MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Borrelia valaisiana VS116 plasmid VS116_lp17

Total Repeats: 341

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012180	AAG	2	6	701	706	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	224796763
2	NC_012180	TA	3	6	752	757	50 %	50 %	0 %	0 %	224796763
3	NC_012180	AAT	2	6	793	798	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	224796763
4	NC_012180	AAT	3	9	811	819	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	224796763
5	NC_012180	CTA	2	6	833	838	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	224796763
6	NC_012180	ATA	2	6	848	853	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	224796763
7	NC_012180	AGA	2	6	870	875	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	224796763
8	NC_012180	CAA	2	6	876	881	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	224796763
9	NC_012180	TAG	2	6	909	914	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	224796763
10	NC_012180	ATA	2	6	941	946	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	224796763
11	NC_012180	GAA	2	6	988	993	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	224796763
12	NC_012180	TAA	2	6	996	1001	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	224796763
13	NC_012180	AAAT	2	8	1013	1020	75 %	25 %	0 %	0 %	224796763
14	NC_012180	AAT	3	9	1018	1026	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	224796763
15	NC_012180	AGA	2	6	1084	1089	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	224796763
16	NC_012180	CAA	2	6	1093	1098	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	224796763
17	NC_012180	TAA	2	6	1101	1106	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	224796763
18	NC_012180	T	6	6	1158	1163	0 %	100 %	0 %	0 %	224796763
19	NC_012180	A	6	6	1166	1171	100 %	0 %	0 %	0 %	224796763
20	NC_012180	ACA	2	6	1198	1203	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	224796763
21	NC_012180	GATAA	2	10	1216	1225	60 %	20 %	20 %	0 %	224796763
22	NC_012180	GAG	2	6	1237	1242	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	224796763
23	NC_012180	ATA	2	6	1280	1285	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	224796763
24	NC_012180	AAC	2	6	1288	1293	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	224796763
25	NC_012180	TAA	2	6	1329	1334	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	224796763
26	NC_012180	AGC	2	6	1342	1347	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	224796763
27	NC_012180	ATG	2	6	1373	1378	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	224796763
28	NC_012180	AAAAG	2	10	1423	1432	80 %	0 %	20 %	0 %	224796763
29	NC_012180	AGA	2	6	1446	1451	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	224796763
30	NC_012180	CTT	2	6	1469	1474	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	224796763
31	NC_012180	AAG	2	6	1568	1573	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	224796763
32	NC_012180	TTA	2	6	1610	1615	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	224796763
33	NC_012180	AGCA	2	8	1622	1629	50 %	0 %	25 %	25 %	224796763
34	NC_012180	A	6	6	1648	1653	100 %	0 %	0 %	0 %	224796763
35	NC_012180	TAG	2	6	2069	2074	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	224796760
36	NC_012180	TCA	2	6	2121	2126	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	224796760
37	NC_012180	GTTTT	2	10	2192	2201	0 %	80 %	20 %	0 %	224796760
38	NC_012180	ATC	2	6	2210	2215	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	224796760
39	NC_012180	TAA	2	6	2228	2233	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	224796760
40	NC_012180	CTT	2	6	2242	2247	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	224796760
41	NC_012180	T	6	6	2246	2251	0 %	100 %	0 %	0 %	224796760
42	NC_012180	TAA	2	6	2264	2269	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	224796760
