MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Borrelia burgdorferi JD1 plasmid JD1 lp28-5

Total Repeats: 391

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017406	T	6	6	565	570	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017406	CAAC	2	8	571	578	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
3	NC_017406	TA	3	6	597	602	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017406	TA	3	6	614	619	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017406	AGA	2	6	620	625	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017406	TTGA	2	8	643	650	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017406	TGA	2	6	668	673	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017406	ATT	2	6	676	681	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017406	GATAAA	2	12	697	708	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017406	TTA	2	6	712	717	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017406	TTC	2	6	742	747	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_017406	TAT	2	6	771	776	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017406	TA	3	6	780	785	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017406	AT	3	6	790	795	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017406	T	8	8	803	810	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017406	AAAT	2	8	945	952	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017406	AT	6	12	995	1006	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017406	ATTTA	2	10	1015	1024	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017406	TCTT	2	8	1028	1035	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
20	NC_017406	TTA	2	6	1040	1045	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017406	ATTT	2	8	1065	1072	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017406	T	8	8	1070	1077	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017406	A	8	8	1078	1085	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017406	ATTT	2	8	1092	1099	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017406	TAT	2	6	1119	1124	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017406	TTC	2	6	1141	1146	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_017406	CTA	2	6	1152	1157	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_017406	T	6	6	1180	1185	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017406	ATA	2	6	1251	1256	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017406	AT	3	6	1258	1263	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017406	ATA	2	6	1349	1354	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017406	A	7	7	1354	1360	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017406	GTT	2	6	2272	2277	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017406	AT	3	6	2293	2298	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017406	TGT	2	6	2312	2317	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017406	AAG	2	6	2338	2343	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017406	ATTT	2	8	2758	2765	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017406	T	6	6	2763	2768	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017406	AACA	2	8	2807	2814	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
40	NC_017406	AATA	2	8	2822	2829	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017406	T	7	7	2842	2848	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017406	TTG	2	6	2851	2856	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017406	GAT	2	6	4298	4303	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017406	TTTAT	2	10	4327	4336	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017406	A	7	7	4382	4388	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017406	GGA	2	6	4420	4425	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017406	ACA	2	6	4435	4440	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_017406	CT	3	6	4448	4453	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
49	NC_017406	A	6	6	4482	4487	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017406	GTA	2	6	4491	4496	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017406	A	7	7	4554	4560	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017406	TCT	2	6	4591	4596	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_017406	TAAAA	2	10	4661	4670	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017406	A	6	6	4667	4672	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017406	A	7	7	4687	4693	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017406	AAAT	2	8	4734	4741	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017406	CAAA	2	8	4784	4791	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
58	NC_017406	ATA	2	6	4797	4802	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017406	CAATG	2	10	4809	4818	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
60	NC_017406	AT	3	6	4860	4865	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017406	ATA	2	6	4902	4907	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017406	A	6	6	4907	4912	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017406	TAA	2	6	4927	4932	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017406	AAAATT	2	12	4936	4947	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017406	CTA	2	6	5028	5033	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_017406	A	6	6	5107	5112	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017406	TTA	2	6	5113	5118	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017406	A	7	7	5124	5130	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017406	AAAACT	2	12	5133	5144	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_017406	TAAG	2	8	5155	5162	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017406	CCA	2	6	5189	5194	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
72	NC_017406	GCT	2	6	5228	5233	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_017406	T	6	6	5246	5251	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017406	AGC	2	6	5263	5268	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_017406	AT	3	6	5271	5276	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017406	TCATT	2	10	6201	6210	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_017406	AT	3	6	6250	6255	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017406	A	6	6	6266	6271	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017406	TAT	2	6	6444	6449	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017406	AAT	2	6	6477	6482	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017406	AAT	2	6	6498	6503	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017406	ATT	2	6	6532	6537	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017406	TATT	2	8	6555	6562	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017406	A	6	6	6574	6579	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017406	ATT	2	6	6639	6644	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017406	TAA	3	9	6656	6664	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017406	A	6	6	6696	6701	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017406	AGA	2	6	6937	6942	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017406	ACCA	2	8	6964	6971	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
90	NC_017406	ATT	2	6	7002	7007	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017406	T	6	6	7026	7031	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017406	A	7	7	7045	7051	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017406	TCA	2	6	7075	7080	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_017406	TAA	3	9	7083	7091	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017406	A	6	6	7104	7109	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017406	TTAT	2	8	10975	10982	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017406	AT	3	6	11014	11019	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017406	T	6	6	11032	11037	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017406	ATTT	2	8	11084	11091	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017406	AAAG	2	8	11113	11120	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017406	AATT	2	8	11165	11172	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017406	TAAA	2	8	11197	11204	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017406	ATAG	2	8	11206	11213	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017406	ATG	2	6	11224	11229	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017406	TCT	2	6	11238	11243	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_017406	AAATA	2	10	11251	11260	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017406	A	6	6	11287	11292	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017406	A	8	8	11300	11307	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017406	T	8	8	11312	11319	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017406	CTA	2	6	11344	11349	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_017406	ATTT	2	8	11365	11372	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017406	T	7	7	11437	11443	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017406	C	6	6	11460	11465	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
114	NC_017406	TTA	2	6	11477	11482	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017406	CCT	2	6	11486	11491	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
116	NC_017406	AATT	2	8	11544	11551	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017406	ATTA	2	8	11574	11581	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017406	CAC	2	6	11602	11607	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
119	NC_017406	TAG	2	6	11635	11640	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017406	ACCAA	2	10	11641	11650	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
121	NC_017406	A	6	6	11683	11688	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017406	GAA	2	6	11696	11701	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017406	TTGT	2	8	11708	11715	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017406	ATT	2	6	11734	11739	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017406	AAT	2	6	11752	11757	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017406	ATT	2	6	11779	11784	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017406	T	7	7	11783	11789	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017406	ATT	2	6	11804	11809	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017406	ATA	2	6	11832	11837	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017406	A	6	6	11876	11881	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017406	A	6	6	11883	11888	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017406	TTA	2	6	11894	11899	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017406	A	6	6	11957	11962	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017406	TTA	2	6	11968	11973	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017406	AGA	2	6	11976	11981	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017406	AAT	2	6	11995	12000	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017406	AAG	2	6	12004	12009	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017406	GAA	2	6	12013	12018	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017406	A	7	7	12035	12041	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017406	A	6	6	12085	12090	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017406	ATTA	2	8	12095	12102	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017406	A	6	6	12151	12156	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017406	CA	3	6	12176	12181	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
144	NC_017406	TCAA	2	8	12186	12193	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_017406	A	6	6	12218	12223	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017406	ATTA	2	8	12228	12235	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017406	A	6	6	12284	12289	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017406	CA	3	6	12309	12314	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
149	NC_017406	TCAA	2	8	12319	12326	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
150	NC_017406	A	6	6	12351	12356	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_017406	ATTA	2	8	12361	12368	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_017406	A	6	6	12417	12422	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_017406	CA	3	6	12442	12447	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
154	NC_017406	TCAA	2	8	12452	12459	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
155	NC_017406	A	6	6	12484	12489	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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328	NC_017406	GAT	2	6	21244	21249	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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341	NC_017406	TA	3	6	22561	22566	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
342	NC_017406	T	6	6	22567	22572	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
343	NC_017406	TTA	2	6	22588	22593	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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372	NC_017406	T	6	6	23730	23735	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.