MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Borrelia afzelii PKo clone fragment a

Total Repeats: 286

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NT_167350	CTA	2	6	74	79	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	294679206
2	NT_167350	A	6	6	126	131	100 %	0 %	0 %	0 %	294679206
3	NT_167350	CTTA	2	8	135	142	25 %	50 %	0 %	25 %	294679206
4	NT_167350	ATT	2	6	258	263	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	294679206
5	NT_167350	AAT	2	6	290	295	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	294679206
6	NT_167350	ACT	2	6	354	359	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	294679206
7	NT_167350	AT	3	6	367	372	50 %	50 %	0 %	0 %	294679206
8	NT_167350	TAA	2	6	384	389	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	294679206
9	NT_167350	ACT	2	6	394	399	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	294679206
10	NT_167350	ATC	2	6	421	426	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	294679206
11	NT_167350	A	7	7	456	462	100 %	0 %	0 %	0 %	294679206
12	NT_167350	AAT	2	6	494	499	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	294679207
13	NT_167350	TCT	2	6	506	511	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	294679207
14	NT_167350	AAAC	2	8	558	565	75 %	0 %	0 %	25 %	294679207
15	NT_167350	ATT	2	6	577	582	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	294679207
16	NT_167350	TTC	2	6	583	588	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	294679207
17	NT_167350	TA	3	6	589	594	50 %	50 %	0 %	0 %	294679207
18	NT_167350	T	6	6	596	601	0 %	100 %	0 %	0 %	294679207
19	NT_167350	AATA	2	8	609	616	75 %	25 %	0 %	0 %	294679207
20	NT_167350	AAT	2	6	661	666	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	294679207
21	NT_167350	CTATTC	2	12	696	707	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	294679207
22	NT_167350	TCC	2	6	718	723	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	294679207
23	NT_167350	AT	3	6	728	733	50 %	50 %	0 %	0 %	294679207
24	NT_167350	T	6	6	743	748	0 %	100 %	0 %	0 %	294679207
25	NT_167350	TAA	2	6	835	840	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	294679207
26	NT_167350	TATAT	2	10	898	907	40 %	60 %	0 %	0 %	294679207
27	NT_167350	TTTC	2	8	930	937	0 %	75 %	0 %	25 %	294679207
28	NT_167350	AGT	2	6	1015	1020	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	294679207
29	NT_167350	ACC	2	6	1024	1029	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	294679207
30	NT_167350	AT	3	6	1080	1085	50 %	50 %	0 %	0 %	294679207
31	NT_167350	TTTG	2	8	1087	1094	0 %	75 %	25 %	0 %	294679207
32	NT_167350	TTA	2	6	1127	1132	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	294679207
33	NT_167350	CTTAA	2	10	1165	1174	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NT_167350	AAAG	2	8	1184	1191	75 %	0 %	25 %	0 %	294679208
35	NT_167350	CTTT	2	8	1198	1205	0 %	75 %	0 %	25 %	294679208
36	NT_167350	A	6	6	1305	1310	100 %	0 %	0 %	0 %	294679208
37	NT_167350	CTT	2	6	1360	1365	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	294679208
38	NT_167350	ATA	2	6	1379	1384	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	294679208
39	NT_167350	CAAA	2	8	1390	1397	75 %	0 %	0 %	25 %	294679208
40	NT_167350	CTA	2	6	1401	1406	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NT_167350	ATA	2	6	1479	1484	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	294679209
42	NT_167350	GAA	2	6	1536	1541	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	294679209
43	NT_167350	TTA	2	6	1549	1554	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	294679209
44	NT_167350	AAT	2	6	1585	1590	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	294679209
45	NT_167350	ATACT	2	10	1623	1632	40 %	40 %	0 %	20 %	294679209
46	NT_167350	TTA	2	6	1650	1655	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	294679209
47	NT_167350	CAT	2	6	1678	1683	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	294679209
48	NT_167350	A	6	6	1705	1710	100 %	0 %	0 %	0 %	294679209
49	NT_167350	AAT	2	6	1732	1737	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	294679209
