MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius Tc-4-1 chromosome

Total Repeats: 61141

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017167	TGA	2	6	37	42	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384133788
2	NC_017167	CCTC	2	8	235	242	0 %	25 %	0 %	75 %	384133788
3	NC_017167	TGA	3	9	253	261	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384133788
4	NC_017167	AGA	2	6	299	304	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384133788
5	NC_017167	TGAAG	2	10	305	314	40 %	20 %	40 %	0 %	384133788
6	NC_017167	CCG	2	6	319	324	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384133788
7	NC_017167	GC	4	8	335	342	0 %	0 %	50 %	50 %	384133788
8	NC_017167	CTGC	2	8	442	449	0 %	25 %	25 %	50 %	384133788
9	NC_017167	GGC	2	6	501	506	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384133788
10	NC_017167	ACGA	2	8	606	613	50 %	0 %	25 %	25 %	384133788
11	NC_017167	CGC	2	6	620	625	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384133788
12	NC_017167	GAC	2	6	690	695	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384133788
13	NC_017167	CAA	2	6	710	715	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384133788
14	NC_017167	AGG	2	6	727	732	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384133788
15	NC_017167	TTC	2	6	735	740	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384133788
16	NC_017167	TCGC	2	8	833	840	0 %	25 %	25 %	50 %	384133788
17	NC_017167	TCA	2	6	856	861	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384133788
18	NC_017167	ACC	2	6	872	877	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384133788
19	NC_017167	CCAA	2	8	964	971	50 %	0 %	0 %	50 %	384133788
20	NC_017167	GC	3	6	1000	1005	0 %	0 %	50 %	50 %	384133788
21	NC_017167	GAG	2	6	1065	1070	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384133788
22	NC_017167	CG	3	6	1104	1109	0 %	0 %	50 %	50 %	384133788
23	NC_017167	GTA	2	6	1134	1139	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384133788
24	NC_017167	CGA	2	6	1163	1168	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384133788
25	NC_017167	AAG	2	6	1179	1184	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384133788
26	NC_017167	CG	3	6	1231	1236	0 %	0 %	50 %	50 %	384133788
27	NC_017167	GACC	2	8	1241	1248	25 %	0 %	25 %	50 %	384133788
28	NC_017167	ACG	2	6	1293	1298	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384133788
29	NC_017167	ATG	2	6	1332	1337	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384133788
30	NC_017167	GAC	2	6	1341	1346	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384133788
31	NC_017167	GC	3	6	1352	1357	0 %	0 %	50 %	50 %	384133788
32	NC_017167	GCG	2	6	1478	1483	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384133789
33	NC_017167	TGATCA	2	12	1516	1527	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384133789
34	NC_017167	CGA	2	6	1528	1533	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384133789
35	NC_017167	TCCT	2	8	1543	1550	0 %	50 %	0 %	50 %	384133789
36	NC_017167	CTG	2	6	1559	1564	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384133789
37	NC_017167	TCG	2	6	1751	1756	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384133790
38	NC_017167	CGGT	2	8	1799	1806	0 %	25 %	50 %	25 %	384133790
39	NC_017167	GAG	2	6	1981	1986	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384133790
40	NC_017167	GGC	2	6	2048	2053	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384133790
41	NC_017167	CCGG	2	8	2094	2101	0 %	0 %	50 %	50 %	384133790
42	NC_017167	GGT	2	6	2214	2219	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384133790
43	NC_017167	GGA	2	6	2262	2267	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384133790
44	NC_017167	CCT	2	6	2343	2348	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384133790
45	NC_017167	CTCG	2	8	2384	2391	0 %	25 %	25 %	50 %	384133790
46	NC_017167	GC	3	6	2392	2397	0 %	0 %	50 %	50 %	384133790
47	NC_017167	GGT	2	6	2403	2408	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384133790
48	NC_017167	TTC	2	6	2426	2431	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384133790
49	NC_017167	ATCG	2	8	2437	2444	25 %	25 %	25 %	25 %	384133790
50	NC_017167	CGC	2	6	2445	2450	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384133790
51	NC_017167	AAGG	2	8	2572	2579	50 %	0 %	50 %	0 %	384133790
52	NC_017167	GC	3	6	2628	2633	0 %	0 %	50 %	50 %	384133790
53	NC_017167	CGC	2	6	2640	2645	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384133790
54	NC_017167	GCG	2	6	2699	2704	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384133790
55	NC_017167	TGC	2	6	2714	2719	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384133790
56	NC_017167	GAG	2	6	2767	2772	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384133791
57	NC_017167	CACAT	2	10	2775	2784	40 %	20 %	0 %	40 %	384133791
58	NC_017167	A	6	6	2798	2803	100 %	0 %	0 %	0 %	384133791
59	NC_017167	GCG	2	6	2824	2829	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384133791
60	NC_017167	GCGCGT	2	12	2855	2866	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	384133791
61	NC_017167	CGCGG	2	10	2884	2893	0 %	0 %	60 %	40 %	384133791
