MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Borrelia recurrentis A1 plasmid pl37

Total Repeats: 439

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011258	A	6	6	1078	1083	100 %	0 %	0 %	0 %	203288417
2	NC_011258	T	7	7	1084	1090	0 %	100 %	0 %	0 %	203288417
3	NC_011258	TATTT	2	10	1102	1111	20 %	80 %	0 %	0 %	203288417
4	NC_011258	TAA	2	6	1113	1118	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288417
5	NC_011258	AAG	2	6	1152	1157	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288417
6	NC_011258	TGG	2	6	1165	1170	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	203288417
7	NC_011258	AATT	2	8	1224	1231	50 %	50 %	0 %	0 %	203288417
8	NC_011258	AGA	3	9	1258	1266	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288417
9	NC_011258	TGA	2	6	1267	1272	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288417
10	NC_011258	A	7	7	1290	1296	100 %	0 %	0 %	0 %	203288417
11	NC_011258	TAA	2	6	1335	1340	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288417
12	NC_011258	CAA	2	6	1384	1389	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	203288417
13	NC_011258	AAC	2	6	1451	1456	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	203288417
14	NC_011258	CTG	2	6	1473	1478	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	203288417
15	NC_011258	AAC	2	6	1497	1502	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	203288417
16	NC_011258	GAATG	2	10	1517	1526	40 %	20 %	40 %	0 %	203288417
17	NC_011258	AAT	2	6	1552	1557	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288417
18	NC_011258	GAAT	2	8	1611	1618	50 %	25 %	25 %	0 %	203288417
19	NC_011258	AAT	2	6	1645	1650	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288417
20	NC_011258	TGA	2	6	1657	1662	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288417
21	NC_011258	TAATT	2	10	1681	1690	40 %	60 %	0 %	0 %	203288417
22	NC_011258	ATT	2	6	1772	1777	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288417
23	NC_011258	AAAAT	2	10	1866	1875	80 %	20 %	0 %	0 %	203288417
24	NC_011258	TGA	2	6	1876	1881	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288417
25	NC_011258	GAT	2	6	1898	1903	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288417
26	NC_011258	ATT	2	6	2329	2334	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288418
27	NC_011258	CAG	2	6	2398	2403	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	203288418
28	NC_011258	CATA	2	8	2407	2414	50 %	25 %	0 %	25 %	203288418
29	NC_011258	TCA	2	6	2466	2471	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288418
30	NC_011258	CAA	2	6	2504	2509	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	203288418
31	NC_011258	TCTTT	2	10	2538	2547	0 %	80 %	0 %	20 %	203288418
32	NC_011258	AT	3	6	2573	2578	50 %	50 %	0 %	0 %	203288418
33	NC_011258	TTA	2	6	2580	2585	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288418
34	NC_011258	TCT	2	6	2589	2594	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	203288418
35	NC_011258	TA	3	6	2635	2640	50 %	50 %	0 %	0 %	203288418
36	NC_011258	ATT	2	6	2645	2650	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288418
37	NC_011258	A	6	6	2654	2659	100 %	0 %	0 %	0 %	203288418
38	NC_011258	AAT	2	6	2670	2675	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288418
39	NC_011258	TTA	2	6	2676	2681	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288418
40	NC_011258	T	6	6	2708	2713	0 %	100 %	0 %	0 %	203288418
41	NC_011258	GTT	2	6	2722	2727	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	203288418
42	NC_011258	GTT	2	6	2736	2741	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	203288418
43	NC_011258	CAT	2	6	2750	2755	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288418
44	NC_011258	TCA	2	6	2796	2801	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288418
45	NC_011258	ATA	2	6	2807	2812	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288418
46	NC_011258	ATT	2	6	2828	2833	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288418
47	NC_011258	TGG	2	6	2840	2845	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	203288418
48	NC_011258	AATA	2	8	2851	2858	75 %	25 %	0 %	0 %	203288418
49	NC_011258	T	7	7	2879	2885	0 %	100 %	0 %	0 %	203288418
50	NC_011258	AAT	2	6	2894	2899	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288418
51	NC_011258	ATC	2	6	2903	2908	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288418
52	NC_011258	T	6	6	2947	2952	0 %	100 %	0 %	0 %	203288418
53	NC_011258	T	6	6	2997	3002	0 %	100 %	0 %	0 %	203288418
54	NC_011258	TGG	2	6	3110	3115	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	203288418
55	NC_011258	GAC	2	6	3167	3172	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	203288418
56	NC_011258	ATT	2	6	3183	3188	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288418
57	NC_011258	T	6	6	3192	3197	0 %	100 %	0 %	0 %	203288418
58	NC_011258	T	8	8	3211	3218	0 %	100 %	0 %	0 %	203288418
59	NC_011258	T	7	7	3232	3238	0 %	100 %	0 %	0 %	203288418
60	NC_011258	TAA	2	6	3286	3291	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288418
61	NC_011258	AAAT	2	8	3293	3300	75 %	25 %	0 %	0 %	203288418
62	NC_011258	AATT	2	8	3304	3311	50 %	50 %	0 %	0 %	203288418
63	NC_011258	TC	3	6	3318	3323	0 %	50 %	0 %	50 %	203288418
64	NC_011258	AT	3	6	3324	3329	50 %	50 %	0 %	0 %	203288418
