MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Borrelia burgdorferi JD1 plasmid JD1 lp38

Total Repeats: 306

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017413	TTA	2	6	4241	4246	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826533
2	NC_017413	TAA	2	6	4284	4289	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826533
3	NC_017413	A	7	7	4293	4299	100 %	0 %	0 %	0 %	387826533
4	NC_017413	A	7	7	4320	4326	100 %	0 %	0 %	0 %	387826533
5	NC_017413	ATT	2	6	4375	4380	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826533
6	NC_017413	TCT	2	6	4382	4387	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826533
7	NC_017413	GAT	2	6	4398	4403	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826533
8	NC_017413	ACAAA	2	10	4436	4445	80 %	0 %	0 %	20 %	387826533
9	NC_017413	TATT	2	8	4448	4455	25 %	75 %	0 %	0 %	387826533
10	NC_017413	CCA	2	6	4469	4474	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	387826533
11	NC_017413	T	6	6	4513	4518	0 %	100 %	0 %	0 %	387826533
12	NC_017413	ATT	2	6	4524	4529	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826533
13	NC_017413	AAT	2	6	4531	4536	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826533
14	NC_017413	ATT	2	6	4543	4548	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826533
15	NC_017413	TAT	2	6	4556	4561	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826533
16	NC_017413	TAA	3	9	4562	4570	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826533
17	NC_017413	TAT	2	6	4571	4576	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826533
18	NC_017413	ATA	2	6	4731	4736	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826534
19	NC_017413	TAA	2	6	4763	4768	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826534
20	NC_017413	TAT	2	6	4821	4826	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826534
21	NC_017413	TTC	2	6	4842	4847	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826534
22	NC_017413	AT	3	6	4861	4866	50 %	50 %	0 %	0 %	387826534
23	NC_017413	TAAT	2	8	4876	4883	50 %	50 %	0 %	0 %	387826534
24	NC_017413	ATT	2	6	4901	4906	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826534
25	NC_017413	ATT	2	6	5535	5540	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826535
26	NC_017413	GTT	2	6	5549	5554	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826535
27	NC_017413	T	7	7	5572	5578	0 %	100 %	0 %	0 %	387826535
28	NC_017413	A	6	6	5597	5602	100 %	0 %	0 %	0 %	387826535
29	NC_017413	T	6	6	5609	5614	0 %	100 %	0 %	0 %	387826535
30	NC_017413	AAT	2	6	5617	5622	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826535
31	NC_017413	A	6	6	5642	5647	100 %	0 %	0 %	0 %	387826535
32	NC_017413	TCTAA	2	10	5657	5666	40 %	40 %	0 %	20 %	387826535
33	NC_017413	AT	3	6	6426	6431	50 %	50 %	0 %	0 %	387826536
34	NC_017413	TTATT	2	10	6446	6455	20 %	80 %	0 %	0 %	387826536
35	NC_017413	T	6	6	6460	6465	0 %	100 %	0 %	0 %	387826536
36	NC_017413	CCA	2	6	6470	6475	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	387826536
37	NC_017413	AGA	2	6	6526	6531	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826536
38	NC_017413	ATA	2	6	6546	6551	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826536
39	NC_017413	AG	3	6	6565	6570	50 %	0 %	50 %	0 %	387826536
40	NC_017413	TAA	2	6	6571	6576	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826536
41	NC_017413	TAAA	2	8	6609	6616	75 %	25 %	0 %	0 %	387826536
42	NC_017413	AGGA	2	8	6621	6628	50 %	0 %	50 %	0 %	387826536
43	NC_017413	ATA	2	6	6705	6710	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826536
44	NC_017413	TTGAT	2	10	7007	7016	20 %	60 %	20 %	0 %	387826537
