MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Borrelia crocidurae str. Achema plasmid unnamed

Total Repeats: 207

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017779	T	7	7	26	32	0 %	100 %	0 %	0 %	386858653
2	NC_017779	AGA	2	6	36	41	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386858653
3	NC_017779	GTATTT	2	12	64	75	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386858653
4	NC_017779	TTG	2	6	84	89	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386858653
5	NC_017779	AGAAT	2	10	127	136	60 %	20 %	20 %	0 %	386858653
6	NC_017779	ATT	2	6	153	158	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858653
7	NC_017779	ATC	2	6	204	209	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858653
8	NC_017779	GTTT	2	8	232	239	0 %	75 %	25 %	0 %	386858653
9	NC_017779	ATT	2	6	243	248	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858653
10	NC_017779	T	8	8	247	254	0 %	100 %	0 %	0 %	386858653
11	NC_017779	GAG	2	6	272	277	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386858653
12	NC_017779	GTT	2	6	307	312	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386858653
13	NC_017779	GAA	2	6	315	320	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386858653
14	NC_017779	TCT	2	6	382	387	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858653
15	NC_017779	ATC	2	6	426	431	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858653
16	NC_017779	ACA	2	6	439	444	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386858653
17	NC_017779	TCT	2	6	448	453	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858653
18	NC_017779	TA	5	10	492	501	50 %	50 %	0 %	0 %	386858654
19	NC_017779	T	6	6	546	551	0 %	100 %	0 %	0 %	386858654
20	NC_017779	T	7	7	653	659	0 %	100 %	0 %	0 %	386858654
21	NC_017779	ATA	2	6	700	705	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386858654
22	NC_017779	T	6	6	798	803	0 %	100 %	0 %	0 %	386858654
23	NC_017779	TA	3	6	822	827	50 %	50 %	0 %	0 %	386858654
24	NC_017779	T	6	6	883	888	0 %	100 %	0 %	0 %	386858654
25	NC_017779	AT	3	6	891	896	50 %	50 %	0 %	0 %	386858654
26	NC_017779	T	7	7	948	954	0 %	100 %	0 %	0 %	386858654
27	NC_017779	ATT	2	6	1000	1005	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858654
28	NC_017779	ATT	2	6	1033	1038	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858654
29	NC_017779	T	6	6	1037	1042	0 %	100 %	0 %	0 %	386858654
30	NC_017779	GAA	2	6	1058	1063	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386858654
31	NC_017779	AAG	2	6	1064	1069	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386858654
32	NC_017779	GT	3	6	1085	1090	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017779	ATG	2	6	1097	1102	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386858655
34	NC_017779	AAT	2	6	1110	1115	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386858655
35	NC_017779	CAG	2	6	1124	1129	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386858655
36	NC_017779	ACT	2	6	1191	1196	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858655
37	NC_017779	A	7	7	1287	1293	100 %	0 %	0 %	0 %	386858655
38	NC_017779	T	8	8	1333	1340	0 %	100 %	0 %	0 %	386858655
39	NC_017779	T	6	6	1466	1471	0 %	100 %	0 %	0 %	386858655
40	NC_017779	GTT	2	6	1473	1478	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386858655
41	NC_017779	GTT	2	6	1596	1601	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386858655
42	NC_017779	CAT	2	6	1602	1607	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858655
43	NC_017779	TCT	2	6	1612	1617	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858655
44	NC_017779	ATA	2	6	1685	1690	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386858655
45	NC_017779	T	6	6	1738	1743	0 %	100 %	0 %	0 %	386858655
46	NC_017779	TTGC	2	8	1745	1752	0 %	50 %	25 %	25 %	386858655
47	NC_017779	AAT	2	6	1839	1844	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386858655
48	NC_017779	ATC	2	6	1863	1868	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858655
49	NC_017779	AT	3	6	2029	2034	50 %	50 %	0 %	0 %	386858656
50	NC_017779	TAT	2	6	2042	2047	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858656
51	NC_017779	AT	3	6	2143	2148	50 %	50 %	0 %	0 %	386858656
52	NC_017779	AAT	2	6	2152	2157	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386858656
53	NC_017779	GTAA	2	8	2173	2180	50 %	25 %	25 %	0 %	386858656
54	NC_017779	AAT	2	6	2214	2219	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386858656
55	NC_017779	TTTGT	2	10	2395	2404	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017779	CTT	2	6	2481	2486	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_017779	TAT	3	9	2508	2516	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017779	T	6	6	2534	2539	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017779	N	405	405	2540	2944	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017779	GTT	2	6	2972	2977	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017779	CTT	2	6	3031	3036	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_017779	AT	3	6	3058	3063	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017779	CTT	2	6	3112	3117	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_017779	TTTATC	2	12	3206	3217	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_017779	ATT	2	6	3221	3226	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017779	ATT	2	6	3254	3259	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858657
67	NC_017779	CTC	2	6	3268	3273	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386858657
68	NC_017779	ATC	2	6	3295	3300	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858657
69	NC_017779	TAC	2	6	3327	3332	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858657