50	NT_167350	ACT	2	6	1748	1753	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	294679209
51	NT_167350	AGA	2	6	1796	1801	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	294679209
52	NT_167350	A	6	6	1824	1829	100 %	0 %	0 %	0 %	294679209
53	NT_167350	AAT	3	9	1849	1857	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	294679209
54	NT_167350	T	6	6	1876	1881	0 %	100 %	0 %	0 %	294679209
55	NT_167350	TA	3	6	1883	1888	50 %	50 %	0 %	0 %	294679209
56	NT_167350	CAT	3	9	1897	1905	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	294679209
57	NT_167350	AAAT	2	8	1913	1920	75 %	25 %	0 %	0 %	294679209
58	NT_167350	A	6	6	1931	1936	100 %	0 %	0 %	0 %	294679209
59	NT_167350	CAA	2	6	1940	1945	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	294679209
60	NT_167350	A	6	6	1979	1984	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NT_167350	ATT	2	6	2012	2017	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	294679210
62	NT_167350	AT	3	6	2056	2061	50 %	50 %	0 %	0 %	294679210
63	NT_167350	T	6	6	2081	2086	0 %	100 %	0 %	0 %	294679210
64	NT_167350	T	6	6	2099	2104	0 %	100 %	0 %	0 %	294679210
65	NT_167350	CTCC	2	8	2211	2218	0 %	25 %	0 %	75 %	294679210
66	NT_167350	TAAT	2	8	2299	2306	50 %	50 %	0 %	0 %	294679210
67	NT_167350	C	6	6	2346	2351	0 %	0 %	0 %	100 %	294679210
68	NT_167350	AT	3	6	2352	2357	50 %	50 %	0 %	0 %	294679210
69	NT_167350	A	6	6	2429	2434	100 %	0 %	0 %	0 %	294679210
70	NT_167350	GAA	2	6	2439	2444	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	294679210
71	NT_167350	T	6	6	2463	2468	0 %	100 %	0 %	0 %	294679210
72	NT_167350	T	6	6	2565	2570	0 %	100 %	0 %	0 %	294679210
73	NT_167350	T	6	6	2594	2599	0 %	100 %	0 %	0 %	294679210
74	NT_167350	TA	3	6	2621	2626	50 %	50 %	0 %	0 %	294679210
75	NT_167350	TA	3	6	2633	2638	50 %	50 %	0 %	0 %	294679210
76	NT_167350	TTA	3	9	2664	2672	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	294679210
77	NT_167350	AAT	2	6	2680	2685	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	294679210
78	NT_167350	ATT	2	6	2699	2704	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	294679210
79	NT_167350	A	6	6	2742	2747	100 %	0 %	0 %	0 %	294679210
80	NT_167350	A	6	6	2765	2770	100 %	0 %	0 %	0 %	294679210
81	NT_167350	A	7	7	2779	2785	100 %	0 %	0 %	0 %	294679210
82	NT_167350	ACC	2	6	2803	2808	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
83	NT_167350	AATA	2	8	2828	2835	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NT_167350	A	7	7	2857	2863	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NT_167350	ATT	2	6	2868	2873	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NT_167350	TAA	2	6	2875	2880	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NT_167350	TAA	2	6	2885	2890	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NT_167350	TA	3	6	2912	2917	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NT_167350	A	6	6	2920	2925	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NT_167350	T	6	6	2961	2966	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NT_167350	TA	4	8	2980	2987	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NT_167350	AGA	2	6	3059	3064	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NT_167350	CAT	2	6	3136	3141	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	294679211
94	NT_167350	ATC	2	6	3151	3156	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	294679211
95	NT_167350	ATT	2	6	3178	3183	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	294679211
96	NT_167350	AAT	2	6	3196	3201	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	294679211
97	NT_167350	AAC	2	6	3239	3244	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	294679211
98	NT_167350	CTC	2	6	3274	3279	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	294679211
99	NT_167350	TCA	2	6	3291	3296	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	294679211
100	NT_167350	T	6	6	3318	3323	0 %	100 %	0 %	0 %	294679211
101	NT_167350	AAT	2	6	3351	3356	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	294679211
102	NT_167350	TTA	2	6	3441	3446	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	294679211
