MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Acidithiobacillus caldus SM-1 chromosome

Total Repeats: 54270

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015850	AGT	2	6	4	9	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340780745
2	NC_015850	GCA	2	6	90	95	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780745
3	NC_015850	GCA	2	6	271	276	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780745
4	NC_015850	GCG	2	6	277	282	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340780745
5	NC_015850	ACCG	2	8	291	298	25 %	0 %	25 %	50 %	340780745
6	NC_015850	GCA	2	6	317	322	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780745
7	NC_015850	GGT	2	6	331	336	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340780745
8	NC_015850	GGC	2	6	402	407	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340780745
9	NC_015850	TGG	2	6	462	467	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340780745
10	NC_015850	TCA	2	6	566	571	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340780745
11	NC_015850	CGA	2	6	651	656	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780745
12	NC_015850	TTC	2	6	697	702	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340780745
13	NC_015850	CGG	2	6	726	731	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340780745
14	NC_015850	ATC	3	9	739	747	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340780745
15	NC_015850	AGG	2	6	767	772	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340780745
16	NC_015850	GGA	2	6	783	788	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340780745
17	NC_015850	TTC	2	6	916	921	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340780745
18	NC_015850	ATT	2	6	1103	1108	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	340780745
19	NC_015850	CACGAC	2	12	1160	1171	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	340780745
20	NC_015850	ATGGCC	2	12	1174	1185	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	340780745
21	NC_015850	CA	3	6	1249	1254	50 %	0 %	0 %	50 %	340780745
22	NC_015850	GC	3	6	1301	1306	0 %	0 %	50 %	50 %	340780745
23	NC_015850	CTG	2	6	1697	1702	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340780746
24	NC_015850	CGG	2	6	1707	1712	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340780746
25	NC_015850	TG	3	6	1730	1735	0 %	50 %	50 %	0 %	340780746
26	NC_015850	CTG	2	6	1757	1762	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340780746
27	NC_015850	CG	3	6	1810	1815	0 %	0 %	50 %	50 %	340780746
28	NC_015850	AG	3	6	1948	1953	50 %	0 %	50 %	0 %	340780746
29	NC_015850	ACG	2	6	1959	1964	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780746
30	NC_015850	ACG	2	6	2043	2048	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780746
31	NC_015850	CG	3	6	2047	2052	0 %	0 %	50 %	50 %	340780746
32	NC_015850	T	7	7	2053	2059	0 %	100 %	0 %	0 %	340780746
33	NC_015850	GC	3	6	2129	2134	0 %	0 %	50 %	50 %	340780746
34	NC_015850	GCA	2	6	2156	2161	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780746
35	NC_015850	ACT	2	6	2218	2223	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340780746
36	NC_015850	GAC	2	6	2455	2460	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780746
37	NC_015850	GAG	2	6	2486	2491	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340780746
38	NC_015850	AAG	3	9	2493	2501	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340780746
39	NC_015850	GCA	2	6	2628	2633	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780746
40	NC_015850	GGC	2	6	2756	2761	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340780747
41	NC_015850	CTGG	2	8	2777	2784	0 %	25 %	50 %	25 %	340780747
42	NC_015850	CTG	2	6	2832	2837	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340780747
43	NC_015850	GGC	2	6	2854	2859	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340780747
44	NC_015850	GCT	2	6	3026	3031	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340780747
45	NC_015850	CCAT	2	8	3043	3050	25 %	25 %	0 %	50 %	340780747
46	NC_015850	CCG	2	6	3079	3084	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340780747
47	NC_015850	CCG	2	6	3119	3124	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340780747
48	NC_015850	CGC	2	6	3159	3164	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340780747
49	NC_015850	TTG	2	6	3165	3170	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	340780747
50	NC_015850	AGA	2	6	3209	3214	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340780747
51	NC_015850	CTG	2	6	3228	3233	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340780747
52	NC_015850	CCTGCA	2	12	3344	3355	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	340780747
53	NC_015850	TGC	2	6	3391	3396	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340780747
54	NC_015850	GCA	2	6	3406	3411	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780747
55	NC_015850	GGT	2	6	3584	3589	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340780747
56	NC_015850	CGA	2	6	3596	3601	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780747
57	NC_015850	GCC	2	6	3606	3611	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340780747
58	NC_015850	CCG	2	6	3622	3627	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340780747
59	NC_015850	TGG	2	6	3636	3641	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340780747
60	NC_015850	CAA	2	6	3645	3650	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	340780747
61	NC_015850	CAT	2	6	3766	3771	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340780747
62	NC_015850	CGA	2	6	3859	3864	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780748
63	NC_015850	CAC	2	6	3878	3883	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340780748
64	NC_015850	GGT	2	6	3895	3900	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340780748
