MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Borrelia duttonii Ly plasmid pl31

Total Repeats: 390

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011262	ACTT	2	8	163	170	25 %	50 %	0 %	25 %	203288868
2	NC_011262	TC	3	6	206	211	0 %	50 %	0 %	50 %	203288868
3	NC_011262	CCTT	2	8	361	368	0 %	50 %	0 %	50 %	203288868
4	NC_011262	CTG	2	6	392	397	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	203288868
5	NC_011262	TAT	2	6	399	404	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288868
6	NC_011262	TCTT	2	8	409	416	0 %	75 %	0 %	25 %	203288868
7	NC_011262	CTT	2	6	438	443	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	203288868
8	NC_011262	ATC	2	6	444	449	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288868
9	NC_011262	AAC	2	6	459	464	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	203288868
10	NC_011262	CTG	2	6	473	478	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	203288868
11	NC_011262	AT	3	6	551	556	50 %	50 %	0 %	0 %	203288868
12	NC_011262	CACT	2	8	563	570	25 %	25 %	0 %	50 %	203288868
13	NC_011262	ACTT	2	8	585	592	25 %	50 %	0 %	25 %	203288868
14	NC_011262	CTT	2	6	605	610	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	203288868
15	NC_011262	CTT	2	6	627	632	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	203288868
16	NC_011262	AAT	2	6	637	642	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288868
17	NC_011262	T	6	6	654	659	0 %	100 %	0 %	0 %	203288868
18	NC_011262	ATTAT	2	10	670	679	40 %	60 %	0 %	0 %	203288868
19	NC_011262	CTT	2	6	692	697	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	203288868
20	NC_011262	CAA	2	6	716	721	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	203288868
21	NC_011262	ACA	2	6	748	753	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	203288868
22	NC_011262	AGC	2	6	765	770	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	203288868
23	NC_011262	TAT	2	6	801	806	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288868
24	NC_011262	CTTA	2	8	852	859	25 %	50 %	0 %	25 %	203288868
25	NC_011262	TC	4	8	884	891	0 %	50 %	0 %	50 %	203288868
26	NC_011262	CTTA	2	8	924	931	25 %	50 %	0 %	25 %	203288868
27	NC_011262	CTT	2	6	993	998	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	203288868
28	NC_011262	CTC	2	6	1118	1123	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	203288868
29	NC_011262	CAT	3	9	1137	1145	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288868
30	NC_011262	ATC	4	12	1150	1161	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288868
31	NC_011262	ATT	2	6	1165	1170	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288868
32	NC_011262	TCATTC	2	12	1175	1186	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	203288868
33	NC_011262	CT	4	8	1203	1210	0 %	50 %	0 %	50 %	203288868
34	NC_011262	CT	4	8	1214	1221	0 %	50 %	0 %	50 %	203288868
35	NC_011262	AATAAA	2	12	4127	4138	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	203288869
36	NC_011262	ATTAT	2	10	4157	4166	40 %	60 %	0 %	0 %	203288869
37	NC_011262	TGCAA	2	10	4178	4187	40 %	20 %	20 %	20 %	203288869
38	NC_011262	A	6	6	4257	4262	100 %	0 %	0 %	0 %	203288869
39	NC_011262	A	7	7	4281	4287	100 %	0 %	0 %	0 %	203288869
40	NC_011262	A	7	7	4326	4332	100 %	0 %	0 %	0 %	203288869
41	NC_011262	AAAAT	2	10	4337	4346	80 %	20 %	0 %	0 %	203288869
42	NC_011262	GAT	2	6	4352	4357	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288869
43	NC_011262	ACAAAA	2	12	4426	4437	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	203288869
44	NC_011262	TAAG	2	8	4443	4450	50 %	25 %	25 %	0 %	203288869
45	NC_011262	TAT	2	6	4513	4518	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288869
46	NC_011262	TA	3	6	4551	4556	50 %	50 %	0 %	0 %	203288869
47	NC_011262	ATG	2	6	4581	4586	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288869
48	NC_011262	T	6	6	4640	4645	0 %	100 %	0 %	0 %	203288869
49	NC_011262	ATAC	2	8	4655	4662	50 %	25 %	0 %	25 %	203288869
50	NC_011262	A	8	8	4689	4696	100 %	0 %	0 %	0 %	203288869
51	NC_011262	GA	3	6	4708	4713	50 %	0 %	50 %	0 %	203288869
