17463	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
185	NC_017822	TTTG	2	8	17472	17479	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
186	NC_017822	ATG	2	6	17480	17485	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.