MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446 plasmid pAACI02

Total Repeats: 1273

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013207	CG	3	6	84	89	0 %	0 %	50 %	50 %	257793043
2	NC_013207	GGC	2	6	113	118	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	257793043
3	NC_013207	CG	3	6	230	235	0 %	0 %	50 %	50 %	257793043
4	NC_013207	GA	3	6	266	271	50 %	0 %	50 %	0 %	257793043
5	NC_013207	GATGAA	2	12	316	327	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	257793043
6	NC_013207	AGTA	2	8	356	363	50 %	25 %	25 %	0 %	257793043
7	NC_013207	TCG	2	6	1862	1867	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793044
8	NC_013207	ATC	3	9	1877	1885	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	257793044
9	NC_013207	G	8	8	1893	1900	0 %	0 %	100 %	0 %	257793044
10	NC_013207	CAAAC	2	10	1957	1966	60 %	0 %	0 %	40 %	257793044
11	NC_013207	CGT	2	6	2059	2064	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793045
12	NC_013207	CAGT	2	8	2115	2122	25 %	25 %	25 %	25 %	257793045
13	NC_013207	ACGAA	2	10	2178	2187	60 %	0 %	20 %	20 %	257793045
14	NC_013207	GTCG	2	8	2220	2227	0 %	25 %	50 %	25 %	257793045
15	NC_013207	GAC	2	6	2229	2234	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793045
16	NC_013207	TCA	2	6	2236	2241	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	257793045
17	NC_013207	ACG	2	6	2312	2317	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793045
18	NC_013207	GCG	2	6	2404	2409	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	257793046
19	NC_013207	CGC	2	6	2441	2446	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257793046
20	NC_013207	TCT	2	6	2497	2502	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	257793046
21	NC_013207	TCGAT	2	10	2585	2594	20 %	40 %	20 %	20 %	257793046
22	NC_013207	AGC	2	6	2674	2679	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793046
23	NC_013207	T	6	6	2925	2930	0 %	100 %	0 %	0 %	257793047
24	NC_013207	AAG	2	6	3074	3079	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	257793048
25	NC_013207	AAG	2	6	3143	3148	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	257793048
26	NC_013207	TC	3	6	3224	3229	0 %	50 %	0 %	50 %	257793048
27	NC_013207	ACA	2	6	3232	3237	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	257793048
28	NC_013207	CAC	2	6	3241	3246	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	257793048
29	NC_013207	CAG	2	6	3272	3277	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793048
30	NC_013207	CG	3	6	3385	3390	0 %	0 %	50 %	50 %	257793048
31	NC_013207	TCAT	2	8	3408	3415	25 %	50 %	0 %	25 %	257793048
32	NC_013207	TCG	2	6	3420	3425	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793048
33	NC_013207	CG	3	6	3571	3576	0 %	0 %	50 %	50 %	257793048
34	NC_013207	CACG	2	8	3748	3755	25 %	0 %	25 %	50 %	257793048
35	NC_013207	GAAG	2	8	3814	3821	50 %	0 %	50 %	0 %	257793048
36	NC_013207	CGC	2	6	4027	4032	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257793048
37	NC_013207	GAC	2	6	4040	4045	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793048
38	NC_013207	GC	3	6	4125	4130	0 %	0 %	50 %	50 %	257793048
39	NC_013207	GGA	2	6	4132	4137	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	257793048
40	NC_013207	CCGA	2	8	4199	4206	25 %	0 %	25 %	50 %	257793048
41	NC_013207	T	6	6	4262	4267	0 %	100 %	0 %	0 %	257793048
42	NC_013207	TCA	2	6	4432	4437	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	257793048
43	NC_013207	AGC	2	6	4482	4487	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793048
44	NC_013207	CGC	2	6	4556	4561	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257793048
45	NC_013207	GGT	2	6	4644	4649	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	257793048
46	NC_013207	GC	3	6	4696	4701	0 %	0 %	50 %	50 %	257793048
47	NC_013207	CCAT	2	8	4817	4824	25 %	25 %	0 %	50 %	257793048
48	NC_013207	CGTG	2	8	4902	4909	0 %	25 %	50 %	25 %	257793049
49	NC_013207	GTT	2	6	5064	5069	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	257793049
50	NC_013207	GGAGAC	2	12	5151	5162	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	257793049
51	NC_013207	GCG	2	6	5191	5196	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	257793049
52	NC_013207	GTC	2	6	5239	5244	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793049
53	NC_013207	CGAG	2	8	5265	5272	25 %	0 %	50 %	25 %	257793049
54	NC_013207	ACGCG	2	10	5320	5329	20 %	0 %	40 %	40 %	257793049
55	NC_013207	ATC	2	6	5335	5340	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	257793049
56	NC_013207	A	6	6	5353	5358	100 %	0 %	0 %	0 %	257793049
57	NC_013207	GC	4	8	5427	5434	0 %	0 %	50 %	50 %	257793049
