MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Borrelia burgdorferi JD1 plasmid JD1 cp32-1+5

Total Repeats: 437

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017394	TAA	2	6	46	51	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017394	GGA	2	6	3931	3936	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017394	ATT	2	6	3948	3953	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017394	TGA	2	6	3954	3959	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017394	ATT	2	6	3962	3967	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017394	TAA	2	6	4266	4271	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017394	TC	3	6	4286	4291	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
8	NC_017394	AGT	2	6	4309	4314	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017394	ATT	2	6	4318	4323	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017394	TTA	2	6	4328	4333	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017394	TTCAA	2	10	4359	4368	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_017394	A	6	6	4377	4382	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017394	CTT	2	6	4414	4419	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_017394	AGA	2	6	4440	4445	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017394	TAA	2	6	4458	4463	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017394	A	6	6	4487	4492	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017394	ATG	2	6	4543	4548	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017394	GCA	3	9	4594	4602	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_017394	GCA	2	6	4609	4614	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_017394	GGA	2	6	4632	4637	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017394	TAA	2	6	4665	4670	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017394	AGA	2	6	4674	4679	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017394	TTA	2	6	4745	4750	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017394	TCAT	2	8	4821	4828	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
25	NC_017394	AGG	2	6	4845	4850	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017394	CTA	2	6	4859	4864	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_017394	AGGG	2	8	8237	8244	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017394	TGC	2	6	8992	8997	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_017394	A	6	6	9001	9006	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017394	A	6	6	9053	9058	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017394	GTA	2	6	9069	9074	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017394	AAT	2	6	9092	9097	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017394	A	6	6	9110	9115	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017394	AG	3	6	9149	9154	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017394	A	6	6	9185	9190	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017394	AAGAA	2	10	9223	9232	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017394	GAC	2	6	9270	9275	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_017394	AGC	2	6	9325	9330	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_017394	TTG	2	6	9348	9353	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017394	GTAA	2	8	9401	9408	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017394	CGG	2	6	9412	9417	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_017394	TTA	2	6	9432	9437	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017394	A	6	6	9449	9454	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017394	A	6	6	9473	9478	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017394	ACA	2	6	9512	9517	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_017394	AAC	2	6	9519	9524	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_017394	GAAA	2	8	9576	9583	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017394	AGA	2	6	9607	9612	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017394	A	6	6	9682	9687	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017394	TGA	2	6	9757	9762	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017394	GGTA	2	8	9802	9809	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017394	GA	3	6	9951	9956	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017394	A	6	6	9960	9965	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017394	CTG	2	6	10011	10016	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_017394	AAT	2	6	10051	10056	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017394	AAG	2	6	10089	10094	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017394	A	7	7	10199	10205	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017394	T	6	6	10222	10227	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017394	TTGA	2	8	10237	10244	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017394	AAT	2	6	12453	12458	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017394	TAA	2	6	12473	12478	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017394	TTG	2	6	12490	12495	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017394	TGA	2	6	12503	12508	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017394	CTC	2	6	12565	12570	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
65	NC_017394	TATT	2	8	12585	12592	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017394	A	6	6	12632	12637	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017394	TAAA	2	8	12675	12682	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017394	ACT	2	6	12690	12695	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_017394	ACA	2	6	12703	12708	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_017394	AT	3	6	12715	12720	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017394	T	8	8	12723	12730	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017394	TGA	2	6	12868	12873	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017394	ATT	2	6	12896	12901	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017394	TCT	2	6	12905	12910	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_017394	GAA	3	9	12923	12931	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017394	TAAT	2	8	12933	12940	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017394	T	7	7	12953	12959	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017394	A	8	8	13050	13057	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017394	TGA	2	6	13076	13081	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017394	A	6	6	13135	13140	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017394	ACAGAA	2	12	13193	13204	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_017394	AT	3	6	13288	13293	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017394	T	6	6	13323	13328	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017394	TGA	2	6	13405	13410	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017394	T	6	6	13452	13457	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017394	TAC	2	6	13461	13466	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_017394	TAA	2	6	13505	13510	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017394	AAAC	2	8	13511	13518	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
89	NC_017394	TAC	2	6	13521	13526	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_017394	A	6	6	13563	13568	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017394	AAG	2	6	13585	13590	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017394	TGC	2	6	13599	13604	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_017394	ATTCA	2	10	13623	13632	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_017394	ATT	2	6	13678	13683	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017394	TAA	3	9	13707	13715	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017394	ATT	2	6	13729	13734	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017394	TA	3	6	14599	14604	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017394	TAC	2	6	15931	15936	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_017394	TAA	2	6	15944	15949	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017394	TAA	2	6	15974	15979	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017394	ATA	2	6	15984	15989	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017394	TATT	2	8	16002	16009	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017394	A	6	6	16369	16374	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017394	A	6	6	16383	16388	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017394	A	6	6	16426	16431	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017394	CTA	2	6	17221	17226	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_017394	ATA	2	6	17252	17257	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017394	TAA	2	6	17281	17286	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017394	TAA	3	9	17303	17311	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017394	A	7	7	17310	17316	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017394	TAA	2	6	18819	18824	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017394	ATT	2	6	18827	18832	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017394	T	6	6	18859	18864	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017394	A	8	8	18879	18886	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017394	AT	3	6	18986	18991	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017394	AAT	2	6	18996	19001	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017394	A	7	7	19017	19023	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017394	A	6	6	19031	19036	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017394	TAT	2	6	19058	19063	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017394	CTA	2	6	19064	19069	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_017394	A	6	6	19069	19074	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017394	T	7	7	19100	19106	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017394	TGTAG	2	10	19162	19171	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017394	ATCA	2	8	19189	19196	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
125	NC_017394	TAA	2	6	19240	19245	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017394	T	7	7	19259	19265	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017394	ATTA	2	8	19304	19311	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017394	ATT	2	6	19315	19320	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017394	A	6	6	19333	19338	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017394	A	6	6	19363	19368	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017394	A	6	6	19436	19441	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017394	A	6	6	19445	19450	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017394	CAA	2	6	19457	19462	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_017394	TAC	2	6	19580	19585	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_017394	A	6	6	19640	19645	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017394	CAA	2	6	19663	19668	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_017394	A	6	6	19684	19689	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017394	TAA	2	6	19711	19716	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017394	TAG	2	6	19744	19749	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017394	TAA	2	6	19774	19779	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017394	ATA	2	6	19782	19787	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017394	AGA	2	6	19792	19797	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017394	AAGA	3	12	19794	19805	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017394	ATT	2	6	19836	19841	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017394	AAT	2	6	19844	19849	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017394	GAA	2	6	19865	19870	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017394	AATA	2	8	19921	19928	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017394	TAA	2	6	19953	19958	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017394	A	7	7	19957	19963	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_017394	A	7	7	19972	19978	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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186	NC_017394	A	7	7	23493	23499	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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188	NC_017394	T	7	7	23578	23584	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
189	NC_017394	T	7	7	23592	23598	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.