MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Borrelia burgdorferi JD1 plasmid JD1 lp25

Total Repeats: 340

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017409	TTC	2	6	13	18	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826518
2	NC_017409	TA	3	6	19	24	50 %	50 %	0 %	0 %	387826518
3	NC_017409	TCT	2	6	75	80	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826518
4	NC_017409	TTAT	2	8	81	88	25 %	75 %	0 %	0 %	387826518
5	NC_017409	AAC	2	6	93	98	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826518
6	NC_017409	CTTT	2	8	105	112	0 %	75 %	0 %	25 %	387826518
7	NC_017409	A	6	6	128	133	100 %	0 %	0 %	0 %	387826518
8	NC_017409	TGA	2	6	147	152	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826518
9	NC_017409	ATT	2	6	188	193	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826518
10	NC_017409	T	6	6	242	247	0 %	100 %	0 %	0 %	387826518
11	NC_017409	TAA	2	6	298	303	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826518
12	NC_017409	TTA	2	6	315	320	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826518
13	NC_017409	ATC	2	6	401	406	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826518
14	NC_017409	TAA	2	6	439	444	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826518
15	NC_017409	ATC	2	6	449	454	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826518
16	NC_017409	TCT	2	6	554	559	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826518
17	NC_017409	AT	3	6	604	609	50 %	50 %	0 %	0 %	387826518
18	NC_017409	TTA	2	6	685	690	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826518
19	NC_017409	TAAAT	2	10	695	704	60 %	40 %	0 %	0 %	387826518
20	NC_017409	CAC	3	9	733	741	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	387826518
21	NC_017409	T	7	7	795	801	0 %	100 %	0 %	0 %	387826518
22	NC_017409	GAT	2	6	826	831	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826518
23	NC_017409	TTTAT	2	10	855	864	20 %	80 %	0 %	0 %	387826518
24	NC_017409	TCT	2	6	884	889	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826518
25	NC_017409	GAA	2	6	911	916	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826518
26	NC_017409	T	6	6	937	942	0 %	100 %	0 %	0 %	387826518
27	NC_017409	TGG	2	6	947	952	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387826518
28	NC_017409	TCCT	2	8	974	981	0 %	50 %	0 %	50 %	387826518
29	NC_017409	T	6	6	1051	1056	0 %	100 %	0 %	0 %	387826518
30	NC_017409	TTAA	2	8	1170	1177	50 %	50 %	0 %	0 %	387826518
31	NC_017409	ATT	2	6	1185	1190	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826518
32	NC_017409	TA	3	6	1202	1207	50 %	50 %	0 %	0 %	387826518
33	NC_017409	TCT	2	6	1254	1259	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826518
34	NC_017409	TAG	2	6	1261	1266	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826518
35	NC_017409	T	6	6	1285	1290	0 %	100 %	0 %	0 %	387826518
36	NC_017409	TCT	2	6	1299	1304	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826518
37	NC_017409	TAAA	2	8	1336	1343	75 %	25 %	0 %	0 %	387826518
38	NC_017409	T	6	6	1365	1370	0 %	100 %	0 %	0 %	387826518
39	NC_017409	A	6	6	1379	1384	100 %	0 %	0 %	0 %	387826518
40	NC_017409	AG	3	6	1405	1410	50 %	0 %	50 %	0 %	387826518
41	NC_017409	CAT	2	6	1588	1593	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826518
42	NC_017409	TTC	2	6	1595	1600	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826518
43	NC_017409	CTTT	2	8	1602	1609	0 %	75 %	0 %	25 %	387826518
44	NC_017409	T	7	7	1640	1646	0 %	100 %	0 %	0 %	387826518
45	NC_017409	AGT	2	6	1690	1695	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826518
46	NC_017409	A	6	6	1710	1715	100 %	0 %	0 %	0 %	387826518
