MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Borrelia bissettii DN127 plasmid lp28-4

Total Repeats: 439

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015917	ATA	2	6	11	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	343127153
2	NC_015917	AGT	2	6	25	30	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	343127153
3	NC_015917	T	7	7	131	137	0 %	100 %	0 %	0 %	343127153
4	NC_015917	AGA	2	6	144	149	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	343127153
5	NC_015917	TTC	2	6	166	171	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	343127153
6	NC_015917	ATT	2	6	199	204	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	343127153
7	NC_015917	TCT	2	6	221	226	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	343127153
8	NC_015917	AAT	2	6	230	235	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	343127153
9	NC_015917	TTA	2	6	297	302	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	343127153
10	NC_015917	T	7	7	303	309	0 %	100 %	0 %	0 %	343127153
11	NC_015917	T	6	6	323	328	0 %	100 %	0 %	0 %	343127153
12	NC_015917	TCA	2	6	335	340	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	343127153
13	NC_015917	A	8	8	342	349	100 %	0 %	0 %	0 %	343127153
14	NC_015917	AGA	2	6	364	369	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	343127153
15	NC_015917	TCT	2	6	386	391	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	343127153
16	NC_015917	AT	3	6	422	427	50 %	50 %	0 %	0 %	343127153
17	NC_015917	A	6	6	433	438	100 %	0 %	0 %	0 %	343127153
18	NC_015917	TAAAA	2	10	445	454	80 %	20 %	0 %	0 %	343127153
19	NC_015917	GCTA	2	8	475	482	25 %	25 %	25 %	25 %	343127153
20	NC_015917	AT	4	8	529	536	50 %	50 %	0 %	0 %	343127153
21	NC_015917	T	6	6	536	541	0 %	100 %	0 %	0 %	343127153
22	NC_015917	TCG	2	6	563	568	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	343127153
23	NC_015917	TC	3	6	571	576	0 %	50 %	0 %	50 %	343127153
24	NC_015917	TC	3	6	585	590	0 %	50 %	0 %	50 %	343127153
25	NC_015917	T	6	6	597	602	0 %	100 %	0 %	0 %	343127153
26	NC_015917	TAT	2	6	646	651	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	343127153
27	NC_015917	T	8	8	657	664	0 %	100 %	0 %	0 %	343127153
28	NC_015917	TCTT	2	8	670	677	0 %	75 %	0 %	25 %	343127153
29	NC_015917	AAAC	2	8	699	706	75 %	0 %	0 %	25 %	343127153
30	NC_015917	TTC	2	6	724	729	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	343127153
31	NC_015917	TTC	2	6	733	738	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	343127153
32	NC_015917	AT	3	6	761	766	50 %	50 %	0 %	0 %	343127153
33	NC_015917	T	6	6	768	773	0 %	100 %	0 %	0 %	343127153
34	NC_015917	TA	3	6	864	869	50 %	50 %	0 %	0 %	343127153
35	NC_015917	TCT	2	6	875	880	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	343127153
36	NC_015917	CTT	2	6	882	887	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	343127153
37	NC_015917	ATT	2	6	970	975	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	343127153
38	NC_015917	T	8	8	974	981	0 %	100 %	0 %	0 %	343127153
39	NC_015917	CTT	2	6	984	989	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	343127153
40	NC_015917	TAT	2	6	996	1001	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	343127153
41	NC_015917	AGT	2	6	1034	1039	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	343127153
42	NC_015917	TGT	2	6	1082	1087	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	343127153
43	NC_015917	AAT	2	6	1095	1100	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	343127153
44	NC_015917	GTC	2	6	1156	1161	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	343127153
45	NC_015917	GAA	2	6	1166	1171	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	343127153
46	NC_015917	GTTT	2	8	1173	1180	0 %	75 %	25 %	0 %	343127153
