MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Borrelia burgdorferi N40 plasmid N40_lp36

Total Repeats: 332

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017414	TAT	2	6	271	276	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826907
2	NC_017414	A	6	6	306	311	100 %	0 %	0 %	0 %	387826907
3	NC_017414	TAA	2	6	312	317	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826907
4	NC_017414	ATT	2	6	381	386	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826907
5	NC_017414	A	7	7	389	395	100 %	0 %	0 %	0 %	387826907
6	NC_017414	AT	3	6	450	455	50 %	50 %	0 %	0 %	387826907
7	NC_017414	CAA	2	6	456	461	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826907
8	NC_017414	A	6	6	464	469	100 %	0 %	0 %	0 %	387826907
9	NC_017414	TAT	2	6	542	547	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826907
10	NC_017414	AGTT	2	8	571	578	25 %	50 %	25 %	0 %	387826907
11	NC_017414	ATT	2	6	601	606	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826907
12	NC_017414	TAC	3	9	640	648	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826907
13	NC_017414	ATGG	2	8	780	787	25 %	25 %	50 %	0 %	387826908
14	NC_017414	A	6	6	818	823	100 %	0 %	0 %	0 %	387826908
15	NC_017414	AAATT	2	10	826	835	60 %	40 %	0 %	0 %	387826908
16	NC_017414	ATT	2	6	890	895	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826908
17	NC_017414	TAA	2	6	928	933	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826908
18	NC_017414	TTA	2	6	993	998	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826908
19	NC_017414	A	7	7	1018	1024	100 %	0 %	0 %	0 %	387826908
20	NC_017414	TGT	2	6	1044	1049	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826908
21	NC_017414	AAT	2	6	3925	3930	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826909
22	NC_017414	AT	3	6	3958	3963	50 %	50 %	0 %	0 %	387826909
23	NC_017414	A	6	6	3982	3987	100 %	0 %	0 %	0 %	387826909
24	NC_017414	T	8	8	3990	3997	0 %	100 %	0 %	0 %	387826909
25	NC_017414	T	6	6	4099	4104	0 %	100 %	0 %	0 %	387826909
26	NC_017414	TAAT	2	8	4114	4121	50 %	50 %	0 %	0 %	387826909
27	NC_017414	A	6	6	4276	4281	100 %	0 %	0 %	0 %	387826910
28	NC_017414	TTTTCT	2	12	4305	4316	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	387826910
29	NC_017414	TATT	2	8	4354	4361	25 %	75 %	0 %	0 %	387826910
30	NC_017414	CTG	2	6	4461	4466	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826910
31	NC_017414	TAA	2	6	4837	4842	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826911
32	NC_017414	TGA	2	6	4874	4879	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826911
33	NC_017414	A	6	6	4963	4968	100 %	0 %	0 %	0 %	387826911
34	NC_017414	GAT	2	6	5019	5024	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826911
35	NC_017414	A	6	6	5037	5042	100 %	0 %	0 %	0 %	387826911
36	NC_017414	A	7	7	5056	5062	100 %	0 %	0 %	0 %	387826911
37	NC_017414	CTC	2	6	5098	5103	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	387826911
38	NC_017414	TCA	2	6	5127	5132	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826911
39	NC_017414	A	6	6	5134	5139	100 %	0 %	0 %	0 %	387826911
40	NC_017414	TAAT	2	8	5161	5168	50 %	50 %	0 %	0 %	387826911
41	NC_017414	GAA	2	6	5207	5212	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826911
42	NC_017414	CTT	2	6	5347	5352	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826911
43	NC_017414	A	6	6	5385	5390	100 %	0 %	0 %	0 %	387826911
44	NC_017414	ATG	2	6	5461	5466	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826911
45	NC_017414	A	6	6	5476	5481	100 %	0 %	0 %	0 %	387826911
46	NC_017414	AGC	2	6	5501	5506	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387826911
47	NC_017414	CAA	2	6	5507	5512	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826911
48	NC_017414	TA	5	10	5534	5543	50 %	50 %	0 %	0 %	387826911
49	NC_017414	GT	3	6	5560	5565	0 %	50 %	50 %	0 %	387826911
50	NC_017414	ATA	2	6	5643	5648	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826912