45	NC_017413	CTT	2	6	7037	7042	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826537
46	NC_017413	T	6	6	7046	7051	0 %	100 %	0 %	0 %	387826537
47	NC_017413	T	6	6	7168	7173	0 %	100 %	0 %	0 %	387826537
48	NC_017413	T	6	6	7248	7253	0 %	100 %	0 %	0 %	387826537
49	NC_017413	TAAA	2	8	7301	7308	75 %	25 %	0 %	0 %	387826537
50	NC_017413	ATA	2	6	7339	7344	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826537
51	NC_017413	TCT	2	6	7401	7406	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826537
52	NC_017413	TCT	2	6	7441	7446	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826537
53	NC_017413	CCCAT	2	10	7477	7486	20 %	20 %	0 %	60 %	387826537
54	NC_017413	CAG	2	6	7493	7498	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387826537
55	NC_017413	CTT	2	6	7502	7507	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826537
56	NC_017413	TA	3	6	7518	7523	50 %	50 %	0 %	0 %	387826537
57	NC_017413	TTA	2	6	7559	7564	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826537
58	NC_017413	AGT	2	6	7573	7578	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826537
59	NC_017413	T	6	6	7582	7587	0 %	100 %	0 %	0 %	387826537
60	NC_017413	T	7	7	7589	7595	0 %	100 %	0 %	0 %	387826537
61	NC_017413	TCT	3	9	7603	7611	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826537
62	NC_017413	CTT	2	6	7661	7666	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826537
63	NC_017413	GCTT	2	8	7674	7681	0 %	50 %	25 %	25 %	387826537
64	NC_017413	A	7	7	7771	7777	100 %	0 %	0 %	0 %	387826537
65	NC_017413	CA	3	6	7778	7783	50 %	0 %	0 %	50 %	387826537
66	NC_017413	TA	5	10	7784	7793	50 %	50 %	0 %	0 %	387826537
67	NC_017413	A	6	6	8511	8516	100 %	0 %	0 %	0 %	387826538
68	NC_017413	AGA	2	6	8613	8618	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826538
69	NC_017413	GCT	2	6	8644	8649	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826538
70	NC_017413	AG	3	6	8736	8741	50 %	0 %	50 %	0 %	387826538
71	NC_017413	T	6	6	8748	8753	0 %	100 %	0 %	0 %	387826538
72	NC_017413	A	6	6	8762	8767	100 %	0 %	0 %	0 %	387826538
73	NC_017413	AGA	2	6	8769	8774	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826538
74	NC_017413	CCGC	2	8	8806	8813	0 %	0 %	25 %	75 %	387826538
75	NC_017413	T	6	6	8851	8856	0 %	100 %	0 %	0 %	387826538
76	NC_017413	TGG	2	6	8883	8888	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387826538
77	NC_017413	CTC	2	6	8936	8941	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	387826538
78	NC_017413	CAT	2	6	8968	8973	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826538
79	NC_017413	T	6	6	9013	9018	0 %	100 %	0 %	0 %	387826538
80	NC_017413	A	6	6	9030	9035	100 %	0 %	0 %	0 %	387826538
81	NC_017413	TAG	2	6	9054	9059	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826538
82	NC_017413	A	6	6	9069	9074	100 %	0 %	0 %	0 %	387826538
83	NC_017413	ATA	2	6	9119	9124	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826538
84	NC_017413	ACA	2	6	9168	9173	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826538
85	NC_017413	T	7	7	9233	9239	0 %	100 %	0 %	0 %	387826538
86	NC_017413	TTA	2	6	9253	9258	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826538
87	NC_017413	CTT	2	6	9372	9377	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826538
88	NC_017413	A	6	6	9387	9392	100 %	0 %	0 %	0 %	387826538
89	NC_017413	TGG	2	6	9414	9419	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387826538
90	NC_017413	GAA	2	6	9436	9441	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826538
91	NC_017413	TAT	2	6	9684	9689	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826539