62	NC_017167	GCGACG	2	12	2905	2916	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	384133791
63	NC_017167	GTG	2	6	2946	2951	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384133791
64	NC_017167	TCG	2	6	3044	3049	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384133792
65	NC_017167	TGC	2	6	3089	3094	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384133792
66	NC_017167	CA	3	6	3113	3118	50 %	0 %	0 %	50 %	384133792
67	NC_017167	CG	4	8	3160	3167	0 %	0 %	50 %	50 %	384133792
68	NC_017167	GGT	2	6	3297	3302	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384133792
69	NC_017167	GGA	2	6	3315	3320	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384133792
70	NC_017167	CG	3	6	3344	3349	0 %	0 %	50 %	50 %	384133792
71	NC_017167	CAC	2	6	3403	3408	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384133792
72	NC_017167	CG	3	6	3424	3429	0 %	0 %	50 %	50 %	384133792
73	NC_017167	GAC	3	9	3475	3483	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384133792
74	NC_017167	CG	3	6	3555	3560	0 %	0 %	50 %	50 %	384133792
75	NC_017167	CGC	2	6	3573	3578	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384133792
76	NC_017167	GAG	2	6	3610	3615	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384133792
77	NC_017167	GC	4	8	3693	3700	0 %	0 %	50 %	50 %	384133792
78	NC_017167	CAC	2	6	3735	3740	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384133792
79	NC_017167	GAC	2	6	3760	3765	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384133792
80	NC_017167	TGC	2	6	3767	3772	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384133792
81	NC_017167	CGG	2	6	3800	3805	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384133792
82	NC_017167	CAG	2	6	3817	3822	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384133792
83	NC_017167	GAG	2	6	3871	3876	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384133792
84	NC_017167	GTT	2	6	3894	3899	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384133792
85	NC_017167	CGA	2	6	3924	3929	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384133792
86	NC_017167	TCA	2	6	3980	3985	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384133792
87	NC_017167	GAA	2	6	4063	4068	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384133792
88	NC_017167	CTT	2	6	4151	4156	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384133793
89	NC_017167	ACG	2	6	4184	4189	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384133793
90	NC_017167	CGA	2	6	4256	4261	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384133793
91	NC_017167	CAC	2	6	4276	4281	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384133793
92	NC_017167	TTG	2	6	4295	4300	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384133793
93	NC_017167	GTG	2	6	4345	4350	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384133793
94	NC_017167	ACA	2	6	4364	4369	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384133793
95	NC_017167	GGC	2	6	4468	4473	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384133793
96	NC_017167	GTG	2	6	4531	4536	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384133793
97	NC_017167	CGC	2	6	4613	4618	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384133793
98	NC_017167	ACG	2	6	4642	4647	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384133793
99	NC_017167	GC	3	6	4806	4811	0 %	0 %	50 %	50 %	384133793
100	NC_017167	ACG	2	6	4823	4828	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384133793
101	NC_017167	GCTG	2	8	4850	4857	0 %	25 %	50 %	25 %	384133793
102	NC_017167	TGA	2	6	4881	4886	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384133793
103	NC_017167	GAC	2	6	4912	4917	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384133793
104	NC_017167	ACG	2	6	4946	4951	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384133793
105	NC_017167	AAC	2	6	4981	4986	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384133793
106	NC_017167	CGG	2	6	4994	4999	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384133793
107	NC_017167	GCAC	2	8	5006	5013	25 %	0 %	25 %	50 %	384133793
108	NC_017167	CG	3	6	5039	5044	0 %	0 %	50 %	50 %	384133793
109	NC_017167	CTT	2	6	5073	5078	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384133793
110	NC_017167	ACA	2	6	5090	5095	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384133793
111	NC_017167	CGA	2	6	5106	5111	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384133793
112	NC_017167	CCG	2	6	5129	5134	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384133793
113	NC_017167	TCG	2	6	5213	5218	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384133793
114	NC_017167	CG	3	6	5271	5276	0 %	0 %	50 %	50 %	384133793
115	NC_017167	GCG	2	6	5302	5307	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384133793
116	NC_017167	GC	3	6	5311	5316	0 %	0 %	50 %	50 %	384133793
117	NC_017167	GGC	2	6	5319	5324	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384133793
118	NC_017167	GC	5	10	5328	5337	0 %	0 %	50 %	50 %	384133793
119	NC_017167	GCA	2	6	5348	5353	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384133793
120	NC_017167	AGA	2	6	5354	5359	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384133793
