MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039 plasmid pBIND02

Total Repeats: 310

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010578	GAT	2	6	15	20	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_010578	TA	3	6	151	156	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_010578	GATT	2	8	185	192	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_010578	AAG	2	6	199	204	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_010578	CATC	2	8	238	245	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
6	NC_010578	ATTT	2	8	315	322	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_010578	A	6	6	381	386	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_010578	TA	3	6	388	393	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_010578	ATG	2	6	459	464	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_010578	AATA	2	8	482	489	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_010578	TAT	2	6	493	498	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_010578	TAT	2	6	529	534	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_010578	A	6	6	1521	1526	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_010578	GAA	2	6	1540	1545	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_010578	AAT	2	6	1557	1562	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_010578	AAT	2	6	1597	1602	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_010578	GGTC	2	8	1607	1614	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
18	NC_010578	TCT	2	6	4073	4078	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_010578	TCG	2	6	4080	4085	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_010578	CA	3	6	4087	4092	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
21	NC_010578	AATG	2	8	4140	4147	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_010578	GTT	2	6	4168	4173	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_010578	CT	3	6	5539	5544	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
24	NC_010578	GCC	2	6	5592	5597	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
25	NC_010578	CAC	2	6	5600	5605	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
26	NC_010578	TA	3	6	5690	5695	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_010578	TAC	2	6	5728	5733	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_010578	ATG	2	6	5740	5745	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_010578	TGGC	2	8	5757	5764	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
30	NC_010578	CAGC	2	8	5809	5816	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
31	NC_010578	CGA	2	6	5852	5857	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_010578	TTG	2	6	5943	5948	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_010578	AATT	2	8	5958	5965	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_010578	CAC	2	6	5975	5980	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
35	NC_010578	GA	3	6	6255	6260	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
36	NC_010578	TG	3	6	6262	6267	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
37	NC_010578	CGA	2	6	6280	6285	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_010578	CTT	2	6	6410	6415	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_010578	TGGAGG	2	12	7514	7525	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_010578	T	6	6	7556	7561	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_010578	TTC	2	6	7661	7666	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_010578	GAA	2	6	7684	7689	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_010578	GAT	2	6	7744	7749	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_010578	CAT	2	6	10393	10398	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_010578	ATT	2	6	10424	10429	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_010578	TAA	2	6	10434	10439	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_010578	GA	3	6	10575	10580	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
48	NC_010578	TTAT	2	8	10582	10589	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_010578	GAT	2	6	10600	10605	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_010578	ACCC	2	8	10702	10709	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
51	NC_010578	GGTT	2	8	10720	10727	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
52	NC_010578	CGT	2	6	10745	10750	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_010578	CCA	2	6	10782	10787	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
54	NC_010578	CAT	2	6	10794	10799	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_010578	TC	3	6	10814	10819	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
56	NC_010578	GA	3	6	10896	10901	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
57	NC_010578	GAT	2	6	12152	12157	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_010578	AGC	2	6	12182	12187	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_010578	T	7	7	12218	12224	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_010578	TGC	2	6	12237	12242	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_010578	AGG	2	6	12277	12282	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_010578	GT	3	6	12355	12360	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
63	NC_010578	A	6	6	12363	12368	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_010578	ATG	2	6	12411	12416	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_010578	TCT	2	6	12425	12430	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_010578	CTC	2	6	12456	12461	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
67	NC_010578	CTCC	2	8	12633	12640	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
68	NC_010578	CATGT	2	10	12643	12652	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
69	NC_010578	TAT	2	6	15978	15983	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_010578	TTAT	2	8	16026	16033	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_010578	GTT	2	6	16036	16041	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
72	NC_010578	AT	3	6	16077	16082	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_010578	TGA	2	6	16103	16108	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
74	NC_010578	ATA	2	6	16114	16119	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_010578	TAG	2	6	16146	16151	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_010578	GC	3	6	16273	16278	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
77	NC_010578	A	6	6	16385	16390	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_010578	AGC	2	6	16724	16729	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_010578	GCT	2	6	16803	16808	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_010578	TC	3	6	16918	16923	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
81	NC_010578	ATC	2	6	16941	16946	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_010578	AG	3	6	16957	16962	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
83	NC_010578	AGT	2	6	17017	17022	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
