MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Borrelia crocidurae str. Achema plasmid unnamed

Total Repeats: 305

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017818	CAA	2	6	98	103	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_017818	CT	5	10	1208	1217	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
3	NC_017818	CTT	2	6	1233	1238	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_017818	TC	3	6	1244	1249	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
5	NC_017818	CCT	2	6	1263	1268	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
6	NC_017818	T	6	6	1271	1276	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017818	T	8	8	1290	1297	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017818	ATTT	2	8	1298	1305	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017818	TAA	2	6	1322	1327	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017818	A	7	7	1331	1337	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017818	A	6	6	1353	1358	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017818	TAAT	2	8	1374	1381	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017818	TTAA	2	8	1448	1455	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017818	TTA	2	6	1471	1476	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017818	T	6	6	1479	1484	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017818	T	7	7	1524	1530	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017818	TTTG	2	8	1537	1544	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017818	ACA	2	6	1556	1561	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_017818	A	6	6	1598	1603	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017818	A	6	6	1619	1624	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017818	ACAAA	2	10	1644	1653	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017818	TA	3	6	1687	1692	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017818	TTTA	2	8	1695	1702	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017818	TCTTA	2	10	1703	1712	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_017818	CCT	2	6	2943	2948	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
26	NC_017818	T	7	7	2956	2962	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017818	TAA	2	6	2973	2978	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017818	A	7	7	2986	2992	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017818	TA	3	6	3000	3005	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017818	A	7	7	3026	3032	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017818	N	250	250	3046	3295	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017818	CT	3	6	3298	3303	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
33	NC_017818	TAA	2	6	3319	3324	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017818	TTA	2	6	3325	3330	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017818	TA	4	8	3339	3346	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017818	ATCT	2	8	4245	4252	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
37	NC_017818	TCT	2	6	4310	4315	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_017818	ATT	2	6	4318	4323	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017818	ATC	2	6	4338	4343	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_017818	TCA	2	6	4359	4364	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_017818	ACT	2	6	4472	4477	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_017818	ATA	2	6	4501	4506	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017818	TAA	2	6	4523	4528	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017818	TGA	2	6	4542	4547	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017818	A	6	6	4598	4603	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017818	ATTA	2	8	4633	4640	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017818	TAA	2	6	4641	4646	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017818	ATA	2	6	4668	4673	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017818	ATC	2	6	4677	4682	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_017818	T	6	6	4689	4694	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017818	CTT	2	6	4707	4712	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_017818	AATT	2	8	4726	4733	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017818	AT	3	6	4826	4831	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017818	GAG	2	6	4863	4868	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017818	ATT	2	6	5446	5451	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017818	ATAA	2	8	5466	5473	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017818	TA	3	6	5478	5483	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017818	CAAAA	2	10	5513	5522	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_017818	A	6	6	5528	5533	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017818	A	6	6	5537	5542	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017818	TAA	2	6	5588	5593	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017818	TC	3	6	5607	5612	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
63	NC_017818	ATATTT	2	12	5637	5648	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017818	TAAT	2	8	5677	5684	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017818	TCTTT	2	10	5694	5703	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_017818	ATA	2	6	5733	5738	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017818	TACTC	2	10	5814	5823	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
68	NC_017818	ATC	2	6	5829	5834	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_017818	TTG	2	6	5841	5846	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017818	T	8	8	5872	5879	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017818	ATTT	2	8	5973	5980	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017818	T	6	6	5985	5990	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017818	TAGA	3	12	5994	6005	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017818	T	7	7	6015	6021	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017818	TTTG	2	8	6047	6054	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017818	T	6	6	6068	6073	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017818	T	7	7	6077	6083	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017818	A	6	6	6084	6089	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017818	A	6	6	6098	6103	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017818	TAA	2	6	6115	6120	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017818	TTA	3	9	6129	6137	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017818	ATT	2	6	6140	6145	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017818	AAT	2	6	6146	6151	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017818	AATA	2	8	6156	6163	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017818	ATA	2	6	8572	8577	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017818	ATTA	2	8	9143	9150	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017818	T	7	7	9215	9221	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017818	T	7	7	9256	9262	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017818	ATA	2	6	9268	9273	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017818	TGA	2	6	9300	9305	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017818	T	6	6	9353	9358	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017818	AAT	2	6	9359	9364	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017818	T	6	6	9369	9374	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017818	T	6	6	9393	9398	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017818	T	6	6	9400	9405	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017818	TG	3	6	9445	9450	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017818	TAG	2	6	9455	9460	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017818	AAT	2	6	9578	9583	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017818	ATTT	2	8	9593	9600	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017818	T	8	8	9598	9605	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017818	TAG	2	6	9622	9627	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017818	TA	3	6	9629	9634	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017818	AGT	2	6	9689	9694	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017818	T	6	6	9694	9699	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017818	AG	3	6	9776	9781	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017818	A	6	6	9800	9805	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017818	ATT	3	9	9837	9845	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017818	ATA	2	6	9858	9863	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017818	TTC	2	6	10628	10633	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_017818	AAT	2	6	10643	10648	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017818	TTG	2	6	10669	10674	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017818	AGT	2	6	10688	10693	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017818	TTG	2	6	10737	10742	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017818	TAT	2	6	10818	10823	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017818	AT	3	6	10822	10827	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017818	TA	4	8	10846	10853	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017818	AT	3	6	10855	10860	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017818	AAT	2	6	10915	10920	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017818	AAT	2	6	10933	10938	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017818	TGG	2	6	10942	10947	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017818	T	7	7	10956	10962	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017818	A	7	7	10997	11003	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017818	ATGT	2	8	11024	11031	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017818	A	8	8	11038	11045	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017818	TAT	2	6	11085	11090	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017818	G	10	10	11121	11130	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017818	T	6	6	11149	11154	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017818	T	6	6	11203	11208	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017818	T	7	7	11211	11217	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017818	ATT	2	6	11247	11252	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017818	GTA	2	6	11254	11259	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017818	AGTT	2	8	11260	11267	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017818	ATC	2	6	11289	11294	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_017818	TTA	2	6	11361	11366	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017818	AAT	2	6	11372	11377	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017818	ATA	2	6	11406	11411	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017818	AAAT	2	8	11460	11467	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017818	AC	3	6	11473	11478	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
139	NC_017818	TTG	2	6	11491	11496	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017818	AAG	2	6	11515	11520	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017818	TAA	2	6	11534	11539	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017818	TAA	2	6	11561	11566	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017818	TGA	2	6	11588	11593	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017818	TTAAT	2	10	11617	11626	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017818	TTG	2	6	11649	11654	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017818	T	6	6	11672	11677	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017818	TATAT	2	10	11682	11691	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017818	T	6	6	11716	11721	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017818	AT	4	8	11723	11730	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_017818	GTA	2	6	11744	11749	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
151	NC_017818	A	6	6	11754	11759	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_017818	CAT	2	6	11791	11796	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_017818	AT	3	6	11832	11837	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_017818	AAAT	2	8	11882	11889	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_017818	T	6	6	11896	11901	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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301	NC_017818	N	790	790	23886	24675	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
302	NC_017818	TAC	2	6	24703	24708	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
303	NC_017818	AGG	2	6	24730	24735	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
304	NC_017818	ATG	2	6	24738	24743	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
305	NC_017818	TAGA	2	8	25046	25053	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.