MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Borrelia burgdorferi B31 plasmid lp28-3

Total Repeats: 426

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_001853	AAAT	2	8	385	392	75 %	25 %	0 %	0 %	11496704
2	NC_001853	GTC	2	6	395	400	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	11496704
3	NC_001853	ATT	2	6	457	462	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	11496704
4	NC_001853	ATA	2	6	476	481	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	11496704
5	NC_001853	CTA	2	6	488	493	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	11496704
6	NC_001853	AAAG	2	8	568	575	75 %	0 %	25 %	0 %	11496704
7	NC_001853	GGA	2	6	649	654	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	11496704
8	NC_001853	ACA	2	6	701	706	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	11496704
9	NC_001853	CGA	2	6	726	731	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	11496704
10	NC_001853	ATAC	2	8	741	748	50 %	25 %	0 %	25 %	11496704
11	NC_001853	AAT	2	6	772	777	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	11496704
12	NC_001853	TAG	4	12	783	794	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	11496704
13	NC_001853	TTA	2	6	795	800	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	11496704
14	NC_001853	ATA	2	6	814	819	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	11496704
15	NC_001853	ATT	2	6	841	846	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	11496704
16	NC_001853	A	6	6	857	862	100 %	0 %	0 %	0 %	11496704
17	NC_001853	ATT	2	6	1068	1073	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	11496698
18	NC_001853	AAT	2	6	1087	1092	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	11496698
19	NC_001853	A	8	8	1100	1107	100 %	0 %	0 %	0 %	11496698
20	NC_001853	A	6	6	1135	1140	100 %	0 %	0 %	0 %	11496698
21	NC_001853	ATA	2	6	1142	1147	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	11496698
22	NC_001853	CAA	2	6	1166	1171	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	11496698
23	NC_001853	AATA	2	8	1174	1181	75 %	25 %	0 %	0 %	11496698
24	NC_001853	AT	3	6	1187	1192	50 %	50 %	0 %	0 %	11496698
25	NC_001853	A	6	6	1196	1201	100 %	0 %	0 %	0 %	11496698
26	NC_001853	AT	3	6	1242	1247	50 %	50 %	0 %	0 %	11496698
27	NC_001853	TAT	2	6	1252	1257	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	11496698
28	NC_001853	ATTA	2	8	1261	1268	50 %	50 %	0 %	0 %	11496698
29	NC_001853	CAA	2	6	1289	1294	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	11496698
30	NC_001853	ACT	2	6	1301	1306	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	11496698
31	NC_001853	AAACTA	2	12	1324	1335	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	11496698
32	NC_001853	AACTA	2	10	1343	1352	60 %	20 %	0 %	20 %	11496698
33	NC_001853	CTA	3	9	1355	1363	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	11496698
34	NC_001853	TAA	2	6	1529	1534	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	11496703
35	NC_001853	AC	3	6	1544	1549	50 %	0 %	0 %	50 %	11496703
36	NC_001853	ACA	2	6	1553	1558	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	11496703
37	NC_001853	A	6	6	1572	1577	100 %	0 %	0 %	0 %	11496703
38	NC_001853	TAG	2	6	1590	1595	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	11496703
39	NC_001853	TAAAC	2	10	1644	1653	60 %	20 %	0 %	20 %	11496703
40	NC_001853	TAA	2	6	2263	2268	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	11496710
41	NC_001853	CAG	2	6	2307	2312	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	11496710
42	NC_001853	A	6	6	2318	2323	100 %	0 %	0 %	0 %	11496710
43	NC_001853	CTT	2	6	2328	2333	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	11496710
44	NC_001853	T	6	6	2332	2337	0 %	100 %	0 %	0 %	11496710
45	NC_001853	ATT	2	6	2344	2349	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	11496710
46	NC_001853	CTT	2	6	2357	2362	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	11496710
47	NC_001853	ATTT	2	8	2365	2372	25 %	75 %	0 %	0 %	11496710
48	NC_001853	T	6	6	2467	2472	0 %	100 %	0 %	0 %	11496710
49	NC_001853	CAA	2	6	2481	2486	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	11496710
50	NC_001853	CAA	2	6	2496	2501	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	11496710