51	NC_017414	T	8	8	5675	5682	0 %	100 %	0 %	0 %	387826912
52	NC_017414	GAA	2	6	5720	5725	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826912
53	NC_017414	C	6	6	5877	5882	0 %	0 %	0 %	100 %	387826912
54	NC_017414	TAAT	2	8	5891	5898	50 %	50 %	0 %	0 %	387826912
55	NC_017414	T	7	7	5926	5932	0 %	100 %	0 %	0 %	387826912
56	NC_017414	CTG	2	6	5933	5938	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826912
57	NC_017414	T	6	6	5956	5961	0 %	100 %	0 %	0 %	387826912
58	NC_017414	AT	4	8	5978	5985	50 %	50 %	0 %	0 %	387826912
59	NC_017414	A	9	9	6076	6084	100 %	0 %	0 %	0 %	387826912
60	NC_017414	ATT	2	6	6108	6113	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826912
61	NC_017414	TTA	2	6	6118	6123	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826912
62	NC_017414	AGA	2	6	6171	6176	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826912
63	NC_017414	T	6	6	6244	6249	0 %	100 %	0 %	0 %	387826912
64	NC_017414	TGA	2	6	6270	6275	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826912
65	NC_017414	AT	3	6	6306	6311	50 %	50 %	0 %	0 %	387826912
66	NC_017414	ATAA	2	8	7765	7772	75 %	25 %	0 %	0 %	387826913
67	NC_017414	ATTT	2	8	7776	7783	25 %	75 %	0 %	0 %	387826913
68	NC_017414	TAA	2	6	7813	7818	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826913
69	NC_017414	A	6	6	7872	7877	100 %	0 %	0 %	0 %	387826913
70	NC_017414	TGC	2	6	7902	7907	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826913
71	NC_017414	CATATA	2	12	7925	7936	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	387826913
72	NC_017414	TTCTT	2	10	7942	7951	0 %	80 %	0 %	20 %	387826913
73	NC_017414	TAG	2	6	7974	7979	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826913
74	NC_017414	ATAA	2	8	8060	8067	75 %	25 %	0 %	0 %	387826913
75	NC_017414	A	7	7	8072	8078	100 %	0 %	0 %	0 %	387826913
76	NC_017414	T	9	9	8090	8098	0 %	100 %	0 %	0 %	387826913
77	NC_017414	CTT	2	6	8106	8111	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826913
78	NC_017414	TGA	2	6	8181	8186	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826913
79	NC_017414	GAT	2	6	8192	8197	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826913
80	NC_017414	TAAA	2	8	8259	8266	75 %	25 %	0 %	0 %	387826913
81	NC_017414	TAA	2	6	8287	8292	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826913
82	NC_017414	GTT	2	6	8294	8299	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826913
83	NC_017414	AGA	2	6	8386	8391	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826913
84	NC_017414	GAAG	2	8	8435	8442	50 %	0 %	50 %	0 %	387826913
85	NC_017414	A	6	6	8492	8497	100 %	0 %	0 %	0 %	387826913
86	NC_017414	TGTTT	2	10	8514	8523	0 %	80 %	20 %	0 %	387826913
87	NC_017414	TGA	2	6	8524	8529	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826913
88	NC_017414	TTAAT	2	10	8562	8571	40 %	60 %	0 %	0 %	387826913
89	NC_017414	T	6	6	8603	8608	0 %	100 %	0 %	0 %	387826913
90	NC_017414	GCAT	2	8	8624	8631	25 %	25 %	25 %	25 %	387826913
91	NC_017414	GTT	2	6	8665	8670	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826913
92	NC_017414	CTG	2	6	8685	8690	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826913
93	NC_017414	ATAA	2	8	8726	8733	75 %	25 %	0 %	0 %	387826913
94	NC_017414	ATG	2	6	8763	8768	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826913
95	NC_017414	TAA	2	6	8787	8792	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826913
96	NC_017414	A	6	6	8825	8830	100 %	0 %	0 %	0 %	387826913
97	NC_017414	GAT	2	6	8866	8871	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826913
98	NC_017414	ATT	2	6	8900	8905	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826913
99	NC_017414	TGAT	2	8	8919	8926	25 %	50 %	25 %	0 %	387826913
100	NC_017414	TAA	2	6	8988	8993	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826913
101	NC_017414	A	6	6	9034	9039	100 %	0 %	0 %	0 %	387826913