84	NC_010578	TCG	2	6	17067	17072	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_010578	GCC	2	6	17124	17129	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
86	NC_010578	CGA	2	6	17131	17136	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_010578	ATC	2	6	17207	17212	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_010578	CT	3	6	17239	17244	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
89	NC_010578	GAA	2	6	17393	17398	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
90	NC_010578	GAC	2	6	17459	17464	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_010578	CTT	2	6	17513	17518	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_010578	ATA	2	6	17642	17647	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_010578	CAT	2	6	17717	17722	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_010578	CGA	2	6	17738	17743	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_010578	GCAT	2	8	20155	20162	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
96	NC_010578	TTTC	2	8	20179	20186	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
97	NC_010578	CTAT	2	8	20721	20728	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_010578	ACA	2	6	20765	20770	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_010578	TTC	2	6	20783	20788	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_010578	CTTT	2	8	20929	20936	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
101	NC_010578	A	6	6	20939	20944	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_010578	A	6	6	20949	20954	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_010578	AAT	2	6	21026	21031	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_010578	GTG	2	6	21111	21116	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_010578	CGG	2	6	21169	21174	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_010578	AGC	2	6	22631	22636	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_010578	CCTGC	2	10	22651	22660	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
108	NC_010578	GGA	2	6	22746	22751	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_010578	GAA	2	6	22794	22799	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_010578	GGC	2	6	24562	24567	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_010578	GGA	2	6	24641	24646	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
112	NC_010578	GTG	2	6	24670	24675	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_010578	CTCA	2	8	24692	24699	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
114	NC_010578	TGT	2	6	27939	27944	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_010578	CAT	2	6	27947	27952	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_010578	AATG	2	8	29420	29427	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
117	NC_010578	ATG	2	6	29456	29461	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_010578	CAA	2	6	31381	31386	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_010578	TTCA	2	8	31394	31401	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_010578	TAT	2	6	32629	32634	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_010578	AT	3	6	32648	32653	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_010578	AT	3	6	32668	32673	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_010578	AT	3	6	32690	32695	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_010578	ATT	2	6	32703	32708	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_010578	A	6	6	32722	32727	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_010578	AAT	2	6	32754	32759	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_010578	GCC	2	6	32768	32773	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
128	NC_010578	GCA	2	6	32793	32798	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_010578	TCT	2	6	32843	32848	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_010578	CAGGC	5	25	32871	32895	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
131	NC_010578	TG	3	6	32915	32920	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
132	NC_010578	GTC	2	6	32968	32973	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_010578	TGT	2	6	32984	32989	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
134	NC_010578	CGA	2	6	32999	33004	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_010578	TCG	2	6	33031	33036	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_010578	CATG	2	8	33056	33063	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
137	NC_010578	GCT	2	6	33128	33133	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_010578	ACT	2	6	34413	34418	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_010578	ACGC	2	8	42486	42493	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
140	NC_010578	ACTG	2	8	42515	42522	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
141	NC_010578	TTG	2	6	42630	42635	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
142	NC_010578	ACG	2	6	42657	42662	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_010578	AAT	2	6	42688	42693	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_010578	ATG	2	6	42858	42863	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
145	NC_010578	CT	3	6	42906	42911	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
146	NC_010578	CGA	2	6	43089	43094	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_010578	ATG	2	6	43177	43182	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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291	NC_010578	GCC	2	6	61597	61602	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
292	NC_010578	GGC	2	6	61609	61614	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
293	NC_010578	ATT	2	6	63106	63111	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
294	NC_010578	ATCG	2	8	63298	63305	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
295	NC_010578	GCC	2	6	64521	64526	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
296	NC_010578	TTC	2	6	64559	64564	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
297	NC_010578	AGA	2	6	64593	64598	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
298	NC_010578	GGAGT	2	10	64606	64615	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
299	NC_010578	TTGA	2	8	64627	64634	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
300	NC_010578	TAA	2	6	64685	64690	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
301	NC_010578	GAT	2	6	64749	64754	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
302	NC_010578	CCCTG	2	10	64846	64855	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
303	NC_010578	TGC	2	6	64892	64897	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
304	NC_010578	ATCG	2	8	65047	65054	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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307	NC_010578	ATC	2	6	65083	65088	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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309	NC_010578	AGA	2	6	66699	66704	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
310	NC_010578	GGC	2	6	66722	66727	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.