MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Buchnera aphidicola str. Ak (Acyrthosiphon kondoi) plasmid pTrp

Total Repeats: 106

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017258	A	6	6	5	10	100 %	0 %	0 %	0 %	384227453
2	NC_017258	TGAAAT	2	12	18	29	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384227453
3	NC_017258	A	7	7	35	41	100 %	0 %	0 %	0 %	384227453
4	NC_017258	ATC	2	6	77	82	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384227453
5	NC_017258	ATC	2	6	96	101	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384227453
6	NC_017258	TTA	2	6	106	111	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384227453
7	NC_017258	CAG	2	6	119	124	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384227453
8	NC_017258	TAA	2	6	129	134	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384227453
9	NC_017258	A	8	8	133	140	100 %	0 %	0 %	0 %	384227453
10	NC_017258	ATT	2	6	160	165	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384227453
11	NC_017258	A	6	6	192	197	100 %	0 %	0 %	0 %	384227453
12	NC_017258	A	9	9	252	260	100 %	0 %	0 %	0 %	384227453
13	NC_017258	A	6	6	269	274	100 %	0 %	0 %	0 %	384227453
14	NC_017258	A	7	7	287	293	100 %	0 %	0 %	0 %	384227453
15	NC_017258	TTAAT	2	10	302	311	40 %	60 %	0 %	0 %	384227453
16	NC_017258	C	6	6	315	320	0 %	0 %	0 %	100 %	384227453
17	NC_017258	A	7	7	326	332	100 %	0 %	0 %	0 %	384227453
18	NC_017258	TGA	2	6	336	341	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384227453
19	NC_017258	A	6	6	347	352	100 %	0 %	0 %	0 %	384227453
20	NC_017258	T	6	6	353	358	0 %	100 %	0 %	0 %	384227453
21	NC_017258	TAT	2	6	387	392	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384227453
22	NC_017258	A	7	7	412	418	100 %	0 %	0 %	0 %	384227453
23	NC_017258	T	6	6	433	438	0 %	100 %	0 %	0 %	384227453
24	NC_017258	A	6	6	496	501	100 %	0 %	0 %	0 %	384227453
25	NC_017258	TTTA	2	8	524	531	25 %	75 %	0 %	0 %	384227453
26	NC_017258	A	9	9	560	568	100 %	0 %	0 %	0 %	384227453
27	NC_017258	TTTA	2	8	588	595	25 %	75 %	0 %	0 %	384227453
28	NC_017258	A	8	8	611	618	100 %	0 %	0 %	0 %	384227453
29	NC_017258	AGAA	2	8	627	634	75 %	0 %	25 %	0 %	384227453
30	NC_017258	A	8	8	647	654	100 %	0 %	0 %	0 %	384227453
31	NC_017258	TAA	2	6	746	751	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384227453
32	NC_017258	A	7	7	750	756	100 %	0 %	0 %	0 %	384227453
33	NC_017258	AAT	2	6	826	831	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384227453
34	NC_017258	AGC	2	6	837	842	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384227453
35	NC_017258	A	9	9	855	863	100 %	0 %	0 %	0 %	384227453
36	NC_017258	TAT	2	6	908	913	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384227453
37	NC_017258	GAA	2	6	1001	1006	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384227453
38	NC_017258	GATTTA	2	12	1024	1035	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384227453
39	NC_017258	TAG	2	6	1038	1043	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384227453
40	NC_017258	AGT	2	6	1209	1214	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384227453
41	NC_017258	A	6	6	1224	1229	100 %	0 %	0 %	0 %	384227453
42	NC_017258	GCAAT	2	10	1303	1312	40 %	20 %	20 %	20 %	384227453
43	NC_017258	AAG	2	6	1331	1336	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384227453
44	NC_017258	TGG	2	6	1350	1355	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384227453
45	NC_017258	CAA	2	6	1436	1441	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384227453
46	NC_017258	CAGG	2	8	1444	1451	25 %	0 %	50 %	25 %	384227453
47	NC_017258	GTT	2	6	1459	1464	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384227453
48	NC_017258	TTCAA	2	10	1465	1474	40 %	40 %	0 %	20 %	384227453
49	NC_017258	AG	3	6	1494	1499	50 %	0 %	50 %	0 %	384227453
50	NC_017258	TAA	2	6	1520	1525	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384227453
51	NC_017258	AAAG	2	8	1533	1540	75 %	0 %	25 %	0 %	384227453
52	NC_017258	TTG	2	6	1618	1623	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384227454
53	NC_017258	A	7	7	1639	1645	100 %	0 %	0 %	0 %	384227454