65	NC_015850	CGG	3	9	4035	4043	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340780748
66	NC_015850	CGG	2	6	4069	4074	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340780748
67	NC_015850	CGA	2	6	4081	4086	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780748
68	NC_015850	GGT	2	6	4106	4111	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340780748
69	NC_015850	GATC	2	8	4168	4175	25 %	25 %	25 %	25 %	340780748
70	NC_015850	GCGAG	2	10	4234	4243	20 %	0 %	60 %	20 %	340780748
71	NC_015850	CGA	2	6	4384	4389	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780748
72	NC_015850	GAA	2	6	4406	4411	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340780748
73	NC_015850	GGT	2	6	4427	4432	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340780748
74	NC_015850	GCA	2	6	4461	4466	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780748
75	NC_015850	TCA	2	6	4488	4493	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340780748
76	NC_015850	GC	3	6	4505	4510	0 %	0 %	50 %	50 %	340780748
77	NC_015850	TGG	2	6	4521	4526	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340780748
78	NC_015850	CAA	2	6	4579	4584	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	340780748
79	NC_015850	CACC	2	8	4606	4613	25 %	0 %	0 %	75 %	340780748
80	NC_015850	GGC	2	6	4627	4632	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340780748
81	NC_015850	GCCAAG	2	12	4679	4690	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780748
82	NC_015850	GAC	2	6	4706	4711	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780748
83	NC_015850	CGG	2	6	4728	4733	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340780748
84	NC_015850	TCC	2	6	4766	4771	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	340780748
85	NC_015850	TCG	2	6	4812	4817	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340780748
86	NC_015850	CG	3	6	4863	4868	0 %	0 %	50 %	50 %	340780748
87	NC_015850	GCC	2	6	4883	4888	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340780748
88	NC_015850	GGT	2	6	4891	4896	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340780748
89	NC_015850	GGC	2	6	4900	4905	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340780748
90	NC_015850	GC	4	8	4904	4911	0 %	0 %	50 %	50 %	340780748
91	NC_015850	GCG	2	6	4919	4924	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340780748
92	NC_015850	GC	4	8	4927	4934	0 %	0 %	50 %	50 %	340780748
93	NC_015850	ATCT	2	8	5027	5034	25 %	50 %	0 %	25 %	340780748
94	NC_015850	GGAG	2	8	5038	5045	25 %	0 %	75 %	0 %	340780748
95	NC_015850	CCG	2	6	5080	5085	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340780748
96	NC_015850	CCA	2	6	5086	5091	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340780748
97	NC_015850	CGAG	2	8	5128	5135	25 %	0 %	50 %	25 %	340780748
98	NC_015850	AGG	2	6	5208	5213	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340780748
99	NC_015850	ATC	2	6	5249	5254	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340780748
100	NC_015850	CTG	2	6	5294	5299	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340780748
101	NC_015850	CTT	2	6	5305	5310	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340780748
102	NC_015850	TGG	2	6	5331	5336	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340780748
103	NC_015850	CG	3	6	5337	5342	0 %	0 %	50 %	50 %	340780748
104	NC_015850	GCC	2	6	5362	5367	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340780748
105	NC_015850	A	6	6	5381	5386	100 %	0 %	0 %	0 %	340780748
106	NC_015850	CTAC	2	8	5427	5434	25 %	25 %	0 %	50 %	340780748
107	NC_015850	GC	3	6	5459	5464	0 %	0 %	50 %	50 %	340780748
108	NC_015850	GCG	2	6	5474	5479	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340780748
109	NC_015850	GA	3	6	5484	5489	50 %	0 %	50 %	0 %	340780748
110	NC_015850	CGA	2	6	5497	5502	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780748
111	NC_015850	GCC	2	6	5510	5515	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340780748
112	NC_015850	GCTC	2	8	5557	5564	0 %	25 %	25 %	50 %	340780748
113	NC_015850	CCG	2	6	5609	5614	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340780748
114	NC_015850	GCG	2	6	5654	5659	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340780748
115	NC_015850	TCG	2	6	5718	5723	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340780748
116	NC_015850	AGC	2	6	5778	5783	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780748
117	NC_015850	T	7	7	5800	5806	0 %	100 %	0 %	0 %	340780748
118	NC_015850	GC	3	6	5948	5953	0 %	0 %	50 %	50 %	340780748
119	NC_015850	ACC	2	6	6017	6022	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340780748
120	NC_015850	GGA	2	6	6061	6066	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340780748
121	NC_015850	CGC	2	6	6073	6078	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340780748
122	NC_015850	CGA	2	6	6079	6084	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780748
123	NC_015850	CGC	2	6	6122	6127	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340780748
124	NC_015850	GAG	2	6	6137	6142	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340780748
125	NC_015850	GC	3	6	6146	6151	0 %	0 %	50 %	50 %	340780748
126	NC_015850	T	7	7	6272	6278	0 %	100 %	0 %	0 %	340780749
127	NC_015850	GGC	2	6	6317	6322	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340780749
128	NC_015850	CGCC	2	8	6347	6354	0 %	0 %	25 %	75 %	340780749
129	NC_015850	GCC	2	6	6384	6389	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340780749
130	NC_015850	CTG	2	6	6411	6416	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340780749
131	NC_015850	CTT	2	6	6455	6460	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340780749
132	NC_015850	GCA	2	6	6488	6493	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780749
