MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Borrelia burgdorferi N40 plasmid N40_cp9

Total Repeats: 173

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017399	TAG	2	6	232	237	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826897
2	NC_017399	ATAA	2	8	261	268	75 %	25 %	0 %	0 %	387826897
3	NC_017399	AC	3	6	283	288	50 %	0 %	0 %	50 %	387826897
4	NC_017399	A	7	7	289	295	100 %	0 %	0 %	0 %	387826897
5	NC_017399	A	7	7	470	476	100 %	0 %	0 %	0 %	387826897
6	NC_017399	A	6	6	487	492	100 %	0 %	0 %	0 %	387826897
7	NC_017399	A	8	8	511	518	100 %	0 %	0 %	0 %	387826897
8	NC_017399	AGAT	2	8	557	564	50 %	25 %	25 %	0 %	387826897
9	NC_017399	ATA	2	6	604	609	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826897
10	NC_017399	ATA	2	6	613	618	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826897
11	NC_017399	AGA	2	6	623	628	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826897
12	NC_017399	AAGA	3	12	625	636	75 %	0 %	25 %	0 %	387826897
13	NC_017399	A	7	7	696	702	100 %	0 %	0 %	0 %	387826897
14	NC_017399	ATA	2	6	751	756	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826897
15	NC_017399	ATA	2	6	783	788	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826897
16	NC_017399	AAATT	2	10	790	799	60 %	40 %	0 %	0 %	387826897
17	NC_017399	A	6	6	803	808	100 %	0 %	0 %	0 %	387826897
18	NC_017399	GAAA	2	8	839	846	75 %	0 %	25 %	0 %	387826897
19	NC_017399	A	7	7	895	901	100 %	0 %	0 %	0 %	387826897
20	NC_017399	A	6	6	937	942	100 %	0 %	0 %	0 %	387826897
21	NC_017399	TAT	2	6	974	979	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826897
22	NC_017399	GAAA	2	8	1038	1045	75 %	0 %	25 %	0 %	387826897
23	NC_017399	A	7	7	1043	1049	100 %	0 %	0 %	0 %	387826897
24	NC_017399	CAA	2	6	1059	1064	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826897
25	NC_017399	AAAC	2	8	1081	1088	75 %	0 %	0 %	25 %	387826897
26	NC_017399	AAC	2	6	1108	1113	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826897
27	NC_017399	A	7	7	1115	1121	100 %	0 %	0 %	0 %	387826897
28	NC_017399	ATT	2	6	1210	1215	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826897
29	NC_017399	ATT	2	6	1220	1225	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826897
30	NC_017399	A	6	6	1243	1248	100 %	0 %	0 %	0 %	387826897
31	NC_017399	TA	3	6	1283	1288	50 %	50 %	0 %	0 %	387826897
32	NC_017399	A	6	6	1336	1341	100 %	0 %	0 %	0 %	387826898
33	NC_017399	AAAG	2	8	1353	1360	75 %	0 %	25 %	0 %	387826898
34	NC_017399	CTG	2	6	1368	1373	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826898
35	NC_017399	A	8	8	1378	1385	100 %	0 %	0 %	0 %	387826898
36	NC_017399	AT	4	8	1396	1403	50 %	50 %	0 %	0 %	387826898
37	NC_017399	CA	3	6	1404	1409	50 %	0 %	0 %	50 %	387826898
38	NC_017399	AGT	2	6	1433	1438	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826898
39	NC_017399	AACA	2	8	1443	1450	75 %	0 %	0 %	25 %	387826898
40	NC_017399	T	8	8	1465	1472	0 %	100 %	0 %	0 %	387826898
41	NC_017399	ATT	2	6	1478	1483	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826898
42	NC_017399	AATA	2	8	1571	1578	75 %	25 %	0 %	0 %	387826898
43	NC_017399	TA	3	6	1618	1623	50 %	50 %	0 %	0 %	387826898
44	NC_017399	AT	3	6	1635	1640	50 %	50 %	0 %	0 %	387826898
45	NC_017399	TGT	2	6	1674	1679	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826898
46	NC_017399	ATT	2	6	1700	1705	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826898
47	NC_017399	AAGAA	2	10	1706	1715	80 %	0 %	20 %	0 %	387826898
48	NC_017399	AGAT	2	8	1717	1724	50 %	25 %	25 %	0 %	387826898
49	NC_017399	TAA	2	6	1733	1738	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826898
50	NC_017399	TTG	2	6	1744	1749	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826898
51	NC_017399	TAA	2	6	1790	1795	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826898
52	NC_017399	A	6	6	1794	1799	100 %	0 %	0 %	0 %	387826898
53	NC_017399	A	6	6	1835	1840	100 %	0 %	0 %	0 %	387826898
54	NC_017399	A	8	8	1906	1913	100 %	0 %	0 %	0 %	387826899
55	NC_017399	GTT	2	6	1917	1922	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826899
56	NC_017399	A	6	6	1934	1939	100 %	0 %	0 %	0 %	387826899
57	NC_017399	GATA	2	8	1940	1947	50 %	25 %	25 %	0 %	387826899
58	NC_017399	TTA	2	6	1991	1996	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826899
59	NC_017399	A	6	6	2031	2036	100 %	0 %	0 %	0 %	387826899
