MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Borrelia burgdorferi N40 plasmid N40_cp32-5

Total Repeats: 191

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017398	AT	3	6	34	39	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017398	TAA	2	6	46	51	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017398	AGG	2	6	3370	3375	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017398	AGG	2	6	3967	3972	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017398	CTT	2	6	6632	6637	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_017398	TCT	2	6	6712	6717	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_017398	ATTC	2	8	6747	6754	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
8	NC_017398	TTCA	2	8	6771	6778	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
9	NC_017398	AGT	2	6	10926	10931	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017398	TAA	2	6	11042	11047	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017398	TAA	2	6	11171	11176	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017398	AAT	2	6	11181	11186	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017398	T	6	6	11194	11199	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017398	CTT	2	6	11252	11257	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_017398	AAG	2	6	11292	11297	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017398	ATC	2	6	11343	11348	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_017398	GTG	2	6	11354	11359	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017398	AGC	2	6	11361	11366	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_017398	A	6	6	11396	11401	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017398	TTTC	2	8	11476	11483	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
21	NC_017398	A	7	7	11547	11553	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017398	GTC	2	6	11580	11585	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_017398	CAT	2	6	11603	11608	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_017398	TAA	2	6	11630	11635	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017398	ACA	2	6	11638	11643	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_017398	GT	3	6	11647	11652	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017398	T	6	6	11671	11676	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017398	TTGAA	2	10	11735	11744	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017398	A	6	6	11743	11748	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017398	T	6	6	11774	11779	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017398	TTA	2	6	11845	11850	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017398	AGC	2	6	11877	11882	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_017398	TTA	2	6	11887	11892	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017398	TAA	2	6	11932	11937	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017398	CTA	2	6	11944	11949	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_017398	TCC	2	6	12008	12013	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
37	NC_017398	A	6	6	12134	12139	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017398	TAC	2	6	12184	12189	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_017398	TCAA	2	8	12191	12198	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
40	NC_017398	TA	3	6	12252	12257	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017398	AATCT	2	10	12285	12294	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_017398	AAC	2	6	12344	12349	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_017398	CA	3	6	12410	12415	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
44	NC_017398	AGG	2	6	12416	12421	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017398	CAGT	2	8	12436	12443	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
46	NC_017398	AATT	2	8	12464	12471	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017398	GTTT	2	8	12484	12491	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017398	TAAT	2	8	12516	12523	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017398	TA	3	6	15204	15209	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017398	TAAAAA	2	12	15219	15230	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017398	CTA	2	6	17170	17175	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_017398	ATA	2	6	17201	17206	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017398	TAA	2	6	17230	17235	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017398	TAA	3	9	17252	17260	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017398	A	7	7	17259	17265	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017398	TGC	2	6	17744	17749	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_017398	AT	3	6	17752	17757	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017398	TCTT	2	8	17768	17775	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
59	NC_017398	T	6	6	17774	17779	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017398	ATC	2	6	17858	17863	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_017398	T	7	7	17888	17894	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017398	TCT	2	6	17949	17954	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_017398	ATC	2	6	17960	17965	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_017398	TAT	2	6	18001	18006	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017398	T	7	7	18006	18012	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017398	T	6	6	18033	18038	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017398	GTT	2	6	18107	18112	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017398	T	6	6	18142	18147	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017398	CTTG	2	8	18172	18179	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_017398	TTTTCG	2	12	18192	18203	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_017398	ATT	2	6	18206	18211	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017398	TGC	2	6	18221	18226	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_017398	CAA	2	6	18301	18306	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_017398	AAC	2	6	18428	18433	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_017398	T	6	6	18501	18506	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017398	CTA	2	6	18526	18531	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_017398	ATT	2	6	18644	18649	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017398	ATT	3	9	18662	18670	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017398	TCC	2	6	18694	18699	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
80	NC_017398	TAA	2	6	18710	18715	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017398	TA	3	6	18723	18728	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017398	T	6	6	18750	18755	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017398	A	7	7	18770	18776	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017398	CTA	2	6	18803	18808	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_017398	T	7	7	18837	18843	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017398	TGTAG	2	10	18898	18907	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017398	TTAAA	2	10	18915	18924	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017398	TAA	2	6	18976	18981	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017398	T	7	7	18995	19001	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017398	ATTA	2	8	19043	19050	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017398	TAA	2	6	19052	19057	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017398	A	6	6	19071	19076	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017398	T	7	7	21508	21514	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017398	GTA	2	6	21515	21520	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017398	A	7	7	21520	21526	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017398	A	6	6	21539	21544	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017398	TAA	2	6	22670	22675	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017398	TA	3	6	22681	22686	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017398	T	6	6	22711	22716	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017398	TTTTA	2	10	22740	22749	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017398	AAT	2	6	22760	22765	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017398	AAAT	2	8	22813	22820	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017398	TTA	2	6	22839	22844	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017398	TAA	2	6	22865	22870	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017398	TATT	2	8	22877	22884	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017398	ATA	2	6	22885	22890	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017398	ATATGT	2	12	22931	22942	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017398	A	7	7	22949	22955	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017398	A	7	7	22968	22974	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017398	TAAA	2	8	23018	23025	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017398	T	7	7	23034	23040	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017398	A	6	6	23054	23059	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017398	TA	3	6	23081	23086	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017398	TATT	2	8	23091	23098	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017398	GGA	2	6	23112	23117	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017398	A	7	7	24218	24224	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017398	AG	3	6	24314	24319	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017398	AGAT	2	8	24358	24365	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017398	CAA	2	6	24381	24386	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_017398	AAT	2	6	24425	24430	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017398	A	6	6	24460	24465	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017398	AAT	2	6	24473	24478	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017398	AAGTAA	2	12	25742	25753	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017398	TAA	2	6	25762	25767	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017398	T	6	6	25877	25882	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017398	AAGA	2	8	25896	25903	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017398	AT	3	6	25920	25925	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017398	AATTT	2	10	25940	25949	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017398	GTG	2	6	25978	25983	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017398	GA	3	6	25995	26000	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017398	TA	3	6	26067	26072	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017398	A	6	6	26747	26752	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017398	GAA	2	6	26775	26780	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017398	CAA	2	6	26787	26792	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_017398	TTC	2	6	26802	26807	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_017398	CTT	2	6	27508	27513	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_017398	TAA	2	6	27580	27585	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017398	AGC	2	6	27601	27606	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_017398	TAA	2	6	27628	27633	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017398	TTA	2	6	27668	27673	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017398	TGA	2	6	27723	27728	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017398	TGC	2	6	27732	27737	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_017398	GAA	2	6	27777	27782	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017398	TG	3	6	27804	27809	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017398	GTT	2	6	27844	27849	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017398	TTTA	2	8	28009	28016	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017398	AGT	2	6	28081	28086	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017398	A	8	8	28087	28094	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017398	CAAG	2	8	28095	28102	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
150	NC_017398	AATT	2	8	28116	28123	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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152	NC_017398	AT	3	6	28146	28151	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_017398	A	7	7	28197	28203	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_017398	CAAA	2	8	28275	28282	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
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170	NC_017398	ATC	2	6	28864	28869	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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182	NC_017398	AAG	2	6	29342	29347	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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184	NC_017398	AAC	2	6	29411	29416	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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187	NC_017398	TCT	2	6	29469	29474	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
188	NC_017398	ATG	3	9	29518	29526	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
189	NC_017398	GCA	2	6	29544	29549	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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191	NC_017398	AG	3	6	29574	29579	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.