MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Borrelia crocidurae str. Achema plasmid unnamed

Total Repeats: 372

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017794	TAGCAT	2	12	326	337	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386858926
2	NC_017794	TGC	2	6	348	353	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386858926
3	NC_017794	CTT	2	6	359	364	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858926
4	NC_017794	TAT	2	6	378	383	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858926
5	NC_017794	TAA	2	6	456	461	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386858926
6	NC_017794	CAG	2	6	465	470	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386858926
7	NC_017794	CAT	2	6	474	479	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858926
8	NC_017794	T	6	6	579	584	0 %	100 %	0 %	0 %	386858927
9	NC_017794	CTG	3	9	641	649	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386858927
10	NC_017794	CTT	2	6	651	656	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858927
11	NC_017794	CAG	2	6	665	670	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386858927
12	NC_017794	AGC	3	9	678	686	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386858927
13	NC_017794	TCTCCA	2	12	706	717	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	386858927
14	NC_017794	C	6	6	797	802	0 %	0 %	0 %	100 %	386858927
15	NC_017794	CTGT	2	8	933	940	0 %	50 %	25 %	25 %	386858928
16	NC_017794	TAA	2	6	988	993	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386858928
17	NC_017794	TTTA	2	8	994	1001	25 %	75 %	0 %	0 %	386858928
18	NC_017794	TACTCC	2	12	1009	1020	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	386858928
19	NC_017794	TGC	2	6	1045	1050	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386858928
20	NC_017794	TCC	2	6	1096	1101	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386858928
21	NC_017794	TGCTAA	2	12	1102	1113	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386858928
22	NC_017794	CTG	2	6	1137	1142	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386858928
23	NC_017794	TTG	2	6	1143	1148	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386858928
24	NC_017794	CAA	2	6	1215	1220	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386858928
25	NC_017794	CTC	3	9	1317	1325	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386858928
26	NC_017794	TGT	2	6	1330	1335	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386858928
27	NC_017794	CCT	2	6	1349	1354	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386858928
28	NC_017794	TCT	2	6	1454	1459	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858928
29	NC_017794	CTG	2	6	1482	1487	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386858928
30	NC_017794	TAC	2	6	1513	1518	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858928
31	NC_017794	TAA	2	6	1530	1535	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386858928
32	NC_017794	AAG	2	6	1545	1550	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386858928
33	NC_017794	CTT	2	6	1558	1563	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858928
34	NC_017794	TTGC	2	8	1584	1591	0 %	50 %	25 %	25 %	386858928
35	NC_017794	TACTT	2	10	1630	1639	20 %	60 %	0 %	20 %	386858928
36	NC_017794	AT	3	6	1704	1709	50 %	50 %	0 %	0 %	386858928
37	NC_017794	T	8	8	1713	1720	0 %	100 %	0 %	0 %	386858928
38	NC_017794	TTA	2	6	1755	1760	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858928
39	NC_017794	TCCT	2	8	1840	1847	0 %	50 %	0 %	50 %	386858928
40	NC_017794	CTC	2	6	1851	1856	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386858928
41	NC_017794	TAT	2	6	1860	1865	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858928
42	NC_017794	ATC	2	6	1877	1882	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858928
43	NC_017794	ATT	2	6	1895	1900	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858928
44	NC_017794	T	8	8	1904	1911	0 %	100 %	0 %	0 %	386858928
45	NC_017794	ATT	2	6	2035	2040	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858929
46	NC_017794	CAG	2	6	2049	2054	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386858929
47	NC_017794	GTCTTA	2	12	2066	2077	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386858929
48	NC_017794	T	6	6	2081	2086	0 %	100 %	0 %	0 %	386858929
49	NC_017794	ATCA	2	8	2092	2099	50 %	25 %	0 %	25 %	386858929
50	NC_017794	CAG	2	6	2127	2132	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386858929
51	NC_017794	AGC	2	6	2140	2145	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386858929
52	NC_017794	CAA	2	6	2154	2159	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386858929
53	NC_017794	CAG	3	9	2160	2168	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386858929
54	NC_017794	CAA	2	6	2205	2210	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386858929
55	NC_017794	TAG	2	6	2253	2258	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386858929
56	NC_017794	CAA	2	6	2286	2291	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386858929
57	NC_017794	CAA	2	6	2298	2303	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386858929
58	NC_017794	CCG	2	6	2313	2318	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386858929
59	NC_017794	CAA	2	6	2325	2330	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386858929
60	NC_017794	CAG	2	6	2331	2336	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386858929
61	NC_017794	TCACT	2	10	2406	2415	20 %	40 %	0 %	40 %	386858929
62	NC_017794	A	6	6	2564	2569	100 %	0 %	0 %	0 %	386858930
63	NC_017794	CTC	2	6	2601	2606	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386858930
64	NC_017794	CAT	3	9	2638	2646	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858930
65	NC_017794	CTT	2	6	2663	2668	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858930
66	NC_017794	AAC	2	6	3156	3161	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386858931
67	NC_017794	CCT	2	6	3193	3198	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386858931