47	NC_015917	T	6	6	1178	1183	0 %	100 %	0 %	0 %	343127153
48	NC_015917	TTA	2	6	1208	1213	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	343127153
49	NC_015917	TAA	2	6	1227	1232	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	343127153
50	NC_015917	TTGT	2	8	1271	1278	0 %	75 %	25 %	0 %	343127153
51	NC_015917	AATTA	2	10	1671	1680	60 %	40 %	0 %	0 %	343127154
52	NC_015917	TATC	2	8	1684	1691	25 %	50 %	0 %	25 %	343127154
53	NC_015917	ACA	2	6	1725	1730	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	343127154
54	NC_015917	A	8	8	2007	2014	100 %	0 %	0 %	0 %	343127155
55	NC_015917	ATC	2	6	2051	2056	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	343127155
56	NC_015917	TAA	2	6	2075	2080	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	343127155
57	NC_015917	A	8	8	2147	2154	100 %	0 %	0 %	0 %	343127155
58	NC_015917	GGAT	2	8	2158	2165	25 %	25 %	50 %	0 %	343127155
59	NC_015917	ACA	2	6	2183	2188	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	343127155
60	NC_015917	AAC	3	9	2203	2211	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	343127155
61	NC_015917	GTT	2	6	2220	2225	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	343127155
62	NC_015917	TA	3	6	2270	2275	50 %	50 %	0 %	0 %	343127155
63	NC_015917	TCA	2	6	2282	2287	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	343127155
64	NC_015917	GAAA	2	8	2307	2314	75 %	0 %	25 %	0 %	343127155
65	NC_015917	TGA	2	6	2330	2335	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	343127155
66	NC_015917	AAG	2	6	2341	2346	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	343127155
67	NC_015917	AACTTA	2	12	2407	2418	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	343127155
68	NC_015917	AATTT	2	10	2434	2443	40 %	60 %	0 %	0 %	343127155
69	NC_015917	AAT	2	6	2496	2501	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	343127155
70	NC_015917	A	6	6	2512	2517	100 %	0 %	0 %	0 %	343127155
71	NC_015917	ATCA	2	8	2529	2536	50 %	25 %	0 %	25 %	343127155
72	NC_015917	CAA	2	6	2540	2545	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	343127155
73	NC_015917	TGA	2	6	2561	2566	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	343127155
74	NC_015917	T	6	6	2619	2624	0 %	100 %	0 %	0 %	343127155
75	NC_015917	A	6	6	2635	2640	100 %	0 %	0 %	0 %	343127155
76	NC_015917	AAG	2	6	2647	2652	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	343127155
77	NC_015917	GA	3	6	2661	2666	50 %	0 %	50 %	0 %	343127155
78	NC_015917	A	6	6	2669	2674	100 %	0 %	0 %	0 %	343127155
79	NC_015917	ATCA	2	8	2689	2696	50 %	25 %	0 %	25 %	343127155
80	NC_015917	A	8	8	2696	2703	100 %	0 %	0 %	0 %	343127155
81	NC_015917	A	7	7	2723	2729	100 %	0 %	0 %	0 %	343127155
82	NC_015917	ACA	2	6	2742	2747	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	343127155
83	NC_015917	CTT	2	6	2770	2775	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	343127155
84	NC_015917	AAAG	2	8	2804	2811	75 %	0 %	25 %	0 %	343127155
85	NC_015917	AAG	2	6	2830	2835	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	343127155
86	NC_015917	AT	3	6	2840	2845	50 %	50 %	0 %	0 %	343127155
87	NC_015917	GAA	2	6	2865	2870	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	343127155
88	NC_015917	T	6	6	3107	3112	0 %	100 %	0 %	0 %	343127156
89	NC_015917	ATC	2	6	3424	3429	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	343127157
90	NC_015917	AATA	2	8	3446	3453	75 %	25 %	0 %	0 %	343127157
91	NC_015917	TAA	2	6	3454	3459	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	343127157
92	NC_015917	A	6	6	3463	3468	100 %	0 %	0 %	0 %	343127157
93	NC_015917	CAAA	2	8	3491	3498	75 %	0 %	0 %	25 %	343127157
94	NC_015917	TTAA	2	8	3499	3506	50 %	50 %	0 %	0 %	343127157
95	NC_015917	AACCCA	2	12	3524	3535	50 %	0 %	0 %	50 %	343127157