133	NC_015850	TGC	2	6	6541	6546	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340780749
134	NC_015850	GCG	2	6	6554	6559	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340780749
135	NC_015850	CAG	2	6	6621	6626	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780749
136	NC_015850	CCG	2	6	6640	6645	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340780749
137	NC_015850	CTGG	2	8	6680	6687	0 %	25 %	50 %	25 %	340780749
138	NC_015850	CGA	2	6	6689	6694	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780749
139	NC_015850	GCA	2	6	6764	6769	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780749
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141	NC_015850	CCACGA	2	12	6974	6985	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	340780749
142	NC_015850	AAAG	2	8	7016	7023	75 %	0 %	25 %	0 %	340780749
143	NC_015850	CGC	2	6	7136	7141	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340780749
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148	NC_015850	CAC	2	6	7425	7430	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340780749
149	NC_015850	GTG	2	6	7452	7457	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340780749
150	NC_015850	GAG	2	6	7491	7496	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340780749
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156	NC_015850	CGG	2	6	7667	7672	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340780749
157	NC_015850	ACCCTG	2	12	7689	7700	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	340780749
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159	NC_015850	GGT	3	9	7899	7907	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340780749
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165	NC_015850	CGAGCG	2	12	8090	8101	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	340780749
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169	NC_015850	TCA	2	6	8224	8229	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340780749
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245	NC_015850	CGT	2	6	12052	12057	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340780754
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248	NC_015850	TTC	2	6	12161	12166	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340780754
249	NC_015850	T	6	6	12184	12189	0 %	100 %	0 %	0 %	340780754
250	NC_015850	GCG	2	6	12232	12237	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340780754
251	NC_015850	AGA	2	6	12283	12288	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340780754
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253	NC_015850	CGAC	2	8	12474	12481	25 %	0 %	25 %	50 %	340780754
254	NC_015850	GGGC	2	8	12513	12520	0 %	0 %	75 %	25 %	340780754
255	NC_015850	CCGA	2	8	12566	12573	25 %	0 %	25 %	50 %	340780754
256	NC_015850	TTC	2	6	12659	12664	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340780754
257	NC_015850	GCG	2	6	12756	12761	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340780754
258	NC_015850	ACG	2	6	12813	12818	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780754
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260	NC_015850	ATG	2	6	12888	12893	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340780754
261	NC_015850	GGC	2	6	12910	12915	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340780754
262	NC_015850	GCG	2	6	12964	12969	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340780754
263	NC_015850	GCA	2	6	13039	13044	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780754
264	NC_015850	CTC	2	6	13049	13054	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	340780754
265	NC_015850	TCC	3	9	13056	13064	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	340780754
266	NC_015850	GCC	2	6	13065	13070	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340780754
267	NC_015850	TCA	2	6	13071	13076	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340780754
268	NC_015850	GC	3	6	13131	13136	0 %	0 %	50 %	50 %	340780754
269	NC_015850	CGG	2	6	13165	13170	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340780754
270	NC_015850	CGC	3	9	13187	13195	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340780754
271	NC_015850	GC	3	6	13212	13217	0 %	0 %	50 %	50 %	340780754
272	NC_015850	C	6	6	13261	13266	0 %	0 %	0 %	100 %	340780754
273	NC_015850	GTCG	2	8	13296	13303	0 %	25 %	50 %	25 %	340780754
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279	NC_015850	CCT	2	6	13558	13563	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	340780754
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281	NC_015850	GCG	2	6	13647	13652	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340780754
282	NC_015850	TCC	2	6	13680	13685	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	340780754
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285	NC_015850	GC	3	6	13745	13750	0 %	0 %	50 %	50 %	340780754
286	NC_015850	CGC	2	6	13765	13770	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340780754
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289	NC_015850	CGGA	2	8	13886	13893	25 %	0 %	50 %	25 %	340780754
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302	NC_015850	CGAT	2	8	14522	14529	25 %	25 %	25 %	25 %	340780755
303	NC_015850	GCA	2	6	14541	14546	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780755
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384	NC_015850	GCG	2	6	18317	18322	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340780759
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387	NC_015850	GGGC	2	8	18535	18542	0 %	0 %	75 %	25 %	340780760
388	NC_015850	GCAG	2	8	18581	18588	25 %	0 %	50 %	25 %	340780760
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