MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Borrelia hermsii DAH clone fragment 1025rc

Total Repeats: 125

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NT_187136	A	7	7	674	680	100 %	0 %	0 %	0 %	426202318
2	NT_187136	AAT	3	9	700	708	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202318
3	NT_187136	TTTA	2	8	712	719	25 %	75 %	0 %	0 %	426202318
4	NT_187136	CAT	2	6	729	734	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	426202318
5	NT_187136	TAA	2	6	736	741	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202318
6	NT_187136	AAG	2	6	855	860	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202318
7	NT_187136	GAAA	2	8	906	913	75 %	0 %	25 %	0 %	426202318
8	NT_187136	ATG	4	12	921	932	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202318
9	NT_187136	TGA	2	6	1042	1047	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202318
10	NT_187136	TTG	2	6	1065	1070	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	426202318
11	NT_187136	AGGG	2	8	1107	1114	25 %	0 %	75 %	0 %	426202318
12	NT_187136	ATG	2	6	1134	1139	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202318
13	NT_187136	TTCTGA	2	12	1141	1152	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	426202318
14	NT_187136	A	6	6	1156	1161	100 %	0 %	0 %	0 %	426202318
15	NT_187136	TTA	2	6	1209	1214	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202318
16	NT_187136	CAG	2	6	1224	1229	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202318
17	NT_187136	TAAC	2	8	1321	1328	50 %	25 %	0 %	25 %	426202318
18	NT_187136	A	7	7	2435	2441	100 %	0 %	0 %	0 %	426202319
19	NT_187136	AAT	2	6	2461	2466	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202319
20	NT_187136	TAA	2	6	2467	2472	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202319
21	NT_187136	ATT	2	6	2489	2494	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202319
22	NT_187136	GTT	2	6	2501	2506	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	426202319
23	NT_187136	ACA	2	6	2524	2529	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	426202319
24	NT_187136	AGG	2	6	2557	2562	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	426202319
25	NT_187136	TAGG	2	8	2598	2605	25 %	25 %	50 %	0 %	426202319
26	NT_187136	AAG	2	6	2688	2693	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202319
27	NT_187136	AGG	2	6	2695	2700	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	426202319
28	NT_187136	TCA	2	6	2795	2800	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	426202319
29	NT_187136	A	6	6	2800	2805	100 %	0 %	0 %	0 %	426202319
30	NT_187136	TGC	2	6	2917	2922	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202319
31	NT_187136	AAC	2	6	2932	2937	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	426202319
32	NT_187136	AGC	2	6	2938	2943	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202319
33	NT_187136	TGA	3	9	2944	2952	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202319
34	NT_187136	AGC	2	6	2992	2997	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202319
35	NT_187136	CTA	2	6	3033	3038	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	426202319
36	NT_187136	GGA	2	6	3053	3058	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	426202319
37	NT_187136	ATA	2	6	3063	3068	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202319
38	NT_187136	GTG	2	6	3096	3101	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	426202319
39	NT_187136	CAG	4	12	3108	3119	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202319
40	NT_187136	AGC	3	9	3130	3138	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202319
41	NT_187136	GTG	2	6	3156	3161	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	426202319
42	NT_187136	GA	3	6	3192	3197	50 %	0 %	50 %	0 %	426202319
43	NT_187136	ATG	2	6	3198	3203	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202319
44	NT_187136	AGC	3	9	3211	3219	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202319
45	NT_187136	AGG	2	6	3256	3261	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	426202319
46	NT_187136	AGC	3	9	3298	3306	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202319
47	NT_187136	AGG	2	6	3313	3318	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	426202319
48	NT_187136	AGC	2	6	3355	3360	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202319
49	NT_187136	AGC	2	6	3364	3369	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202319
50	NT_187136	AGG	2	6	3382	3387	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	426202319
51	NT_187136	G	6	6	3386	3391	0 %	0 %	100 %	0 %	426202319
52	NT_187136	AAG	2	6	3393	3398	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202319
53	NT_187136	AGGAGT	2	12	3403	3414	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	426202319
54	NT_187136	GCA	2	6	3419	3424	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202319
55	NT_187136	AGA	2	6	3445	3450	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202319
56	NT_187136	AAG	2	6	3458	3463	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202319
57	NT_187136	A	6	6	3495	3500	100 %	0 %	0 %	0 %	426202319
58	NT_187136	AAGT	2	8	3541	3548	50 %	25 %	25 %	0 %	426202319
59	NT_187136	GAT	3	9	6005	6013	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202320
60	NT_187136	GGGA	2	8	6055	6062	25 %	0 %	75 %	0 %	426202320