43	NC_012180	T	8	8	2281	2288	0 %	100 %	0 %	0 %	224796760
44	NC_012180	TCT	2	6	2298	2303	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	224796760
45	NC_012180	TTA	2	6	2358	2363	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	224796760
46	NC_012180	T	8	8	2404	2411	0 %	100 %	0 %	0 %	224796760
47	NC_012180	ATT	2	6	2436	2441	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	224796760
48	NC_012180	ATC	2	6	2477	2482	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	224796760
49	NC_012180	AGC	2	6	2534	2539	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	224796760
50	NC_012180	T	7	7	2568	2574	0 %	100 %	0 %	0 %	224796760
51	NC_012180	TCT	2	6	2622	2627	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	224796760
52	NC_012180	TTTGA	2	10	2635	2644	20 %	60 %	20 %	0 %	224796760
53	NC_012180	TGA	2	6	2690	2695	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	224796760
54	NC_012180	T	6	6	2724	2729	0 %	100 %	0 %	0 %	224796760
55	NC_012180	ATT	2	6	2741	2746	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	224796760
56	NC_012180	T	7	7	2759	2765	0 %	100 %	0 %	0 %	224796760
57	NC_012180	AGT	2	6	2777	2782	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	224796760
58	NC_012180	T	6	6	2787	2792	0 %	100 %	0 %	0 %	224796760
59	NC_012180	GTTT	2	8	2794	2801	0 %	75 %	25 %	0 %	224796760
60	NC_012180	TAA	2	6	2857	2862	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	224796760
61	NC_012180	TAA	2	6	2872	2877	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	224796760
62	NC_012180	ATTTA	2	10	2879	2888	40 %	60 %	0 %	0 %	224796760
63	NC_012180	A	7	7	3909	3915	100 %	0 %	0 %	0 %	224796749
64	NC_012180	A	6	6	3921	3926	100 %	0 %	0 %	0 %	224796749
65	NC_012180	AAGA	2	8	3947	3954	75 %	0 %	25 %	0 %	224796749
66	NC_012180	A	7	7	3954	3960	100 %	0 %	0 %	0 %	224796749
67	NC_012180	TTA	2	6	3992	3997	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	224796749
68	NC_012180	CAT	2	6	4108	4113	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	224796744
69	NC_012180	TAA	2	6	4114	4119	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	224796744
70	NC_012180	CA	3	6	4142	4147	50 %	0 %	0 %	50 %	224796744
71	NC_012180	AAT	2	6	4169	4174	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	224796744
72	NC_012180	TGA	2	6	4196	4201	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	224796744
73	NC_012180	CAAAA	2	10	4225	4234	80 %	0 %	0 %	20 %	224796744
74	NC_012180	ATT	2	6	4291	4296	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	224796744
75	NC_012180	A	6	6	4451	4456	100 %	0 %	0 %	0 %	224796757
76	NC_012180	TAAG	2	8	4462	4469	50 %	25 %	25 %	0 %	224796757
77	NC_012180	AT	3	6	4503	4508	50 %	50 %	0 %	0 %	224796757
78	NC_012180	CTT	2	6	4521	4526	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	224796757
79	NC_012180	AGA	2	6	4531	4536	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	224796757
80	NC_012180	CT	3	6	4537	4542	0 %	50 %	0 %	50 %	224796757
81	NC_012180	TAA	3	9	4545	4553	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	224796757
82	NC_012180	CA	3	6	4555	4560	50 %	0 %	0 %	50 %	224796757
83	NC_012180	CTT	2	6	4744	4749	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	224796762
84	NC_012180	ATT	2	6	4766	4771	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	224796762
85	NC_012180	CTT	2	6	4798	4803	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	224796762
86	NC_012180	TTTAT	2	10	4842	4851	20 %	80 %	0 %	0 %	224796762
87	NC_012180	TCA	2	6	4953	4958	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	224796762
88	NC_012180	CTG	2	6	5041	5046	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	224796762
89	NC_012180	CTT	2	6	5065	5070	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	224796762
90	NC_012180	T	6	6	5116	5121	0 %	100 %	0 %	0 %	224796762