58	NC_013207	GAA	2	6	5499	5504	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	257793049
59	NC_013207	TCG	2	6	5507	5512	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793049
60	NC_013207	CGG	2	6	5603	5608	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	257793049
61	NC_013207	GC	3	6	5712	5717	0 %	0 %	50 %	50 %	257793049
62	NC_013207	GCA	3	9	5750	5758	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793049
63	NC_013207	CGG	2	6	5818	5823	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	257793049
64	NC_013207	TGGA	2	8	5855	5862	25 %	25 %	50 %	0 %	257793049
65	NC_013207	GCG	2	6	5919	5924	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	257793049
66	NC_013207	GAA	2	6	5986	5991	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	257793049
67	NC_013207	GAA	2	6	6027	6032	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	257793049
68	NC_013207	CAG	2	6	6130	6135	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793049
69	NC_013207	ACA	2	6	6233	6238	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	257793049
70	NC_013207	CGGA	2	8	6273	6280	25 %	0 %	50 %	25 %	257793049
71	NC_013207	CGC	2	6	6302	6307	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257793049
72	NC_013207	GAG	2	6	6308	6313	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	257793049
73	NC_013207	GCG	2	6	6433	6438	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	257793049
74	NC_013207	TTG	2	6	6448	6453	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	257793049
75	NC_013207	GAAAAT	2	12	6491	6502	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	257793049
76	NC_013207	TAC	2	6	7796	7801	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	257793050
77	NC_013207	CTG	2	6	7861	7866	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793050
78	NC_013207	CAT	2	6	7980	7985	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	257793050
79	NC_013207	GCT	2	6	7993	7998	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793050
80	NC_013207	CCA	2	6	8092	8097	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	257793050
81	NC_013207	CTACAT	2	12	8153	8164	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	257793050
82	NC_013207	CGT	2	6	8165	8170	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793050
83	NC_013207	GCC	2	6	8176	8181	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257793050
84	NC_013207	CAGT	2	8	8293	8300	25 %	25 %	25 %	25 %	257793050
85	NC_013207	AAC	2	6	8301	8306	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	257793050
86	NC_013207	TAT	2	6	8333	8338	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	257793050
87	NC_013207	ACC	2	6	8341	8346	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	257793050
88	NC_013207	AAGCC	2	10	8354	8363	40 %	0 %	20 %	40 %	257793050
89	NC_013207	TCCA	2	8	8370	8377	25 %	25 %	0 %	50 %	257793050
90	NC_013207	GAC	2	6	8381	8386	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793050
91	NC_013207	ACC	2	6	8434	8439	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	257793050
92	NC_013207	A	6	6	9069	9074	100 %	0 %	0 %	0 %	257793051
93	NC_013207	CCAAGG	2	12	9143	9154	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793051
94	NC_013207	CATC	2	8	9219	9226	25 %	25 %	0 %	50 %	257793051
95	NC_013207	CGA	2	6	9237	9242	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793051
96	NC_013207	CCG	2	6	9248	9253	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257793051
97	NC_013207	GCT	2	6	9285	9290	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793051
98	NC_013207	TTGGA	2	10	9344	9353	20 %	40 %	40 %	0 %	257793051
99	NC_013207	GGC	2	6	9393	9398	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	257793051
100	NC_013207	CG	3	6	9433	9438	0 %	0 %	50 %	50 %	257793051
101	NC_013207	AGC	2	6	9448	9453	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793051
102	NC_013207	GAA	2	6	9466	9471	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	257793051
103	NC_013207	GGCA	2	8	9521	9528	25 %	0 %	50 %	25 %	257793051
104	NC_013207	ATG	2	6	9551	9556	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	257793051
105	NC_013207	GGA	2	6	9660	9665	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	257793051
106	NC_013207	GAC	2	6	9673	9678	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793051
107	NC_013207	ACC	2	6	9707	9712	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	257793051
108	NC_013207	GGT	2	6	9729	9734	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	257793051
109	NC_013207	GCT	2	6	9773	9778	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793051
