MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Borrelia duttonii Ly plasmid pl23b

Total Repeats: 358

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011259	CGG	2	6	83	88	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	203288820
2	NC_011259	CT	3	6	114	119	0 %	50 %	0 %	50 %	203288820
3	NC_011259	ATC	2	6	146	151	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288820
4	NC_011259	TCT	2	6	195	200	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	203288820
5	NC_011259	TCT	3	9	228	236	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	203288820
6	NC_011259	TCTT	2	8	257	264	0 %	75 %	0 %	25 %	203288820
7	NC_011259	TTC	2	6	266	271	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	203288820
8	NC_011259	CT	3	6	285	290	0 %	50 %	0 %	50 %	203288820
9	NC_011259	AT	3	6	291	296	50 %	50 %	0 %	0 %	203288820
10	NC_011259	TTG	2	6	299	304	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	203288820
11	NC_011259	TCTTTT	2	12	342	353	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	203288820
12	NC_011259	T	8	8	350	357	0 %	100 %	0 %	0 %	203288820
13	NC_011259	CTT	3	9	358	366	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	203288820
14	NC_011259	T	6	6	378	383	0 %	100 %	0 %	0 %	203288820
15	NC_011259	TGCT	2	8	406	413	0 %	50 %	25 %	25 %	203288820
16	NC_011259	T	6	6	421	426	0 %	100 %	0 %	0 %	203288820
17	NC_011259	GTC	2	6	444	449	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	203288820
18	NC_011259	TTA	2	6	520	525	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288820
19	NC_011259	TCTTT	2	10	531	540	0 %	80 %	0 %	20 %	203288820
20	NC_011259	TCA	3	9	541	549	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288820
21	NC_011259	GTT	2	6	683	688	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	203288820
22	NC_011259	T	6	6	787	792	0 %	100 %	0 %	0 %	203288820
23	NC_011259	TTTA	2	8	866	873	25 %	75 %	0 %	0 %	203288820
24	NC_011259	TAA	2	6	895	900	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288820
25	NC_011259	GTT	2	6	949	954	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	203288820
26	NC_011259	GTT	2	6	956	961	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	203288820
27	NC_011259	T	7	7	960	966	0 %	100 %	0 %	0 %	203288820
28	NC_011259	T	8	8	973	980	0 %	100 %	0 %	0 %	203288820
29	NC_011259	TAA	2	6	982	987	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288820
30	NC_011259	ATA	2	6	1151	1156	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288820
31	NC_011259	TTCCTT	2	12	1165	1176	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	203288820
32	NC_011259	TTAGAT	2	12	1204	1215	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	203288820
33	NC_011259	TAG	2	6	1220	1225	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288820
34	NC_011259	T	7	7	1259	1265	0 %	100 %	0 %	0 %	203288820
35	NC_011259	TAA	2	6	1280	1285	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288820
36	NC_011259	T	6	6	1297	1302	0 %	100 %	0 %	0 %	203288820
37	NC_011259	TTC	2	6	1322	1327	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	203288820
38	NC_011259	ATTG	2	8	1335	1342	25 %	50 %	25 %	0 %	203288820
39	NC_011259	TATT	2	8	1363	1370	25 %	75 %	0 %	0 %	203288820
40	NC_011259	ATT	2	6	1386	1391	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288820
41	NC_011259	ATT	2	6	1416	1421	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288820
42	NC_011259	TAT	2	6	1456	1461	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288820
43	NC_011259	T	6	6	1494	1499	0 %	100 %	0 %	0 %	203288820
44	NC_011259	ATTT	2	8	1508	1515	25 %	75 %	0 %	0 %	203288820
45	NC_011259	TAT	3	9	1543	1551	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288820
46	NC_011259	T	7	7	1579	1585	0 %	100 %	0 %	0 %	203288820
47	NC_011259	TCTT	2	8	1955	1962	0 %	75 %	0 %	25 %	203288821
48	NC_011259	GAT	2	6	1963	1968	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288821
49	NC_011259	ATA	2	6	1988	1993	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288821
50	NC_011259	TTA	2	6	2023	2028	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288821
51	NC_011259	TAT	2	6	2068	2073	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288821
52	NC_011259	TAG	2	6	2079	2084	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288821
53	NC_011259	GAA	2	6	2131	2136	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288821
54	NC_011259	AAC	2	6	2163	2168	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	203288821
55	NC_011259	GCT	2	6	2185	2190	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	203288821
56	NC_011259	TGA	2	6	2192	2197	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288821
57	NC_011259	TAT	2	6	2260	2265	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288821
58	NC_011259	TCA	2	6	2350	2355	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288821
59	NC_011259	CTG	2	6	2360	2365	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	203288821
60	NC_011259	TTA	2	6	2485	2490	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288821
61	NC_011259	TTTA	2	8	2562	2569	25 %	75 %	0 %	0 %	203288821
62	NC_011259	TGTT	2	8	2615	2622	0 %	75 %	25 %	0 %	203288821
63	NC_011259	AT	3	6	2638	2643	50 %	50 %	0 %	0 %	203288821
64	NC_011259	GTT	2	6	2725	2730	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	203288821
65	NC_011259	T	6	6	3570	3575	0 %	100 %	0 %	0 %	203288822
66	NC_011259	GATA	2	8	3603	3610	50 %	25 %	25 %	0 %	203288822
67	NC_011259	A	6	6	3617	3622	100 %	0 %	0 %	0 %	203288822
68	NC_011259	TAA	2	6	3630	3635	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288822
69	NC_011259	ATG	2	6	3649	3654	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288822
