MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Borrelia valaisiana VS116 plasmid VS116_lp25

Total Repeats: 403

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012166	ACA	2	6	135	140	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_012166	A	6	6	143	148	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_012166	ATT	2	6	169	174	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_012166	TAT	2	6	183	188	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_012166	TAA	3	9	189	197	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_012166	TTTA	2	8	231	238	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_012166	CTA	2	6	261	266	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_012166	ATA	2	6	290	295	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_012166	TTA	2	6	358	363	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_012166	T	8	8	420	427	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_012166	TAT	2	6	443	448	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_012166	A	6	6	465	470	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_012166	TAT	2	6	539	544	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_012166	ATTAA	2	10	552	561	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_012166	AT	3	6	586	591	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_012166	T	6	6	591	596	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_012166	ATT	2	6	628	633	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_012166	TAG	2	6	634	639	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_012166	ATG	2	6	657	662	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_012166	TAA	2	6	1129	1134	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_012166	ATTT	2	8	1139	1146	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_012166	AGA	2	6	1159	1164	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_012166	A	6	6	1182	1187	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_012166	AAAAT	2	10	1196	1205	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_012166	GAT	2	6	1229	1234	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_012166	A	6	6	1289	1294	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_012166	TAA	2	6	1349	1354	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_012166	TAAT	2	8	1359	1366	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_012166	A	7	7	1376	1382	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_012166	TAT	2	6	1383	1388	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_012166	A	7	7	1402	1408	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_012166	A	7	7	1419	1425	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_012166	TTAA	2	8	1437	1444	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_012166	A	6	6	1448	1453	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_012166	AAT	2	6	1481	1486	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_012166	AT	3	6	1515	1520	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_012166	AT	3	6	1552	1557	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_012166	CT	3	6	1559	1564	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
39	NC_012166	TTTTTA	2	12	1590	1601	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_012166	A	6	6	1616	1621	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_012166	ACA	2	6	1661	1666	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_012166	ATT	2	6	1684	1689	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_012166	AATT	2	8	1749	1756	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_012166	TGAT	2	8	1774	1781	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_012166	ATT	2	6	1819	1824	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_012166	AGG	2	6	1848	1853	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_012166	ATTTT	2	10	1854	1863	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_012166	AAT	2	6	1954	1959	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_012166	A	6	6	2464	2469	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_012166	AAC	2	6	2498	2503	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_012166	ATTTTT	4	24	2517	2540	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_012166	TAT	2	6	2574	2579	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_012166	GAG	2	6	2609	2614	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_012166	T	6	6	5686	5691	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_012166	T	6	6	5701	5706	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_012166	TA	3	6	5726	5731	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_012166	TTAA	2	8	5763	5770	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_012166	TAT	2	6	5778	5783	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_012166	TAA	2	6	5954	5959	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_012166	A	7	7	5963	5969	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_012166	A	7	7	5990	5996	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_012166	TATT	2	8	5999	6006	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_012166	CAA	2	6	6019	6024	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_012166	A	6	6	6029	6034	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_012166	AGAA	2	8	6054	6061	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
66	NC_012166	TAA	2	6	6092	6097	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_012166	GAT	2	6	6122	6127	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_012166	A	7	7	6194	6200	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_012166	TAA	2	6	6219	6224	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_012166	AATT	2	8	6227	6234	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_012166	ATTTT	2	10	6246	6255	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_012166	T	6	6	6252	6257	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_012166	ACT	2	6	6294	6299	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_012166	AT	3	6	6305	6310	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_012166	T	6	6	6329	6334	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_012166	TA	3	6	6349	6354	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_012166	TAA	2	6	6381	6386	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_012166	TAATT	2	10	6398	6407	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_012166	AT	3	6	6545	6550	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_012166	AT	3	6	6564	6569	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_012166	ATA	2	6	6579	6584	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_012166	CAA	2	6	6598	6603	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_012166	G	7	7	6665	6671	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