92	NC_017413	TAA	2	6	9692	9697	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826539
93	NC_017413	GCA	2	6	9748	9753	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387826539
94	NC_017413	ATT	3	9	9754	9762	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826539
95	NC_017413	TTATT	2	10	9846	9855	20 %	80 %	0 %	0 %	387826539
96	NC_017413	CTT	2	6	9866	9871	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826539
97	NC_017413	TATT	2	8	9878	9885	25 %	75 %	0 %	0 %	387826539
98	NC_017413	TA	3	6	9900	9905	50 %	50 %	0 %	0 %	387826539
99	NC_017413	GCT	2	6	9916	9921	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826539
100	NC_017413	AT	3	6	9958	9963	50 %	50 %	0 %	0 %	387826539
101	NC_017413	A	6	6	9975	9980	100 %	0 %	0 %	0 %	387826539
102	NC_017413	ATA	3	9	10009	10017	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826539
103	NC_017413	TAA	2	6	10068	10073	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826539
104	NC_017413	TAA	2	6	10329	10334	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826540
105	NC_017413	ACT	2	6	10335	10340	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826540
106	NC_017413	A	7	7	10360	10366	100 %	0 %	0 %	0 %	387826540
107	NC_017413	TAAT	2	8	10376	10383	50 %	50 %	0 %	0 %	387826540
108	NC_017413	TAAA	2	8	10388	10395	75 %	25 %	0 %	0 %	387826540
109	NC_017413	GAA	2	6	10402	10407	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826540
110	NC_017413	A	7	7	10455	10461	100 %	0 %	0 %	0 %	387826540
111	NC_017413	CAT	2	6	10471	10476	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826540
112	NC_017413	ATAA	2	8	10510	10517	75 %	25 %	0 %	0 %	387826540
113	NC_017413	TAA	2	6	10538	10543	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826540
114	NC_017413	AGA	2	6	10554	10559	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826540
115	NC_017413	A	9	9	10592	10600	100 %	0 %	0 %	0 %	387826540
116	NC_017413	AAC	2	6	10615	10620	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826540
117	NC_017413	TA	4	8	10647	10654	50 %	50 %	0 %	0 %	387826540
118	NC_017413	AGA	2	6	10731	10736	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826540
119	NC_017413	TA	4	8	10793	10800	50 %	50 %	0 %	0 %	387826540
120	NC_017413	TAA	2	6	10809	10814	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826540
121	NC_017413	TA	4	8	10815	10822	50 %	50 %	0 %	0 %	387826540
122	NC_017413	A	9	9	10849	10857	100 %	0 %	0 %	0 %	387826540
123	NC_017413	A	8	8	10866	10873	100 %	0 %	0 %	0 %	387826540
124	NC_017413	A	6	6	10896	10901	100 %	0 %	0 %	0 %	387826540
125	NC_017413	A	6	6	10910	10915	100 %	0 %	0 %	0 %	387826540
126	NC_017413	A	8	8	10950	10957	100 %	0 %	0 %	0 %	387826540
127	NC_017413	TAA	2	6	10958	10963	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826540
128	NC_017413	AC	3	6	10965	10970	50 %	0 %	0 %	50 %	387826540
129	NC_017413	CTT	2	6	11019	11024	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826540
130	NC_017413	A	6	6	11047	11052	100 %	0 %	0 %	0 %	387826540
131	NC_017413	CTTT	2	8	11066	11073	0 %	75 %	0 %	25 %	387826540
132	NC_017413	TACT	2	8	11146	11153	25 %	50 %	0 %	25 %	387826540
133	NC_017413	A	7	7	11200	11206	100 %	0 %	0 %	0 %	387826540
134	NC_017413	CAA	2	6	11238	11243	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826540
135	NC_017413	TAAA	2	8	11249	11256	75 %	25 %	0 %	0 %	387826540
136	NC_017413	A	6	6	11262	11267	100 %	0 %	0 %	0 %	387826540
137	NC_017413	A	7	7	11311	11317	100 %	0 %	0 %	0 %	387826541
138	NC_017413	ATA	2	6	11321	11326	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826541
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.