65	NC_011258	T	6	6	6349	6354	0 %	100 %	0 %	0 %	203288419
66	NC_011258	CTT	2	6	6415	6420	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	203288419
67	NC_011258	ATT	2	6	6464	6469	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288419
68	NC_011258	TA	3	6	6496	6501	50 %	50 %	0 %	0 %	203288419
69	NC_011258	TAT	2	6	6541	6546	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288419
70	NC_011258	AAG	2	6	6574	6579	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288419
71	NC_011258	ATT	2	6	6599	6604	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288419
72	NC_011258	CT	3	6	6614	6619	0 %	50 %	0 %	50 %	203288419
73	NC_011258	T	7	7	6634	6640	0 %	100 %	0 %	0 %	203288419
74	NC_011258	TCT	2	6	6681	6686	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	203288419
75	NC_011258	CAA	2	6	6775	6780	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	203288419
76	NC_011258	TA	3	6	6794	6799	50 %	50 %	0 %	0 %	203288419
77	NC_011258	ACT	2	6	6810	6815	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288419
78	NC_011258	AAT	2	6	6850	6855	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288419
79	NC_011258	TCT	2	6	6870	6875	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	203288419
80	NC_011258	CT	3	6	6874	6879	0 %	50 %	0 %	50 %	203288419
81	NC_011258	CT	3	6	6885	6890	0 %	50 %	0 %	50 %	203288419
82	NC_011258	ATT	2	6	6918	6923	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288419
83	NC_011258	TCA	2	6	6927	6932	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288419
84	NC_011258	CAA	2	6	6946	6951	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	203288419
85	NC_011258	TGC	2	6	7273	7278	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	203288420
86	NC_011258	ATT	2	6	7284	7289	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288420
87	NC_011258	TTA	2	6	7306	7311	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288420
88	NC_011258	ATT	2	6	7353	7358	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288420
89	NC_011258	T	8	8	7406	7413	0 %	100 %	0 %	0 %	203288420
90	NC_011258	TAT	2	6	7452	7457	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288420
91	NC_011258	TAT	3	9	7568	7576	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288420
92	NC_011258	ATT	2	6	7710	7715	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288420
93	NC_011258	TAA	2	6	7744	7749	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288420
94	NC_011258	AGT	2	6	7858	7863	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288420
95	NC_011258	CTT	2	6	7892	7897	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	203288420
96	NC_011258	TGAT	2	8	7929	7936	25 %	50 %	25 %	0 %	203288420
97	NC_011258	ATT	2	6	7968	7973	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288420
98	NC_011258	CAT	2	6	7995	8000	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288420
99	NC_011258	AAT	2	6	8321	8326	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288421
100	NC_011258	AGG	2	6	8337	8342	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	203288421
101	NC_011258	GAA	2	6	8350	8355	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288421
102	NC_011258	TAT	2	6	8364	8369	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288421
103	NC_011258	ATA	2	6	8472	8477	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288421
104	NC_011258	AAG	2	6	8514	8519	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288421
105	NC_011258	CAA	2	6	8555	8560	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	203288421
106	NC_011258	GTT	2	6	8561	8566	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	203288421
107	NC_011258	AGG	2	6	8575	8580	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	203288421
108	NC_011258	GAA	2	6	8672	8677	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288421
109	NC_011258	A	6	6	8703	8708	100 %	0 %	0 %	0 %	203288421
110	NC_011258	ATTG	2	8	8767	8774	25 %	50 %	25 %	0 %	203288421
111	NC_011258	AGG	2	6	8775	8780	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	203288421
112	NC_011258	TAG	2	6	8884	8889	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288421
113	NC_011258	AAT	2	6	8954	8959	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288421
114	NC_011258	GAAA	2	8	8960	8967	75 %	0 %	25 %	0 %	203288421
115	NC_011258	TGATAT	2	12	8968	8979	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	203288421
116	NC_011258	T	7	7	9031	9037	0 %	100 %	0 %	0 %	203288421
117	NC_011258	AAG	2	6	9060	9065	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288421
118	NC_011258	A	6	6	9082	9087	100 %	0 %	0 %	0 %	203288421
119	NC_011258	A	7	7	9109	9115	100 %	0 %	0 %	0 %	203288421
120	NC_011258	CTT	2	6	9186	9191	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	203288421
121	NC_011258	GAAA	2	8	9212	9219	75 %	0 %	25 %	0 %	203288421
122	NC_011258	AGA	2	6	9229	9234	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288421
123	NC_011258	A	6	6	9926	9931	100 %	0 %	0 %	0 %	203288422
124	NC_011258	TAA	2	6	9971	9976	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288422
125	NC_011258	TGA	2	6	9977	9982	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288422
126	NC_011258	T	7	7	9998	10004	0 %	100 %	0 %	0 %	203288422
127	NC_011258	ATTT	2	8	10062	10069	25 %	75 %	0 %	0 %	203288422