110	NC_013207	GAG	2	6	9817	9822	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	257793051
111	NC_013207	GGC	2	6	9845	9850	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	257793051
112	NC_013207	AG	3	6	9891	9896	50 %	0 %	50 %	0 %	257793051
113	NC_013207	GCG	2	6	9976	9981	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	257793051
114	NC_013207	GC	3	6	9985	9990	0 %	0 %	50 %	50 %	257793051
115	NC_013207	AGG	2	6	10031	10036	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	257793051
116	NC_013207	GTG	2	6	10039	10044	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	257793051
117	NC_013207	GCG	2	6	10113	10118	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	257793051
118	NC_013207	GGA	2	6	10344	10349	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	257793051
119	NC_013207	AGC	2	6	10367	10372	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793051
120	NC_013207	TGG	2	6	10379	10384	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	257793051
121	NC_013207	GAC	2	6	10407	10412	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793051
122	NC_013207	TTCG	2	8	10454	10461	0 %	50 %	25 %	25 %	257793051
123	NC_013207	TGC	2	6	10466	10471	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793051
124	NC_013207	GCTG	2	8	10475	10482	0 %	25 %	50 %	25 %	257793051
125	NC_013207	TTG	3	9	10486	10494	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	257793051
126	NC_013207	CCG	2	6	10655	10660	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257793051
127	NC_013207	ATT	2	6	11126	11131	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	257793052
128	NC_013207	CAA	2	6	11268	11273	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	257793052
129	NC_013207	CCT	2	6	11306	11311	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	257793052
130	NC_013207	ATC	2	6	11430	11435	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	257793052
131	NC_013207	GGT	2	6	11446	11451	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	257793052
132	NC_013207	ATA	2	6	11520	11525	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	257793052
133	NC_013207	TCA	2	6	11595	11600	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	257793052
134	NC_013207	GGC	2	6	11620	11625	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	257793052
135	NC_013207	TGC	2	6	11818	11823	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793052
136	NC_013207	GATG	2	8	11833	11840	25 %	25 %	50 %	0 %	257793052
137	NC_013207	AG	3	6	11841	11846	50 %	0 %	50 %	0 %	257793052
138	NC_013207	GTC	2	6	11850	11855	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793052
139	NC_013207	GTATG	2	10	11900	11909	20 %	40 %	40 %	0 %	257793052
140	NC_013207	GGA	2	6	11927	11932	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	257793052
141	NC_013207	CCGG	2	8	11960	11967	0 %	0 %	50 %	50 %	257793052
142	NC_013207	CCA	2	6	12011	12016	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	257793052
143	NC_013207	CAT	2	6	12049	12054	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	257793052
144	NC_013207	GATTT	2	10	12057	12066	20 %	60 %	20 %	0 %	257793052
145	NC_013207	GAC	2	6	12136	12141	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793052
146	NC_013207	CA	3	6	12248	12253	50 %	0 %	0 %	50 %	257793052
147	NC_013207	GGA	2	6	12260	12265	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	257793052
148	NC_013207	ATGT	2	8	12308	12315	25 %	50 %	25 %	0 %	257793052
149	NC_013207	AT	3	6	12930	12935	50 %	50 %	0 %	0 %	257793053
150	NC_013207	AAC	2	6	12977	12982	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	257793053
151	NC_013207	TCGC	2	8	13109	13116	0 %	25 %	25 %	50 %	257793053
152	NC_013207	CAC	2	6	13210	13215	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	257793053
153	NC_013207	GAC	2	6	13280	13285	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793053
154	NC_013207	ACG	2	6	13400	13405	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793053
155	NC_013207	CGCT	2	8	13433	13440	0 %	25 %	25 %	50 %	257793053
156	NC_013207	GAC	2	6	13521	13526	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793053
157	NC_013207	CATT	2	8	13528	13535	25 %	50 %	0 %	25 %	257793054
158	NC_013207	ATT	2	6	13549	13554	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	257793054
159	NC_013207	CCT	2	6	13619	13624	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	257793054
160	NC_013207	TGC	2	6	13746	13751	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793054
161	NC_013207	GTC	2	6	13759	13764	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793054
