MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Borrelia recurrentis A1 plasmid pl6

Total Repeats: 168

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011263	CAATT	2	10	4	13	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_011263	ATTC	2	8	18	25	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_011263	TC	3	6	24	29	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
4	NC_011263	TAT	2	6	46	51	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_011263	TA	3	6	104	109	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_011263	ACTT	2	8	113	120	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
7	NC_011263	AT	3	6	127	132	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_011263	TAT	3	9	130	138	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_011263	AT	4	8	137	144	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_011263	TA	4	8	158	165	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_011263	A	6	6	1549	1554	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_011263	T	6	6	1643	1648	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_011263	ATTTT	2	10	1650	1659	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_011263	T	6	6	1656	1661	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_011263	ATT	2	6	1679	1684	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_011263	A	7	7	1695	1701	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_011263	GAG	2	6	1702	1707	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_011263	T	6	6	1715	1720	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_011263	A	7	7	1736	1742	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_011263	CATTTT	2	12	1754	1765	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_011263	T	6	6	1762	1767	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_011263	TTA	2	6	1778	1783	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_011263	ATT	2	6	1794	1799	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_011263	T	7	7	1798	1804	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_011263	TAA	2	6	1815	1820	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_011263	T	7	7	1854	1860	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_011263	A	6	6	1861	1866	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_011263	AGA	2	6	1876	1881	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_011263	TATTT	2	10	1894	1903	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_011263	T	9	9	1901	1909	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_011263	AT	3	6	1910	1915	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_011263	AAG	2	6	1926	1931	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_011263	T	6	6	1970	1975	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_011263	A	6	6	1985	1990	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_011263	TCC	2	6	2017	2022	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
36	NC_011263	TAAA	2	8	2023	2030	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_011263	ATC	2	6	2040	2045	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_011263	AAAT	2	8	2055	2062	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_011263	TAT	2	6	2083	2088	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_011263	CAT	2	6	2099	2104	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_011263	TA	3	6	2139	2144	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_011263	T	6	6	2167	2172	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_011263	A	6	6	2189	2194	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_011263	AAAC	2	8	2215	2222	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
45	NC_011263	A	7	7	2777	2783	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_011263	A	7	7	2788	2794	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_011263	A	7	7	2797	2803	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_011263	TAAA	2	8	2804	2811	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_011263	A	7	7	2809	2815	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_011263	A	7	7	2840	2846	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_011263	T	6	6	2852	2857	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_011263	A	6	6	2861	2866	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_011263	CAAA	2	8	2879	2886	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
54	NC_011263	CA	3	6	2890	2895	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
55	NC_011263	TTA	2	6	2905	2910	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_011263	AGCA	2	8	2916	2923	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
57	NC_011263	TAAAA	2	10	2938	2947	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_011263	A	6	6	2944	2949	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_011263	A	7	7	2954	2960	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_011263	A	6	6	2968	2973	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_011263	TAA	2	6	3078	3083	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_011263	A	6	6	3207	3212	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_011263	CAA	2	6	3225	3230	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_011263	T	6	6	3233	3238	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_011263	AATA	2	8	3350	3357	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_011263	T	6	6	3379	3384	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_011263	A	6	6	3472	3477	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_011263	A	6	6	3518	3523	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_011263	ATT	2	6	3545	3550	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_011263	GTATG	2	10	3560	3569	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
71	NC_011263	ATA	2	6	3582	3587	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_011263	TTTTAA	2	12	3593	3604	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_011263	A	6	6	3603	3608	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_011263	TAA	2	6	3619	3624	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_011263	ATT	2	6	3628	3633	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_011263	A	7	7	3639	3645	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_011263	T	9	9	3658	3666	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_011263	T	6	6	3682	3687	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_011263	AT	3	6	3809	3814	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_011263	AGAAA	2	10	3832	3841	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_011263	ATT	2	6	3937	3942	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_011263	T	7	7	3946	3952	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_011263	TAT	2	6	3980	3985	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_011263	A	6	6	4022	4027	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_011263	A	6	6	4034	4039	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_011263	AAT	2	6	4085	4090	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_011263	TAAA	2	8	4111	4118	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_011263	ATT	2	6	4125	4130	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_011263	T	7	7	4129	4135	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_011263	ATGA	2	8	4143	4150	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