70	NC_017779	ATT	2	6	3334	3339	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858657
71	NC_017779	GTT	2	6	3365	3370	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386858657
72	NC_017779	AACT	2	8	3399	3406	50 %	25 %	0 %	25 %	386858657
73	NC_017779	GTA	2	6	3463	3468	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386858657
74	NC_017779	AGT	2	6	3475	3480	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386858657
75	NC_017779	ATATTT	2	12	3554	3565	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858657
76	NC_017779	TTC	2	6	3598	3603	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858657
77	NC_017779	ATT	2	6	3698	3703	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858657
78	NC_017779	TCT	2	6	3713	3718	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858657
79	NC_017779	TTTAA	2	10	3722	3731	40 %	60 %	0 %	0 %	386858657
80	NC_017779	T	6	6	3742	3747	0 %	100 %	0 %	0 %	386858657
81	NC_017779	T	6	6	3804	3809	0 %	100 %	0 %	0 %	386858657
82	NC_017779	TCT	2	6	3884	3889	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858657
83	NC_017779	ATA	2	6	3919	3924	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386858657
84	NC_017779	GTA	2	6	3949	3954	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386858657
85	NC_017779	AGGT	2	8	4000	4007	25 %	25 %	50 %	0 %	386858657
86	NC_017779	TA	3	6	4008	4013	50 %	50 %	0 %	0 %	386858657
87	NC_017779	ATA	2	6	4037	4042	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386858657
88	NC_017779	AT	3	6	4112	4117	50 %	50 %	0 %	0 %	386858657
89	NC_017779	TCT	2	6	4127	4132	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858657
90	NC_017779	AT	3	6	4147	4152	50 %	50 %	0 %	0 %	386858657
91	NC_017779	AGAAT	2	10	4174	4183	60 %	20 %	20 %	0 %	386858657
92	NC_017779	TAT	2	6	4204	4209	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858657
93	NC_017779	T	6	6	4215	4220	0 %	100 %	0 %	0 %	386858657
94	NC_017779	AAG	4	12	4254	4265	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386858658
95	NC_017779	AACTTC	2	12	4303	4314	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858658
96	NC_017779	TAA	2	6	4338	4343	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386858658
97	NC_017779	TGA	2	6	4350	4355	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386858658
98	NC_017779	ATGT	2	8	4666	4673	25 %	50 %	25 %	0 %	386858658
99	NC_017779	TAT	2	6	4768	4773	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858658
100	NC_017779	AG	3	6	4785	4790	50 %	0 %	50 %	0 %	386858658
101	NC_017779	TTA	2	6	4800	4805	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858658
102	NC_017779	TTTA	2	8	4813	4820	25 %	75 %	0 %	0 %	386858658
103	NC_017779	TCTT	2	8	4831	4838	0 %	75 %	0 %	25 %	386858658
104	NC_017779	TTC	2	6	4846	4851	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858658
105	NC_017779	T	6	6	4856	4861	0 %	100 %	0 %	0 %	386858658
106	NC_017779	ATT	2	6	4862	4867	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858658
107	NC_017779	ATT	2	6	4893	4898	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858658
108	NC_017779	ATCC	2	8	4916	4923	25 %	25 %	0 %	50 %	386858659
109	NC_017779	T	7	7	4932	4938	0 %	100 %	0 %	0 %	386858659
110	NC_017779	TAG	2	6	4944	4949	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386858659
111	NC_017779	TGAC	2	8	4989	4996	25 %	25 %	25 %	25 %	386858659
112	NC_017779	TGT	2	6	5026	5031	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386858659
113	NC_017779	CTA	2	6	5091	5096	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858659
114	NC_017779	TCT	2	6	5123	5128	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858659
115	NC_017779	ATG	2	6	5138	5143	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386858659
116	NC_017779	TCT	2	6	5153	5158	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386858659
117	NC_017779	CAG	2	6	5187	5192	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386858659
118	NC_017779	GAAT	2	8	5213	5220	50 %	25 %	25 %	0 %	386858659
119	NC_017779	AAG	2	6	5227	5232	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386858659
120	NC_017779	TTA	2	6	5256	5261	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386858659
121	NC_017779	TAA	2	6	5272	5277	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386858659
122	NC_017779	TC	3	6	5327	5332	0 %	50 %	0 %	50 %	386858659
123	NC_017779	CAT	2	6	5469	5474	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858659
124	NC_017779	TGA	2	6	5490	5495	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386858659
125	NC_017779	TC	3	6	5533	5538	0 %	50 %	0 %	50 %	386858659
126	NC_017779	T	6	6	5560	5565	0 %	100 %	0 %	0 %	386858659
127	NC_017779	T	6	6	5623	5628	0 %	100 %	0 %	0 %	386858659
128	NC_017779	TCA	2	6	5639	5644	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386858659
129	NC_017779	CAAA	2	8	5666	5673	75 %	0 %	0 %	25 %	386858659
130	NC_017779	ACC	2	6	5683	5688	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386858659
131	NC_017779	AGA	2	6	5707	5712	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386858659
132	NC_017779	TGT	2	6	5762	5767	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386858659
133	NC_017779	T	7	7	5842	5848	0 %	100 %	0 %	0 %	386858659
134	NC_017779	T	9	9	5917	5925	0 %	100 %	0 %	0 %	386858659
135	NC_017779	T	7	7	6026	6032	0 %	100 %	0 %	0 %	386858660
136	NC_017779	TTTG	2	8	6072	6079	0 %	75 %	25 %	0 %	386858660
137	NC_017779	T	9	9	6121	6129	0 %	100 %	0 %	0 %	386858660
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139	NC_017779	GTTT	3	12	6162	6173	0 %	75 %	25 %	0 %	386858660
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.