61	NT_187136	ATAAGT	2	12	6085	6096	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	426202320
62	NT_187136	ATA	2	6	6174	6179	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202320
63	NT_187136	AGAA	2	8	6203	6210	75 %	0 %	25 %	0 %	426202320
64	NT_187136	GA	3	6	6219	6224	50 %	0 %	50 %	0 %	426202320
65	NT_187136	GAA	2	6	6258	6263	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202320
66	NT_187136	GTT	2	6	6275	6280	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	426202320
67	NT_187136	AAAG	2	8	6294	6301	75 %	0 %	25 %	0 %	426202320
68	NT_187136	TGCT	2	8	6367	6374	0 %	50 %	25 %	25 %	426202320
69	NT_187136	AAT	2	6	6420	6425	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202320
70	NT_187136	CCA	2	6	6462	6467	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	426202320
71	NT_187136	AAT	2	6	6492	6497	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202320
72	NT_187136	GAA	2	6	6561	6566	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202320
73	NT_187136	AAG	2	6	6627	6632	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202321
74	NT_187136	TA	4	8	6635	6642	50 %	50 %	0 %	0 %	426202321
75	NT_187136	AG	3	6	6692	6697	50 %	0 %	50 %	0 %	426202321
76	NT_187136	AAT	2	6	6708	6713	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202321
77	NT_187136	GAT	2	6	6799	6804	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202321
78	NT_187136	TAA	2	6	6819	6824	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202321
79	NT_187136	ATG	2	6	6833	6838	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202321
80	NT_187136	ATT	3	9	6839	6847	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202321
81	NT_187136	TGA	2	6	6869	6874	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202321
82	NT_187136	ATA	2	6	6875	6880	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202321
83	NT_187136	A	6	6	6932	6937	100 %	0 %	0 %	0 %	426202321
84	NT_187136	GTT	2	6	6940	6945	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	426202321
85	NT_187136	GTT	2	6	6961	6966	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	426202321
86	NT_187136	AGA	2	6	7002	7007	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202321
87	NT_187136	A	6	6	7051	7056	100 %	0 %	0 %	0 %	426202321
88	NT_187136	TAA	2	6	7169	7174	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202322
89	NT_187136	A	7	7	7189	7195	100 %	0 %	0 %	0 %	426202322
90	NT_187136	TAA	2	6	7211	7216	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202322
91	NT_187136	ATT	2	6	7347	7352	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202322
92	NT_187136	ATT	2	6	7488	7493	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202322
93	NT_187136	ATT	2	6	7575	7580	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202322
94	NT_187136	AGT	2	6	7662	7667	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202322
95	NT_187136	TAAG	2	8	7690	7697	50 %	25 %	25 %	0 %	426202322
96	NT_187136	ATA	2	6	7707	7712	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202322
97	NT_187136	TTG	2	6	7779	7784	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	426202322
98	NT_187136	GA	3	6	7859	7864	50 %	0 %	50 %	0 %	426202323
99	NT_187136	GTT	2	6	7868	7873	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	426202323
100	NT_187136	TAAT	2	8	7897	7904	50 %	50 %	0 %	0 %	426202323
101	NT_187136	GTT	2	6	7910	7915	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	426202323
102	NT_187136	TAT	2	6	7967	7972	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202323
103	NT_187136	TAT	2	6	8018	8023	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202323
104	NT_187136	GTAT	2	8	8053	8060	25 %	50 %	25 %	0 %	426202323
105	NT_187136	TAA	2	6	8081	8086	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202323
106	NT_187136	AGT	2	6	8115	8120	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202323
107	NT_187136	T	6	6	8191	8196	0 %	100 %	0 %	0 %	426202323
108	NT_187136	GGA	2	6	8202	8207	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	426202323
109	NT_187136	ATAGT	2	10	8215	8224	40 %	40 %	20 %	0 %	426202323
110	NT_187136	TGA	2	6	8246	8251	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202323
111	NT_187136	T	6	6	8268	8273	0 %	100 %	0 %	0 %	426202323
112	NT_187136	CAAG	2	8	8293	8300	50 %	0 %	25 %	25 %	426202323
113	NT_187136	TAG	2	6	8303	8308	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202323
114	NT_187136	T	6	6	8317	8322	0 %	100 %	0 %	0 %	426202323
115	NT_187136	AGA	2	6	8388	8393	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202323
116	NT_187136	ATA	2	6	8407	8412	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202323
117	NT_187136	AG	3	6	8475	8480	50 %	0 %	50 %	0 %	426202323
118	NT_187136	AAT	2	6	8525	8530	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202323
119	NT_187136	AGAA	2	8	8537	8544	75 %	0 %	25 %	0 %	426202323
120	NT_187136	ATTT	2	8	8559	8566	25 %	75 %	0 %	0 %	426202323
121	NT_187136	GTA	2	6	8578	8583	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202323
122	NT_187136	TAA	2	6	8594	8599	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202323
123	NT_187136	T	6	6	8601	8606	0 %	100 %	0 %	0 %	426202323
124	NT_187136	GATTT	2	10	8608	8617	20 %	60 %	20 %	0 %	426202323
125	NT_187136	T	6	6	8629	8634	0 %	100 %	0 %	0 %	426202323

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.