91	NC_011263	T	6	6	4157	4162	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_011263	TTTTC	2	10	4207	4216	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_011263	T	7	7	4245	4251	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_011263	T	6	6	4306	4311	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_011263	ATCC	2	8	4316	4323	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
96	NC_011263	ATA	2	6	4336	4341	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_011263	TCA	2	6	4370	4375	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_011263	TCA	2	6	4451	4456	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_011263	CAA	2	6	4494	4499	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_011263	TATT	2	8	4583	4590	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_011263	CAA	2	6	4620	4625	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_011263	A	6	6	4675	4680	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_011263	CAT	2	6	4723	4728	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_011263	T	6	6	4740	4745	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_011263	ATT	2	6	4750	4755	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_011263	TTCT	2	8	4797	4804	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
107	NC_011263	ATT	2	6	4823	4828	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_011263	ATA	2	6	4829	4834	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_011263	GAAT	2	8	4847	4854	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
110	NC_011263	TAA	2	6	4894	4899	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_011263	A	7	7	4898	4904	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_011263	TATT	2	8	4910	4917	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_011263	T	7	7	4950	4956	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_011263	ATTTA	2	10	4972	4981	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_011263	AAG	2	6	5004	5009	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
116	NC_011263	GAGC	2	8	5014	5021	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
117	NC_011263	TC	3	6	5025	5030	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
118	NC_011263	CTT	2	6	5035	5040	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_011263	TAT	3	9	5046	5054	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_011263	TTAT	2	8	5067	5074	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_011263	ATA	2	6	5078	5083	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_011263	AT	3	6	5123	5128	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_011263	T	6	6	5186	5191	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_011263	ATA	2	6	5200	5205	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_011263	AAT	2	6	5206	5211	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_011263	TAA	3	9	5216	5224	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_011263	TA	3	6	5239	5244	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_011263	ATT	2	6	5255	5260	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_011263	TAA	2	6	5261	5266	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_011263	TCC	2	6	5284	5289	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
131	NC_011263	CCG	3	9	5297	5305	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
132	NC_011263	GC	3	6	5307	5312	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
133	NC_011263	TCCCT	2	10	5357	5366	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
134	NC_011263	C	6	6	5370	5375	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
135	NC_011263	C	9	9	5382	5390	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
136	NC_011263	TC	3	6	5422	5427	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
137	NC_011263	T	7	7	5433	5439	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_011263	C	6	6	5465	5470	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
139	NC_011263	CCT	2	6	5486	5491	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
140	NC_011263	CTGC	2	8	5514	5521	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
141	NC_011263	C	6	6	5524	5529	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
142	NC_011263	AAC	2	6	5531	5536	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_011263	CGA	2	6	5570	5575	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_011263	A	7	7	5612	5618	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_011263	C	8	8	5628	5635	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
146	NC_011263	CTC	2	6	5671	5676	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
147	NC_011263	CCCT	2	8	5709	5716	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
148	NC_011263	GCC	2	6	5729	5734	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
149	NC_011263	CCTCC	2	10	5735	5744	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
150	NC_011263	CTC	2	6	5748	5753	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
151	NC_011263	CGG	2	6	5754	5759	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
152	NC_011263	C	6	6	5762	5767	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
153	NC_011263	C	10	10	5785	5794	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
154	NC_011263	C	6	6	5798	5803	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
155	NC_011263	TCCCCC	2	12	5837	5848	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
156	NC_011263	C	9	9	5854	5862	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
157	NC_011263	C	8	8	5884	5891	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
158	NC_011263	C	8	8	5893	5900	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
159	NC_011263	C	8	8	5938	5945	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
160	NC_011263	C	12	12	5952	5963	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
161	NC_011263	GC	3	6	5967	5972	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
162	NC_011263	C	8	8	5983	5990	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
163	NC_011263	C	7	7	6006	6012	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
164	NC_011263	CGGC	2	8	6030	6037	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
165	NC_011263	C	7	7	6037	6043	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
166	NC_011263	C	7	7	6070	6076	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
167	NC_011263	CGCGC	2	10	6087	6096	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
168	NC_011263	C	8	8	6101	6108	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.