60	NC_017399	ACTGC	2	10	2187	2196	20 %	20 %	20 %	40 %	387826899
61	NC_017399	AGA	2	6	2213	2218	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826899
62	NC_017399	AAAG	2	8	2268	2275	75 %	0 %	25 %	0 %	387826899
63	NC_017399	A	7	7	2285	2291	100 %	0 %	0 %	0 %	387826899
64	NC_017399	A	9	9	2358	2366	100 %	0 %	0 %	0 %	387826899
65	NC_017399	ATG	2	6	2385	2390	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826899
66	NC_017399	A	6	6	2424	2429	100 %	0 %	0 %	0 %	387826899
67	NC_017399	GAA	2	6	2445	2450	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826899
68	NC_017399	A	6	6	2802	2807	100 %	0 %	0 %	0 %	387826900
69	NC_017399	AAT	2	6	2825	2830	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826900
70	NC_017399	A	6	6	2969	2974	100 %	0 %	0 %	0 %	387826900
71	NC_017399	CAA	2	6	3041	3046	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826900
72	NC_017399	TGT	2	6	3055	3060	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826900
73	NC_017399	AAT	2	6	3140	3145	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826900
74	NC_017399	TGT	2	6	3163	3168	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826900
75	NC_017399	TCA	2	6	3194	3199	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826900
76	NC_017399	TAG	2	6	3225	3230	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826900
77	NC_017399	AAGTG	2	10	3247	3256	40 %	20 %	40 %	0 %	387826900
78	NC_017399	GAAAAT	2	12	3290	3301	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	387826900
79	NC_017399	A	6	6	3343	3348	100 %	0 %	0 %	0 %	387826900
80	NC_017399	TAT	2	6	3377	3382	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826900
81	NC_017399	TTTA	2	8	3406	3413	25 %	75 %	0 %	0 %	387826900
82	NC_017399	A	6	6	3418	3423	100 %	0 %	0 %	0 %	387826900
83	NC_017399	ATG	2	6	3432	3437	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826900
84	NC_017399	A	7	7	3444	3450	100 %	0 %	0 %	0 %	387826900
85	NC_017399	TAA	2	6	3583	3588	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826900
86	NC_017399	A	7	7	3676	3682	100 %	0 %	0 %	0 %	387826900
87	NC_017399	TA	3	6	3698	3703	50 %	50 %	0 %	0 %	387826900
88	NC_017399	TAA	2	6	3713	3718	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826900
89	NC_017399	TTTG	2	8	3883	3890	0 %	75 %	25 %	0 %	387826901
90	NC_017399	TCTT	2	8	3918	3925	0 %	75 %	0 %	25 %	387826901
91	NC_017399	AAT	2	6	4006	4011	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826901
92	NC_017399	ATTT	2	8	4093	4100	25 %	75 %	0 %	0 %	387826901
93	NC_017399	T	6	6	4098	4103	0 %	100 %	0 %	0 %	387826901
94	NC_017399	AGC	2	6	4134	4139	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387826901
95	NC_017399	C	6	6	4174	4179	0 %	0 %	0 %	100 %	387826901
96	NC_017399	TTAA	2	8	4257	4264	50 %	50 %	0 %	0 %	387826901
97	NC_017399	T	6	6	4289	4294	0 %	100 %	0 %	0 %	387826901
98	NC_017399	T	7	7	4320	4326	0 %	100 %	0 %	0 %	387826901
99	NC_017399	TAA	2	6	4355	4360	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826901
100	NC_017399	ATA	2	6	4538	4543	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826902
101	NC_017399	TAA	3	9	4551	4559	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826902
102	NC_017399	TTA	2	6	4575	4580	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826902
103	NC_017399	GAAAA	2	10	4585	4594	80 %	0 %	20 %	0 %	387826902
104	NC_017399	TAAAT	2	10	4684	4693	60 %	40 %	0 %	0 %	387826902
105	NC_017399	CAA	2	6	4710	4715	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826902
106	NC_017399	T	7	7	4739	4745	0 %	100 %	0 %	0 %	387826902
107	NC_017399	TTC	2	6	4756	4761	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826902
108	NC_017399	TTA	2	6	4787	4792	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826902
109	NC_017399	ATG	2	6	5627	5632	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826903
110	NC_017399	ATTA	2	8	5658	5665	50 %	50 %	0 %	0 %	387826903
111	NC_017399	A	6	6	5716	5721	100 %	0 %	0 %	0 %	387826903
112	NC_017399	TTA	2	6	5724	5729	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826903
113	NC_017399	T	6	6	5758	5763	0 %	100 %	0 %	0 %	387826903
114	NC_017399	ATT	3	9	5820	5828	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826903
115	NC_017399	T	7	7	5840	5846	0 %	100 %	0 %	0 %	387826903
116	NC_017399	TTA	2	6	5857	5862	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826903