52	NC_011262	TAG	2	6	4732	4737	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288869
53	NC_011262	AT	3	6	4749	4754	50 %	50 %	0 %	0 %	203288869
54	NC_011262	ATT	2	6	4759	4764	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288869
55	NC_011262	AT	3	6	5032	5037	50 %	50 %	0 %	0 %	203288870
56	NC_011262	TAA	2	6	5044	5049	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288870
57	NC_011262	AGA	2	6	5102	5107	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288870
58	NC_011262	GAA	2	6	5130	5135	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288870
59	NC_011262	A	7	7	5152	5158	100 %	0 %	0 %	0 %	203288870
60	NC_011262	A	8	8	5197	5204	100 %	0 %	0 %	0 %	203288870
61	NC_011262	AAG	2	6	5221	5226	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288870
62	NC_011262	AAT	2	6	5232	5237	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288870
63	NC_011262	ATCCT	2	10	5284	5293	20 %	40 %	0 %	40 %	203288870
64	NC_011262	TAA	2	6	5365	5370	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288870
65	NC_011262	AAT	2	6	5382	5387	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288870
66	NC_011262	TGA	2	6	5393	5398	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288870
67	NC_011262	TAAAT	2	10	5402	5411	60 %	40 %	0 %	0 %	203288870
68	NC_011262	AAT	2	6	5446	5451	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288870
69	NC_011262	AAGA	2	8	6924	6931	75 %	0 %	25 %	0 %	203288871
70	NC_011262	ATT	2	6	6992	6997	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288871
71	NC_011262	A	7	7	7010	7016	100 %	0 %	0 %	0 %	203288871
72	NC_011262	CAA	2	6	7065	7070	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	203288871
73	NC_011262	ATTT	2	8	7111	7118	25 %	75 %	0 %	0 %	203288871
74	NC_011262	AGAA	2	8	7146	7153	75 %	0 %	25 %	0 %	203288871
75	NC_011262	AGA	2	6	7196	7201	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288871
76	NC_011262	A	6	6	7201	7206	100 %	0 %	0 %	0 %	203288871
77	NC_011262	AT	3	6	7234	7239	50 %	50 %	0 %	0 %	203288871
78	NC_011262	GAT	2	6	7415	7420	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288871
79	NC_011262	T	7	7	7479	7485	0 %	100 %	0 %	0 %	203288872
80	NC_011262	A	6	6	7495	7500	100 %	0 %	0 %	0 %	203288872
81	NC_011262	AATA	2	8	7519	7526	75 %	25 %	0 %	0 %	203288872
82	NC_011262	TAT	2	6	7628	7633	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288872
83	NC_011262	TTG	2	6	7634	7639	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	203288872
84	NC_011262	ATT	2	6	7659	7664	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288872
85	NC_011262	ATA	2	6	7821	7826	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288872
86	NC_011262	ATT	3	9	7827	7835	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288872
87	NC_011262	TAA	2	6	7879	7884	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288872
88	NC_011262	TAT	2	6	7934	7939	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288872
89	NC_011262	TGT	2	6	7945	7950	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	203288872
90	NC_011262	AT	3	6	7957	7962	50 %	50 %	0 %	0 %	203288872
91	NC_011262	AGG	3	9	8049	8057	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	203288873
92	NC_011262	ATG	2	6	8082	8087	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288873
93	NC_011262	AAT	2	6	8127	8132	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288873
94	NC_011262	TTA	2	6	8143	8148	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288873
95	NC_011262	AAC	3	9	8196	8204	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	203288873
96	NC_011262	ATA	2	6	8255	8260	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288873
97	NC_011262	A	6	6	8268	8273	100 %	0 %	0 %	0 %	203288873
98	NC_011262	TC	3	6	8284	8289	0 %	50 %	0 %	50 %	203288873
99	NC_011262	ATT	2	6	8316	8321	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288873
100	NC_011262	TAC	2	6	8354	8359	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288873
101	NC_011262	TTA	2	6	8407	8412	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288873
102	NC_011262	ATC	2	6	8434	8439	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288873
