MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Aliivibrio salmonicida LFI1238 plasmid pVSAL320

Total Repeats: 209

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011314	CTA	2	6	37	42	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_011314	CTA	2	6	79	84	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_011314	CT	3	6	386	391	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
4	NC_011314	TAG	2	6	1168	1173	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_011314	ACA	2	6	1179	1184	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_011314	GGTTA	2	10	1186	1195	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_011314	ATT	2	6	1262	1267	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_011314	TCA	2	6	1344	1349	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_011314	GTA	2	6	1362	1367	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_011314	T	6	6	2645	2650	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_011314	AAAT	2	8	2657	2664	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_011314	ATTTTT	2	12	2685	2696	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_011314	AATT	2	8	2707	2714	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_011314	AAC	2	6	2736	2741	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_011314	TCAC	2	8	2747	2754	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
16	NC_011314	CT	3	6	2787	2792	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
17	NC_011314	CTTCA	2	10	2802	2811	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
18	NC_011314	AAT	2	6	2857	2862	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_011314	CT	3	6	2890	2895	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
20	NC_011314	AAT	2	6	4988	4993	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_011314	CCA	2	6	5048	5053	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
22	NC_011314	TAAT	2	8	5076	5083	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_011314	TAAT	2	8	5134	5141	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_011314	T	7	7	5155	5161	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_011314	A	7	7	6002	6008	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_011314	ATT	2	6	6127	6132	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_011314	GCA	2	6	6195	6200	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_011314	TAA	2	6	6202	6207	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_011314	AAT	2	6	6324	6329	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_011314	ATAC	2	8	6372	6379	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
31	NC_011314	ACG	2	6	6390	6395	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_011314	ATC	2	6	6742	6747	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_011314	GTT	2	6	6753	6758	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_011314	AG	3	6	6851	6856	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_011314	GAT	2	6	6875	6880	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_011314	GTT	2	6	6884	6889	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_011314	CTGG	2	8	7105	7112	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
38	NC_011314	TCT	2	6	7127	7132	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_011314	ATTT	2	8	7211	7218	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_011314	ATT	2	6	7220	7225	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_011314	TA	3	6	7226	7231	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_011314	T	8	8	7296	7303	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_011314	AAC	2	6	7376	7381	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_011314	ATT	2	6	7386	7391	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_011314	CAA	2	6	8530	8535	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_011314	A	7	7	8547	8553	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_011314	T	6	6	8578	8583	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_011314	AC	3	6	8615	8620	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
49	NC_011314	A	6	6	8629	8634	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_011314	GTA	2	6	8655	8660	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_011314	TAT	2	6	8697	8702	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_011314	ATA	2	6	8707	8712	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_011314	TAT	3	9	8715	8723	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_011314	T	6	6	9394	9399	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_011314	ATT	2	6	9401	9406	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_011314	T	6	6	9412	9417	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_011314	ATC	2	6	9475	9480	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_011314	ATC	2	6	9491	9496	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_011314	T	6	6	9712	9717	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_011314	ATC	2	6	9773	9778	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_011314	ATA	2	6	9840	9845	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_011314	GATT	2	8	9906	9913	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
63	NC_011314	T	6	6	9933	9938	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_011314	A	6	6	9966	9971	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_011314	TGC	2	6	10012	10017	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_011314	GT	3	6	10388	10393	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
67	NC_011314	AGCA	2	8	10417	10424	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
68	NC_011314	CTA	2	6	10428	10433	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_011314	TA	3	6	10436	10441	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_011314	TGAG	2	8	10463	10470	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
71	NC_011314	TCT	2	6	10473	10478	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_011314	TAA	2	6	10493	10498	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_011314	TTTC	2	8	11131	11138	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
74	NC_011314	CAA	2	6	11191	11196	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_011314	TTG	2	6	11212	11217	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_011314	TGT	2	6	11247	11252	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_011314	TAA	2	6	11355	11360	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_011314	TTG	2	6	11410	11415	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_011314	ATT	2	6	11467	11472	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_011314	ATA	2	6	11505	11510	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_011314	A	7	7	12725	12731	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_011314	T	6	6	12751	12756	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_011314	TAA	2	6	12813	12818	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_011314	TTCT	2	8	12829	12836	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
85	NC_011314	ACA	2	6	12840	12845	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_011314	ATCC	2	8	12852	12859	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
87	NC_011314	TA	4	8	12917	12924	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_011314	A	6	6	12927	12932	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_011314	CAT	2	6	12988	12993	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_011314	ATT	2	6	13025	13030	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_011314	GGCGA	2	10	13085	13094	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
92	NC_011314	CGCA	2	8	13106	13113	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
93	NC_011314	A	6	6	13113	13118	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_011314	ATT	2	6	14641	14646	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_011314	A	6	6	14686	14691	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_011314	TA	3	6	14698	14703	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_011314	TTCA	2	8	14826	14833	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_011314	CAA	2	6	14859	14864	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_011314	TAA	2	6	14886	14891	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_011314	A	7	7	14909	14915	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_011314	TG	3	6	14986	14991	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
102	NC_011314	ATCA	2	8	15001	15008	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
103	NC_011314	GTA	2	6	15010	15015	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_011314	ATA	2	6	15018	15023	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_011314	TAT	2	6	15425	15430	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_011314	ATAA	2	8	15509	15516	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_011314	AATG	2	8	16269	16276	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