117	NC_017399	CTA	3	9	5882	5890	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826903
118	NC_017399	TTAA	2	8	6277	6284	50 %	50 %	0 %	0 %	387826904
119	NC_017399	T	6	6	6298	6303	0 %	100 %	0 %	0 %	387826904
120	NC_017399	A	6	6	6312	6317	100 %	0 %	0 %	0 %	387826904
121	NC_017399	A	6	6	6357	6362	100 %	0 %	0 %	0 %	387826904
122	NC_017399	TAC	2	6	6363	6368	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826904
123	NC_017399	ATA	2	6	6371	6376	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826904
124	NC_017399	ATAAAA	2	12	6378	6389	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	387826904
125	NC_017399	A	6	6	6394	6399	100 %	0 %	0 %	0 %	387826904
126	NC_017399	TAAAA	2	10	6400	6409	80 %	20 %	0 %	0 %	387826904
127	NC_017399	A	7	7	6406	6412	100 %	0 %	0 %	0 %	387826904
128	NC_017399	A	6	6	6425	6430	100 %	0 %	0 %	0 %	387826904
129	NC_017399	AATT	2	8	6492	6499	50 %	50 %	0 %	0 %	387826904
130	NC_017399	TAA	2	6	6564	6569	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826904
131	NC_017399	T	6	6	6622	6627	0 %	100 %	0 %	0 %	387826904
132	NC_017399	ACA	2	6	6651	6656	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826904
133	NC_017399	A	10	10	6673	6682	100 %	0 %	0 %	0 %	387826904
134	NC_017399	TAC	2	6	6685	6690	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826904
135	NC_017399	T	7	7	6793	6799	0 %	100 %	0 %	0 %	387826904
136	NC_017399	A	6	6	6801	6806	100 %	0 %	0 %	0 %	387826904
137	NC_017399	A	6	6	6854	6859	100 %	0 %	0 %	0 %	387826904
138	NC_017399	TTC	2	6	6988	6993	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826904
139	NC_017399	ATA	2	6	7008	7013	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826904
140	NC_017399	A	6	6	7060	7065	100 %	0 %	0 %	0 %	387826904
141	NC_017399	AAGA	2	8	7241	7248	75 %	0 %	25 %	0 %	387826905
142	NC_017399	TACT	2	8	7250	7257	25 %	50 %	0 %	25 %	387826905
143	NC_017399	ATCT	2	8	7281	7288	25 %	50 %	0 %	25 %	387826905
144	NC_017399	ATT	2	6	7348	7353	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826905
145	NC_017399	T	9	9	7420	7428	0 %	100 %	0 %	0 %	387826905
146	NC_017399	TTTA	2	8	7444	7451	25 %	75 %	0 %	0 %	387826905
147	NC_017399	TCA	2	6	7508	7513	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826905
148	NC_017399	TATT	2	8	7599	7606	25 %	75 %	0 %	0 %	387826905
149	NC_017399	CAA	2	6	7617	7622	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826905
150	NC_017399	TAT	3	9	7635	7643	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826905
151	NC_017399	TAA	2	6	7660	7665	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826905
152	NC_017399	TTA	2	6	7724	7729	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826905
153	NC_017399	ATT	2	6	7759	7764	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826905
154	NC_017399	TTA	2	6	7790	7795	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826905
155	NC_017399	ATA	2	6	7861	7866	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826905
156	NC_017399	A	6	6	7871	7876	100 %	0 %	0 %	0 %	387826905
157	NC_017399	TAC	2	6	7881	7886	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826905
158	NC_017399	A	6	6	7889	7894	100 %	0 %	0 %	0 %	387826905
159	NC_017399	ACT	2	6	7924	7929	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826905
160	NC_017399	ATT	3	9	7978	7986	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826905
161	NC_017399	TTG	2	6	8004	8009	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826905
162	NC_017399	T	7	7	8037	8043	0 %	100 %	0 %	0 %	387826905
163	NC_017399	TAA	2	6	8118	8123	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826905
164	NC_017399	AT	3	6	8165	8170	50 %	50 %	0 %	0 %	387826905
165	NC_017399	TCA	2	6	8220	8225	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826905
166	NC_017399	ACC	2	6	8245	8250	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	387826905
167	NC_017399	GTTT	2	8	8292	8299	0 %	75 %	25 %	0 %	387826905
168	NC_017399	CTTA	2	8	8377	8384	25 %	50 %	0 %	25 %	387826905
169	NC_017399	T	6	6	8391	8396	0 %	100 %	0 %	0 %	387826905
170	NC_017399	TTAT	2	8	8462	8469	25 %	75 %	0 %	0 %	387826905
171	NC_017399	T	6	6	8478	8483	0 %	100 %	0 %	0 %	387826905
172	NC_017399	ATT	2	6	8488	8493	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826905
173	NC_017399	T	6	6	8508	8513	0 %	100 %	0 %	0 %	387826905

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.