68	NC_017794	TAA	2	6	3213	3218	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386858931
69	NC_017794	CTA	2	6	3227	3232	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858931
70	NC_017794	GTA	2	6	3253	3258	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386858931
71	NC_017794	GTT	2	6	3268	3273	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386858931
72	NC_017794	CTA	2	6	3357	3362	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858932
73	NC_017794	CTC	2	6	3441	3446	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386858932
74	NC_017794	CAA	2	6	3474	3479	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386858932
75	NC_017794	C	7	7	4294	4300	0 %	0 %	0 %	100 %	386858933
76	NC_017794	CTG	3	9	4306	4314	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386858933
77	NC_017794	GCT	2	6	4320	4325	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386858933
78	NC_017794	CCT	2	6	4350	4355	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386858933
79	NC_017794	TTG	2	6	4375	4380	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386858933
80	NC_017794	TCTCC	2	10	4447	4456	0 %	40 %	0 %	60 %	386858933
81	NC_017794	GCT	2	6	4479	4484	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386858933
82	NC_017794	TC	3	6	4486	4491	0 %	50 %	0 %	50 %	386858933
83	NC_017794	TTA	2	6	4542	4547	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858933
84	NC_017794	CTT	2	6	4600	4605	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858933
85	NC_017794	CTTT	2	8	4645	4652	0 %	75 %	0 %	25 %	386858933
86	NC_017794	TGC	2	6	4667	4672	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386858933
87	NC_017794	GA	3	6	4687	4692	50 %	0 %	50 %	0 %	386858933
88	NC_017794	ACCT	2	8	4700	4707	25 %	25 %	0 %	50 %	386858933
89	NC_017794	CTC	2	6	4745	4750	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386858933
90	NC_017794	T	6	6	4800	4805	0 %	100 %	0 %	0 %	386858933
91	NC_017794	AT	3	6	4807	4812	50 %	50 %	0 %	0 %	386858933
92	NC_017794	TGT	2	6	4829	4834	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386858933
93	NC_017794	T	6	6	4839	4844	0 %	100 %	0 %	0 %	386858933
94	NC_017794	TTC	2	6	4859	4864	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858933
95	NC_017794	CTA	2	6	4885	4890	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858933
96	NC_017794	TCT	2	6	4914	4919	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858933
97	NC_017794	T	7	7	4919	4925	0 %	100 %	0 %	0 %	386858933
98	NC_017794	TTA	2	6	4932	4937	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858933
99	NC_017794	CTC	2	6	4998	5003	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386858933
100	NC_017794	CAT	2	6	5012	5017	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858933
101	NC_017794	CTC	2	6	5044	5049	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386858933
102	NC_017794	CTC	2	6	5071	5076	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386858933
103	NC_017794	CAT	2	6	5096	5101	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858933
104	NC_017794	CAC	2	6	5102	5107	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386858933
105	NC_017794	CAT	3	9	5108	5116	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858933
106	NC_017794	ATTT	2	8	5608	5615	25 %	75 %	0 %	0 %	386858934
107	NC_017794	TAG	2	6	5645	5650	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386858934
108	NC_017794	ATT	2	6	5734	5739	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858934
109	NC_017794	TGC	2	6	5775	5780	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386858934
110	NC_017794	CAT	2	6	5807	5812	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858934
111	NC_017794	CAT	2	6	5894	5899	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858934
112	NC_017794	ACC	3	9	5910	5918	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386858934
113	NC_017794	AGT	2	6	5949	5954	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386858934
114	NC_017794	ACC	2	6	5961	5966	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386858934
115	NC_017794	ATCA	2	8	5988	5995	50 %	25 %	0 %	25 %	386858934
116	NC_017794	ACC	2	6	6016	6021	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386858934
117	NC_017794	CAG	2	6	6023	6028	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386858934
118	NC_017794	GCAA	2	8	6067	6074	50 %	0 %	25 %	25 %	386858934
119	NC_017794	AAT	2	6	6153	6158	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386858934
120	NC_017794	CAG	2	6	6200	6205	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386858934
121	NC_017794	ATT	2	6	6219	6224	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858934
122	NC_017794	CTT	2	6	6248	6253	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858934
123	NC_017794	AAT	2	6	6297	6302	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386858934
124	NC_017794	TAA	2	6	6317	6322	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386858934
125	NC_017794	AGA	2	6	6357	6362	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386858934
126	NC_017794	AT	3	6	6377	6382	50 %	50 %	0 %	0 %	386858934
127	NC_017794	TAG	2	6	6395	6400	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386858934
128	NC_017794	TACTT	2	10	6438	6447	20 %	60 %	0 %	20 %	386858934
129	NC_017794	AAC	2	6	6465	6470	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386858934
130	NC_017794	A	6	6	6512	6517	100 %	0 %	0 %	0 %	386858934
131	NC_017794	A	6	6	6556	6561	100 %	0 %	0 %	0 %	386858934
132	NC_017794	TTC	2	6	6565	6570	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858934
133	NC_017794	CTC	2	6	6593	6598	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386858934
134	NC_017794	CATCAC	2	12	6624	6635	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	386858934
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264	NC_017794	TA	3	6	13399	13404	50 %	50 %	0 %	0 %	386858941
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.