103	NC_011262	ATT	3	9	10446	10454	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288874
104	NC_011262	T	7	7	10471	10477	0 %	100 %	0 %	0 %	203288874
105	NC_011262	CATC	2	8	10518	10525	25 %	25 %	0 %	50 %	203288874
106	NC_011262	A	6	6	10526	10531	100 %	0 %	0 %	0 %	203288874
107	NC_011262	T	7	7	10621	10627	0 %	100 %	0 %	0 %	203288874
108	NC_011262	CTT	2	6	10695	10700	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	203288874
109	NC_011262	ATT	2	6	10703	10708	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288874
110	NC_011262	CTT	2	6	10710	10715	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	203288874
111	NC_011262	AAT	2	6	10737	10742	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288874
112	NC_011262	T	6	6	10772	10777	0 %	100 %	0 %	0 %	203288874
113	NC_011262	ATA	2	6	10813	10818	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288874
114	NC_011262	TAT	2	6	10821	10826	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288874
115	NC_011262	AGA	2	6	10939	10944	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288874
116	NC_011262	TTTA	2	8	10954	10961	25 %	75 %	0 %	0 %	203288874
117	NC_011262	AT	3	6	10973	10978	50 %	50 %	0 %	0 %	203288874
118	NC_011262	A	6	6	11076	11081	100 %	0 %	0 %	0 %	203288875
119	NC_011262	TTA	2	6	11118	11123	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288875
120	NC_011262	AT	3	6	11131	11136	50 %	50 %	0 %	0 %	203288875
121	NC_011262	TTC	2	6	11149	11154	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	203288875
122	NC_011262	CT	3	6	11165	11170	0 %	50 %	0 %	50 %	203288875
123	NC_011262	ATA	2	6	11178	11183	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288875
124	NC_011262	A	6	6	11187	11192	100 %	0 %	0 %	0 %	203288875
125	NC_011262	TAT	2	6	11233	11238	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288875
126	NC_011262	T	6	6	11289	11294	0 %	100 %	0 %	0 %	203288875
127	NC_011262	ACT	2	6	11366	11371	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288875
128	NC_011262	TAAAG	2	10	11387	11396	60 %	20 %	20 %	0 %	203288875
129	NC_011262	AGG	2	6	11405	11410	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	203288875
130	NC_011262	T	8	8	11458	11465	0 %	100 %	0 %	0 %	203288875
131	NC_011262	ATTAAC	2	12	11540	11551	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	203288875
132	NC_011262	CTCTT	2	10	11582	11591	0 %	60 %	0 %	40 %	203288875
133	NC_011262	AT	4	8	11600	11607	50 %	50 %	0 %	0 %	203288875
134	NC_011262	A	7	7	11648	11654	100 %	0 %	0 %	0 %	203288875
135	NC_011262	TATCTA	2	12	11677	11688	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	203288875
136	NC_011262	CTTT	2	8	11703	11710	0 %	75 %	0 %	25 %	203288875
137	NC_011262	GTA	2	6	11739	11744	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288875
138	NC_011262	CCT	2	6	11757	11762	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	203288875
139	NC_011262	ATT	2	6	11781	11786	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288875
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142	NC_011262	T	6	6	11833	11838	0 %	100 %	0 %	0 %	203288876
143	NC_011262	ATA	2	6	11842	11847	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288876
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148	NC_011262	T	6	6	11920	11925	0 %	100 %	0 %	0 %	203288876
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162	NC_011262	T	6	6	12307	12312	0 %	100 %	0 %	0 %	203288876
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260	NC_011262	AGAT	2	8	21264	21271	50 %	25 %	25 %	0 %	203288881
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269	NC_011262	TGA	2	6	22187	22192	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288882
270	NC_011262	TGA	2	6	22241	22246	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288882
271	NC_011262	ACA	2	6	22326	22331	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	203288882
272	NC_011262	TGA	2	6	22343	22348	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288882
273	NC_011262	GAAAG	2	10	22352	22361	60 %	0 %	40 %	0 %	203288882