121	NC_017167	TCG	2	6	5432	5437	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384133793
122	NC_017167	ATC	2	6	5515	5520	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384133793
123	NC_017167	GAG	2	6	5560	5565	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384133793
124	NC_017167	CAT	2	6	5574	5579	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384133793
125	NC_017167	CGA	2	6	5604	5609	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384133793
126	NC_017167	TCA	2	6	5645	5650	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384133793
127	NC_017167	ACG	2	6	5666	5671	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384133793
128	NC_017167	CTACAT	2	12	5739	5750	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384133793
129	NC_017167	GTG	2	6	5788	5793	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384133793
130	NC_017167	GAC	2	6	5910	5915	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384133793
131	NC_017167	GCT	2	6	5937	5942	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384133793
132	NC_017167	GGA	2	6	5955	5960	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384133793
133	NC_017167	CGG	2	6	6016	6021	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384133793
134	NC_017167	CG	3	6	6039	6044	0 %	0 %	50 %	50 %	384133793
135	NC_017167	GCAT	2	8	6119	6126	25 %	25 %	25 %	25 %	384133794
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259	NC_017167	CGGC	2	8	17148	17155	0 %	0 %	50 %	50 %	384133800
260	NC_017167	TGA	2	6	17166	17171	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384133800
261	NC_017167	CGG	2	6	17193	17198	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384133800
262	NC_017167	CGAGAT	2	12	17209	17220	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384133800
263	NC_017167	GAA	2	6	17329	17334	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384133800
264	NC_017167	CGG	2	6	17407	17412	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384133800
265	NC_017167	CGG	2	6	17493	17498	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384133800
266	NC_017167	ACG	2	6	17520	17525	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384133800
267	NC_017167	ACT	2	6	17550	17555	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384133800
268	NC_017167	GCG	2	6	17712	17717	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384133801
269	NC_017167	TCA	2	6	17718	17723	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384133801
270	NC_017167	CGT	2	6	17728	17733	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384133801
271	NC_017167	GGC	2	6	17761	17766	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384133801
272	NC_017167	GGCG	2	8	17818	17825	0 %	0 %	75 %	25 %	384133801
273	NC_017167	CAT	2	6	17851	17856	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384133801
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276	NC_017167	GCCG	2	8	17980	17987	0 %	0 %	50 %	50 %	384133801
277	NC_017167	CAC	2	6	17996	18001	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384133801
278	NC_017167	GCG	2	6	18036	18041	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384133801
279	NC_017167	CG	3	6	18040	18045	0 %	0 %	50 %	50 %	384133801
280	NC_017167	GAT	2	6	18088	18093	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384133801
281	NC_017167	CGGGCA	2	12	18111	18122	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	384133801
282	NC_017167	TCG	2	6	18126	18131	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384133801
283	NC_017167	ATG	2	6	18152	18157	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384133801
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285	NC_017167	GAA	2	6	18214	18219	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384133801
286	NC_017167	GC	3	6	18225	18230	0 %	0 %	50 %	50 %	384133801
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292	NC_017167	ATG	2	6	18326	18331	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384133801
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297	NC_017167	GGA	2	6	18886	18891	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384133802
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301	NC_017167	CG	3	6	19019	19024	0 %	0 %	50 %	50 %	384133802
302	NC_017167	CGT	2	6	19116	19121	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384133802
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310	NC_017167	CG	3	6	19436	19441	0 %	0 %	50 %	50 %	384133803
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333	NC_017167	TGGG	2	8	20467	20474	0 %	25 %	75 %	0 %	384133803
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343	NC_017167	CCG	2	6	21209	21214	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384133805
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362	NC_017167	TCA	2	6	21875	21880	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384133805
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384	NC_017167	CGG	2	6	22529	22534	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384133805
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386	NC_017167	GGCT	2	8	22558	22565	0 %	25 %	50 %	25 %	384133805
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