128	NC_011258	GAA	2	6	10092	10097	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288422
129	NC_011258	AT	3	6	10157	10162	50 %	50 %	0 %	0 %	203288422
130	NC_011258	TCT	2	6	10299	10304	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	203288422
131	NC_011258	CTG	2	6	10312	10317	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	203288422
132	NC_011258	TTG	2	6	10339	10344	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	203288422
133	NC_011258	GT	4	8	10384	10391	0 %	50 %	50 %	0 %	203288422
134	NC_011258	TAA	2	6	10413	10418	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288422
135	NC_011258	TGATT	2	10	10602	10611	20 %	60 %	20 %	0 %	203288423
136	NC_011258	A	6	6	10715	10720	100 %	0 %	0 %	0 %	203288423
137	NC_011258	A	7	7	10732	10738	100 %	0 %	0 %	0 %	203288423
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267	NC_011258	TCA	2	6	19182	19187	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288428
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281	NC_011258	TCTTT	2	10	19675	19684	0 %	80 %	0 %	20 %	203288429
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387	NC_011258	GA	3	6	25342	25347	50 %	0 %	50 %	0 %	203288433
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393	NC_011258	CTG	2	6	25639	25644	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	203288433
394	NC_011258	AAG	2	6	25654	25659	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288433
395	NC_011258	GAA	2	6	25679	25684	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288433
396	NC_011258	CTT	2	6	25689	25694	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	203288433
397	NC_011258	GA	3	6	25721	25726	50 %	0 %	50 %	0 %	203288433
398	NC_011258	GAT	2	6	25788	25793	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288433
399	NC_011258	AGA	2	6	25811	25816	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288433
400	NC_011258	AGG	2	6	27354	27359	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	203288434
401	NC_011258	GAA	2	6	27361	27366	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288434
402	NC_011258	AGA	2	6	27373	27378	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288434
403	NC_011258	GAAG	2	8	27418	27425	50 %	0 %	50 %	0 %	203288434
404	NC_011258	A	7	7	27433	27439	100 %	0 %	0 %	0 %	203288434
405	NC_011258	AAT	2	6	27452	27457	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288434
406	NC_011258	GAT	3	9	27472	27480	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288434
407	NC_011258	TGA	2	6	27483	27488	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288434
408	NC_011258	GGA	2	6	27515	27520	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	203288434
409	NC_011258	TGAG	2	8	27546	27553	25 %	25 %	50 %	0 %	203288434
410	NC_011258	AG	3	6	27698	27703	50 %	0 %	50 %	0 %	203288434
411	NC_011258	AAG	2	6	27804	27809	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288434
412	NC_011258	TGC	2	6	27844	27849	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	203288434
413	NC_011258	CTG	2	6	27852	27857	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	203288434
414	NC_011258	GTT	2	6	27890	27895	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	203288434
415	NC_011258	TTG	2	6	27921	27926	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	203288434
416	NC_011258	GAT	2	6	27974	27979	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288434
417	NC_011258	TGA	2	6	28006	28011	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288434
418	NC_011258	AGA	2	6	28033	28038	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288434
419	NC_011258	TTC	2	6	28089	28094	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	203288434
420	NC_011258	GCA	2	6	28163	28168	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	203288434
421	NC_011258	AAAG	2	8	28198	28205	75 %	0 %	25 %	0 %	203288434
422	NC_011258	AAAG	2	8	28225	28232	75 %	0 %	25 %	0 %	203288434
423	NC_011258	AGC	2	6	28243	28248	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	203288434
424	NC_011258	AAAT	2	8	28410	28417	75 %	25 %	0 %	0 %	203288434
425	NC_011258	GA	3	6	28428	28433	50 %	0 %	50 %	0 %	203288434
426	NC_011258	AAGG	2	8	28436	28443	50 %	0 %	50 %	0 %	203288434
427	NC_011258	TAAT	2	8	28465	28472	50 %	50 %	0 %	0 %	203288434
428	NC_011258	GTA	2	6	28830	28835	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288435
429	NC_011258	TGC	2	6	28958	28963	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	203288435
430	NC_011258	ACA	2	6	29046	29051	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	203288435
431	NC_011258	TGA	2	6	29063	29068	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288435
432	NC_011258	GAAAG	2	10	29072	29081	60 %	0 %	40 %	0 %	203288435
433	NC_011258	TTG	2	6	29083	29088	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	203288435
434	NC_011258	A	6	6	29151	29156	100 %	0 %	0 %	0 %	203288435
435	NC_011258	TGA	3	9	29165	29173	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288435
436	NC_011258	AAAG	2	8	29177	29184	75 %	0 %	25 %	0 %	203288435
437	NC_011258	TAGA	2	8	29188	29195	50 %	25 %	25 %	0 %	203288435
438	NC_011258	CGAT	2	8	29251	29258	25 %	25 %	25 %	25 %	203288435
439	NC_011258	CTG	2	6	29320	29325	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	203288435

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.