274	NC_011262	TTG	2	6	22363	22368	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	203288882
275	NC_011262	A	6	6	22431	22436	100 %	0 %	0 %	0 %	203288882
276	NC_011262	TGA	3	9	22445	22453	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288882
277	NC_011262	AAAG	2	8	22457	22464	75 %	0 %	25 %	0 %	203288882
278	NC_011262	TAGA	2	8	22468	22475	50 %	25 %	25 %	0 %	203288882
279	NC_011262	CGAT	2	8	22531	22538	25 %	25 %	25 %	25 %	203288882
280	NC_011262	CTG	2	6	22600	22605	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	203288882
281	NC_011262	AAG	2	6	23144	23149	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288883
282	NC_011262	AG	3	6	23186	23191	50 %	0 %	50 %	0 %	203288883
283	NC_011262	GA	3	6	23192	23197	50 %	0 %	50 %	0 %	203288883
284	NC_011262	GAG	2	6	23204	23209	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	203288883
285	NC_011262	AAG	2	6	23223	23228	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288883
286	NC_011262	AGT	2	6	23229	23234	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288883
287	NC_011262	AAT	3	9	23241	23249	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288883
288	NC_011262	GGA	2	6	23284	23289	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	203288883
289	NC_011262	AGG	2	6	23292	23297	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	203288883
290	NC_011262	GGAAG	2	10	23304	23313	40 %	0 %	60 %	0 %	203288883
291	NC_011262	AATA	2	8	23314	23321	75 %	25 %	0 %	0 %	203288883
292	NC_011262	GTAA	2	8	23341	23348	50 %	25 %	25 %	0 %	203288883
293	NC_011262	CAT	2	6	23369	23374	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288883
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295	NC_011262	AAG	2	6	23419	23424	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288883
296	NC_011262	ATT	2	6	23438	23443	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288883
297	NC_011262	TAA	2	6	23487	23492	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288883
298	NC_011262	GAA	2	6	23508	23513	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288883
299	NC_011262	GCTACT	2	12	23536	23547	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	203288883
300	NC_011262	GATAA	2	10	23578	23587	60 %	20 %	20 %	0 %	203288883
301	NC_011262	CTG	4	12	23654	23665	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	203288883
302	NC_011262	GTG	3	9	23666	23674	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	203288883
303	NC_011262	TAGTC	2	10	23700	23709	20 %	40 %	20 %	20 %	203288883
304	NC_011262	GTA	2	6	23734	23739	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288883
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306	NC_011262	CTG	3	9	23804	23812	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	203288883
307	NC_011262	CTG	2	6	23861	23866	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	203288883
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325	NC_011262	T	6	6	25590	25595	0 %	100 %	0 %	0 %	203288884
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327	NC_011262	ACC	2	6	25605	25610	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	203288884
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329	NC_011262	TA	3	6	25680	25685	50 %	50 %	0 %	0 %	203288884
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333	NC_011262	TA	3	6	25745	25750	50 %	50 %	0 %	0 %	203288884
334	NC_011262	CT	3	6	25773	25778	0 %	50 %	0 %	50 %	203288884
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348	NC_011262	AAT	2	6	26461	26466	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288885
349	NC_011262	GTA	2	6	26504	26509	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288885
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363	NC_011262	ATT	2	6	28513	28518	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288886
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389	NC_011262	AATT	2	8	30124	30131	50 %	50 %	0 %	0 %	203288887
390	NC_011262	TGT	2	6	30145	30150	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	203288887

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.