MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Acidithiobacillus caldus SM-1 plasmid pLAtc2

Total Repeats: 123

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015853	GCC	2	6	74	79	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_015853	GCC	2	6	89	94	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
3	NC_015853	GAT	2	6	170	175	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015853	GGA	2	6	190	195	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015853	GAA	2	6	266	271	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015853	TGG	2	6	282	287	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015853	GGC	2	6	295	300	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_015853	TGG	2	6	312	317	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015853	TGC	2	6	333	338	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_015853	GAG	2	6	535	540	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015853	GCC	2	6	559	564	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
12	NC_015853	GACCGA	2	12	577	588	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_015853	GTG	2	6	596	601	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015853	AGA	2	6	610	615	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_015853	CCA	2	6	628	633	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
16	NC_015853	AGG	2	6	898	903	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_015853	A	6	6	1097	1102	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015853	TAC	2	6	1124	1129	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_015853	ACC	2	6	1134	1139	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
20	NC_015853	CGG	2	6	1176	1181	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_015853	GTG	2	6	1199	1204	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_015853	TCC	2	6	1711	1716	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
23	NC_015853	CAGG	2	8	1758	1765	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
24	NC_015853	TGGT	2	8	1769	1776	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015853	CTGGG	2	10	1785	1794	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
26	NC_015853	GCT	2	6	1874	1879	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_015853	CGG	2	6	1942	1947	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_015853	GGT	2	6	1991	1996	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015853	GCT	2	6	1997	2002	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_015853	CTT	2	6	2030	2035	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_015853	TGC	2	6	2072	2077	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_015853	GC	3	6	2079	2084	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
33	NC_015853	TCT	2	6	2140	2145	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_015853	T	6	6	2155	2160	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015853	GCG	2	6	2220	2225	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_015853	AAAG	2	8	2233	2240	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_015853	CAT	2	6	2271	2276	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_015853	TCC	2	6	2671	2676	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
39	NC_015853	CGA	2	6	2711	2716	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_015853	GGC	2	6	2748	2753	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_015853	CTG	2	6	2849	2854	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_015853	ATC	2	6	3294	3299	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_015853	CAAAG	2	10	3318	3327	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_015853	GC	3	6	3328	3333	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
45	NC_015853	CG	3	6	3361	3366	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
46	NC_015853	AGG	2	6	3392	3397	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015853	A	6	6	6168	6173	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015853	TGT	2	6	6175	6180	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015853	T	6	6	6180	6185	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_015853	ACAA	2	8	6194	6201	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
51	NC_015853	CGC	2	6	6822	6827	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
52	NC_015853	TCG	2	6	6915	6920	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_015853	A	6	6	6931	6936	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_015853	AT	3	6	6951	6956	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_015853	AT	3	6	6971	6976	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015853	CCTG	2	8	7018	7025	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
57	NC_015853	ATT	2	6	7085	7090	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_015853	GAA	2	6	7121	7126	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015853	ACC	2	6	7128	7133	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
60	NC_015853	GGTA	2	8	7163	7170	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
61	NC_015853	TGGTC	2	10	7175	7184	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
62	NC_015853	CTG	2	6	7220	7225	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_015853	TGC	3	9	7248	7256	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_015853	ATG	2	6	7527	7532	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_015853	T	6	6	7572	7577	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_015853	T	7	7	7703	7709	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_015853	CAG	2	6	7728	7733	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_015853	T	7	7	7736	7742	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015853	T	8	8	7789	7796	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_015853	AATA	2	8	7832	7839	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_015853	TAT	2	6	7952	7957	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015853	AT	3	6	7956	7961	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_015853	TAA	2	6	7988	7993	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_015853	ACA	2	6	8023	8028	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_015853	T	7	7	8055	8061	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_015853	AT	3	6	8069	8074	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_015853	ACC	2	6	8082	8087	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
78	NC_015853	TTTTC	2	10	8132	8141	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_015853	TCTA	2	8	8151	8158	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
80	NC_015853	CCG	2	6	8161	8166	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
81	NC_015853	GCT	2	6	8190	8195	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_015853	CTC	3	9	9638	9646	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
83	NC_015853	ATC	2	6	9648	9653	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_015853	TGC	2	6	9668	9673	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_015853	CAC	2	6	9705	9710	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
86	NC_015853	GAA	2	6	9721	9726	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_015853	ACA	2	6	9728	9733	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_015853	AGG	2	6	9812	9817	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_015853	CCG	2	6	9901	9906	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
90	NC_015853	CGG	2	6	9911	9916	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_015853	GGA	2	6	9917	9922	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_015853	GAT	2	6	9968	9973	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_015853	TCG	2	6	9979	9984	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_015853	GTG	2	6	9991	9996	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_015853	ACCG	2	8	10029	10036	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
96	NC_015853	TCGAT	2	10	10123	10132	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_015853	TTC	2	6	10794	10799	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_015853	C	10	10	12794	12803	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
99	NC_015853	C	10	10	12818	12827	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
100	NC_015853	C	10	10	12851	12860	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
101	NC_015853	C	10	10	12875	12884	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
102	NC_015853	CGT	2	6	12987	12992	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_015853	CCAA	2	8	13169	13176	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
104	NC_015853	AG	4	8	13182	13189	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
105	NC_015853	GGT	2	6	13225	13230	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_015853	TG	3	6	13249	13254	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
107	NC_015853	GA	3	6	13281	13286	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
108	NC_015853	TGC	2	6	13288	13293	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_015853	TGTT	2	8	13305	13312	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
110	NC_015853	TTTTCC	2	12	13337	13348	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_015853	CT	3	6	13382	13387	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
112	NC_015853	TAT	2	6	13396	13401	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_015853	T	6	6	13428	13433	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_015853	GT	3	6	13525	13530	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
115	NC_015853	GT	3	6	13574	13579	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
116	NC_015853	GGGGT	2	10	13643	13652	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
117	NC_015853	GGC	2	6	13702	13707	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_015853	TGG	2	6	13710	13715	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_015853	GTG	2	6	13716	13721	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_015853	TGC	2	6	13775	13780	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_015853	TGG	2	6	13838	13843	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
122	NC_015853	GCC	2	6	14028	14033	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
123	NC_015853	ACG	2	6	14067	14072	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.