MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Borrelia burgdorferi N40 plasmid N40_lp17

Total Repeats: 366

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017417	GTT	2	6	7	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017417	TTA	2	6	25	30	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017417	A	6	6	67	72	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017417	ATT	2	6	81	86	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017417	AT	3	6	91	96	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017417	GTT	2	6	112	117	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017417	A	8	8	119	126	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017417	ATTT	2	8	172	179	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017417	CTA	2	6	186	191	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_017417	TTC	2	6	213	218	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_017417	CTT	2	6	228	233	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_017417	TA	3	6	273	278	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017417	TAG	2	6	328	333	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017417	AATA	2	8	362	369	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017417	ATTT	2	8	427	434	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017417	TTTA	2	8	461	468	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017417	ATCT	2	8	501	508	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
18	NC_017417	CTA	2	6	535	540	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_017417	TA	3	6	539	544	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017417	TAA	2	6	568	573	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017417	TAGA	2	8	584	591	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017417	CCAG	2	8	1621	1628	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
23	NC_017417	CTT	2	6	1650	1655	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_017417	ACA	2	6	1679	1684	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_017417	ATT	2	6	1725	1730	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017417	ATT	2	6	1736	1741	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017417	TAT	2	6	1773	1778	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017417	ATT	3	9	1780	1788	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017417	TA	3	6	1807	1812	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017417	TTA	2	6	1829	1834	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017417	AAATAT	2	12	1841	1852	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017417	CTT	2	6	2862	2867	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_017417	AT	3	6	2882	2887	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017417	TA	3	6	2912	2917	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017417	CCTC	2	8	2944	2951	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
36	NC_017417	ACT	2	6	2966	2971	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_017417	GTTTG	2	10	2992	3001	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017417	AT	3	6	3040	3045	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017417	T	6	6	3049	3054	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017417	ATA	2	6	3927	3932	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017417	A	6	6	3960	3965	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017417	TAA	3	9	4010	4018	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017417	AGA	2	6	4950	4955	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017417	TAA	2	6	4998	5003	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017417	AC	3	6	5013	5018	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
46	NC_017417	ACA	2	6	5022	5027	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_017417	ATAG	2	8	5093	5100	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017417	ATAGAC	2	12	5129	5140	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_017417	TTA	2	6	5141	5146	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017417	T	6	6	5161	5166	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017417	AAC	2	6	5171	5176	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_017417	TAA	2	6	5191	5196	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017417	A	7	7	5208	5214	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017417	TAC	2	6	5228	5233	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_017417	TA	3	6	5293	5298	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017417	GTT	2	6	5362	5367	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017417	TA	3	6	5405	5410	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017417	A	6	6	5425	5430	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017417	TAA	2	6	5468	5473	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017417	A	6	6	5489	5494	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017417	TA	3	6	5495	5500	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017417	TAT	2	6	5577	5582	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017417	TTA	2	6	5610	5615	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017417	ACT	2	6	5626	5631	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_017417	TAT	2	6	5635	5640	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017417	GAA	2	6	5646	5651	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017417	A	6	6	5668	5673	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017417	ACT	3	9	5676	5684	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_017417	AT	3	6	5730	5735	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017417	A	7	7	5747	5753	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017417	A	7	7	5757	5763	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017417	TATAA	2	10	5778	5787	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017417	TAATA	2	10	5791	5800	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017417	ATGG	2	8	5816	5823	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017417	AATTT	2	10	5860	5869	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017417	ATT	2	6	5923	5928	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017417	TAA	2	6	5961	5966	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017417	TAA	2	6	5977	5982	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017417	A	7	7	6053	6059	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017417	GTT	2	6	6143	6148	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017417	ATT	2	6	6202	6207	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017417	ATA	2	6	6221	6226	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017417	TAA	2	6	6246	6251	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017417	AT	3	6	6271	6276	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017417	TCC	2	6	6293	6298	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
86	NC_017417	TAA	2	6	6316	6321	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017417	ATC	2	6	6431	6436	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_017417	TAAT	2	8	6460	6467	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017417	AT	3	6	6496	6501	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017417	AATATA	2	12	6530	6541	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017417	ATATT	2	10	6610	6619	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017417	A	6	6	6638	6643	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017417	CAA	2	6	6715	6720	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_017417	TAT	2	6	6762	6767	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017417	A	6	6	6783	6788	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017417	A	8	8	6823	6830	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017417	A	6	6	6832	6837	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017417	TAA	2	6	6866	6871	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017417	TAA	3	9	6914	6922	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017417	AGA	2	6	6929	6934	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017417	TAA	2	6	6967	6972	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017417	ATT	2	6	7008	7013	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017417	TTA	2	6	7020	7025	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017417	ATA	2	6	7059	7064	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017417	A	6	6	7094	7099	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017417	ATT	2	6	7139	7144	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017417	ACA	2	6	7168	7173	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_017417	TAA	2	6	7389	7394	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017417	A	6	6	7427	7432	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017417	TAA	3	9	7466	7474	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017417	TTTAA	2	10	7498	7507	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017417	AT	3	6	7542	7547	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017417	AAG	2	6	7555	7560	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017417	TAA	2	6	7598	7603	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017417	TAA	2	6	7613	7618	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017417	ACAA	2	8	7628	7635	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
117	NC_017417	TAA	2	6	7678	7683	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017417	CATT	2	8	7705	7712	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
119	NC_017417	TAT	2	6	7713	7718	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017417	TCA	2	6	7752	7757	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_017417	A	6	6	7793	7798	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017417	TATTT	2	10	7799	7808	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017417	ATT	2	6	7833	7838	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017417	AAT	2	6	7848	7853	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017417	TCT	2	6	7860	7865	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_017417	A	8	8	7883	7890	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017417	ATT	2	6	7915	7920	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017417	TAA	2	6	7925	7930	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017417	T	6	6	7951	7956	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017417	TAT	2	6	7972	7977	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017417	CATAC	2	10	7990	7999	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
132	NC_017417	TAAA	2	8	8007	8014	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017417	TTA	2	6	8041	8046	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017417	TGA	2	6	8076	8081	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017417	TAA	3	9	8113	8121	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017417	TTA	2	6	8150	8155	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017417	ACAGA	2	10	8171	8180	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
138	NC_017417	ATT	2	6	8190	8195	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017417	A	7	7	8201	8207	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017417	ATT	2	6	8355	8360	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017417	TAG	2	6	8416	8421	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017417	ATC	2	6	8425	8430	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_017417	A	6	6	8471	8476	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017417	CAA	2	6	8478	8483	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_017417	ACT	2	6	8486	8491	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_017417	A	6	6	8532	8537	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017417	ATT	2	6	8549	8554	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017417	ATA	2	6	8570	8575	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017417	GAT	2	6	9276	9281	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
150	NC_017417	TAA	2	6	9309	9314	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_017417	AAT	2	6	9372	9377	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_017417	ATT	2	6	9398	9403	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_017417	C	6	6	9998	10003	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
154	NC_017417	TATT	2	8	10017	10024	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_017417	A	8	8	10027	10034	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.