54	NC_017258	GATATT	2	12	1674	1685	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384227454
55	NC_017258	ATGT	2	8	1763	1770	25 %	50 %	25 %	0 %	384227454
56	NC_017258	TAA	2	6	1777	1782	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384227454
57	NC_017258	A	7	7	1781	1787	100 %	0 %	0 %	0 %	384227454
58	NC_017258	TCA	2	6	1826	1831	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384227454
59	NC_017258	TAG	2	6	1837	1842	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384227454
60	NC_017258	TGG	2	6	1850	1855	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384227454
61	NC_017258	CAT	2	6	1856	1861	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384227454
62	NC_017258	CAT	2	6	1894	1899	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384227454
63	NC_017258	ATG	2	6	1909	1914	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384227454
64	NC_017258	TAA	2	6	1979	1984	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384227454
65	NC_017258	A	6	6	1991	1996	100 %	0 %	0 %	0 %	384227454
66	NC_017258	TAT	2	6	2000	2005	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384227454
67	NC_017258	GT	3	6	2058	2063	0 %	50 %	50 %	0 %	384227454
68	NC_017258	AAC	2	6	2093	2098	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384227454
69	NC_017258	A	6	6	2119	2124	100 %	0 %	0 %	0 %	384227454
70	NC_017258	TCA	2	6	2125	2130	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384227454
71	NC_017258	CTT	2	6	2137	2142	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384227454
72	NC_017258	AT	3	6	2147	2152	50 %	50 %	0 %	0 %	384227454
73	NC_017258	AT	3	6	2198	2203	50 %	50 %	0 %	0 %	384227455
74	NC_017258	T	6	6	2208	2213	0 %	100 %	0 %	0 %	384227455
75	NC_017258	A	7	7	2238	2244	100 %	0 %	0 %	0 %	384227455
76	NC_017258	CTATA	2	10	2255	2264	40 %	40 %	0 %	20 %	384227455
77	NC_017258	A	9	9	2302	2310	100 %	0 %	0 %	0 %	384227455
78	NC_017258	ATG	2	6	2317	2322	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384227455
79	NC_017258	TAA	3	9	2335	2343	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384227455
80	NC_017258	A	6	6	2364	2369	100 %	0 %	0 %	0 %	384227455
81	NC_017258	TAA	2	6	2374	2379	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384227455
82	NC_017258	ATT	2	6	2394	2399	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384227455
83	NC_017258	A	10	10	2401	2410	100 %	0 %	0 %	0 %	384227455
84	NC_017258	AT	3	6	2427	2432	50 %	50 %	0 %	0 %	384227455
85	NC_017258	AGA	2	6	2444	2449	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384227455
86	NC_017258	TTG	2	6	2452	2457	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384227455
87	NC_017258	ATT	2	6	2499	2504	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384227455
88	NC_017258	TTA	2	6	2554	2559	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384227455
89	NC_017258	AT	3	6	2630	2635	50 %	50 %	0 %	0 %	384227455
90	NC_017258	AGA	2	6	2639	2644	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384227455
91	NC_017258	A	9	9	2646	2654	100 %	0 %	0 %	0 %	384227455
92	NC_017258	TAG	3	9	2660	2668	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384227455
93	NC_017258	T	7	7	2669	2675	0 %	100 %	0 %	0 %	384227455
94	NC_017258	A	7	7	2693	2699	100 %	0 %	0 %	0 %	384227455
95	NC_017258	ATAA	2	8	2703	2710	75 %	25 %	0 %	0 %	384227455
96	NC_017258	ATGTT	2	10	2717	2726	20 %	60 %	20 %	0 %	384227455
97	NC_017258	ATT	2	6	2761	2766	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384227455
98	NC_017258	ATTC	2	8	2802	2809	25 %	50 %	0 %	25 %	384227455
99	NC_017258	AT	3	6	2822	2827	50 %	50 %	0 %	0 %	384227455
100	NC_017258	ATT	2	6	2845	2850	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384227455
101	NC_017258	AC	3	6	2878	2883	50 %	0 %	0 %	50 %	384227455
102	NC_017258	CT	3	6	2885	2890	0 %	50 %	0 %	50 %	384227455
103	NC_017258	T	6	6	2897	2902	0 %	100 %	0 %	0 %	384227455
104	NC_017258	AC	3	6	2962	2967	50 %	0 %	0 %	50 %	384227455
105	NC_017258	A	10	10	2981	2990	100 %	0 %	0 %	0 %	384227455
106	NC_017258	TAAT	2	8	2991	2998	50 %	50 %	0 %	0 %	384227455

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.