84	NC_012166	TAT	2	6	6700	6705	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_012166	T	7	7	6723	6729	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_012166	A	6	6	6733	6738	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_012166	ATT	2	6	6780	6785	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_012166	TAA	3	9	6795	6803	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_012166	AT	3	6	6809	6814	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_012166	T	6	6	6831	6836	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_012166	TATT	2	8	6849	6856	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_012166	T	6	6	6855	6860	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_012166	T	6	6	8036	8041	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_012166	A	6	6	8042	8047	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_012166	T	7	7	8087	8093	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_012166	TA	3	6	8095	8100	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_012166	T	6	6	8115	8120	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_012166	A	6	6	8143	8148	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_012166	ATTT	2	8	8152	8159	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_012166	T	6	6	8192	8197	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_012166	T	7	7	8208	8214	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_012166	ATAAA	2	10	8439	8448	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_012166	TAA	2	6	8464	8469	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_012166	A	10	10	8468	8477	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_012166	TG	3	6	8648	8653	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
106	NC_012166	ATTT	2	8	8676	8683	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_012166	ATTT	2	8	8750	8757	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_012166	ATAA	2	8	8758	8765	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_012166	TAA	2	6	8777	8782	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_012166	GAT	2	6	8802	8807	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_012166	TA	3	6	8818	8823	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_012166	TAA	2	6	8829	8834	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_012166	AAT	2	6	9841	9846	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_012166	AAC	2	6	9879	9884	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_012166	GTT	2	6	9913	9918	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
116	NC_012166	CAAT	2	8	9925	9932	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
117	NC_012166	AAT	2	6	9952	9957	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_012166	A	7	7	10355	10361	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_012166	GAT	2	6	10397	10402	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_012166	T	6	6	10467	10472	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_012166	TA	3	6	10475	10480	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_012166	GAAAA	2	10	10487	10496	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
123	NC_012166	AAT	2	6	10497	10502	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_012166	AATT	2	8	10516	10523	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_012166	TTA	2	6	10565	10570	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_012166	TAA	2	6	10596	10601	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_012166	TTTGT	2	10	10602	10611	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_012166	ATTT	2	8	10684	10691	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_012166	TTA	2	6	10698	10703	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_012166	AAT	2	6	10719	10724	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_012166	AT	3	6	10727	10732	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_012166	ACCA	2	8	10760	10767	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
133	NC_012166	TAA	2	6	10783	10788	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_012166	ATGA	2	8	10804	10811	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
135	NC_012166	A	6	6	10811	10816	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_012166	TAG	2	6	10845	10850	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
137	NC_012166	TAA	2	6	10857	10862	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_012166	ATA	2	6	11084	11089	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_012166	A	6	6	11089	11094	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_012166	ATG	2	6	11500	11505	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
141	NC_012166	TAA	2	6	11972	11977	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_012166	ATTT	2	8	11982	11989	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_012166	AGA	2	6	12002	12007	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
144	NC_012166	A	6	6	12025	12030	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_012166	AAAAT	2	10	12039	12048	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_012166	GAT	2	6	12072	12077	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
147	NC_012166	A	6	6	12132	12137	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_012166	TAT	2	6	12183	12188	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_012166	TAA	2	6	12192	12197	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_012166	TAAT	2	8	12202	12209	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_012166	TAA	2	6	12213	12218	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_012166	A	8	8	12217	12224	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_012166	A	7	7	12228	12234	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_012166	TAT	2	6	12235	12240	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_012166	A	6	6	12254	12259	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_012166	A	7	7	12270	12276	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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158	NC_012166	A	6	6	12299	12304	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_012166	TGC	2	6	12490	12495	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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162	NC_012166	AGTA	2	8	12555	12562	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
163	NC_012166	AATT	2	8	12600	12607	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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165	NC_012166	ATT	2	6	12670	12675	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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300	NC_012166	TAA	2	6	25487	25492	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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303	NC_012166	T	6	6	25570	25575	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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305	NC_012166	T	6	6	25643	25648	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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308	NC_012166	A	6	6	26147	26152	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
309	NC_012166	TCA	2	6	26154	26159	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
310	NC_012166	TAT	2	6	26200	26205	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
311	NC_012166	ATT	2	6	26215	26220	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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323	NC_012166	CATA	2	8	27259	27266	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
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335	NC_012166	T	6	6	29296	29301	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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341	NC_012166	A	6	6	29876	29881	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.