51	NC_001853	AGA	2	6	2506	2511	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	11496710
52	NC_001853	ACA	2	6	2543	2548	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	11496710
53	NC_001853	T	6	6	2560	2565	0 %	100 %	0 %	0 %	11496710
54	NC_001853	CAT	2	6	2598	2603	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	11496710
55	NC_001853	ATC	2	6	2635	2640	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	11496710
56	NC_001853	AATT	2	8	2641	2648	50 %	50 %	0 %	0 %	11496710
57	NC_001853	TTC	2	6	2671	2676	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	11496710
58	NC_001853	TTA	2	6	2702	2707	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	11496710
59	NC_001853	T	6	6	2722	2727	0 %	100 %	0 %	0 %	11496710
60	NC_001853	ATATAG	2	12	2730	2741	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	11496710
61	NC_001853	ATA	2	6	2789	2794	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	11496710
62	NC_001853	AAT	2	6	2844	2849	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	11496710
63	NC_001853	CAA	2	6	2862	2867	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	11496710
64	NC_001853	CTA	2	6	2903	2908	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	11496710
65	NC_001853	ATA	2	6	2919	2924	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	11496710
66	NC_001853	A	6	6	2954	2959	100 %	0 %	0 %	0 %	11496710
67	NC_001853	T	7	7	2961	2967	0 %	100 %	0 %	0 %	11496710
68	NC_001853	TTAA	2	8	3892	3899	50 %	50 %	0 %	0 %	11496712
69	NC_001853	AAT	2	6	3915	3920	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	11496712
70	NC_001853	TTA	2	6	3933	3938	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	11496712
71	NC_001853	TTC	2	6	3952	3957	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	11496712
72	NC_001853	T	6	6	3968	3973	0 %	100 %	0 %	0 %	11496712
73	NC_001853	TCT	2	6	4007	4012	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	11496712
74	NC_001853	ATTTTC	2	12	4048	4059	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	11496712
75	NC_001853	TTA	2	6	4103	4108	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	11496712
76	NC_001853	T	6	6	4196	4201	0 %	100 %	0 %	0 %	11496712
77	NC_001853	TCT	3	9	4235	4243	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	11496712
78	NC_001853	TCT	2	6	4306	4311	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	11496712
79	NC_001853	ATA	2	6	4349	4354	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	11496712
80	NC_001853	AAT	2	6	4355	4360	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	11496712
81	NC_001853	T	6	6	4360	4365	0 %	100 %	0 %	0 %	11496712
82	NC_001853	TA	4	8	4396	4403	50 %	50 %	0 %	0 %	11496712
83	NC_001853	TA	3	6	4482	4487	50 %	50 %	0 %	0 %	11496712
84	NC_001853	T	6	6	4491	4496	0 %	100 %	0 %	0 %	11496712
85	NC_001853	TATC	2	8	4545	4552	25 %	50 %	0 %	25 %	11496712
86	NC_001853	CTTT	2	8	4568	4575	0 %	75 %	0 %	25 %	11496712
87	NC_001853	A	6	6	4591	4596	100 %	0 %	0 %	0 %	11496712
88	NC_001853	TGA	2	6	4610	4615	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	11496712
89	NC_001853	ATT	2	6	4651	4656	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	11496712
90	NC_001853	AT	3	6	4712	4717	50 %	50 %	0 %	0 %	11496712
91	NC_001853	TTAA	2	8	4754	4761	50 %	50 %	0 %	0 %	11496712
92	NC_001853	AAT	2	6	4789	4794	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	11496712
93	NC_001853	T	6	6	4816	4821	0 %	100 %	0 %	0 %	11496712
94	NC_001853	TAATT	2	10	4837	4846	40 %	60 %	0 %	0 %	11496712
95	NC_001853	ATC	2	6	4858	4863	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	11496712
96	NC_001853	TAT	2	6	4866	4871	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	11496712
97	NC_001853	T	6	6	5013	5018	0 %	100 %	0 %	0 %	11496712
98	NC_001853	TAGT	2	8	5051	5058	25 %	50 %	25 %	0 %	11496712
99	NC_001853	AT	4	8	5061	5068	50 %	50 %	0 %	0 %	11496712
100	NC_001853	TTA	2	6	5142	5147	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	11496712
101	NC_001853	CAC	3	9	5190	5198	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	11496712
102	NC_001853	TTG	2	6	5231	5236	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	11496712