91	NC_012180	T	6	6	5160	5165	0 %	100 %	0 %	0 %	224796762
92	NC_012180	GCA	2	6	5187	5192	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	224796762
93	NC_012180	AAATT	2	10	5197	5206	60 %	40 %	0 %	0 %	224796762
94	NC_012180	TGT	2	6	5267	5272	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	224796762
95	NC_012180	T	6	6	5274	5279	0 %	100 %	0 %	0 %	224796762
96	NC_012180	CTT	2	6	5281	5286	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	224796762
97	NC_012180	T	7	7	5342	5348	0 %	100 %	0 %	0 %	224796762
98	NC_012180	TAA	2	6	5405	5410	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	224796762
99	NC_012180	T	6	6	5441	5446	0 %	100 %	0 %	0 %	224796762
100	NC_012180	CAG	2	6	5597	5602	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	224796752
101	NC_012180	A	8	8	5641	5648	100 %	0 %	0 %	0 %	224796752
102	NC_012180	A	7	7	7048	7054	100 %	0 %	0 %	0 %	224796748
103	NC_012180	TAA	2	6	7097	7102	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	224796748
104	NC_012180	GTTT	2	8	7125	7132	0 %	75 %	25 %	0 %	224796748
105	NC_012180	T	8	8	7130	7137	0 %	100 %	0 %	0 %	224796748
106	NC_012180	AAC	2	6	7147	7152	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	224796748
107	NC_012180	TAA	2	6	7154	7159	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	224796748
108	NC_012180	G	8	8	7740	7747	0 %	0 %	100 %	0 %	224796759
109	NC_012180	TAA	2	6	7767	7772	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	224796759
110	NC_012180	ATTC	2	8	8075	8082	25 %	50 %	0 %	25 %	224796755
111	NC_012180	TAA	2	6	8083	8088	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	224796755
112	NC_012180	T	6	6	8092	8097	0 %	100 %	0 %	0 %	224796755
113	NC_012180	T	8	8	8123	8130	0 %	100 %	0 %	0 %	224796755
114	NC_012180	CA	3	6	8134	8139	50 %	0 %	0 %	50 %	224796755
115	NC_012180	TA	4	8	8140	8147	50 %	50 %	0 %	0 %	224796755
116	NC_012180	AT	3	6	8149	8154	50 %	50 %	0 %	0 %	224796755
117	NC_012180	AGT	2	6	8169	8174	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	224796755
118	NC_012180	A	6	6	8187	8192	100 %	0 %	0 %	0 %	224796755
119	NC_012180	AACA	2	8	8254	8261	75 %	0 %	0 %	25 %	224796755
120	NC_012180	A	6	6	8496	8501	100 %	0 %	0 %	0 %	224796751
121	NC_012180	TAT	2	6	8504	8509	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	224796751
122	NC_012180	AATA	2	8	8564	8571	75 %	25 %	0 %	0 %	224796751
123	NC_012180	CAAAA	2	10	8577	8586	80 %	0 %	0 %	20 %	224796751
124	NC_012180	TTA	2	6	8613	8618	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	224796751
125	NC_012180	A	6	6	8622	8627	100 %	0 %	0 %	0 %	224796751
126	NC_012180	GAT	2	6	8661	8666	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	224796751
127	NC_012180	AAT	2	6	8676	8681	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	224796751
128	NC_012180	TTA	2	6	8684	8689	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	224796751
129	NC_012180	ATT	2	6	8704	8709	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	224796751
130	NC_012180	TATCAA	2	12	8808	8819	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	224796768
131	NC_012180	A	6	6	8818	8823	100 %	0 %	0 %	0 %	224796768
132	NC_012180	TAT	2	6	8843	8848	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	224796768
133	NC_012180	ATA	2	6	8851	8856	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	224796768
134	NC_012180	T	6	6	8874	8879	0 %	100 %	0 %	0 %	224796768
135	NC_012180	TTGT	2	8	8884	8891	0 %	75 %	25 %	0 %	224796768
136	NC_012180	ACA	2	6	8917	8922	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	224796768
137	NC_012180	CAT	2	6	9041	9046	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	224796747
138	NC_012180	TAT	2	6	9063	9068	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	224796747
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.