MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Brachyspira intermedia PWS/A chromosome

Total Repeats: 83831

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017243	A	7	7	66	72	100 %	0 %	0 %	0 %	384207497
2	NC_017243	AGT	2	6	89	94	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384207497
3	NC_017243	AGC	2	6	101	106	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384207497
4	NC_017243	AGA	2	6	140	145	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207497
5	NC_017243	AAC	2	6	161	166	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384207497
6	NC_017243	AAT	2	6	174	179	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207497
7	NC_017243	ATG	2	6	301	306	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384207497
8	NC_017243	ATA	2	6	375	380	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207497
9	NC_017243	AAT	3	9	381	389	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207497
10	NC_017243	AAT	2	6	401	406	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207497
11	NC_017243	AAG	2	6	427	432	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207497
12	NC_017243	AGA	2	6	465	470	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207497
13	NC_017243	TA	3	6	489	494	50 %	50 %	0 %	0 %	384207497
14	NC_017243	ATT	2	6	521	526	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207497
15	NC_017243	A	6	6	527	532	100 %	0 %	0 %	0 %	384207497
16	NC_017243	AGA	2	6	579	584	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207497
17	NC_017243	TAA	3	9	595	603	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207497
18	NC_017243	GAT	2	6	612	617	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384207497
19	NC_017243	TAA	2	6	656	661	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207497
20	NC_017243	A	6	6	698	703	100 %	0 %	0 %	0 %	384207498
21	NC_017243	ACA	2	6	764	769	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384207498
22	NC_017243	GTA	2	6	779	784	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384207498
23	NC_017243	AGA	3	9	808	816	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207498
24	NC_017243	GAA	2	6	830	835	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207498
25	NC_017243	GTA	2	6	836	841	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384207498
26	NC_017243	GAA	2	6	939	944	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207498
27	NC_017243	ACT	2	6	953	958	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384207498
28	NC_017243	TTATAA	2	12	1105	1116	50 %	50 %	0 %	0 %	384207498
29	NC_017243	TGT	2	6	1123	1128	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384207498
30	NC_017243	AGA	2	6	1241	1246	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207498
31	NC_017243	ATA	2	6	1290	1295	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207498
32	NC_017243	AAG	2	6	1318	1323	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207498
33	NC_017243	ATTG	2	8	1344	1351	25 %	50 %	25 %	0 %	384207498
34	NC_017243	TTTTA	2	10	1431	1440	20 %	80 %	0 %	0 %	384207499
35	NC_017243	ATT	2	6	1449	1454	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207499
36	NC_017243	TAT	2	6	1465	1470	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207499
37	NC_017243	TAAT	2	8	1480	1487	50 %	50 %	0 %	0 %	384207499
38	NC_017243	CTA	2	6	1510	1515	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384207499
39	NC_017243	CAA	2	6	1543	1548	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384207499
40	NC_017243	ATC	2	6	1565	1570	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384207499
41	NC_017243	A	6	6	1624	1629	100 %	0 %	0 %	0 %	384207499
42	NC_017243	A	6	6	1658	1663	100 %	0 %	0 %	0 %	384207499
43	NC_017243	GAA	2	6	1701	1706	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207499
44	NC_017243	A	7	7	1705	1711	100 %	0 %	0 %	0 %	384207499
45	NC_017243	TTA	2	6	1826	1831	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207499
46	NC_017243	GGC	2	6	1952	1957	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384207499
47	NC_017243	ATT	2	6	1960	1965	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207499
48	NC_017243	AT	3	6	1974	1979	50 %	50 %	0 %	0 %	384207499
49	NC_017243	ATA	2	6	1984	1989	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207499
50	NC_017243	AT	3	6	2108	2113	50 %	50 %	0 %	0 %	384207499
51	NC_017243	GTT	2	6	2118	2123	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384207499
52	NC_017243	CTT	2	6	2172	2177	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384207499
53	NC_017243	TTAT	2	8	2209	2216	25 %	75 %	0 %	0 %	384207499
54	NC_017243	A	6	6	2249	2254	100 %	0 %	0 %	0 %	384207499
55	NC_017243	GCT	2	6	2268	2273	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384207499
56	NC_017243	AGA	2	6	2345	2350	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207499
57	NC_017243	TA	3	6	2413	2418	50 %	50 %	0 %	0 %	384207499
58	NC_017243	ATAAA	2	10	2485	2494	80 %	20 %	0 %	0 %	384207499
59	NC_017243	GAA	2	6	2520	2525	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207499
60	NC_017243	AGA	2	6	2549	2554	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207499
61	NC_017243	A	6	6	2570	2575	100 %	0 %	0 %	0 %	384207499
62	NC_017243	CTG	2	6	2581	2586	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384207499
63	NC_017243	ATC	3	9	2881	2889	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384207500
64	NC_017243	ATT	2	6	2902	2907	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207500
65	NC_017243	CAA	2	6	2991	2996	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384207500
66	NC_017243	TA	3	6	3048	3053	50 %	50 %	0 %	0 %	384207500
67	NC_017243	A	6	6	3053	3058	100 %	0 %	0 %	0 %	384207500