102	NC_017414	CAT	2	6	9094	9099	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826913
103	NC_017414	TTG	2	6	9102	9107	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826913
104	NC_017414	ATG	2	6	9114	9119	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826913
105	NC_017414	ATC	2	6	9146	9151	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826913
106	NC_017414	G	6	6	9160	9165	0 %	0 %	100 %	0 %	387826913
107	NC_017414	A	6	6	9186	9191	100 %	0 %	0 %	0 %	387826913
108	NC_017414	TAA	2	6	9195	9200	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826913
109	NC_017414	AT	3	6	9259	9264	50 %	50 %	0 %	0 %	387826913
110	NC_017414	TGA	2	6	9307	9312	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826913
111	NC_017414	GGT	2	6	9346	9351	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387826913
112	NC_017414	ATT	2	6	9411	9416	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826913
113	NC_017414	T	7	7	9832	9838	0 %	100 %	0 %	0 %	387826914
114	NC_017414	AAAT	2	8	9855	9862	75 %	25 %	0 %	0 %	387826914
115	NC_017414	A	6	6	9867	9872	100 %	0 %	0 %	0 %	387826914
116	NC_017414	T	6	6	9935	9940	0 %	100 %	0 %	0 %	387826914
117	NC_017414	ATTTT	2	10	9956	9965	20 %	80 %	0 %	0 %	387826914
118	NC_017414	A	7	7	9966	9972	100 %	0 %	0 %	0 %	387826914
119	NC_017414	TAT	2	6	9975	9980	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826914
120	NC_017414	GTTTAT	2	12	9989	10000	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	387826914
121	NC_017414	T	6	6	10019	10024	0 %	100 %	0 %	0 %	387826914
122	NC_017414	ACACT	2	10	10127	10136	40 %	20 %	0 %	40 %	387826914
123	NC_017414	AAAAGA	2	12	10143	10154	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	387826914
124	NC_017414	TAA	2	6	10182	10187	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826914
125	NC_017414	AGA	2	6	10216	10221	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826914
126	NC_017414	A	6	6	10231	10236	100 %	0 %	0 %	0 %	387826914
127	NC_017414	CTT	2	6	10243	10248	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826914
128	NC_017414	AAT	3	9	10285	10293	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826914
129	NC_017414	A	6	6	10294	10299	100 %	0 %	0 %	0 %	387826914
130	NC_017414	A	7	7	10311	10317	100 %	0 %	0 %	0 %	387826914
131	NC_017414	TTA	2	6	10333	10338	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826914
132	NC_017414	ATA	2	6	10349	10354	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826914
133	NC_017414	AT	4	8	10357	10364	50 %	50 %	0 %	0 %	387826914
134	NC_017414	A	6	6	10384	10389	100 %	0 %	0 %	0 %	387826914
135	NC_017414	A	6	6	10408	10413	100 %	0 %	0 %	0 %	387826914
136	NC_017414	ATT	2	6	10416	10421	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826914
137	NC_017414	GCG	2	6	10440	10445	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	387826914
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139	NC_017414	T	6	6	10950	10955	0 %	100 %	0 %	0 %	387826915
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272	NC_017414	GAT	2	6	18343	18348	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826922
273	NC_017414	AT	3	6	18448	18453	50 %	50 %	0 %	0 %	387826922
274	NC_017414	ATT	2	6	18465	18470	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826922
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276	NC_017414	AGA	2	6	18534	18539	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826922
277	NC_017414	AGA	2	6	18558	18563	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826922
278	NC_017414	A	7	7	18569	18575	100 %	0 %	0 %	0 %	387826922
279	NC_017414	TTA	2	6	18586	18591	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826922
280	NC_017414	AAGT	2	8	18602	18609	50 %	25 %	25 %	0 %	387826922
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294	NC_017414	TA	3	6	19429	19434	50 %	50 %	0 %	0 %	387826924
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.