162	NC_013207	GAT	3	9	13856	13864	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	257793054
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164	NC_013207	ACGCG	2	10	13915	13924	20 %	0 %	40 %	40 %	257793055
165	NC_013207	CGC	2	6	13954	13959	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257793055
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168	NC_013207	TC	3	6	14060	14065	0 %	50 %	0 %	50 %	257793055
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172	NC_013207	GCG	2	6	14231	14236	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	257793055
173	NC_013207	AATG	2	8	14243	14250	50 %	25 %	25 %	0 %	257793055
174	NC_013207	CCCT	2	8	14260	14267	0 %	25 %	0 %	75 %	257793055
175	NC_013207	TGT	2	6	14388	14393	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	257793055
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239	NC_013207	GGCG	2	8	20508	20515	0 %	0 %	75 %	25 %	257793061
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242	NC_013207	TG	3	6	20556	20561	0 %	50 %	50 %	0 %	257793061
243	NC_013207	CATG	2	8	20840	20847	25 %	25 %	25 %	25 %	257793062
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251	NC_013207	TCCG	2	8	21133	21140	0 %	25 %	25 %	50 %	257793062
252	NC_013207	CGTC	2	8	21295	21302	0 %	25 %	25 %	50 %	257793062
253	NC_013207	CTTA	2	8	21357	21364	25 %	50 %	0 %	25 %	257793062
254	NC_013207	GTG	2	6	21441	21446	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	257793062
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257	NC_013207	TGG	2	6	21684	21689	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	257793062
258	NC_013207	AG	3	6	21706	21711	50 %	0 %	50 %	0 %	257793062
259	NC_013207	TCCCTT	2	12	22045	22056	0 %	50 %	0 %	50 %	257793064
260	NC_013207	TTG	2	6	22178	22183	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	257793064
261	NC_013207	GCCA	2	8	22202	22209	25 %	0 %	25 %	50 %	257793064
262	NC_013207	GAA	2	6	22213	22218	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	257793064
263	NC_013207	CGT	2	6	22235	22240	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793064
264	NC_013207	ATG	2	6	22299	22304	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	257793064
265	NC_013207	TCC	2	6	22320	22325	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	257793064
266	NC_013207	A	6	6	22386	22391	100 %	0 %	0 %	0 %	257793064
267	NC_013207	CAT	2	6	22459	22464	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	257793064
268	NC_013207	GA	3	6	22466	22471	50 %	0 %	50 %	0 %	257793064
269	NC_013207	GCAT	2	8	22498	22505	25 %	25 %	25 %	25 %	257793064
270	NC_013207	CG	3	6	22593	22598	0 %	0 %	50 %	50 %	257793064
271	NC_013207	GCA	2	6	22605	22610	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793064
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273	NC_013207	GAA	2	6	22729	22734	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	257793064
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275	NC_013207	AGG	2	6	22826	22831	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	257793064
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283	NC_013207	AGG	2	6	23037	23042	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	257793064
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287	NC_013207	A	6	6	23224	23229	100 %	0 %	0 %	0 %	257793064
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292	NC_013207	GGCC	2	8	24114	24121	0 %	0 %	50 %	50 %	257793065
293	NC_013207	TCG	2	6	24152	24157	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793065
294	NC_013207	TGACG	2	10	24171	24180	20 %	20 %	40 %	20 %	257793065
295	NC_013207	GAT	2	6	24372	24377	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	257793065
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372	NC_013207	AAAGGG	2	12	35395	35406	50 %	0 %	50 %	0 %	257793072
373	NC_013207	TGTT	2	8	35410	35417	0 %	75 %	25 %	0 %	257793072
374	NC_013207	A	6	6	35587	35592	100 %	0 %	0 %	0 %	257793073
375	NC_013207	GACC	2	8	35597	35604	25 %	0 %	25 %	50 %	257793073
376	NC_013207	GAT	2	6	35616	35621	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	257793073
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381	NC_013207	ATG	3	9	35835	35843	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	257793073
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387	NC_013207	CA	3	6	36028	36033	50 %	0 %	0 %	50 %	257793073
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389	NC_013207	AGG	2	6	36310	36315	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	257793073
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