103	NT_167350	TTC	2	6	3480	3485	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	294679211
104	NT_167350	ATT	2	6	3541	3546	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	294679211
105	NT_167350	ATT	2	6	3605	3610	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	294679211
106	NT_167350	TAA	2	6	3627	3632	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	294679211
107	NT_167350	ATT	2	6	3638	3643	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	294679211
108	NT_167350	CTT	2	6	3666	3671	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	294679211
109	NT_167350	T	6	6	3674	3679	0 %	100 %	0 %	0 %	294679211
110	NT_167350	TTC	2	6	3706	3711	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	294679211
111	NT_167350	TCT	2	6	3749	3754	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	294679211
112	NT_167350	A	6	6	3791	3796	100 %	0 %	0 %	0 %	294679211
113	NT_167350	ATT	2	6	3800	3805	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	294679211
114	NT_167350	ATAA	2	8	3806	3813	75 %	25 %	0 %	0 %	294679211
115	NT_167350	ATT	2	6	3814	3819	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	294679211
116	NT_167350	T	8	8	3818	3825	0 %	100 %	0 %	0 %	294679211
117	NT_167350	ATT	2	6	3841	3846	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NT_167350	AATTAA	2	12	3852	3863	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NT_167350	TA	4	8	3864	3871	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NT_167350	A	7	7	3910	3916	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NT_167350	TAA	2	6	3954	3959	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NT_167350	AAT	2	6	3966	3971	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NT_167350	ATT	3	9	3975	3983	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NT_167350	TAA	2	6	3984	3989	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NT_167350	TTAA	2	8	4005	4012	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NT_167350	TTAA	2	8	4034	4041	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NT_167350	CAA	2	6	4137	4142	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
128	NT_167350	TA	3	6	4144	4149	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NT_167350	T	6	6	4162	4167	0 %	100 %	0 %	0 %	294679212
130	NT_167350	TTC	2	6	4175	4180	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	294679212
131	NT_167350	T	6	6	4202	4207	0 %	100 %	0 %	0 %	294679212
132	NT_167350	A	7	7	4212	4218	100 %	0 %	0 %	0 %	294679212
133	NT_167350	T	8	8	4251	4258	0 %	100 %	0 %	0 %	294679212
134	NT_167350	A	7	7	4261	4267	100 %	0 %	0 %	0 %	294679212
135	NT_167350	T	6	6	4305	4310	0 %	100 %	0 %	0 %	294679212
136	NT_167350	T	6	6	4326	4331	0 %	100 %	0 %	0 %	294679212
137	NT_167350	T	6	6	4605	4610	0 %	100 %	0 %	0 %	294679212
138	NT_167350	TCTT	2	8	4622	4629	0 %	75 %	0 %	25 %	294679212
139	NT_167350	ATC	2	6	4631	4636	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	294679212
140	NT_167350	ATGA	2	8	4639	4646	50 %	25 %	25 %	0 %	294679212
141	NT_167350	ATT	2	6	4652	4657	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	294679212
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143	NT_167350	T	8	8	4722	4729	0 %	100 %	0 %	0 %	294679212
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278	NT_167350	CAG	2	6	8382	8387	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	294679219
279	NT_167350	CAA	2	6	8391	8396	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	294679219
280	NT_167350	AGC	2	6	8458	8463	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	294679219
281	NT_167350	ACC	3	9	8488	8496	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	294679219
282	NT_167350	AGC	2	6	8503	8508	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	294679219
283	NT_167350	AGC	2	6	8515	8520	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	294679219
284	NT_167350	ATC	2	6	8525	8530	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	294679219
285	NT_167350	TCT	2	6	8531	8536	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
286	NT_167350	TCA	2	6	8552	8557	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.