103	NC_001853	T	7	7	5252	5258	0 %	100 %	0 %	0 %	11496712
104	NC_001853	GAT	2	6	5283	5288	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	11496712
105	NC_001853	TTTAT	2	10	5312	5321	20 %	80 %	0 %	0 %	11496712
106	NC_001853	T	6	6	5394	5399	0 %	100 %	0 %	0 %	11496712
107	NC_001853	GGA	2	6	5405	5410	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	11496712
108	NC_001853	CTT	2	6	5433	5438	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	11496712
109	NC_001853	T	6	6	5508	5513	0 %	100 %	0 %	0 %	11496712
110	NC_001853	TTAA	2	8	5627	5634	50 %	50 %	0 %	0 %	11496712
111	NC_001853	ATT	2	6	5642	5647	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	11496712
112	NC_001853	TA	3	6	5659	5664	50 %	50 %	0 %	0 %	11496712
113	NC_001853	TTC	2	6	5671	5676	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	11496712
114	NC_001853	T	6	6	5742	5747	0 %	100 %	0 %	0 %	11496712
115	NC_001853	TCT	2	6	5756	5761	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	11496712
116	NC_001853	T	7	7	5787	5793	0 %	100 %	0 %	0 %	11496712
117	NC_001853	T	6	6	5822	5827	0 %	100 %	0 %	0 %	11496712
118	NC_001853	A	6	6	5836	5841	100 %	0 %	0 %	0 %	11496712
119	NC_001853	AG	3	6	5862	5867	50 %	0 %	50 %	0 %	11496712
120	NC_001853	ATG	2	6	5884	5889	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	11496712
121	NC_001853	AGC	2	6	5999	6004	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	11496712
122	NC_001853	CTC	2	6	6052	6057	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	11496712
123	NC_001853	CTTT	2	8	6059	6066	0 %	75 %	0 %	25 %	11496712
124	NC_001853	AAT	2	6	6070	6075	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	11496712
125	NC_001853	T	7	7	6097	6103	0 %	100 %	0 %	0 %	11496712
126	NC_001853	A	6	6	6167	6172	100 %	0 %	0 %	0 %	11496712
127	NC_001853	GCT	2	6	6231	6236	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	11496712
128	NC_001853	TGA	2	6	6244	6249	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	11496712
129	NC_001853	ATC	2	6	6271	6276	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	11496712
130	NC_001853	TTTC	2	8	6298	6305	0 %	75 %	0 %	25 %	11496712
131	NC_001853	CTT	2	6	6384	6389	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	11496712
132	NC_001853	CAA	2	6	6417	6422	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	11496712
133	NC_001853	AGT	2	6	6433	6438	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	11496712
134	NC_001853	T	6	6	6523	6528	0 %	100 %	0 %	0 %	11496712
135	NC_001853	T	7	7	6539	6545	0 %	100 %	0 %	0 %	11496712
136	NC_001853	TTC	2	6	6574	6579	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	11496712
137	NC_001853	ATT	2	6	6607	6612	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	11496712
138	NC_001853	TCC	2	6	6643	6648	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	11496712
139	NC_001853	TTA	2	6	6705	6710	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	11496712
140	NC_001853	T	7	7	6711	6717	0 %	100 %	0 %	0 %	11496712
141	NC_001853	T	6	6	6731	6736	0 %	100 %	0 %	0 %	11496712
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413	NC_001853	GATTC	2	10	27704	27713	20 %	40 %	20 %	20 %	11496701
414	NC_001853	GTA	2	6	27725	27730	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	11496701
415	NC_001853	AAAT	2	8	27753	27760	75 %	25 %	0 %	0 %	11496701
416	NC_001853	GAT	2	6	27774	27779	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	11496701
417	NC_001853	AGT	3	9	27801	27809	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	11496701
418	NC_001853	ATC	2	6	27810	27815	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	11496701
419	NC_001853	T	6	6	27836	27841	0 %	100 %	0 %	0 %	11496701
420	NC_001853	GTT	2	6	27867	27872	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	11496701
421	NC_001853	AAAT	2	8	27962	27969	75 %	25 %	0 %	0 %	11496701
422	NC_001853	T	6	6	28057	28062	0 %	100 %	0 %	0 %	11496701
423	NC_001853	TGAA	2	8	28077	28084	50 %	25 %	25 %	0 %	11496701
424	NC_001853	ATTAAT	2	12	28167	28178	50 %	50 %	0 %	0 %	11496701
425	NC_001853	T	7	7	28186	28192	0 %	100 %	0 %	0 %	11496701
426	NC_001853	ATATTA	2	12	28194	28205	50 %	50 %	0 %	0 %	11496701

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.