47	NC_017409	TTC	2	6	1778	1783	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826518
48	NC_017409	T	7	7	1840	1846	0 %	100 %	0 %	0 %	387826518
49	NC_017409	TAG	2	6	1887	1892	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826518
50	NC_017409	CTT	2	6	1927	1932	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826518
51	NC_017409	CAA	2	6	1960	1965	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826518
52	NC_017409	GTA	2	6	1977	1982	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826518
53	NC_017409	T	7	7	2082	2088	0 %	100 %	0 %	0 %	387826518
54	NC_017409	A	6	6	2093	2098	100 %	0 %	0 %	0 %	387826518
55	NC_017409	TTC	2	6	2117	2122	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826518
56	NC_017409	ATT	2	6	2150	2155	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826518
57	NC_017409	TCT	2	6	2172	2177	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826518
58	NC_017409	TCC	2	6	2186	2191	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	387826518
59	NC_017409	TTA	2	6	2248	2253	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826518
60	NC_017409	T	7	7	2254	2260	0 %	100 %	0 %	0 %	387826518
61	NC_017409	T	6	6	2274	2279	0 %	100 %	0 %	0 %	387826518
62	NC_017409	TCA	2	6	2286	2291	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826518
63	NC_017409	A	8	8	2293	2300	100 %	0 %	0 %	0 %	387826518
64	NC_017409	AGA	2	6	2315	2320	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826518
65	NC_017409	TTC	2	6	2336	2341	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826518
66	NC_017409	AT	3	6	2373	2378	50 %	50 %	0 %	0 %	387826518
67	NC_017409	A	6	6	2384	2389	100 %	0 %	0 %	0 %	387826518
68	NC_017409	CTC	2	6	2414	2419	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	387826518
69	NC_017409	TATCT	2	10	2423	2432	20 %	60 %	0 %	20 %	387826518
70	NC_017409	AT	4	8	2480	2487	50 %	50 %	0 %	0 %	387826518
71	NC_017409	T	6	6	2487	2492	0 %	100 %	0 %	0 %	387826518
72	NC_017409	TC	3	6	2536	2541	0 %	50 %	0 %	50 %	387826518
73	NC_017409	T	6	6	2548	2553	0 %	100 %	0 %	0 %	387826518
74	NC_017409	TC	3	6	2621	2626	0 %	50 %	0 %	50 %	387826518
75	NC_017409	TAAA	3	12	2640	2651	75 %	25 %	0 %	0 %	387826518
76	NC_017409	TTC	2	6	2675	2680	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826518
77	NC_017409	AT	3	6	2712	2717	50 %	50 %	0 %	0 %	387826518
78	NC_017409	T	6	6	2719	2724	0 %	100 %	0 %	0 %	387826518
79	NC_017409	TA	3	6	2815	2820	50 %	50 %	0 %	0 %	387826518
80	NC_017409	TCT	2	6	2826	2831	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826518
81	NC_017409	CTT	2	6	2833	2838	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826518
82	NC_017409	CTA	2	6	2884	2889	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826518
83	NC_017409	TAAG	2	8	2890	2897	50 %	25 %	25 %	0 %	387826518
84	NC_017409	ATT	2	6	2921	2926	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826518
85	NC_017409	T	8	8	2925	2932	0 %	100 %	0 %	0 %	387826518
86	NC_017409	CTT	2	6	2935	2940	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826518
87	NC_017409	CTTTAT	2	12	2962	2973	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	387826518
88	NC_017409	AT	3	6	2989	2994	50 %	50 %	0 %	0 %	387826518
89	NC_017409	TGT	2	6	3033	3038	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826518
90	NC_017409	TTC	2	6	3056	3061	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826518
91	NC_017409	ATC	2	6	3107	3112	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826518
92	NC_017409	ATTTT	2	10	3123	3132	20 %	80 %	0 %	0 %	387826518
93	NC_017409	T	6	6	3129	3134	0 %	100 %	0 %	0 %	387826518
94	NC_017409	A	7	7	3135	3141	100 %	0 %	0 %	0 %	387826518
