MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Borrelia crocidurae str. Achema plasmid unnamed

Total Repeats: 408

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017822	CAA	2	6	129	134	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386859016
2	NC_017822	AAT	2	6	217	222	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386859016
3	NC_017822	TATC	2	8	255	262	25 %	50 %	0 %	25 %	386859016
4	NC_017822	TTA	2	6	263	268	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386859016
5	NC_017822	TAG	2	6	354	359	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386859016
6	NC_017822	ATC	2	6	391	396	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386859016
7	NC_017822	TC	3	6	402	407	0 %	50 %	0 %	50 %	386859016
8	NC_017822	ATT	2	6	502	507	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017822	AAT	2	6	512	517	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017822	AAT	2	6	566	571	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386859017
11	NC_017822	CAT	3	9	614	622	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386859017
12	NC_017822	AATA	2	8	647	654	75 %	25 %	0 %	0 %	386859017
13	NC_017822	ACT	2	6	672	677	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386859017
14	NC_017822	TAA	2	6	684	689	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386859017
15	NC_017822	TAA	2	6	717	722	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386859017
16	NC_017822	TTG	2	6	758	763	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386859017
17	NC_017822	ATAA	2	8	831	838	75 %	25 %	0 %	0 %	386859017
18	NC_017822	CAG	2	6	839	844	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386859017
19	NC_017822	CAC	2	6	884	889	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386859017
20	NC_017822	ATG	2	6	926	931	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386859017
21	NC_017822	ATT	2	6	1038	1043	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386859017
22	NC_017822	AATA	2	8	1090	1097	75 %	25 %	0 %	0 %	386859017
23	NC_017822	T	8	8	1145	1152	0 %	100 %	0 %	0 %	386859018
24	NC_017822	ATT	2	6	1154	1159	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386859018
25	NC_017822	GTT	2	6	1186	1191	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386859018
26	NC_017822	CAA	2	6	1228	1233	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386859018
27	NC_017822	CTA	2	6	1234	1239	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386859018
28	NC_017822	AT	4	8	1322	1329	50 %	50 %	0 %	0 %	386859018
29	NC_017822	TTTAA	2	10	1385	1394	40 %	60 %	0 %	0 %	386859019
30	NC_017822	T	7	7	1419	1425	0 %	100 %	0 %	0 %	386859019
31	NC_017822	TCA	2	6	1448	1453	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386859019
32	NC_017822	TTA	3	9	1466	1474	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386859019
33	NC_017822	TAC	2	6	1645	1650	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386859020
34	NC_017822	ATT	2	6	1688	1693	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386859020
35	NC_017822	TTC	2	6	1700	1705	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386859020
36	NC_017822	ATT	2	6	1736	1741	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386859020
37	NC_017822	TACA	2	8	1774	1781	50 %	25 %	0 %	25 %	386859020
38	NC_017822	TTAA	2	8	1835	1842	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017822	AATT	2	8	1913	1920	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017822	CAA	2	6	1965	1970	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_017822	AAT	2	6	1999	2004	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017822	TA	3	6	2008	2013	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017822	GAG	2	6	2042	2047	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017822	N	323	323	2076	2398	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017822	TAC	2	6	2409	2414	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_017822	AGT	2	6	2420	2425	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386859021
47	NC_017822	ATA	2	6	2436	2441	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386859021
48	NC_017822	AAC	2	6	2484	2489	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386859021
49	NC_017822	A	6	6	2502	2507	100 %	0 %	0 %	0 %	386859021
50	NC_017822	GAA	2	6	2513	2518	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386859021
51	NC_017822	GA	3	6	2524	2529	50 %	0 %	50 %	0 %	386859021
52	NC_017822	A	6	6	2549	2554	100 %	0 %	0 %	0 %	386859021
53	NC_017822	T	6	6	2563	2568	0 %	100 %	0 %	0 %	386859021
54	NC_017822	AAG	2	6	2571	2576	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386859021
55	NC_017822	TAAAA	2	10	2626	2635	80 %	20 %	0 %	0 %	386859021
56	NC_017822	A	8	8	2696	2703	100 %	0 %	0 %	0 %	386859021
57	NC_017822	AGT	2	6	2716	2721	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386859021
58	NC_017822	CAAT	2	8	2788	2795	50 %	25 %	0 %	25 %	386859021
59	NC_017822	A	7	7	2839	2845	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017822	ATAAA	2	10	2875	2884	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017822	A	8	8	2892	2899	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017822	A	8	8	2950	2957	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017822	GAAA	2	8	2959	2966	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017822	TC	3	6	2969	2974	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
65	NC_017822	TAAAA	2	10	2995	3004	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017822	AGAA	2	8	3008	3015	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017822	CA	3	6	3133	3138	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
68	NC_017822	AT	3	6	3145	3150	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017822	AAGA	2	8	3320	3327	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017822	ATT	2	6	3328	3333	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017822	CTAAAT	2	12	3351	3362	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_017822	TTTA	2	8	3378	3385	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017822	T	6	6	3458	3463	0 %	100 %	0 %	0 %	386859022