108	NC_011314	ACT	2	6	16294	16299	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_011314	AC	3	6	16640	16645	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
110	NC_011314	GAT	2	6	16647	16652	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_011314	ATG	2	6	16667	16672	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_011314	TAGCT	2	10	16737	16746	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
113	NC_011314	ATCT	2	8	16799	16806	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
114	NC_011314	AT	3	6	19946	19951	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_011314	TA	3	6	19960	19965	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_011314	T	6	6	19994	19999	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_011314	GTA	2	6	20009	20014	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_011314	GAT	2	6	20037	20042	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_011314	GAG	2	6	20188	20193	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_011314	CAG	2	6	20200	20205	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_011314	CGAT	2	8	20210	20217	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
122	NC_011314	CAA	2	6	20244	20249	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_011314	CTT	2	6	20383	20388	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_011314	TAT	2	6	20410	20415	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_011314	A	6	6	20430	20435	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_011314	ATC	2	6	20446	20451	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_011314	AAAT	2	8	20599	20606	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_011314	AGC	2	6	20624	20629	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_011314	GAA	2	6	20707	20712	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
130	NC_011314	AGCA	2	8	20791	20798	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
131	NC_011314	CAG	2	6	20823	20828	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_011314	ATT	2	6	20881	20886	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_011314	T	6	6	20885	20890	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_011314	GTTA	2	8	20897	20904	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
135	NC_011314	TAAA	2	8	20928	20935	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_011314	A	6	6	20994	20999	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_011314	T	7	7	21019	21025	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_011314	TTA	2	6	22239	22244	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_011314	GAA	2	6	22246	22251	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
140	NC_011314	AAT	2	6	22278	22283	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_011314	CAA	2	6	22335	22340	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_011314	AATA	2	8	22398	22405	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_011314	CTT	2	6	22468	22473	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_011314	TGT	2	6	22475	22480	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
145	NC_011314	TGA	2	6	22492	22497	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
146	NC_011314	GTA	2	6	22500	22505	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
147	NC_011314	TTA	2	6	22560	22565	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_011314	T	6	6	22571	22576	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_011314	T	6	6	22700	22705	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_011314	TA	3	6	22708	22713	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_011314	AT	3	6	22724	22729	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_011314	TACA	2	8	22733	22740	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
153	NC_011314	G	12	12	22761	22772	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
154	NC_011314	ATT	3	9	22796	22804	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_011314	ATA	2	6	22832	22837	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_011314	CCT	2	6	27006	27011	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
157	NC_011314	AAT	2	6	28529	28534	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_011314	AAC	2	6	28594	28599	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
159	NC_011314	TCA	2	6	28604	28609	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
160	NC_011314	CT	3	6	28625	28630	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
161	NC_011314	C	7	7	28641	28647	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
162	NC_011314	CAT	2	6	28694	28699	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
163	NC_011314	CTGGA	2	10	28760	28769	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
164	NC_011314	A	9	9	28865	28873	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
165	NC_011314	CAGC	2	8	28880	28887	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
166	NC_011314	TTG	2	6	28978	28983	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
167	NC_011314	ATT	2	6	29035	29040	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
168	NC_011314	ATA	2	6	29073	29078	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
169	NC_011314	TTG	2	6	29167	29172	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
170	NC_011314	AT	3	6	29197	29202	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
171	NC_011314	CAA	2	6	29273	29278	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
172	NC_011314	TAAA	2	8	29364	29371	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
173	NC_011314	TGC	2	6	29383	29388	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
174	NC_011314	CTG	2	6	29396	29401	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
175	NC_011314	TTG	2	6	29572	29577	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
176	NC_011314	TTA	2	6	29611	29616	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
177	NC_011314	GAA	2	6	29636	29641	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
178	NC_011314	TAA	2	6	29656	29661	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
179	NC_011314	TCG	2	6	29698	29703	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
180	NC_011314	AAT	2	6	29732	29737	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
181	NC_011314	CGA	2	6	29745	29750	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
182	NC_011314	T	7	7	29837	29843	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
183	NC_011314	AGA	2	6	29883	29888	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
184	NC_011314	GAT	2	6	29889	29894	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
185	NC_011314	TAG	2	6	29903	29908	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
186	NC_011314	G	6	6	29908	29913	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
187	NC_011314	TTC	2	6	29945	29950	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
188	NC_011314	TTG	2	6	29971	29976	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
189	NC_011314	GAA	2	6	30035	30040	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
190	NC_011314	TAA	2	6	30055	30060	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
191	NC_011314	TCG	2	6	30097	30102	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
192	NC_011314	AAT	2	6	30131	30136	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
193	NC_011314	CGA	2	6	30144	30149	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
194	NC_011314	ATT	2	6	30237	30242	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
195	NC_011314	AAC	2	6	30259	30264	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
196	NC_011314	AGA	2	6	30286	30291	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
197	NC_011314	GAT	2	6	30292	30297	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
198	NC_011314	TAG	2	6	30306	30311	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
199	NC_011314	GAT	2	6	30337	30342	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
200	NC_011314	TAC	2	6	30347	30352	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
201	NC_011314	T	6	6	30355	30360	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
202	NC_011314	CGT	3	9	30368	30376	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
203	NC_011314	GTC	2	6	30507	30512	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
204	NC_011314	TCAG	2	8	30574	30581	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
205	NC_011314	GCA	2	6	30590	30595	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
206	NC_011314	TAA	2	6	30596	30601	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
207	NC_011314	A	7	7	30689	30695	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
208	NC_011314	T	6	6	30715	30720	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
209	NC_011314	CCTTA	2	10	30756	30765	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.