96	NC_015917	A	8	8	3535	3542	100 %	0 %	0 %	0 %	343127157
97	NC_015917	T	6	6	3891	3896	0 %	100 %	0 %	0 %	343127158
98	NC_015917	T	6	6	3935	3940	0 %	100 %	0 %	0 %	343127158
99	NC_015917	ATA	2	6	3963	3968	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	343127158
100	NC_015917	AATAT	2	10	3969	3978	60 %	40 %	0 %	0 %	343127158
101	NC_015917	A	6	6	4119	4124	100 %	0 %	0 %	0 %	343127159
102	NC_015917	AT	3	6	4141	4146	50 %	50 %	0 %	0 %	343127159
103	NC_015917	TA	4	8	4150	4157	50 %	50 %	0 %	0 %	343127159
104	NC_015917	ATT	2	6	4160	4165	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	343127159
105	NC_015917	T	6	6	4175	4180	0 %	100 %	0 %	0 %	343127159
106	NC_015917	CCA	2	6	4185	4190	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	343127159
107	NC_015917	CAA	2	6	4205	4210	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	343127159
108	NC_015917	TGATTT	2	12	4223	4234	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	343127159
109	NC_015917	A	7	7	4236	4242	100 %	0 %	0 %	0 %	343127159
110	NC_015917	ATA	2	6	4267	4272	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	343127159
111	NC_015917	TAA	2	6	4292	4297	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	343127159
112	NC_015917	AAATA	2	10	4331	4340	80 %	20 %	0 %	0 %	343127159
113	NC_015917	AAG	2	6	4342	4347	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	343127159
114	NC_015917	CGGT	2	8	4369	4376	0 %	25 %	50 %	25 %	343127159
115	NC_015917	T	6	6	4471	4476	0 %	100 %	0 %	0 %	343127159
116	NC_015917	ATTCA	2	10	4482	4491	40 %	40 %	0 %	20 %	343127159
117	NC_015917	AAC	2	6	4539	4544	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	343127159
118	NC_015917	AAG	2	6	4561	4566	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	343127159
119	NC_015917	ATA	2	6	4581	4586	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	343127159
120	NC_015917	A	8	8	4612	4619	100 %	0 %	0 %	0 %	343127159
121	NC_015917	GAA	2	6	4650	4655	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	343127159
122	NC_015917	AATT	2	8	4697	4704	50 %	50 %	0 %	0 %	343127159
123	NC_015917	ATT	2	6	4777	4782	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	343127159
124	NC_015917	GTAACT	2	12	4804	4815	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	343127159
125	NC_015917	AAAC	2	8	4845	4852	75 %	0 %	0 %	25 %	343127159
126	NC_015917	GATAAA	2	12	4854	4865	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	343127159
127	NC_015917	ATG	2	6	4900	4905	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	343127159
128	NC_015917	ACT	2	6	4913	4918	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	343127159
129	NC_015917	TGA	2	6	4967	4972	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	343127159
130	NC_015917	T	6	6	5439	5444	0 %	100 %	0 %	0 %	343127160
131	NC_015917	T	6	6	5641	5646	0 %	100 %	0 %	0 %	343127160
132	NC_015917	A	7	7	5695	5701	100 %	0 %	0 %	0 %	343127160
133	NC_015917	TAC	3	9	5712	5720	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	343127160
134	NC_015917	ATA	2	6	5732	5737	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	343127160
135	NC_015917	TCT	2	6	5794	5799	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	343127160
136	NC_015917	TCT	2	6	5834	5839	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	343127160
137	NC_015917	CAG	2	6	5886	5891	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	343127160
138	NC_015917	CTT	2	6	5895	5900	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	343127160
139	NC_015917	TA	3	6	5911	5916	50 %	50 %	0 %	0 %	343127160
140	NC_015917	GCT	2	6	5936	5941	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	343127160
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.