74	NC_017822	GCT	2	6	3515	3520	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386859022
75	NC_017822	CCTT	2	8	3548	3555	0 %	50 %	0 %	50 %	386859022
76	NC_017822	CTT	2	6	3620	3625	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386859023
77	NC_017822	T	6	6	3633	3638	0 %	100 %	0 %	0 %	386859023
78	NC_017822	ATC	2	6	3639	3644	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386859023
79	NC_017822	AGC	2	6	3654	3659	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386859023
80	NC_017822	TGC	2	6	3669	3674	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386859023
81	NC_017822	CAA	2	6	3701	3706	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386859023
82	NC_017822	AT	3	6	3734	3739	50 %	50 %	0 %	0 %	386859023
83	NC_017822	TTG	2	6	3763	3768	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386859024
84	NC_017822	GCT	2	6	3777	3782	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386859024
85	NC_017822	T	6	6	3885	3890	0 %	100 %	0 %	0 %	386859024
86	NC_017822	ACT	2	6	3894	3899	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386859024
87	NC_017822	TGC	2	6	3957	3962	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386859024
88	NC_017822	CAG	2	6	3971	3976	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386859025
89	NC_017822	CAC	2	6	3998	4003	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386859025
90	NC_017822	CTT	2	6	4022	4027	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386859025
91	NC_017822	AGT	2	6	4038	4043	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386859025
92	NC_017822	ACC	2	6	4053	4058	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386859025
93	NC_017822	TGC	2	6	4089	4094	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386859025
94	NC_017822	CACT	2	8	4157	4164	25 %	25 %	0 %	50 %	386859025
95	NC_017822	TCT	2	6	4201	4206	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_017822	T	7	7	4244	4250	0 %	100 %	0 %	0 %	386859026
97	NC_017822	TCA	2	6	4258	4263	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386859026
98	NC_017822	CTA	2	6	4319	4324	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386859026
99	NC_017822	CAG	2	6	4385	4390	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386859026
100	NC_017822	GCT	2	6	4438	4443	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386859026
101	NC_017822	CTA	2	6	4457	4462	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386859026
102	NC_017822	TAA	2	6	4481	4486	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386859026
103	NC_017822	CTT	2	6	4499	4504	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386859026
104	NC_017822	TAG	2	6	4568	4573	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386859026
105	NC_017822	ACT	2	6	4736	4741	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386859027
106	NC_017822	CAT	2	6	4748	4753	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386859027
107	NC_017822	CTT	2	6	4773	4778	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_017822	TC	4	8	4789	4796	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
109	NC_017822	CT	4	8	4797	4804	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
110	NC_017822	T	6	6	4804	4809	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017822	ATC	2	6	4820	4825	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_017822	A	7	7	4841	4847	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017822	GA	3	6	4848	4853	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017822	TTC	2	6	4953	4958	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386859028
115	NC_017822	T	6	6	4965	4970	0 %	100 %	0 %	0 %	386859028
116	NC_017822	TCT	2	6	5014	5019	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386859028
117	NC_017822	TAT	2	6	5046	5051	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386859028
118	NC_017822	CCG	2	6	5054	5059	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386859028
119	NC_017822	TAT	2	6	5072	5077	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386859028
120	NC_017822	ACC	2	6	5082	5087	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386859028
121	NC_017822	ATT	2	6	5088	5093	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386859028
122	NC_017822	TGC	2	6	5094	5099	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386859028
123	NC_017822	TCC	2	6	5136	5141	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
124	NC_017822	AAC	2	6	5243	5248	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_017822	TCT	2	6	5253	5258	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_017822	ATCTC	2	10	5283	5292	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
127	NC_017822	TGC	2	6	5311	5316	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_017822	T	6	6	5369	5374	0 %	100 %	0 %	0 %	386859029
129	NC_017822	CAT	2	6	5376	5381	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386859029
130	NC_017822	TAT	2	6	5389	5394	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386859029
131	NC_017822	CTTT	2	8	5417	5424	0 %	75 %	0 %	25 %	386859029
132	NC_017822	TA	3	6	5478	5483	50 %	50 %	0 %	0 %	386859029
133	NC_017822	CTTT	2	8	5484	5491	0 %	75 %	0 %	25 %	386859029
134	NC_017822	T	8	8	5515	5522	0 %	100 %	0 %	0 %	386859029
135	NC_017822	TTTA	2	8	5572	5579	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017822	ATA	2	6	5596	5601	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017822	ATA	2	6	5647	5652	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017822	A	6	6	5658	5663	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017822	A	7	7	5667	5673	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017822	AATT	2	8	5690	5697	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017822	TA	3	6	5734	5739	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017822	AAAGAT	2	12	5752	5763	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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286	NC_017822	ATT	2	6	12334	12339	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.