95	NC_017409	A	6	6	3143	3148	100 %	0 %	0 %	0 %	387826518
96	NC_017409	T	6	6	3150	3155	0 %	100 %	0 %	0 %	387826518
97	NC_017409	T	7	7	3173	3179	0 %	100 %	0 %	0 %	387826518
98	NC_017409	ATT	2	6	3252	3257	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826518
99	NC_017409	TTG	2	6	5347	5352	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826519
100	NC_017409	CCT	2	6	5365	5370	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	387826519
101	NC_017409	CTT	2	6	5397	5402	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826519
102	NC_017409	CTC	2	6	5434	5439	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	387826519
103	NC_017409	TAT	2	6	5478	5483	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826519
104	NC_017409	T	6	6	5495	5500	0 %	100 %	0 %	0 %	387826519
105	NC_017409	ATA	2	6	5504	5509	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826519
106	NC_017409	AAC	2	6	5510	5515	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826519
107	NC_017409	AGAA	2	8	5552	5559	75 %	0 %	25 %	0 %	387826519
108	NC_017409	TTA	2	6	5561	5566	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826519
109	NC_017409	CTC	2	6	5572	5577	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	387826519
110	NC_017409	T	6	6	5639	5644	0 %	100 %	0 %	0 %	387826519
111	NC_017409	ACT	2	6	5731	5736	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826519
112	NC_017409	A	7	7	5749	5755	100 %	0 %	0 %	0 %	387826519
113	NC_017409	AAC	2	6	5790	5795	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826519
114	NC_017409	TAT	2	6	5812	5817	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826519
115	NC_017409	CCAA	2	8	5825	5832	50 %	0 %	0 %	50 %	387826519
116	NC_017409	AT	3	6	5840	5845	50 %	50 %	0 %	0 %	387826519
117	NC_017409	A	6	6	6634	6639	100 %	0 %	0 %	0 %	387826520
118	NC_017409	T	6	6	6689	6694	0 %	100 %	0 %	0 %	387826520
119	NC_017409	TTC	2	6	6761	6766	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826520
120	NC_017409	TAA	2	6	6800	6805	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826520
121	NC_017409	TTAAA	2	10	7980	7989	60 %	40 %	0 %	0 %	387826521
122	NC_017409	A	6	6	8004	8009	100 %	0 %	0 %	0 %	387826521
123	NC_017409	AAT	2	6	8054	8059	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826521
124	NC_017409	T	6	6	8075	8080	0 %	100 %	0 %	0 %	387826521
125	NC_017409	A	6	6	8090	8095	100 %	0 %	0 %	0 %	387826521
126	NC_017409	AC	3	6	8112	8117	50 %	0 %	0 %	50 %	387826521
127	NC_017409	T	6	6	8124	8129	0 %	100 %	0 %	0 %	387826521
128	NC_017409	A	6	6	8153	8158	100 %	0 %	0 %	0 %	387826521
129	NC_017409	TGC	2	6	8202	8207	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826521
130	NC_017409	ATT	2	6	8225	8230	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826521
131	NC_017409	TCA	2	6	8374	8379	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826521
132	NC_017409	TCA	2	6	8472	8477	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826521
133	NC_017409	ATC	2	6	8489	8494	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826521
134	NC_017409	CAA	2	6	8503	8508	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826521
135	NC_017409	TAT	2	6	8512	8517	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826521
136	NC_017409	ATA	2	6	8520	8525	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826521
137	NC_017409	A	7	7	8545	8551	100 %	0 %	0 %	0 %	387826521
138	NC_017409	A	7	7	8559	8565	100 %	0 %	0 %	0 %	387826521
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140	NC_017409	T	9	9	8690	8698	0 %	100 %	0 %	0 %	387826522
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.