70	NC_011259	T	6	6	3763	3768	0 %	100 %	0 %	0 %	203288822
71	NC_011259	A	8	8	3772	3779	100 %	0 %	0 %	0 %	203288822
72	NC_011259	ATT	2	6	3786	3791	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288822
73	NC_011259	TTA	2	6	3824	3829	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288822
74	NC_011259	AACA	2	8	3834	3841	75 %	0 %	0 %	25 %	203288822
75	NC_011259	ATT	2	6	3856	3861	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288822
76	NC_011259	ATA	2	6	3875	3880	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288822
77	NC_011259	T	7	7	3929	3935	0 %	100 %	0 %	0 %	203288822
78	NC_011259	AAT	2	6	3970	3975	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288822
79	NC_011259	AT	5	10	3974	3983	50 %	50 %	0 %	0 %	203288822
80	NC_011259	TTGC	2	8	4025	4032	0 %	50 %	25 %	25 %	203288822
81	NC_011259	TAAA	2	8	4038	4045	75 %	25 %	0 %	0 %	203288822
82	NC_011259	A	9	9	4053	4061	100 %	0 %	0 %	0 %	203288822
83	NC_011259	TAA	2	6	4110	4115	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288822
84	NC_011259	T	8	8	4126	4133	0 %	100 %	0 %	0 %	203288822
85	NC_011259	A	8	8	4197	4204	100 %	0 %	0 %	0 %	203288822
86	NC_011259	TTA	2	6	4208	4213	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288822
87	NC_011259	GAT	2	6	4216	4221	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288822
88	NC_011259	ATA	2	6	4243	4248	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288822
89	NC_011259	AT	3	6	4264	4269	50 %	50 %	0 %	0 %	203288822
90	NC_011259	ATT	2	6	4321	4326	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288822
91	NC_011259	GAT	2	6	4333	4338	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288822
92	NC_011259	ATT	2	6	4362	4367	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288822
93	NC_011259	AT	4	8	4371	4378	50 %	50 %	0 %	0 %	203288822
94	NC_011259	AT	3	6	4428	4433	50 %	50 %	0 %	0 %	203288822
95	NC_011259	ATG	3	9	4460	4468	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288822
96	NC_011259	ATA	2	6	4477	4482	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288822
97	NC_011259	ATAA	2	8	4514	4521	75 %	25 %	0 %	0 %	203288822
98	NC_011259	GAAG	2	8	4558	4565	50 %	0 %	50 %	0 %	203288822
99	NC_011259	A	8	8	4569	4576	100 %	0 %	0 %	0 %	203288822
100	NC_011259	ATA	2	6	4645	4650	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288822
101	NC_011259	AAT	2	6	4693	4698	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288822
102	NC_011259	ATA	2	6	4707	4712	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288822
103	NC_011259	TCT	2	6	4726	4731	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	203288822
104	NC_011259	TTA	2	6	4743	4748	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288823
105	NC_011259	ATTT	2	8	4759	4766	25 %	75 %	0 %	0 %	203288823
106	NC_011259	T	7	7	4764	4770	0 %	100 %	0 %	0 %	203288823
107	NC_011259	TTTA	2	8	4820	4827	25 %	75 %	0 %	0 %	203288823
108	NC_011259	AAAAT	2	10	4856	4865	80 %	20 %	0 %	0 %	203288823
109	NC_011259	AAT	2	6	4874	4879	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288823
110	NC_011259	TTGT	2	8	4902	4909	0 %	75 %	25 %	0 %	203288823
111	NC_011259	A	7	7	4910	4916	100 %	0 %	0 %	0 %	203288823
112	NC_011259	TCT	2	6	4956	4961	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	203288823
113	NC_011259	AGA	2	6	4967	4972	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288823
114	NC_011259	TGA	2	6	4973	4978	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288823
115	NC_011259	AAG	2	6	5014	5019	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288823
116	NC_011259	ATTA	2	8	5111	5118	50 %	50 %	0 %	0 %	203288823
117	NC_011259	AAT	2	6	5128	5133	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288823
118	NC_011259	CAT	2	6	5134	5139	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288823
119	NC_011259	CTG	2	6	5140	5145	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	203288823
120	NC_011259	T	9	9	5260	5268	0 %	100 %	0 %	0 %	203288823
121	NC_011259	TTA	2	6	5283	5288	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288823
122	NC_011259	TTC	2	6	5336	5341	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	203288823
123	NC_011259	ATCCTA	2	12	5371	5382	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288823
124	NC_011259	AAT	4	12	5429	5440	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288823
125	NC_011259	T	8	8	5444	5451	0 %	100 %	0 %	0 %	203288823
126	NC_011259	TAA	2	6	5477	5482	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288823
127	NC_011259	ATTT	2	8	5497	5504	25 %	75 %	0 %	0 %	203288823
128	NC_011259	T	6	6	5502	5507	0 %	100 %	0 %	0 %	203288823
129	NC_011259	ATGTGT	2	12	5528	5539	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	203288823
130	NC_011259	TAT	2	6	5560	5565	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288823
131	NC_011259	TAA	2	6	5578	5583	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288823
132	NC_011259	TAT	2	6	5587	5592	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288823
133	NC_011259	TTC	2	6	5624	5629	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	203288823
134	NC_011259	T	7	7	5635	5641	0 %	100 %	0 %	0 %	203288823
135	NC_011259	TAG	2	6	5666	5671	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288823
136	NC_011259	ATC	2	6	5687	5692	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288823
137	NC_011259	TTA	2	6	5742	5747	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288823
138	NC_011259	T	6	6	5763	5768	0 %	100 %	0 %	0 %	203288823
139	NC_011259	T	6	6	6264	6269	0 %	100 %	0 %	0 %	203288824
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.