68	NC_017243	TAATA	2	10	3060	3069	60 %	40 %	0 %	0 %	384207500
69	NC_017243	AT	3	6	3108	3113	50 %	50 %	0 %	0 %	384207500
70	NC_017243	TCA	2	6	3182	3187	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384207500
71	NC_017243	T	6	6	3194	3199	0 %	100 %	0 %	0 %	384207500
72	NC_017243	CTG	2	6	3204	3209	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384207500
73	NC_017243	T	7	7	3214	3220	0 %	100 %	0 %	0 %	384207500
74	NC_017243	TAT	2	6	3268	3273	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207500
75	NC_017243	AGA	2	6	3307	3312	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207500
76	NC_017243	ATT	2	6	3352	3357	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207500
77	NC_017243	ATA	2	6	3428	3433	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207500
78	NC_017243	AT	3	6	3581	3586	50 %	50 %	0 %	0 %	384207501
79	NC_017243	ATTTT	2	10	3649	3658	20 %	80 %	0 %	0 %	384207501
80	NC_017243	CTTTGT	2	12	3689	3700	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	384207501
81	NC_017243	AT	3	6	3799	3804	50 %	50 %	0 %	0 %	384207501
82	NC_017243	T	6	6	3856	3861	0 %	100 %	0 %	0 %	384207501
83	NC_017243	T	6	6	3910	3915	0 %	100 %	0 %	0 %	384207501
84	NC_017243	CTT	2	6	3929	3934	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384207501
85	NC_017243	T	7	7	3945	3951	0 %	100 %	0 %	0 %	384207501
86	NC_017243	ATA	2	6	3971	3976	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207501
87	NC_017243	TTC	2	6	3991	3996	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384207501
88	NC_017243	TC	3	6	3995	4000	0 %	50 %	0 %	50 %	384207501
89	NC_017243	TA	3	6	4013	4018	50 %	50 %	0 %	0 %	384207501
90	NC_017243	CCA	2	6	4096	4101	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384207501
91	NC_017243	TAA	2	6	4103	4108	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207501
92	NC_017243	ATT	2	6	4149	4154	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207501
93	NC_017243	GATT	2	8	4163	4170	25 %	50 %	25 %	0 %	384207501
94	NC_017243	ATT	2	6	4191	4196	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207502
95	NC_017243	TAA	2	6	4261	4266	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207502
96	NC_017243	TTTC	2	8	4278	4285	0 %	75 %	0 %	25 %	384207502
97	NC_017243	CAA	2	6	4389	4394	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384207502
98	NC_017243	CTT	2	6	4397	4402	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384207502
99	NC_017243	TCT	2	6	4406	4411	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384207502
100	NC_017243	ATTC	2	8	4435	4442	25 %	50 %	0 %	25 %	384207502
101	NC_017243	ATT	2	6	4465	4470	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207502
102	NC_017243	ATT	2	6	4535	4540	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207502
103	NC_017243	ATT	2	6	4553	4558	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207502
104	NC_017243	TTC	2	6	4618	4623	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384207502
105	NC_017243	AAG	2	6	4642	4647	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207502
106	NC_017243	T	6	6	4672	4677	0 %	100 %	0 %	0 %	384207502
107	NC_017243	AT	3	6	4710	4715	50 %	50 %	0 %	0 %	384207502
108	NC_017243	CAT	2	6	4716	4721	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384207502
109	NC_017243	T	6	6	4723	4728	0 %	100 %	0 %	0 %	384207502
110	NC_017243	ACA	2	6	4871	4876	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384207502
111	NC_017243	TCA	2	6	4886	4891	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384207502
112	NC_017243	AAG	2	6	5020	5025	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207502
113	NC_017243	AT	3	6	5151	5156	50 %	50 %	0 %	0 %	384207502
114	NC_017243	CTA	3	9	5190	5198	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384207502
115	NC_017243	TCAT	2	8	5207	5214	25 %	50 %	0 %	25 %	384207502
116	NC_017243	ATA	3	9	5729	5737	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207503
117	NC_017243	TTTA	2	8	5751	5758	25 %	75 %	0 %	0 %	384207503
118	NC_017243	ATT	2	6	5862	5867	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207503
119	NC_017243	TAAAGA	2	12	5889	5900	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384207503
120	NC_017243	TAT	2	6	5967	5972	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207503
121	NC_017243	CTA	2	6	5987	5992	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384207503
122	NC_017243	ATA	2	6	5993	5998	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207503
123	NC_017243	TGCT	2	8	6002	6009	0 %	50 %	25 %	25 %	384207503
124	NC_017243	A	6	6	6026	6031	100 %	0 %	0 %	0 %	384207503
125	NC_017243	T	7	7	6051	6057	0 %	100 %	0 %	0 %	384207503
126	NC_017243	ATT	2	6	6109	6114	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207503
127	NC_017243	TAA	2	6	6137	6142	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207503
128	NC_017243	CTA	2	6	6146	6151	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384207503
129	NC_017243	CTG	2	6	6188	6193	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384207503
130	NC_017243	CT	3	6	6228	6233	0 %	50 %	0 %	50 %	384207503
131	NC_017243	AAAG	2	8	6241	6248	75 %	0 %	25 %	0 %	384207503
132	NC_017243	TAA	2	6	6257	6262	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207503
133	NC_017243	TATTT	2	10	6263	6272	20 %	80 %	0 %	0 %	384207503
134	NC_017243	ATT	2	6	6297	6302	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207503
135	NC_017243	GTA	2	6	6319	6324	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384207503
136	NC_017243	TTTG	2	8	6330	6337	0 %	75 %	25 %	0 %	384207503
137	NC_017243	TTA	2	6	6343	6348	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207503
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